”계란을 매입한 후 가공·판매하는 사업“은 이 사건 감면조항에 규정된 ”농어업경영체법 제11조 제1항 제6호에 규정된 영농조합법인의 사업“인 ”그 밖에 영농조합법인의 목적을 달성하기 위하여 정관에서 정하는 사업“에 해당하며, 결국 계란을 매입한 후 가공·판매하여 얻은 이 사건 소득금액은 이 사건 감면조항에 규정된 ”농어업경영체법 제11조 제1항 제6호에 규정된 영농조합법인의 사업에서 발생한 소득“에도 해당한다고 봄이 타당

요지

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고는 원고에게 210,622,030원 및 이에 대하여 2022. 9. 29.부터 다 갚는 날까지 연 12%의 비율로 계산한 돈을 지급하라.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

3. 제1항은 가집행할 수 있다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 기초사실

가. 원고는 2007.경 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률(이하 ⁠‘농어업경영체법’이라 한다)에 따른 영농조합법인으로 설립되었다가 2018. 8. 11. 같은 법률에 규정된 농업회사법인으로 조직을 변경하였다. 나. 원고는 영농조합법인이었던 2013년부터 2017년 사업연도까지 계란을 매입한 후 가공·판매하여 얻은 소득금액(이하 ⁠‘이 사건 소득금액’이라 한다)에 대하여는 조세특례제한법 제66조 제1항과 조세특례제한법 시행령 제63조 제1항 제2호(이하 ⁠‘이 사건 감면조항’이라 한다)에 따라 법인세가 면제되는 것으로 계산하여 법인세 과세표준과 세액을 신고·납부하였다. 다. ○○지방국세청장은 2018. 10. 11.부터 2018. 10. 30.까지 사이에 ○○세무서장에 대한 감사를 실시하여 ⁠‘이 사건 전체 소득금액은 이 사건 감면조항에 따른 법인세 면제대상 소득이 아니므로 감면을 배제하여 과세하라’는 내용의 처분지시를 하였다. 라. 이에 따라 ○○세무서장은 ⁠‘이 사건 소득금액에 대해서는 이 사건 감면조항에 따라 법인세가 면제되지 않는다’는 이유로 2019. 3. 5. 2013 사업연도 법인세 210,622,030원(본세 128,514,263원, 가산세 82,107,767원)을 경정·고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 제1처분’ 이라 한다. 2013 사업연도 부과제척기간은 2014. 4. 1.부터 2019. 3. 31.까지이다). 그런데 처분청은 위 처분을 함에 있어서 과세예고 통지를 하지 아니하였다. 한편 이천세무서장은 2019. 3. 6. 원고에게 2014 내지 2017 사업연도 법인세에 관하여 과세예고 통지를 하였고, 원고는 2019. 4. 9. 과세전적부심사청구를 하였다. ○○지방국세청장은 2019. 6. 14. ⁠‘과세전적부심사청구는 불채택한다’는 결정을 하였는데, 위 결정서에서 ⁠‘원고가 신고한 소득은 양계농가와 양계를 주 사업으로 하는 영농조합법인 등에서 매입한 계란을 판매하여 얻은 소득인 점에 원고와 처분청 사이에 다툼이 없다’고 인정하였다. 이에 따라 ○○세무서장은 2019. 7. 1. 2014 내지 2017 사업연도 법인세 합계 737,175,105원을 경정·고지했다(이하 ⁠‘이 사건 제2처분’이라 한다).

