요지

일부 처분에 대한 양도가액 및 양도주식수를 제외하고 피고가 제출한 자료는 이 사건 부과처분의 기초가 되는 과세요건을 객관적으로 입증하고 있으나, 이에 대한 정당세액이 제출되지 않아 전부 취소함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2018. 7. 1. 원고에게 한 별지1 부과처분 내역 기재 양도소득세 및 증권거래세 부과처분 중 별지2 기재 정당세액을 초과하는 부분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 그중 9/10는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 손가락 혈관의 고유 패턴을 인식하는 ○○인식 기술과 전기.가스 무선검침 기술개발 제품 등을 제조하는 법인인 주식회사 BB(이하 ⁠‘쟁점법인’이라 한다)의 대표이사이다.

나. 서울지방국세청장(이하 ⁠‘조사청’이라 한다)은 2017. 6. 22.부터 2018. 4. 20.까지 쟁점법인에 대한 주식변동조사를 실시한 결과, 원고가 2014년부터 2015년까지 131회에 걸쳐 쟁점법인 주식 총 2,775,960주(2014년 774,800주, 2015년 2,001,160주, 이하 ⁠‘이 사건 주식’이라 한다)를 아래 표 기재와 같이 양도하였음에도 양도소득세 및 증권거래세는 무신고 또는 과소신고 하였음을 확인하고, 이를 피고에게 통보하였다.

다. 피고는 2018. 7. 1. 원고에게 별지1 표 기재와 같이 2014년 귀속 양도소득세 45,441,710원, 증권거래세 2,309,460원의, 2015년 귀속 양도소득세 425,832,220원, 증권거래세 30,491,280원의 각 부과처분(각 가산세 포함, 이하 ⁠‘이 사건 각 처분’이라 한다)을 하였다.

라. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 2018. 10. 17. 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2019. 7. 31. 이를 기각하였다.

[인정근거] 

다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1 내지 4호증의 각 기재(각 가 지번호 포함), 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

   원고는, 이 사건 각 처분 중 아래와 같이 이 사건 주식 중 일부 주식 양도에 대한 피고의 처분은 위법하므로, 이 사건 각 처분 중 원고에게 부과되어야 별지2 기재 정당세액을 초과하는 나머지 부분은 취소되어야 한다고 주장한다.

1)2014년 주식회사 CC(이하 ⁠‘CC’이라 한다)에 양도한 주식 105,200주(처분의 경위 나.항 표의 순번 ②-㉮ 기재 주식, 이하 ⁠‘②-㉮ 주식’이라 하고, 다른 양도 역시 아래에서는 같은 방식으로 칭한다)는 피고가 거래단가를 1주당 1,850원으로 인정했으나, 원고가 2014년 4분기 양도한 쟁점법인의 주식에 대한 증권거래서신고서에 기재한 거래단가는 담당 세무사가 2015년의 장외시장시세를 기재한 것일 뿐 원고가 실제 CC에 양도한 거래단가가 아니다.

   원고와 CC 사이에 작성한 주식매매협약서에서 확인할 수 있는 1주당 단가는 500원이므로, ②-㉮ 주식의 거래단가는 1주당 500원으로 인정되어야 한다.

2) 2015년 DD에게 양도한 930,000주(④-㉯ 주식)의 경우 피고는 1주당 거래단가를 1,504원으로 인정하였으나, 원고와 DD 사이에 작성된 주식양도양수계약서(갑 제7호증)와 원고 계좌의 입금내역을 살펴보면 원고는 DD에게 이 사건 주식 중 930,000주를 1주당 500원으로 정하여 양도하기로 계약하였고, 지급받은 돈도 그에 상응하는 4억 6,500만 원인 사실을 확인할 수 있다. 따라서 ④-㉯ 주식의 거래단가는 1주당 500원으로 인정되어야 한다.

