[주 문]

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

[이 유]

1. 제1심판결의 인용

원고가 당심에서 주장하는 내용은 제1심에서의 주장 내용과 크게 다르지 아니한바,원고의 주장을 제1심 및 당심에 제출된 증거들과 함께 다시 살펴보아도 제1심의 판단은 정당하다.

따라서 이 법원이 이 판결에 기재할 이유는, 아래 제2항에서 원고가 당심에서 강조하거나 추가하는 주장에 대한 판단을 추가하는 외에는, 제1심판결의 이유 부분 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 추가 판단

가. 원고의 주장

구 국세기본법 제45조의2 제2항 제4호의 문언과 취지 및 구 국세기본법 제26조의2 제2항의 입법 취지에 비추어 보면, 후발적 경정청구의 대상이 되는 과세기간에는 제한이 없고, 후발적 경정청구의 대상은 ⁠‘과세기간에 대한 과세표준 및 세액’이다.

피고는 원고의 2013 내지 2017 사업연도의 과세표준과 세액을 경정하였는데 이에 따라 2012 사업연도에 세액의 중복적인 모순확정이 발생하였고, 2012 사업연도의 정당세액을 산출하는 과정에서 2011 사업연도에 세액의 중복적인 모순이 발생하고 이러한 모순은 연쇄적으로 발생하므로 결국 세액의 중복적인 모순을 해결하기 위해서는 과거 전체 사업연도에 대하여 후발적 경정청구가 인정되어야 한다. 그런데 2012 사업연도의 경우 세법에 따라 산출한 과세대상의 수량 또는 가액이 당초의 과세표준을 초과하므로 원고로서는 후발적 경정청구를 할 수 없었고, 2007, 2008, 2009, 2011 사업연도는 정당세액을 산출할 경우 환급세액이 발생하므로 위 사업연도는 후발적 경정청구의 대상이 된다.

따라서 이 사건 경정청구는 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제4호의 요건을 갖추었는데, 피고는 2013 사업연도 과세표준과 세액을 경정으로 인하여 세액의 중복적인 모순확정이 발생하는 부분은 2012 사업연도 당기매출 조정분에 그치고, 2012 사업연도 당기매출 조정분에 한하여 후발적 경정청구를 할 수 있다고 판단하여 이 사건 거부처분을 하였으므로 위법하다.

나. 판단

1) 이 사건 경정청구가 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제4호의 요건을 갖추었는지 여부

구 국세기본법 제45조의2 제2항 제4호는 ⁠“결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때”에는 후발적 경정 사유가 발생한 것으로 보아 후발적 경정청구를 할 수 있도록 규정하고 있다. 이러한 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 있으므로(대법원 2011. 7. 28. 선고 2009두22379 판결 등 참조), 원고의 주장과 같이 후발적 사유가 발생한 과세기간과 후발적 경정청구의 대상이 되는 과세기간은 맞닿아 있을 필요는 없으나, 후발적 사유로 인하여 세액의 산정기초에 변동이 발생한 과세기간만이 후발적 경정청구의 대상이 된다.

이 사건에 관하여 보건대, 원고는 1차 세무조사 당시 조사청이 재고반품 조건으로 납품한 제품의 경우 판매점 인도시점을 손익의 귀속시기로 하여 과세표준과 세액을 정함에 따라 당기매출 조정분을 익금산입(유보)하고, 이에 대한 중복 과세를 피하기 위하여 그 다음 사업연도에 전기매출 조정분을 익금불산입(자동추인, △유보)하는 1차 세무조정을 하였다. 이러한 원고의 1차 세무조정은 특정 사업연도에 행한 세무조정이 그 다음 사업연도에 반대의 세무조정을 거쳐 소멸하는 구조이므로, 특정 사업연도의 당기매출 세무조정과 그 다음 사업연도의 전기매출 세무조정분이 직접적으로 대응되는 관계에 있어 조정이 이루어지는 경우 양자를 모두 제거하거나 모두 남겨두어야 한다. 한편, 특정 사업연도의 전기매출 세무조정분은 직전 사업연도의 당기 판매점 공급분 중 기말재고분과 직접적으로 대응되고, 당기매출 세무조정은 특정 사업연도의 전기 판매점 공급분 중 최종소비자 판매분과 직접적으로 대응되므로, 특정 사업연도의 전기매출 세무조정분과 당기매출 세무조정은 아무런 관계가 없다. 다만, 동일 과세기간에 포함되기 때문에 동시에 조정이 이루어지는 경우가 발생할 수 있고, 이 경우에 한하여 법인세의 연쇄적 조정이 이루어지게 된다.

