요지

과세요건이 되는 사실의 존재에 대하여는 원칙적으로 과세관청에 그 입증책임이 있으나, 이 사건 특허권 등을 원고가 개발하였다거나 원고의 소유라고 단정할 수 없고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으므로 이 사건 특허권 등이 원고의 소유임을 전제로 한 이 사건 처분은 위법함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2020. 10. 14. 원고에게 한 소득자를 A으로 한 2018년 귀속 750,000,000원, 소득자를 B으로 한 2019년 귀속 340,000,000원의 각 소득금액변동통지를 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

  가. 당사자의 지위

    원고는 ○○ ○○구 ○○대로 xxx-x, 1405호 ⁠(○○동, ○○오피스텔)에서 강 구조물 공사업, 철물 공사업 등을 영위하는 법인으로 1996. 5. 18.경 설립되었다. A은 원고의 대표이사로, B은 원고의 공사관리부장으로 각 재직했던 사람이다.

  나. 이 사건 특허권 등의 출원ㆍ등록

    A과 B은 아래 각 ⁠‘출원일’과 ⁠‘등록일’란 기재 일시에 발명자를 A으로 하여 1건의 특허권(이하 ⁠‘이 사건 특허권’이라 한다)과 창작자를 B으로 하여 2건의 디자인권(이하 ⁠‘이 사건 각 디자인권’이라 하고, 이 사건 특허권과 통칭할 때는 ⁠‘이 사건 특허권 등’이라 한다)을 출원ㆍ등록하였다.

(표 생략)

  다. 이 사건 특허권 등의 양수와 법인세 신고ㆍ납부

    1) 원고는 2018. 12. 21. A과 이 사건 특허권을 750,000,000원에 양수하는 내용의 특허기술양수계약을 체결하면서 위 양도대금을 원고의 A에 대한 가지급금과 상계하였고, A에 대하여는 그 양도대금을 2018년 귀속 A의 기타소득으로 반영하여 원천징수하였다.

    2) 원고는 2019. 12. 3. B과 이 사건 각 디자인권을 340,000,000원에 양수하는 내용의 디자인권양수계약을 체결하였고, 위 양도대금의 지급에 갈음하여 B에게 원고가 유상증자한 주식 20,000주(액면가 10,000원)를 배정하였으며, B에 대하여는 위 주식 취득을 2019년 귀속 B의 기타소득으로 반영하여 원천징수하였다.

    3) 한편 원고는 이 사건 특허권 등을 원고의 무형자산으로 계상하고, 이 사건 특허권 등의 감가상각비를 손금 산입하여 원고의 2018년과 2019년 각 사업연도 법인세를 신고ㆍ납부하였다.

  라. 피고의 소득금액변동통지

    피고는 원고의 위 법인세 신고 내용을 검토한 결과 원고가 이 사건 특허권 등의 정당한 등록권자임에도 A과 B 명의로 이 사건 특허권 등을 출원한 후 이를 양수하는 방법으로 법인자금을 부당하게 사외로 유출하였음을 사유로 2020. 10. 14. 원고에게 ① 소득종류를 ⁠‘상여’, 소득자를 ⁠‘A’, 2018년 귀속 소득금액을 750,000,000원으로, ② 소득종류를 ⁠‘상여’, 소득자를 ⁠‘B’, 2019년 귀속 소득금액을 340,000,000원으로 하는 각 소득금액변동통지를 하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

  마. 원고의 이의신청과 전심절차 이행

    1) 이에 불복하여 원고는 2021. 2. 4. ○○지방국세청장에게 이의신청을 하였으나, ○○지방국세청장은 2021. 4. 22. 원고의 이의신청을 기각하는 결정을 하였다.

    2) 원고는 2021. 7. 23. 재차 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2022. 5. 4. 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 제2호증의 6, 7, 8, 제3호증의 1, 2, 제9호증의 1 내지 19, 제10, 11호증, 을 제1, 제2호증의 1, 2, 제3, 제4호증의 1, 2, 제8호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

  가. 원고의 주장

    피고가 이 사건 특허권 등의 실질적인 소유권이 A과 B이 아닌 원고에게 있다고 보아 이 사건 특허권 등의 양도를 가장행위로 판단하고 이 사건 처분을 한 것은 명확한 증빙의 제시 없이 막연한 추측만을 근거로 한 것으로 처분사유가 인정되지 않아 위법하다.

  나. 관계 법령

    [별지] 관계 법령 기재와 같다.