3) 2015년 CC에 양도한 113,000주(②-㉯ 주식) 및 지인들에게 양도한 실물주권 738,060주(⑤-㉯ 주식)는, 원고가 2015. 3. 9. 아들인 DD에게 원고의 하나금융투자 주식회사(이하 ⁠‘하나금융투자’라 한다) 증권계좌에 쟁점법인의 주권 100만주를 입고하여 달라면서 실물주권 100만주를 교부하였는데, DD가 착오로 원고의 증권계좌가 아닌 자신의 하나금융투자 증권계좌에 위 100만 주를 입고하고 이를 CC 등 제3자에게 매도한 것이다. 원고는 위 주식이 처분되는 사실을 알지 못하였고, 처분할 의사도 없었으며, 2016. 4. 4. DD로부터 쟁점법인 주식 100만주를 반환받았는바, ②-㉯ 및 ⑤-㉯ 주식(총 851,060주)는 DD가 자신의 쟁점법인 주식을 양도한 것일 뿐 원고가 원고의 쟁점법인 주식을 양도한 것이라고 볼 수 없다.

나. 관련 법령

   별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 2014년 CC에 양도한 105,200주(②-㉮ 주식)의 양도에 관한 주장에 대한 판단

가) 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 소송에서 처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 관한 입증책임은 과세관청에 있으므로, ②-㉮ 주식의 실제 양도가액이 1주당 1,850원이라는 사실은 과세관청인 피고가 입증해야 한다(대법원 2003. 5. 13. 선고 2002두12458 판결 참조).

나) 살피건대, 앞서 본 증거들 및 을 제9 내지 12, 17, 19 내지 21호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 아래와 같은 사실을 인정할 수 있다.

  ⑴ 원고와 CC 사이에 2013. 12. 2. 작성한 주식매매협약서에는 쟁점법인 주식 800,000주를 주당 500원에 양도하는 내용이 기재되어 있다.

  ⑵ 원고는 CC과의 주식매매협약에 따라 2014. 5. 1.경부터 CC에 주식교환권을 발행하고, 쟁점법인 주권이 원고의 하나투자금융 증권계좌에 예치되어 통일주권으로 전환되면 CC이 주식교환권을 이용해 지정계좌로 주식을 이체하는 방식으로 쟁점법인 주식을 양도하였다.

  ⑶ 원고는 CC 또는 CC이 지정하는 제3자들에게 2014. 4. 16.부터 2014. 5. 26.까지(2014년 2분기) 쟁점법인 주식 3,600주, 2014. 7. 15.(2014년 3분기) 쟁점법인 주식 100주, 2014. 10. 7.부터 2014. 11. 28.까지(2014년 4분기) 쟁점법인 주식 101,500주 합계 105,200주를 양도하였다.

  ⑷ 원고는 세무조사 당시 조사청에 ②-㉮ 주식의 거래가액을 500원을 기재한 주식거래내역(을 제21호증)을 제출하였다.

  ⑸ 원고는 2016. 8. 19. 구로세무서장에게 2014년 4분기에 쟁점법인의 주식 222,600주를 411,810,000원(1주당 1,850원)에 양도한 것으로 증권거래세를 기한 후 신고하였다.

   ⑹한편 원고는 하나투자금융을 통해 2014년 내지 2015년에 쟁점법인 주식 320,300주를 양도하였는데, 아래 표 기재와 같이 2014. 10. 27.부터 2014. 12. 31.까지 위 주식 중 53,000주를 취득한 후소유자들은 조사청에 1주당 거래단가가 1,900원 내지 3,105원이고, 중개업자를 통해 주식을 매수하였다는 내용의 확인서를 제출하였다(일부 후소유자가 제출한 확인서를 살펴보면, 원고가 아닌 중개업자에게 매수대금을 입금한 것으로 확인된다).

   ⑺ 피고는 전항 기재 후소유자들에게 양도된 주식의 양도가액을 위 ⑸항에 기재된 거래단가(1주당 1,850원)이 아닌 원고가 소명한 거래단가로 인정하였다.