이 사건의 경우 피고가 원고의 2013 사업연도의 세무조정 즉, 2013 당기매출 세무조정과 전기매출 세무조정분을 취소하였는데 이로 인하여 직접적으로 영향을 받는 것은 2012 사업연도 당기매출 세무조정 뿐이었고, 2012 사업연도 법인세의 경우 국세부과제척기간이 만료되었으므로, 피고는 구 국세기본법 제26조의2 제2항 제3호에 따라 원고가 2012 사업연도 당기매출 세무조정에 대한 후발적 경정청구를 하는 경우 경정청구일로부터 2개월 이내에 필요한 처분을 할 수 있었다. 그런데 앞서 본 바와 같이 원고는 2012 사업연도에 대하여 2019. 3. 6. 후발적 경정청구를 하였고, 피고가 2020. 5. 22. 거부처분을 하자 이에 대하여 심판청구를 한 후 취하하였는바, 이로 인해 피고로서는 2013 사업연도와 연동되어 후발적 경정청구 사유가 존재하는 2012 사업연도 당기매출 세무조정을 제거하는 내용의 경정결정을 할 수 없었다.

원고는, 원고가 2012 사업연도에 대한 경정청구를 취하한 것과, 피고가 2012 사업연도 전기매출 조정분을 부인하는 세무조정을 할 수 있었는지 여부는 아무런 관련이 없을 뿐만 아니라, 당초 원고가 이 사건 경정청구와 함께 2012 사업연도에 대한 후발적 경정청구를 함께 제기하였으나, 조세심판원에서 원고가 제기한 각 청구가 동일 사건에 대한 것이고, 서로 양립할 수 없는 것으로 보이므로 하나의 청구만을 유지해 줄 것을 요청하였기 때문에 2012 사업연도에 대한 후발적 경정청구를 취하한 것이므로 원고의 귀책사유가 없다는 취지로도 주장한다. 그러나 원고가 2012 사업연도에 대한 후발적 경정청구를 유지하였더라도, 2012 사업연도 전기매출 세무조정분은 후발적 경정청구의 대상이 아니므로 이에 대한 조정이 이루어질 수 없었고, 이와 연결된 과거 사업연도 역시 마찬가지이므로, 2011 사업연도 법인세를 포함하여 과거 전체 사업연도의 법인세가 연쇄적으로 후발적 경정대상이 되지 아니한다.

한편, 원고는 이 사건 거부처분이 이 사건과 유사한 사례에 대한 과세관청의 환급처분과 모순된다고도 주장한다. 그런데 앞서 든 각 증거와 을 제6호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 과세관청이 원고와 유사한 사례에 대하여 과거 전체 사업연도의 법인세가 후발적 경정대상이 된다고 판단하여 환급처분을 한 경우가 있기는 하나, 이는 후발적 경정청구의 인정범위에 관한 명확한 선례나 지침이 없던 상태에서 과세관청의 잘못된 판단에 의한 것으로 보일 뿐이므로, 이러한 사정만으로는 원고의 이 사건 경정청구 역시 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제4호의 요건을 갖추었다고 볼 수는 없다.

따라서 이 사건 경정청구는 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제4호의 요건을 갖추지 못하였으므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다(피고는, 원고가 2007 내지 2009 사업연도의 경우 수정신고를 하였으므로, ⁠“최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때”의 요건을 충족하지 못하여, 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제4호에서 정한 후발적 경정청구의 대상이 되지 않는다고 주장하나, 앞서 본 바와 같이 최초 신고 여부와 무관하게 이 사건 경정청구는 이유 없으므로 이 부분에 대해서는 나아가 살피지 아니한다).

2) 제1심이 이 사건 경정청구를 ⁠‘과세표준’별이 아닌 ⁠‘당기/전기 매출 조정분’로 판단한 잘못이 있는지 여부

원고는, 후발적 경정청구의 대상은 ⁠‘과세기간에 대한 과세표준 및 세액’이고, 2012 사업연도의 경우 세법에 따라 산출한 과세대상의 수량 또는 가액이 당초의 과세표준을 초과하므로 원고로서는 2012 사업연도에 대하여 후발적 경정청구를 할 수 없었음에도, 원고가 2012 사업연도 당기매출조정분에 대한 세무조정만을 다투는 방식으로 경정청구를 할 수 있었음을 전제로 한 제1심의 판단은 잘못되었다는 취지로 주장한다.

