요지

원고 스스로 소장 및 준비서면을 통해 이 사건 법인을 사실상 지배하고 있다고 밝힌점, 이 사건 법인의 업무 전반에 관한 업무를 총괄하여 수행한 사람인점등, 원고는 이 사건 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자에 해당하고 이 사건 주식에 대한 실질적인 주주로 봄이 타당

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 보조참가로 인한 부분을 포함하여 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 20**.**.**. 원고를 주식회사 CCC의 2차 납세의무자로 지정한 다음 원고에게 한 201*년 1기 부가가치세 **,***,***원 및 201*년 법인세 **,***,***원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

  가. 주식회사 CCC(이하 ⁠‘이 사건 법인’이라 한다)는 20**.**.**. 주택신축 및 판매업 등을 영위할 목적으로 설립된 법인으로 20**.**.**. 폐업하였다.

  나. 원고는 이 사건 법인 설립 당시 대표이사로 취임하였다가 20**.**.**. 사임한 다 음 같은 날 사내이사로 취임하였고, 이와 동시에 피고보조참가인(이하 ⁠‘참가인’이라 한 다)은 이 사건 법인의 대표이사로 등기되었다.

  다. 이 사건 법인이 발행한 총 주식 수는 10,000주인데, 201*사업연도 및 201*사업 연도 이 사건 법인의 ⁠‘주식등변동상황명세서’에는 이 사건 법인의 주주는 원고 명의 *,***주, 참가인 명의 *,***주로 각 구성되어 있다는 내용이 기재되어 있다.

  라. 이 사건 법인은 DDD 주식회사(이하 ⁠‘DDD’이라 한다)와 공동으로 20**.**.**. 이○○(상호명 ⁠‘EEE’)로부터 공사대금 **억 원(부가가치세 포함), 공사기간 6개월(공사완료일 20**.**.**.)로 정하여 ⁠‘전남 목포시 *** 지상 도시형 생활주택 신축 공사’(이하 ⁠‘이 사건 공사’라 한다)를 도급받는 내용의 계약을 체결하였 다가[다만, 공사계약서(을 제3호증)상 수급인 란에는 이 사건 법인만이 기재되어 있다], 20**.**.**. 공사기간을 20**.**.**.부터 20**.**.**.까지, 공사대금을 **억 원(부가가치세 포함)으로 각 변경하는 내용의 계약을 체결하였다.

  이후 이 사건 공사가 진행되던 중 이 사건 법인, DDD 및 이○○ 사이에 분쟁이 발생함으로 인해 이 사건 공사는 2015년경 중단되었다.

  마. 이 사건 법인은 이○○로부터 이 사건 공사대금을 일괄하여 수취한 후 자신의 몫을 제외한 나머지를 DDD에게 송금하는 방식으로 공사대금을 분배하였고, 다만, 세금계산서는 이 사건 법인과 DDD이 이○○에게 공급하는 부분에 대하여 각기 발급되었다.

  바. 이 사건 법인은 이○○로부터 이 사건 법인 명의의 계좌를 통해 아래표 ⁠‘수령 일’ 란 기재 일자에 ⁠‘공사대금’ 란 기재 금액을 수취하였다.

(표 생략)

  사. 이 사건 법인과 DDD이 이○○(‘공급받는자’ 상호명에는 ⁠‘EEE’라 기재되어 있다)에게 발행한 세금계산서 및 계산서 내역은 아래와 같고, 이들 발행 공급대가 합계는 ***,***,***원이다[아래 표 기재 항목 중 20**.**.**.자 발행 취소분은, 이 사건 법인과 DDD이 이○○로부터 기성분 공사대금의 전부 또는 일부에 관한 부가가치세를 지급받지 못하였다는 이유로, 당초 DDD 명의로 발행된 20**.**.**.자 세금계산서 및 계산서(공급대가 합계액 *억 원)를 취소한 부분에 한 것이다].

(표 생략)

  아. 피고는 20**.**.**.부터 20**.**.**.까지 이 사건 법인에 대한 법인제세 관련 서면확인 조사를 실시하였는데, 그 결과 이 사건 법인이 이○○로부터 이 사건 공사 기성분에 대한 공사대금 명목으로 지급받은 금액은 ***,***,***원인데, 이 사건 법인과 DDD이 발행한 세금계산서 또는 계산서상의 총 공급대가는 ***,***,***원에 불과하므로, 그 차액인 ***,***,***원(부가가치세 포함)에 110분의 100을 곱한 액수인 ***,***,***원(이하 ⁠‘이 사건 매출누락액’이라 한다)을 이 사건 법인의 매출누락분 공급 가액으로 판단한 다음, 20**.**.**. 이 사건 법인의 201*년 1기 부가가치세 **,***,***원 및 201*사업연도 법인세 **,***,***원을 각 증액 경정ㆍ고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 원처분’이라 한다).