   ⑻ 원고는 2014. 4. 29.부터 2014. 5. 24.까지 실물로 보유하고 있던 쟁점법인 주권 69,400주를 EE 등 28명에게 1주당 500원에 양도하였다.

   ⑼ 원고로부터 2014. 4. 30. 쟁점법인 주식 100,000주를 양수한 FF는 조사청에 원고로부터 1주당 900원에 양수하였고, 이후 유상증자에 참여하여 두 번 더 쟁점법인 주식을 취득하였는데, 첫 유상증자 시에는 1주당 500원~1,000원, 두 번째 유상증자 시에는 주당 3,000원 정도에 취득하였다는 내용의 주식양도양수계약서 및 확인서를 제출하였다.

   ⑽ 원고로부터 2014. 4. 16. 쟁점법인 주식 200,000주를 양수한 GG와 원고 사이에 작성된 주식양도양수계약서에는 매매대금이 1억 원으로 기재되어 있다(1주당 거래가액은 500원이 된다).

   ⑾ 원고로부터 2014. 12. 28. 쟁점법인 주식 200,000주를 양수한 HH는 원고 사이에 작성된 주식양도양수계약서에는 액면가(500원)와 별도로 실거래금액이 500원으로 기재되어 있다(HH는 원고의 전 배우자이기는 하나, 앞서 본 바와 같이 피고는 HH에 대한 주식 양도가액을 1주당 500원으로 인정하였다).

다) 이러한 인정사실에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 원고가 2014년도에 쟁점법인 주식을 양도한 거래단가는 양수인들에 따라 차이가 있는 점, 피고는 원고가 2014년 4분기에 하나투자금융을 통해 양도한 쟁점법인 주식 일부에 대하여, 후 소유자들이 확인서에 기재한 1주당 매매대금에 거래가액에는 중개업자에 대한 수수료가 포함되어 있을 것으로 보이는 사정을 감안하여 후소유자들 기재 거래가액을 양도가액으로 인정하지 않았는데, 위 주식들에 대하여 기한 후 신고서에 기재된 가액인 1주당 1,850원이 아니라 원고가 소명한 거래단가를 양도가액으로 인정한 점 등에 비추어 볼 때, 원고가 2016. 8. 19. 구로세무서장에게 2014년 4분기 쟁점법인의 주식 222,600주의 양도에 대해 양도가액을 411,810,000원으로 기재(1주당 가액 1,850원)한 증권거래세 기한 후 신고서를 제출하였다는 사정만으로는 원고가 2014년 CC에 양도한 ②-㉮ 주식의 실제 거래단가가 주당 1,850원이라고 인정하기에는 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다[피고는 원고가 2015년 CC에 양도한 주식 110,000주(②-㉯ 주식)의 양도가액은 1주당 500원으로 인정하였다].

    따라서 이 사건 각 처분 중 ②-㉮ 주식의 양도 부분에 관한 피고의 양도소득세 및 증권거래세 부과처분은 위법하다.

2) 2015년 DD에게 양도한 930,000주(④-㉯ 주식)의 양도에 관한 주장에 대한 판단

가) 일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다 할 것이나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결 등 참조).

    과세표준이나 납부세액을 신고한 내용에 오류 또는 탈루가 있어 과세관청이 이를 경정하고자 하는 경우 실지조사를 하면서 장부나 증빙 등에 의하는 것이 원칙이지만, 실지조사는 그것이 실제의 수입을 포착하는 방법으로서 객관적이라고 할 수 있는 한 특별한 방법상의 제한이 없으므로 장부 이외의 확인서 등 다른 자료에 의하여 이러한 오류 또는 탈루가 있음이 인정되고 실지조사가 가능한 때에는 그 다른 자료에 의하여서도 이를 경정할 수 있다(대법원 1998. 10. 23. 선고 98두8384 판결, 2005. 5. 12. 선고 2005두81 판결 등 참조). 그리고 과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 납세의무자 측으로부터 일정한 부분의 거래가 가공거래임을 시인하는 내용의 확인서 등을 작성·교부받았다면, 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 또는 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서 등의 증거가치를 함부로 부정하여서는 아니 된다(대법원 2002. 12. 6. 선고 2001두2560 판결, 법원 2006. 2. 24. 선고 2005두12589 판결 등 참조).