앞서 본 바와 같이, 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 있으므로, 구 국세기본법 제45조의2조 제2항 제4호에 따라 후발적 경정청구의 대상이 되는 부분은 과세관청의 결정 또는 경정으로 인하여 직접적으로 영향을 받는 과세기간만이 포함된다고 할 것이다.

이 사건의 경우 피고의 2013 사업연도에 대한 법인세 경정으로 인해 원고의 2012 사업연도 법인세 신고 시 행한 익금산입 손익귀속시기(당기) 20,676백만 원 유보의 세무조정은 영향을 받지만, 원고의 2011 사업연도 이전 법인세 과세표준 및 세액에는 영향이 없다. 이러한 경정의 효과에 대하여, 제1심은 ⁠“2013 사업연도 전기매출 조정분을 제거하는 경정으로 인하여 세액의 중복적인 모순확정이 발생하는 부분은 2012 사업연도 당기매출 조정분에 그치는 것이므로”라고 판시하였는바, 2013 사업연도 전기매출 조정분은 원고가 2013 사업연도 법인세 신고 시 행한 손금산입 20,676백만 원 △유보의 세무조정을, 2012 사업연도 당기매출 조정분은 원고가 2012 법인세 신고 시 행한 익금산입 20,676백만 원 유보의 세무조정을 뜻하는 것으로 보인다. 이때, 원고의 후발적 경정청구에 따라 피고가 2012 사업연도 당기매출 세무조정만을 제거하고 전기매출분 세무조정을 제거하지 아니함으로써 하나의 과세기간인 2012 사업연도에 손익귀속시기에 관한 서로 다른 기준이 혼재하게 되더라도, 이는 부과제척기간 도과로 2012 사업연도 전기매출 세무조정분을 제거할 수 없게 되어 발생하는 부득이한 결과에 불과할 뿐이므로, 동일한 사업연도에 하나의 손익귀속시기 기준이 적용되어야 한다는 원칙에 반한다고 볼 수 없다. 결국 제1심은 2차 세무조사에 따른 피고의 2013 사업연도 법인세 경정으로 인하여 중복세액이 발생한 부분은 ⁠‘2012 사업연도 당기매출 세무조정’부분이 포함된 2012 사업연도라고 판단한 것이어서 경정청구의 대상과 단위를 잘못 판단하였다고 보기는 어렵다. 이 부분 원고의 주장도 이유 없다.

[원고는 2012 사업연도 당기매출 세무조정분에 한하여 후발적 경정청구가 허용된다면, 2012 사업연도에 세액이 감소하는 경우에도 2012 사업연도의 당기매출 세무조정에 대한 조정만을 다투는 방식으로 납세자가 후발적 경정청구를 하여야 한다는 납득하기 어려운 결과가 발생한다는 취지로도 주장하나, 앞서 본 바와 같이 2012 사업연도 전기매출 세무조정분은 후발적 경정청구의 대상이 아니므로 2012 사업연도 전기매출 세무조정분과 2012 사업연도 당기매출 세무조정분의 다소에 따라 우연적으로 발생하는 2012 사업연도 세액의 증감 여부는 후발적 경정청구 허용 여부의 고려 대상이 될 수 없다. 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

한편, 원고는 2012 사업연도 당기매출 조정분에 한하여 후발적 경정이 이루어지는 경우 그 환급세액은 당초 원고가 부담하여야 할 정당세액과 일치하지 않는 결과가 발생하여 부당하다는 취지로도 주장한다. 그러나 이러한 차이는 사업연도별로 적용되는 법인세율의 차이와 누진세액 등으로 인해 발생하는 것인데 이는 부과제척기간제도에 따른 부득이한 결과에 불과하고, 이러한 차이로 인해 발생하는 세액의 중복적인 모순확정까지 후발적 경정청구 제도가 예정하였다고 볼 수는 없으므로 이 부분 원고의 주장도 이유 없다.]

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 이와 결론을 같이하는 제1심판결은 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.