  자. 이 사건 법인이 이 사건 원처분으로 인한 세액을 납부하지 않자, 피고는 20**.**.**. 원고를 이 사건 법인에 대한 2차 납세의무자로 지정하고 이 사건 원처분에 따른 세액에 관한 납부고지를 하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

  차. 원고는 이에 불복하여 이의신청절차를 거친 다음 20**.**.**. 조세심판원에 심 판청구를 하였고, 조세심판원은 20**.**.**. 원고의 심판청구를 기각하였다. 위 기각결 정문은 20**.**.**. 원고에게 송달되었다.

 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6, 9호증, 을 제1 내지 5, 8 내지 10호증(가지 번호 있는 것은 이를 각 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

  가. 원고의 주장 요지

   1) 원고의 ① 주장

     이 사건 법인이 이○○로부터 이 사건 공사대금 명목으로 합계 ***,***,***원을 지급받은 사실은 있으나, 이 사건 법인은 DDD과 함께 이○○에게 세금계산서 및 계산서를 발행하였는데, 이○○로부터 부가가치세를 징수받지 못하자 DDD이 발행한 201*년 1기분 공급대가 합계 *억 원 상당의 20**.**.**.자 세금계산서 및 계산서의 발행을 취소하였고, 이에 따라 201*년 1기부터 201*년 1기까지 세금계산서 및 계산서상의 가액 합계인 ***,***,***원에 대하여만 이 사건 법인의 매출로 신고하였다. 따라서 이러한 사정을 고려하지 않고 그 차액 전부를 이 사건 매출누락액으로 반영한 이 사건 처분은 위법하다.

   2) 원고의 ② 주장

    이 사건 법인은 이 사건 공사와 관련하여 이○○로부터 받은 공사대금보다 더 많은 비용을 공사비로 지출하였는데, 이를 201*사업연도 법인세 신고당시 제대로 손금 에 반영하지 못하였다. 즉, 201*사업연도에 이○○로부터 받은 공사대금 ***,***,***원 중 DDD에 공사대금 명목으로 ***,***,***원을 지급하였고, 인건비․철근자재비ㆍ래미콘자재비 등으로 공사비 합계 ***,***,***원을 지출하였으며, 이 사건 법인을 실질적으로 지배하는 원고로부터의 가수금을 통해 자재비 등 명목으로 ***,***,***원을 지출하였는바, 이들 금원 합계 ***,***,***원 상당액을 이 사건 법인의 공사비로 지출하였다(이들을 통틀어 ⁠‘이 사건 부외경비’라 한다). 결국 이 사건 부외경비는 이 사건 법인의 201*5사업연도 손금에 반영되어야 하고, 이는 이 사건 법인이 이○○로부터 받은 공사대금 ***,***,***원보다 큰 액수이므로, 원고가 납부할 201*사업연도 법인세는 없다.

   3) 원고의 ③ 주장

    원고는 이 사건 법인의 지분을 49%만 소유하고 있으므로 이 사건 법인의 과점 주주가 아니고, 참가인은 이 사건 법인의 지분 51%를 보유함으로써 이 사건 법인의 과 점주주에 해당하는바, 원고가 아닌 참가인이 이 사건 원처분에 대한 2차 납세의무를 부담한다.

  나. 관계 법령

 별지 기재와 같다.

  다. 원고의 ① 주장에 대한 판단

  1) 매출납세의무자가 법인세의 과세표준 등 신고에 있어 신고누락한 매출액 등의 수입이 발견되면 과세관청으로서는 그 누락된 수입을 익금에 산입할 수 있고, 만약 납세의무자가 과세표준 등 신고에 있어 익금에 산입될 수입의 신고만을 누락한 것이 아니라 손금에 산입될 비용에 관하여도 신고를 누락한 사실이 있는 경우에는 그와 같이 비용을 신고누락하였다는 사실에 관하여는 그 비용의 손금산입을 주장하는 자의 입증에 의해 비용의 존재와 비용액을 가려야 할 것이며, 그와 같은 입증이 없는 이상 사실상 그와 같은 별도비용은 없다고 할 수 있다(대법원 1999. 11. 12. 선고 99두4556 판 결).