나) 위 법리에 비추어 보건대, 을 제13, 14호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 세무조사 당시 DD와 사이에 작성한 2015. 2. 3.자 주식양도양수 계약서(을 제13호증)를 제출한 사실, 위 주식양도양수계약서에는 ⁠“쟁점법인 주식 930,000주”, ⁠“액면가 500원”, ⁠“주당 1,415원”, ⁠“전체 양도가 1,315,950,000원”으로 양도대상 주식의 발행회사, 양도 주식 수, 액면가 및 실거래가, 전체 양도대금이 구체적으로 기재되어 있는 사실, DD는 2015. 2. 3. 자신의 하나금융투자 증권계좌에 쟁점법인 주식 930,000주를 입고한 사실을 인정할 수 있고, 양도양수계약의 당사자이자 원고의 아들인 DD가 작성한 갑 제10호증의 기재만으로는 위 양도양수계약서가 원고의 의사에 반하여 강제로 작성되었다고 보기 어려우며, 달리 위 양도양수계약서가 원고의 의사에 반하여 강제로 작성되었다거나 그 내용이 미비하다고 볼 만한 자료가 없다(을 제22호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 소명자료 준비를 이유로 수차례 조세청에 세무조사 중지.기간연장을 요청하였던 것으로 보인다).

    따라서 ④-㉯ 주식의 양도가액은 원고가 세무조사 당시 제출한 주식양도양수계약서에 기재된 1주당 1,415원으로 인정함이 타당하다.

다) 이에 대하여 원고는 ④-㉯ 주식을 1주당 500원에 양도하였다고 주장하면서 주식양도양수계약서(갑 제7호증)와 원고의 금융거래내역(갑 제8호증)을 제출하였다. 그러나 위 주식양도양수계약서의 작성일이 2015. 2. 3.로 기재되어 있음에도 원고는 세무조사 당시 위 주식양도양수계약서를 제출하지 않은 점, 원고와 DD는 부자(父子)관계로 위 주식양도양수계약서를 사후적으로 작성하였을 가능성을 배제할 수 없는 점, 원고가 제출한 금융거래내역은 2015. 4. 27.부터 2016. 9. 7.까지 31회에 걸쳐 돈이 입금된 내역으로, 2015. 2. 3. 당일 쟁점법인 주식 930,000주가 DD의 하나투자금융 증권계좌에 입고된 사정과 원고와 DD의 관계 등에 비추어 원고가 주장하는 금융거래내역이 ④-㉯ 주식의 양수대금으로 지급받은 돈이라고 보기는 어려운 점 등에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 위 인정을 뒤집고 원고가 2015. 2. 3. DD에게 양도한 ④-㉯ 주식의 실제 거래단가가 1주당 500원이라고 인정할 수는 없다.

라) 한편 피고는, 원고와 DD가 2015. 2. 3. 쟁점법인 주식 930,000주를 1주당 500원에 양도한 사실이 인정된다고 하더라도 구 소득세법 제101조 제1항에서 정하는 특수관계인 사이에 이루어진 부당행위에 해당하므로, 2015. 2.경 쟁점법인 주식의 시가인 주당 1,504원으로 거래단가를 적용해야 한다고 주장하면서 ④-㉯ 양도 주식의 양도가액을 1주당 1,504원으로 산정하여 양도소득세 및 증권거래세 부과처분을 하였다. 그러나 ④-㉯ 주식에 대한 실제 거래단가를 1,415원으로 인정함은 앞서 본 바 와 같고, 앞서 본 증거들 및 을 제9호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 하나투자금융을 통해 2015. 2. 2. 쟁점법인 주식을 취득한 후소유자가 제출한 확인서에는 중개업자를 통해 쟁점법인의 주식을 1주당 1,700원에 취득했다고 기재되어 있어 후소유자가 지급한 매매대금이 원고에게 모두 지급되었다고 인정하기 부족한 점, 조사청은 2015. 2. 2.자 이 부분 양도에 대해 원고가 소명한 1,427원을 양도가액으로 인정한 점 등에 비추어 보면, 피고가 주장하는 사정만으로는 2015. 2. 3.경 쟁점법인 주식의 시가가 1,504원이라고 단정하기 어렵다. 또한 피고가 제출한 증거들만으로는 원고와 DD가 ④-㉯ 주식의의 거래가액을 1주당 1,415원으로 정한 것이 그 양도소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시키는 행위라고 인정하기도 부족하다.