마. 원고는 이 사건 소득금액에 대해서는 이 사건 감면조항에 따라 법인세가 면제된다고 주장하면서 2019. 9. 24. 조세심판원에 이 사건 제2처분의 취소를 구하는 심판을 청구하였다(이 때 2013 사업연도 법인세 210,622,030원의 부과처분에 대하여는 불복기간이 도과되어 이를 다투지 아니하였다). 조세심판원은 2020. 3. 18. ⁠‘이 사건 소득금액 중 원고가 2014, 2016, 2017 조합원으로부터 합계 6,598,171,840원 상당의 계란을 매입한 후 가공·판매하여 얻은 소득금액(이하 ’조합원 매입분 소득금액‘이라 한다)에 대해서만 이 사건 감면조항에 따라 법인세가 면제된다’는 이유로 원고의 청구를 일부 받아들였다. 결정서에는 ⁠‘원고가 2014 내지 2017 사업연도 기간 중 축산물(계란) 유통사업으로 발생한 소득금액을 법인세 면제대상 소득금액으로 하여 법인세를 신고’한 사실, ⁠‘원고가 계란 판매업 외에 농업활동이 없어 보이는 점 등을 이유로 영농조합이라기 보다는 상사회사의 경영형태를 보이므로 영농조합법인에 대한 법인세 감면 적용을 받을 수 없고, 영농조합법인의 형태를 취하였다고 하더라도 이 사건 소득금액은 법인세 면제대상 소득으로 인정하기 어렵다’고 한 처분청의 주장 등이 설시되어 있다).

바. ○○세무서장은 2020. 4. 22. 위 조세심판원 결정에 따라 아래와 같이 법인세 합계 663,954,835원을 경정·고지했다.

라. 원고의 행정소송 제기

(1) 원고는 2020. 5. 27. ○○세무서장을 상대로 하여 ○○지방법원 2020구합66399호로 법인세 부과처분취소 청구 소송을 제기하였다. 원고는 이 사건 제2처분 중 원고가 농업경영체 등록 확인서를 제출하지 않아 이 사건 감면조항을 적용받을 수 없는 2015년 사업연도 법인세를 제외한 2014 사업연도 법인세 161,370,898원, 2016 사업연도 법인세 162,180,753원, 2017 사업연도 법인세 147,097,619원 합계 470,649,270원(161,370,898원+162,180,753원+147,097,619원)에 대한 취소를 구하였다. 이 때 2013 사업연도 법인세 210,622,030원의 부과처분에 대하여는 불복기간이 도과되어 이를 다투지 아니하였다. 재판부는 2021. 9. 9. ”피고가 2019. 7. 1. 원고에게 한 법인세 부과처분 중 470,649,270원 부분을 취소한다“고 판결하였다.

(2) 이에 대하여 ○○세무서장이 2021. 10. 26. 수원고등법원 2021누14857호로 항소하였다. ○세무서장은 항소심에서 ⁠‘법인세를 면제받으려면, 농어업경영체 등록확인서를 제출해야 함에도 원고가 이를 제출하지 않았으므로, 원고는 조세특례제한법 제66조에 따른 법인세 면제 요건을 충족시키지 못하였다’고 주장하였으나 재판부는 이를 받아들이지 아니하고, 2022. 5. 20. 피고의 항소를 기각하는 판결을 선고하였으며, 위 판결은 2022. 6. 11. 확정되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 5호증, 을 1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 주장 및 판단

가. 당사자들의 주장

(1) 원고의 주장 이 사건 감면조항의 문언 상 과세처분 요건의 의미가 분명함에도 불구하고, 피고가 이 사건 감면조항을 합리적인 근거 없이 자의적으로 해석, 적용하여 이 사건 제1처분을 한 것이므로, 위 처분은 그 하자가 중대하고, 명백하여 당연무효에 해당한다. 또한 이 사건 제1처분은 과세예고통지 없이 결정․고지되었는바 절차적 요건에 관한 규정을 위반한 하자 또한 중대․명백하다. 따라서 당연무효인 이 사건 제1처분에 따라 원고가 피고에게 납부한 2013 사업연도 법인세 210,622,030원은 부당이득에 해당하므로, 피고는 위 금원 및 이에 대한 지연손해금을 지급할 의무가 있다.

