요지

이 사건 토지는 법령의 규정이나 행정작용에 의하여 사용이 금지 또는 제한되었다고 보기 어렵고, 부득이한 사유가 있어 비사업용토지에 해당하는 경우라고 볼 수 없다. 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 비사업용 토지의 기간기준 등 나머지 주장에 관하여 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이를 받아들이지 않는다.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지 

피고가 2021. 9. 24. 원고에게 한 2016 사업연도 법인세 76,282,440원, 2017 사업연도 법인세 44,706,530원, 2018 사업연도 법인세 9,898,890원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 당사자의 지위

 원고는 2002. 11. 6. 서울 성동구 천호대로△△에서 자동차판매업 및 자동차정비업을 영위하기 위하여 설립된 법인이다. 원고는 2016. 1. 4. 고양시 일산동구 중앙로□□에서 자동차수입 및 판매업을 영위하던 BB주식회사(이하 ⁠‘CC법인’이라 한다)를 흡수합병하였다.

나. 토지의 양도 및 법인세 신고ㆍ납부

 1) CC법인은 2013. 11. 21. 한국토지주택공사로부터 고양시 일산동구 중산동◇◇ 주차장 2,224.5㎡(이하 ⁠‘이 사건 토지’라 한다)를 대금 3,892,875,000원에 매수하고, 2014. 2. 12. 위 주택공사에 매매대금 잔금을 지급한 후, 같은 해 4. 21. 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기를 마쳤다.

 2) 원고는 2016. 9.경 DD주식회사에 이 사건 토지를 대금 41억 원에 매도하고, 2016. 10. 27. 그 소유권이전등기를 마쳐주었다. 원고는 이로 인한 양도차익을 유형자산의 처분이익으로 계상하여, 2017. 3. 31. 과세관청에 2016 사업연도 법인세를 신고ㆍ납부하였다(이하 원고와 흡수합병 전 CC법인을 구분하지 않고 모두 ⁠‘원고’라고만 한다).

다. 법인세 부과처분

 1) 피고는 이 사건 토지의 양도소득에 대한 과세자료를 검토한 결과, 이 사건 토지는 법인세법(2020. 8. 18. 법률 제17476호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제55조의2에서 정한 비사업용 토지에 해당하므로 같은 조에 따른 과세특례가 적용되어야 한다고 보았다.

 2) 이에 피고는 2021. 9. 24. 원고에게 위 특례 적용에 따라 2016 사업연도 법인세 76,282,440원을 부과하고, 이 사건 토지에 관하여 발생한 비용(재산세, 관련 지급이자)을 업무와 직접 관련이 없는 비용으로 보아 손금불산입하여 2017 사업연도 법인세 44,706,530원, 2018 사업연도 법인세 9,898,890원을 부과하였다(이하 위 각 부과처분을 통틀어 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 전심절차

 원고는 2021. 11. 17. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2022. 5. 31. 그 청구가 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 3호증, 을 제 1, 2호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

 법인세법 제55조의2 제3항, 같은 법 시행령(2021. 1. 5. 대통령령 제31380호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제92조의11 제1항, 같은 법 시행규칙(2019. 3. 20. 기획재정부령 제703호로 개정되기 전의 것) 제46조의2 제1항 제1호, 제13호는 토지를 취득한후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한되는 등 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다고 규정하고 있다.

 원고는 이 사건 토지에 자동차 판매전시장 및 정비공장(이하 ⁠‘이 사건 서비스센터’라 한다)을 건축하기 위하여 관할관청으로부터 건축허가를 받고 신속하게 관련 절차를 추진하여 왔다. 그런데 원고와 유사한 지위에 있는 주식회사 위본(이하 ⁠‘소외 회사’라한다)이 서울 서초구 내곡동◊◊ 주차장 부지에 판매전시장 및 정비공장을 신축하다가, 인근 주민들이 제기한 행정소송에서 2014. 7. 1. 그 건축허가가 취소되는 판결이 선고되었다(서울행정법원 2013구합64820, 이하 ⁠‘관련 판결’이라 한다). 이에 원고는 관련 판결의 최종 결과를 보기 위하여 이 사건 서비스센터의 공사에 착수하지 않았다. 그런데 위 관련 판결은 2015. 1. 29. 위 회사의 항소가 기각되고(서울고등법원 2014누51704), 2015. 7. 9. 상고가 기각됨으로써(대법원 2015두39590), 결국 그대로 확정되었다. 그리고 위 관련 판결의 취지는 원고의 건축허가에도 마찬가지로 적용될 것이 분명 하였으므로, 원고는 더 이상 건축을 추진하지 않고 다른 회사에 이 사건 토지를 양도하게 되었다.