  2) 앞서 인정한 사실에 의하면, 이 사건 법인은 이 사건 공사의 기성부분 공사대금으로 합계 ***,***,***원을 지급받은 사실, 원고 및 DDD 명의로 발행한 세금계산서상의 공급대가 및 계산서상의 가액 합계액은 ***,***,***원에 불과한 사실, 피고는 이들 금액 사이의 차액인 ***,***,***원(부가가치세 포함)에 대해 110분의 100을 곱한 ***,***,***원을 이 사건 매출누락액으로 삼아 201*사업연도 이 사건 법인의 매출에 반영한 사실을 알 수 있고, 여기에다가 공사중단으로 인하여 달리 이○○에게 반환된 금원이 없는 이상 적어도 이○○로부터 수령한 공사대금(부가가치세 제외 액수) 만큼은 이 사건 공사에 관한 매출로 봄이 타당한 점, 피고가 이 사건 매출누락액 상당을 201*사업연도에 대한 이 사건 법인의 매출 내지 공급가액에 반영한 것이 과세기간 측면에서 부당하다고 볼 만한 사정이 발견되지 않는 점, 피고는 이 사건 공사계약을 바탕으로 하여 이 사건 매출누락액을 원고에 대한 매출액으로 반영하였고(달리 추계할 방법이 마땅치 않다), 그중 원고가 DDD에 분배한 금원의 존부 및 액수를 증명할 객관적인 자료가 없는 점 등을 더하여 보면, 이 사건 매출누락액을 이 사건 법인의 201*사업연도 매출 내지 공급가액에 반영함을 전제로 한 이 사건 처분에 어떠한 위법이 있다고 보기 어렵다.

  3) 따라서 원고의 이 부분 주장을 받아들이지 아니한다.

  라. 원고의 ② 주장에 대한 판단

   1) 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 관하여는 원칙적으로 과세관청이 입증책임을 부담하나, 경험칙 상 특별한 사정의 존재에 관하여는 납세의무자에게 입증책임 내지는 입증의 필요가 돌 아가므로 법인세의 과세표준인 소득액 확정의 기초가 되는 손금에 산입할 비용액에 대 한 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있고, 다만 구체적 비용항목에 관한 입증의 난 이라든가 당사자의 형평 등을 고려하여 납세의무자 측에 입증책임을 돌리는 경우가 있 으므로, 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액이 실지비용이냐 아니냐가 다 투어지고 과세관청에 의해 납세의무자측이 주장하는 비용의 용도와 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되었고, 납세의무자가 신고내역대로의 비용지출은 아님을 시인하면서 같은 금액만큼의 다른 무엇인가의 비용 소요사실이 있었다고 주장하는 이 상 그 신고비용과 다른 비용의 존재와 액수에 관하여는 구체적 비용지출 사실에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자 측에서 이를 입증할 필요가 있다고 보아야 한다(대법원 2006. 2. 9. 선고 2005두8306 판결 등 참조).

   2) 앞서 든 증거에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 이 사건 법인은 이 ○○로부터 받은 공사대금에 대해 공동수급인인 DDD과 매출을 분배하여 신고하였으므로, 이 사건 법인과 DDD은 각기 자기의 수입에 대응되는 공사원가 등 손금을 산정하여야 하는 점, ② 이 사건 법인의 매출에 대응되는 손금을 인정하기 위하여는 그 존재 및 범위에 관하여 상당한 정도로 객관성과 정확성을 갖춘 증명서류가 구비될 필요성이 있는데, 이 사건 법인은 이 사건 부외경비에 관하여 복식부기 방식으로 장부에 기장하지 아니하여 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제112조를 준수하지 아니하였고, DDD이 공사비로 지출한 금원을 이 사건 법인의 손금으로 인정할 수는 없는 점, ③ 원고가 이 사건에서 이 사건 부외경비의 존재 및 액수에 관한 증명을 위해 갑 제7, 8호증을 제출하기는 하였으나, 갑 제7호증(입출금내 역, 이는 원고가 입출금 내역에 관하여 스스로 편집하여 작성한 문서에 불과하다)의 기재만으로는 그 기재 금원이 이 사건 법인의 손금에 해당함을 인정하기에 부족하고, 갑 제8호증(DDD 현장별 매입매출장)은 DDD의 손금에 대한 증명자료가 될 수 있을지는 몰라도 이 사건 법인의 손금에 대한 증명자료로 삼을 수 없는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 매출누락액에 대응하여 이 사건 부외경비를 손금으로 인정하지 아니한 이 사건 처분이 위법하다고 보기 어렵다.

   3) 따라서 이 부분 원고의 주장 또한 받아들이지 아니한다.