(2) 피고의 주장

피고는 이 사건의 전심인 조세심판원의 결정, 제1심 판결문에서 이 사건 감면조항을 해석함에 있어서 관련규정과 원고의 정관이 요구된 점, 조사청이 이 사건 전체 소득금액에는 이 사건 감면규정이 적용될 수 없다고 판단한 점 등을 종합하면, 이 사건 감면규정은 일반인의 판단에 비추어 보아 다툼의 여지가 없다고 보기 어려우므로, 이 사건제1처분은 당연무효에 해당하지 않는다. 또한 원고가 제출한 증거만으로는 ⁠‘이 사건 전체 소득금액이 계란을 매입하여 가공․판매함으로써 발생한 소득’임을 인정할 수 없으므로, 이 사건 감면조항이 적용되는지 여부는 소득금액의 발생 원인이 되는 사실관계를 조사해야 알 수 있다. 따라서 그 하자가 외관상 명백하다고 할 수 없다. 한편 과세예고 통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간 만료일까지 기간이 3개월 이하인 경우에는 과세적부심사를 거치지 않고 바로 과세처분을 할 수 있는바, ○○세무서장은 2019. 3. 6. 이 사건 제2처분에 앞서 과세예고통지를 하였는데 위 통지일로부터 2013 사업연도 법인세 부과제척기간의 만료일(2019. 3. 31.)까지의 기간이 3개월 이하임은 역수상 명백하여, 법령이 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있는 경우이므로 과세전적부심사의 기회를 부여하지 않았다고 하여 중대한 절차위반이 있었다고 볼 수 없다.

 나. 판단

(1) 법리

과세처분이 당연무효라고 하기 위하여는 그 처분에 위법사유가 있다는 것만으로는 부족하고 그 하자가 법규의 중요한 부분을 위반한 중대한 것으로서 객관적으로 명백한 것이어야 하며, 하자가 중대하고 명백한지를 판별할 때에는 과세처분의 근거가 되는 법규의 목적·의미·기능 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 구체적 사안 자체의 특수성에 관하여도 합리적으로 고찰하여야 한다. 그리고 어느 법률관계나 사실관계에 대하여 어느 법령의 규정을 적용하여 과세처분을 한 경우에 그 법률관계나 사실관계에 대하여는 그 법령의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀져서 해석에 다툼의 여지가 없음에도 과세관청이 그 법령의 규정을 적용하여 과세처분을 하였다면 그 하자는 중대하고도 명백하다고 할 것이나, 그 법률관계나 사실관계에 대하여 그 법령의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀지지 아니하여 해석에 다툼의 여지가 있는 때에는 과세관청이 이를 잘못 해석하여 과세처분을 하였더라도 이는 과세요건사실을 오인한 것에 불과하여 그 하자가 명백하다고 할 수 없다(대법원 2018. 7. 19. 선고 2017

다242409 전원합의체 판결 참조).

한편 일반적으로 과세대상이 되는 법률관계나 사실관계(소득 또는 행위)가 전혀 없는 사람에게 한 과세처분은 그 하자가 중대하고도 명백하다고 할 것이지만, 과세대상이 되지 아니하는 어떤 법률관계나 사실관계에 대하여 이를 과세대상이 되는 것으로 오인할 만한 객관적인 사정이 있는 경우에 그것이 과세대상이 되는지의 여부가 그 사실관계를 정확히 조사하여야 비로소 밝혀질 수 있는 경우라면, 그 하자가 중대한 경우라도 외관상 명백하다고 할 수 없으므로 과세요건 사실을 오인한 위법의 과세처분을 당연무효라고 볼 수 없다(대법원 2001. 6. 29. 선고 2000다17339 판결 참조).

사전구제절차로서 과세예고 통지와 통지 내용의 적법성에 관한 심사(이하 ⁠‘과세전적부심사’라 한다) 제도가 가지는 기능과 이를 통해 권리구제가 가능한 범위, 제도가 도입된 경위와 취지, 납세자의 절차적 권리 침해를 효율적으로 방지하기 위한 통제방법 등을 종합적으로 고려하면, 국세기본법 및 국세기본법 시행령이 과세예고 통지의 대상으로 삼고 있지 않다거나 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있는 등의 특별한 사정이 없는 한, 과세관청이 과세처분에 앞서 필수적으로 행하여야 할 과세예고 통지를 하지 아니함으로써 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 하였다면, 이는 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재하는 경우에 해당하므로, 과세처분은 위법하다(대법원 2016. 4. 15. 선고 2015두52326 판결 참조).