 이처럼 원고는 관련 판결이 선고된 2014. 7. 1.부터 부득이한 사유가 있어 이 사건 토지를 사업용으로 이용하지 못하였으므로, 위 기간은 비사업용 토지로 보는 기간에서 제외되어야 한다. 설령 관련 판결이 확정된 2015. 7. 9.부터 부득이한 사유가 있었다고 보더라도, 이 사건 토지의 임대기간도 비사업용 토지로 보는 기간에서 제외되어야 하므로, 이 사건 토지는 어느 모로 보나 법인세법 시행령 제92조의3에서 정한 기간 요건을 충족하지 못하여 비사업용 토지에 해당하지 않는다. 따라서 이와 달리 판단한 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

 별지 기재와 같다.

다. 판단

 1) 관계 규정의 내용 및 관련 법리

  법인세법 제55조의2 제1항 제3호는 내국법인이 비사업용 토지를 양도한 경우에 는 토지 등의 양도소득에 10/100을 곱하여 산출한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 추가 납부하도록 법인세를 중과하는 내용의 과세특례를 규정하고 있고, 같은 조 제2항 각 호는 비사업용 토지에 해당하는 토지를 농지, 임야, 목장용지 및 그 외의 토지 등으로 구분하여 열거하고 있다. 다만, 같은 조 제3항은 ⁠‘제1항 제3호를 적용할때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다’고 규정하고 있다.

  그 위임에 따른 법인세법 시행령 제92조의11 제1항 제1호는 ⁠‘토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지는 금지 또는 제한된 기간 동안 비사업용토지에 해당하는지 여부를 판정한다’고 규정하고 있다. 그리고 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제1호, 제13호는 ’토지를 취득한 후 법령에 따라 해당 사업과 관련된 인가ㆍ허가(건축허가를 포함한다. 이하 같다)ㆍ면허 등을 신청한 자가 건축법 제18조 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지는 건축허가가 제한된 기간 또는 당해 토지를 취득한 후 제1호 내지 제12호의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지는 당해 사유가 발생한 기간 동안, 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다‘고 규정하고 있다.

  그리고 여기에서 ’법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지‘란 법령의 규정 그 자체에 의하여 직접 부동산의 사용이 금지 또는 제한되는 경우뿐만 아니라 행정작용에 의하여 현실적으로 부동산의 사용이 금지 또는 제한되는 경우도 포함되고, 이와 같은 사용제한에 해당하는지 여부는 법인이 토지를 취득할 당시의 구체적인 목적과 사용제한의 형태 등도 아울러 고려하여 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2014. 2. 27. 선고 2013두12324 판결 등 참조).

 2) 구체적 판단

  관계 규정의 내용과 관련 법리에 비추어 보건대, 갑 제3, 6호증, 을 제4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 토지는 법령의 규정이나 행정작용에 의하여 사용이 금지 또는 제한되었다고 보기 어려우므로, 법인세법 제55조의2 제3항에서 정한 부득이한 사유가 있어 비사업용토지에 해당하는 경우라고 볼 수 없다. 이와 같은 취지로 이루어진 이 사건 처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 비사업용 토지의 기간기준 등 나머지 주장에 관하여 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이를 받아들이지 않는다.

 가) 이 사건 토지는 주차장용지로서, 법인세법 제55조의2 제2항 제4호에서 정한 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지에 해당한다는 점에 관해서는 당사자 사이에 다툼이 없거나 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있으므로, 특별한 사정이 없는 한 이 사건 토지는 비사업용 토지에 해당한다.