  다. 판단

    1) 을 제5, 제10호증의 1, 2, 3, 제13 내지 제18호증의 각 기재와 변론 전체의 취지에 따르면, 원고가 2008. 5.경 기업부설연구소를 설립한 이래 그 연구소에 2020. 7.경을 기준으로 약 13명의 직원을 배치하여 운영하고 있는 사실, 원고가 2017년부터 2019년까지 각 사업연도의 과세기간 동안 아래와 같은 금액의 연구인력개발비와 경상개발비를 지출하고, 세액공제를 받았다는 내용의 일반연구 및 인력개발비 명세서 등이 작성된 사실이 인정되고, 원고가 위와 같이 연구인력개발비 등을 지출한 해인 2017년과 2018년 A과 B이 이 사건 특허권 등을 출원ㆍ등록하고, 원고에게 이 사건 특허권 등을 양도한 사실은 앞서 본 바와 같다.

(표 생략)

    2) 그러나 다른 한편, 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에 있어서 과세원인, 과세표준 등 과세요건이 되는 사실의 존재에 대하여는 원칙적으로 과세관청에 그 입증책임이 있다고 할 것인데(대법원 2009. 7. 9. 선고 2009두5022 판결 등 참조), 위 제1항의 ⁠[인정근거]에서 든 증거들, 갑 제6, 7, 8호증, 을 제5, 9, 12호증의 각 기재에다가 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사실 내지 사정을 종합하면, 위 1)항 기재 사정들만으로는 이 사건 특허권 등을 원고가 개발하였다거나 원고의 소유라고 단정할 수 없고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 이와 달리 이 사건 특허권 등이 원고의 소유임을 전제로 한 이 사건 처분은 위법한 것으로 판단된다.

      ① 원고가 2017년과 2018년에 위 표와 같은 금액의 연구인력개발비 등을 지출하였다고 하나, 그러한 지출이 이 사건 특허권 등의 등록이 이루어질 때까지 이 사건 특허권 등의 기술 개발에 사용되었다고 볼 만한 명확한 자료는 찾을 수 없다. 이와 관련하여 원고의 기업부설연구소가 2017년과 2018년 한국산업기술진흥협회에 작성ㆍ제출한 각 연구보고서의 작업 일지 등을 살펴보더라도 그 작업일지에는 원고의 기업부설연구소에서 수행한 프로젝트와 연구의 내용이 상세하게 기재되어 있는데, 그럼에도 이 사건 특허권 등의 연구ㆍ개발과 관련한 분명한 내용은 발견할 수 없다.

      ② 원고가 2018. 11. 27.경 ⁠‘지중○○ ○○대 기자재 제작의 건’이라는 제목의 업무협조 공문을 내부적으로 품의·작성하고, 원고의 기업부설연구소에서 2019년 1월부터 같은 해 3월까지 이 사건 특허권의 내용인 ⁠‘○○을 이용한 제작에 대한 연구’를 진행한 것으로 보이기는 하나, 그 시점은 모두 이 사건 특허권의 등록 이후(위 업무협조 공문 작성의 경우) 내지 이 사건 특허권의 양도 이후(위 기업부설연구소 연구 진행의 경우)의 시점이다. 사정이 이러하다면, 원고의 주장과 같이 이 사건 특허권이 당초 원고의 기업부설연구소에서 개발한 것이라기보다는 이 사건 특허권의 등록 내지 양수 이후 원고에서의 현장 적용을 위하여 위 기업부설연구소 등에서 이 사건 특허권의 검토 내지 보완 연구만을 수행하였을 가능성도 배제할 수 없다.

      ③ 이 사건 특허권 등의 출원ㆍ등록 과정에서 특허출원서 제출, 우선심사비용, 등록비용 등을 아래와 같이 모두 A과 B이 부담하였고, 원고 내지 원고의 기업부설연구소에서 그 비용 지출 등에 관여하였다고 볼 만한 자료도 찾을 수 없다.

(표 생략)