  마. 원고의 ③ 주장에 대한 판단

   1) 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제39조 제2호는 ⁠‘주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정 하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또 는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들’을 제2차 납세의무를 지는 과점주주라고 규정하고 있다. 위 규정의 입법 취지와 개정 경과 등에 비추어 보면, 위 규정에서 말하는 ⁠‘100분의 50을 초과하는 주식에 관한 권리 행사’에 해당하기 위해서는 현실적으로 주주권을 행사한 실적은 없더라도 적어도 납세의무 성립일 당시 소유하고 있는 주식에 관하여 주주권을 행사할 수 있는 지위에 는 있어야 한다. 따라서 납세의무 성립일 당시 주주권을 행사할 가능성이 없었던 경우에는 위 규정에 의한 제2차 납세의무를 지지 않고(대법원 2012. 12. 26. 선고 2011두 9287 판결 등 참조), 주식의 실제 소유자가 아닌 단지 주주명의만 대여한 형식상의 주 주에 불과할 뿐만 아니라 그 주식에 대한 권리를 실질적으로 행사할 여지도 없는 경우 그 주주들은 제2차 납세의무자에 해당하지 아니한다(대법원 2010. 2. 25. 선고 2009두 7578 판결 참조).

  2) 앞서 본 바와 같이, 이 사건 법인의 201*사업연도 및 201*사업연도 ⁠‘주식등변 동상황명세서’에 원고가 이 사건 법인의 49% 지분을, 참가인이 이 사건 법인의 51% 지분을 각 보유하고 있는 것으로 기재되어 있는 사실은 인정된다.

  3) 그러나 앞서 든 증거와 을 제6, 7호증, 을나 제1 내지 10호증의 각 기재에 의 하여 인정되는 다음과 같은 사실 또는 사정, 즉 ① 원고는 스스로 소장 및 준비서면을 통해 원고가 사내이사로서 이 사건 법인을 사실상 지배하고 있다고 밝히고 있는 점, ② 원고는 이의신청부터 조세심판원 심판 당시까지 원고가 이 사건 법인의 2차 납세의 무자가 아니라는 취지의 주장을 하지 않다가 이 사건에 이르러서야(구체적으로는 202*.**.**.자 준비서면) 이와 같은 주장을 하기에 이른 점, ③ 참가인은 참가인 명의 의 이 사건 법인 발행 주식에 대한 인수ㆍ납입대금을 실질적으로 부담하였던 것으로 보이지 않고, 이에 대해 원고는 참가인이 자본금 가장납입의 방법으로 이 사건 법인 설립 및 증자등기를 하였다고 주장하나, 그 실질적인 행위 주체는 원고인 것으로 보이 는 점, ④ 이 사건 법인의 ⁠‘주임종단기채권’ 계정의 계정별원장상 ⁠‘대표이사에 대한 이 사건 법인의 채권’으로 기재된 내역들은 참가인이 아닌 원고에 대한 채권인 점(을 제6, 7호증 참조), ⑤ 참가인은 이 사건 법인의 사업용 계좌와 연결된 법인카드의 비밀번호 를 알지 못하고, 공사계약 체결, 자금 관리 및 집행 등 이 사건 법인의 업무 전반에 관한 업무를 총괄하여 수행한 사람은 원고인 점, ⑥ 2015. 11.경 원고는 참가인과의 전화 통화에서, 참가인이 ⁠‘이 사건 법인의 대표이사 명의에서 자신을 빼달라’는 취지의 요청을 하자, ⁠‘문제가 정리되면 해결해주겠다’는 취지로 답변하였던 점(을나 제5, 6호증 참조), ⑦ 참가인은 ⁠‘전무’의 직함이 기재된 명함을 사용하였고(을나 제1호증), 원고도 201*.**.**. 참가인과의 통화에서 참가인을 가리켜 ⁠‘전무님’이라 호칭하였으며, 이 사건 법인의 대출거래 금융기관 담당자 또한 참가인을 가리켜 ⁠‘전무님’, 원고를 가리켜 ⁠‘사장님’이라고 각 칭하였던 점(을나 제7, 8호증 참조) 등을 종합하여 보면, 원고는 원고와 경제적 연관관계[구 국세기본법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30400호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제1조의2 제2항 제1호]에 있는 참가인을 통하여 이 사건 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자에 해당하고(구 국세기본법 시행령 제3항 제2호 가목), 원고 명의뿐만 아니라 참가인 명의의 이 사건 법인 주식에 대한 실질적인 주주 또한 원고로 봄이 타당한바, 원고는 구 국세기본법 제39조 제2호 및 구 국세기본법 시행령 제20조 제2항, 제18조의2 제2호 또는 제3호에 따른 과점주주로서 이 사건 원처분에 대한 2차 납세의무자에 해당한다고 봄이 타당하다.

  4) 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

    그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2023. 06. 01. 선고 서울행정법원 2021구합3226 판결 | 국세법령정보시스템