 나) 원고는 관련 판결이 선고된 날 또는 확정된 날부터 이 사건 토지는 법령 또는 행정작용에 따라 사용이 금지 또는 제한되어 부득이하게 비사업용 토지에 해당하게 되었다고 주장한다. 그러나 아래와 같은 이유로, 관련 판결의 취지나 내용은 원고에 대해서도 그대로 적용된다고 볼 수 없다.

     관련 판결에 따르면, 소외 회사는 지구계획상 주차장 용지에 지하 1~4층은 주차장, 지상 1층은 영업소, 지상 2, 3층은 정비공장으로 각 사용하기 위한 주차전용건축물의 건축허가를 받았다. 그런데 위 건축물은 총 주차대수가 425대이고, 약 1,500대의1일 예상 교통량을 유발하며, 주차장으로 주된 기능을 한다기보다는 정비공장과 영업소의 이용에 주로 제공될 예정이다. 그리하여 법원은 해당 건축물이 ’주거 및 녹지지역‘안에 있어야 할 독자적인 도시계획시설로서의 공공성을 갖추지 못하고 있어 지구계획에 저촉되고, 그 주변에는 초등학교, 유치원, 어린이공원 등이 위치하고 있으며, 위 건축물에서 발생하는 교통량이나, 분진, 소음, 휘발성 화합물 등에 비추어 볼 때 개발행위허가기준도 충족하지 못하였으므로, 이에 대한 건축허가가 위법하다고 판단하였다(2023. 4. 18.자 원고 준비서면 6-8면 참조). 그런데 이 사건 토지의 토지이용계획상 용도지역은 주거 및 녹지지역이 아니라 상업지역이고(갑 제6호증 5면), 그 주변 환경도 관련 판결의 건축물 소재지와는 차이가 있는 것으로 보인다. 그리고 원고가 건축하려 한 이 사건 서비스센터의 주차장 규모, 부수적으로 기능해야 할 정비공장 내지 영업소의 예상 이용형태, 이로 인해 유발될 교통량이나 오염물질 배출량도 관련 판결에 나타난 사실관계와 완전히 동일한지를 확인할 만한 아무런 자료가 없다. 그러므로 단지 이 사건 서비스센터와 관련 판결의 건축물의 용도나 기능이 유사하다는 사정만으로는, 관련 판결의 취지가 원고에 대한 건축허가에도 그대로 적용된다고 단정하기 어렵다. 나아가 이 사건 토지 인근의 주민들이 원고에 대한 건축허가의 취소를 구하는 소송을 제기한 사실도 없다. 그러므로 관련 판결이 선고되거나 확정되었다는 이유만으로는, 원고가 이 사건 토지에서 사업용으로 이용할 이 사건 서비스센터를 건축하는 것이 법령상 또는 행정작용상 금지되거나 제한되었다고 볼 수 없다.

 다) 원고는 2021. 7. 23. 피고에게 납세해명자료를 제출하였다. 위 자료에는, 건축 중단 및 이 사건 토지의 양도 사유로 ’부지 주변 이마트 및 주민들의 민원‘, ’건축용도 변경 진행‘, ’신차판매 중단 및 자금사정으로 인한 매도 결정‘만이 기재되어 있을 뿐, 관련 판결로 인해 건축이 금지 또는 제한되었다는 점은 전혀 기재되어 있지 않다.

     또한 원고로부터 이 사건 토지를 양수받은 회사는 2016. 12. 23. 주용도를 자동차관련 시설 및 업무시설로 한 건축허가를 받아 건축에 착수하여 2018. 5.경 사용승인을 받기도 하였다. 이에 의하더라도, 이 사건 토지를 원고 주장과 같은 용도로 사용하는 것이 금지 또는 제한된 상태였다고 보기 어렵고, 달리 이 사건 토지가 법인세법 제55조의2제3항, 같은 법 시행령 제92조의11 제1항 각 호, 같은 법 시행규칙 제46조의2 제1항 각호에서 정한 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하게 되었다고 인정할 만한 사정은 없다.

3. 결론

  원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다

출처 : 서울행정법원 2023. 09. 14. 선고 서울행정법원 2022구합77811 판결 | 국세법령정보시스템