(2) 관련 규정의 내용

(가) 경쟁력 있는 농어업경영체[농어업경영체법 제16조에 따른 영농조합법인 포함된다(제2조 제2호, 제3호 참조)]를 육성하고 농어업의 공동경영을 활성화하여 국민에게 안전한 농수산물과 식품을 안정적으로 공급하고, 나아가 농어촌사회의 안정과 국가 발전에 이바지함을 목적으로 하는 농어업경영체법은 제16조 제1항에서 ⁠‘협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 출하ㆍ유통ㆍ가공ㆍ수출 및 농어촌 관광휴양사업 등을 공동으로 하려는 농업인 또는 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 제3조 제4호에 따른 농업 관련 생산자단체(이하 ⁠“농업생산자단체”라 한다)는 5인 이상을 조합원으로 하여 영농조합법인(營農組合法人)을 설립할 수 있다’고 규정하고 있다.

(나) 농어업경영체법 시행령 제11조 제1항은 ⁠‘영농조합의 사업범위는 ① 농업의 경영 및 그 부대사업(제1호), ② 농업과 관련된 공동이용시설의 설치ㆍ운영(제2호), ③ 농산물의 공동 출하ㆍ유통ㆍ가공 및 수출(제3호), ④ 농작업의 대행(제4호), ⑤ 농어촌 관광휴양사업(제5호), ⑥ 그 밖에 영농조합법인의 목적을 달성하기 위하여 정관에서 정하는 사업(제6호)’이라고 규정하고 있다.

(다) 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법(이하 ⁠‘농업식품기본법’이라 한다)에 따르면, ⁠“농업” 에는 ⁠“부화업”이 포함되고(농업식품기본법 제3조 제1호, 농업식품기본법 시행령 제2조 제2호), ⁠“농산물”에는 ⁠“부화업으로부터 생산되는 산물“이 포함된다(농업식품기본법 제3조 제6호 가목, 농업식품기본법 시행령 제5조 제1항).

(3) 판단

(가) 이 사건 소득금액이 ⁠‘농어업경영체법 시행령 제11조 제1항에 따른 영농조합법인의 사업에서 발생한 소득’에 해당하는지 여부에 관하여 보건대, ”계란“은 ”농업“인 ”부화업으로부터 생산되는 산물“로서 농업식품기본법령에 규정된 ”농산물“에 해당하고, 따라서 ”계란을 매입한 후 가공·판매하는 사업“은 이 사건 감면조항에 규정된 ”농어업경영체법 제11조 제1항 제3호에 규정된 영농조합법인의 사업“인 ”농산물의 공동 출하·유통·가공 및 수출“에 해당하며, 결국 계란을 매입한 후 가공·판매하여 얻은 소득금액인 이 사건 소득금액은 이 사건 감면조항에 규정된 ”농어업경영체법 제11조 제1항 제3호에 규정된 영농조합법인의 사업에서 발생한 소득“에 해당한다고 봄이 타당하다. 또한, 영농조합법인이던 시절 원고의 정관에는 ⁠‘원고는 농업경영의 합리화로 농업생산성의 향상과 조합원의 소득증대를 도모함을 목적으로 축산물유통 및 가공업을 한다’고 규정되어 있었고, 따라서 ”계란을 매입한 후 가공·판매하는 사업“은 이 사건 감면조항에 규정된 ”농어업경영체법 제11조 제1항 제6호에 규정된 영농조합법인의 사업“인 ”그 밖에 영농조합법인의 목적을 달성하기 위하여 정관에서 정하는 사업“에 해당하며, 결국 계란을 매입한 후 가공·판매하여 얻은 이 사건 소득금액은 이 사건 감면조항에 규정된 ”농어업경영체법 제11조 제1항 제6호에 규정된 영농조합법인의 사업에서 발생한 소득“에도 해당한다고 봄이 타당하다. 조세법률주의 원칙상 과세요건이든 비과세요건 또는 조세감면요건이든 조세법규는 법문대로 해석해야 하고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는바, 이 사건 감면조항은 법인세 면제대상 소득을 ⁠‘농산물의 공동 출하·유통·가공 및 수출에서 발생한 소득(농어업경영체법 제11조 제1항 제3호)’ 또는 ⁠‘그 밖에 영농조합법인의 목적을 달성하기 위하여 정관에서 정하는 사업에서 발생한 소득(농어업경영체법 제11조 제1항 제6호)’이라고만 규정하고 있을 뿐 ⁠‘농산물을 매입한 후 가공·판매하여 소득을 얻은 경우 그 매입 상대방은 조합원이어야 한다’는 제한을 두고 있지 않고, 원고가 농산물인 계란을 매입한 후 가공·판매하는 사업을 통해 소득을 올린 이상 그 매입 상대방이 조합원인 경우와 비조합원인 경우를 다르게 보아야 할 법령상 근거는 없다. 이 사건 감면조항의 입법취지는 농업인을 다른 산업종사자와 균형된 소득을 실현하는 경제주체로 성장시킴으로써 농업경영의 안정을 도모하고 그 경쟁력을 높이는 데 있고, 농어업경영체법의 입법목적은 경쟁력 있는 농어업경영체를 육성하고 농어업의 공동경영을 활성화하여 국민에게 안전한 농수산물과 식품을 안정적으로 공급하고, 나아가 농어촌사회의 안정과 국가 발전에 이바지하는 데 있다. 따라서 원고가 농산물인 계란을 매입한 후 가공·판매하는 사업을 통해 소득을 올린 이상 이 사건 소득금액 전부에 대하여 이 사건 감면조항을 적용하여 법인세를 면제하는 것이 이 사건 감면조항과 농어업경영체법의 입법목적에 부합한다. 이와 같이 볼 때 이 사건 제1처분의 하자는 법규의 중요한 부분인 ⁠‘농업’의 범위와 ⁠‘농산물’의 정의 규정을 잘못 적용하여 이 사건 감면조항을 배제함으로써 법규의 중요한 부분을 위반한 중대한 것이고 또한 위 하자는 ⁠‘법문’ 만으로 의미가 명백하여 그 해석이 필요하지 않은 부분에 관한 것이어서 객관적으로 명백한 것이므로, 이 사건 제1처분에는 위 법리에 본 중대하고 명백한 하자가 있으므로 이 사건 제1처분은 당연무효에 해당한다.