      ④ 원고는 앞서 본 A 등의 비용 지출 자료 외에도 A 등이 이 사건 특허권 등을 발명하면서 작성하였다는 연구노트와 이 사건 특허권 등을 원고의 기업부설연구소에서 발명한 것이 아니라는 내용의 연구소 직원 작성의 사실확인서(갑 제8, 제9호증의 10), 기존 공법의 수준으로 보아 이 사건 특허권 등의 발명을 위하여 반드시 시제품 생산 등을 필요로 하지 않는다는 취지의 변리사 작성의 의견서(갑 제9호증의 11) 등을 제출하고 있다. 이러한 점에다가 ㉠ 원고는 이 사건 특허권 등의 양수 이전에 이 사건 특허권 등과 유사한 ○○○빔, ○○보 등과 관련한 특허권, 상표권 등을 보유하고 있었는데, 그 특허권에 A이 발명자로 다수 등재되어 있었던 점, ㉡ A은 원고의 대표이사로 오랜 기간 이 사건 특허권 등과 관련한 강 구조물, 철구조물 공사업 등을 수행하였고, B 또한 원고의 공사관리부장으로 재직하고 있었을 뿐만 아니라 원고 입사 이전 전산프로그램 개발업체에 근무하면서 시스템과 공장 운영을 위한 그래픽 시안 등을 담당하였던 것으로 보이는 점, ㉢ 물품의 외관에 대한 미적 창작을 보호 대상으로 하는 디자인권의 경우 반드시 사전에 시제품 생산이나 테스트 과정 등이 필수적으로 요구되는 것으로 보이지 않는 점 등을 더하여 보면, A과 B 개인 또한 원고의 기업부설연구소를 배제한 채 이 사건 특허권 등을 개발할 능력이나 역량이 충분히 있었던 것으로 보인다.

      ⑤ 한편 이 사건 특허권 등의 발명이 원고의 주된 사업 내용과 관련이 있는 점 등에 비추어 원고에서의 직무발명에 해당한다고 하더라도 그러한 경우에도 원칙적으로 위 특허권 등의 소유는 발명자인 A 등에게 속한 것이고[구 특허법(2019. 12. 10. 법률 제16804호로 개정되기 전의 것) 제33조 제1항, 제2항] 발명진흥법에 따라 정당한 보상금을 지급한 경우에 한하여 원고가 그 소유권을 승계할 수 있다[구 발명진흥법(2019. 4. 23. 법률 제16361호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 발명진흥법’이라 한다) 제15조]. 그런데 피고는 이 사건 특허권 등이 설령 직무발명에 해당한다고 하더라도 그 결과물은 당연히 원고에게 귀속되어야 한다는 취지의 주장만을 하고 있을 뿐이고, 원고가 이 사건 특허권 등을 승계할 수 있음을 전제로 원고가 A과 B에게 지급한 양도대금이 구 발명진흥법에서 정한 요건과 절차에 따른 정당한 직무발명보상금인지 여부에 대해서는 별다른 주장ㆍ증명을 하고 있지 않다.

      ⑥ 나아가 피고는 설령 이 사건 특허권 등의 발명이 원고에서의 직무발명에 해당한다고 하더라도 원고는 구 발명진흥법 제10조 제1항 본문에 따라 통상실시권을 가지고 있으므로, 이 사건 특허권 등을 양수할 아무런 영업상의 목적과 필요성이 없었다고 주장한다. 그러나 구 발명진흥법 제13조 제3항 등에 따르면, 사용자등이 종업원의 직무발명 통지에 대하여 권리의 승계 여부를 알리지 아니한 경우에는 사용자등은 그 발명에 대한 권리의 승계를 포기한 것으로 보고, 이 경우 사용자등은 제10조 제1항에도 불구하고 그 발명을 한 종업원등의 동의를 받지 아니하고는 통상실시권을 가질 수 없으므로, 위와 같이 원고가 종업원의 의사에 따라 얼마든지 통상실시권을 부여받을 수 없는 가능성이 존재하는 상황에서 원고가 이 사건 특허권 등을 양수할 아무런 영업상의 목적과 필요성이 없었다고 보기는 어렵다.

      ⑦ 더욱이 원고가 이 사건 특허권 등의 양수 이후 원고가 이 사건 특허권과 관련하여 ○영건설 주식회사 등 2개의 업체와 공사계약을, 이 사건 디자인권과 관련하여 주식회사 ○우산업 등 4개의 업체와 자재납품 계약 등을 체결한 점, 그리고 이 사건 특허권에 관하여 주식회사 ○남공업이 2019. 11. 25.부터 2021. 11. 24.까지 통상실시권을 설정하고, ○우건설 주식회사가 2020. 1. 30. 이 사건 특허권의 권리 일부를 양수한 점 등에 비추어 보면, 원고가 그 당시 이 사건 특허권 등의 양수를 통하여 통상실시권을 넘어 직무발명을 독점적ㆍ배타적으로 실시할 수 있는 지위를 취득함으로써 얻을 수 있는 이익도 존재하였던 것으로 보인다.

3. 결론

  그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로, 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 부산지방법원 2023. 09. 22. 선고 부산지방법원 2022구합22331 판결 | 국세법령정보시스템