(나) 이에 대하여 피고는 앞서 본 바와 같이 이 사건 감면조항이 적용되는지 여부는 소득금액의 발생 원인이 되는 사실관계를 조사해야 알 수 있으므로, 위 하자가 외관상 명백하다고 볼 수는 없다고 주장한다. 그러나 과세전적부심사결정서, 조세심판결정서 등에서 본 바와 같이 ⁠‘원고가 신고한 소득은 양계농가와 양계를 주 사업으로 하는 영농조합법인 등에서 매입한 계란을 판매하여 얻은 소득’인 점에 대하여 원고와 처분청 사이에 다툼이 없었고, 원고가 ⁠‘축산물(계란) 유통사업’으로 발생한 소득금액을 법인세 면제대상 소득금액으로 하여 법인세를 신고하였고(위 결정문에는 2014 내지 2017 사업연도가 설시되어 있으나 2013 사업연도는 불복기간으로 다투지 아니한 것이므로 2013 사업연도도 마찬가지이다), 처분청 또한 원고가 계란 판매업 외에 농업활동이 없어 보인다고 주장한 점 등의 사정에 비추어 보면, 과세대상이 되는 것으로 오인할 만한 객관적인 사정이 있다거나 소득금액의 발생 원인이 되는 사실관계를 조사해야 과세대상인지 여부가 비로소 밝혀지는 경우라고 할 수 없으므로, 피고의 이 부분 주장은 이유 없다.

 다. 소결

따라서 원고의 나머지 주장에 관하여 더 나아가 판단할 필요 없이 이 사건 제1처분은 당연무효이므로, 피고는 원고에게 부당이득으로 210,622,030원 및 이에 대하여 원고가 구하는 바에 따라 이 사건 소장 부본 송달일 다음날인 2022. 9. 29.부터 다 갚는 날까지 소송촉진 등에 관한 특례법이 정한 연 12%의 비율로 계산한 지연손해금을 지급할 의무가 있다.

 3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울중앙지방법원 2023. 07. 20. 선고 서울중앙지방법원 2022가단5280378 판결 | 국세법령정보시스템