    따라서 피고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

마) 그러므로 이 사건 각 처분 중 2015. 2. 3. DD에게 양도한 ④-㉯ 주식의 양도가액을 1,415원 아닌 1,504원으로 보아 한 양도소득세 및 증권거래세 부과처분 부분은 위법하다.

3) 2015년 CC에 양도한 113,000주(②-㉯ 주식) 및 지인들에게 양도한 738,060주(⑤-㉯ 주식)의 양도에 관한 주장에 대한 판단

가) 앞서 본 증거들 및 을 제14 내지 16호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 아래와 같은 사실을 인정할 수 있다.

   ⑴ 쟁점법인 주식은 비상장주식으로, 원고는 2013. 12. 30. 하나은행과 증권대행 수탁계약을 체결하고 2014. 1. 21. 증권대행사무를 하나은행에 인계하는 절차를 거쳐 쟁점법인 발행주식을 통일주권으로 전환하였다.

      원고는 쟁점법인 주식을 통일주권 실물로 교부받아 일부는 하나금융투자의 증권계좌에 입고하여 보유하였다.

      실물 통일주권이 증권계좌에 입고되면 입고된 통일주권은 증권사를 통해 한국예탁결제원에 예탁되, 입고된 주식의 수량과 종목 등은 기재되지만 해당 주식의 주권발행번호는 기재되지 않기 때문에 기존에 증권계좌에 입고되어 있던 해당 법인의 주식이 있으면 특정할 수 없게 된다. 이 경우 양도인은 증권계좌에 입고된 주식을 매수인의 증권계좌에 이체하는 방식으로 주식을 양도한다.

   ⑵ 원고는 2018. 4. 27. 조사청에, 원고가 2015. 3. 9. DD에게 실물주권 100만 주를 원고의 증권계좌에 입고하여 달라고 맡겼는데, DD가 착오로 본인의 계좌에 입고하였다는 취지의 주식착오입고경위서를 작성하여 제출하였다.

   ⑶ 2016. 4. 4. DD의 하나투자금융 증권계좌에서 쟁점법인 주식 100만 주가 출고되어 원고의 하나투자금융 증권계좌에 입고되었다.

   ⑷ 2015. 3. 9. DD 증권계좌에 원고의 쟁점법인 주식 100만 주가 입고될 당시 DD의 증권계좌에는 쟁점법인 주식 228,990주가 입고되어 있었다(그중 70,000주는 삼성증권 주식회사에서 2015. 2. 3. 착오 입고한 것으로 보이나, 위 70,000주 역시 원고 소유인 100만 주가 입고되기 전에 DD의 증권계좌에 입고되어 있었던 주식이다).

   ⑸ DD의 증권계좌에서 2015. 3. 9.부터 2015. 4. 15.까지 양수인(매수인)들에게 출고된 쟁점법인 주식은 751,200주이고, DD의 증권계좌에 유상증자로 인해 2015. 4. 20. 쟁점법인 주식 493,520주가, 2015. 4. 27. 쟁점법인 주식 231,055주가 각 입고되었다.

      또한 DD의 증권계좌에서 2015. 4. 27.부터 2015. 8. 13.까지 양수인(매수인)들에게 출고된 쟁점법인 주식은 236,850주이다.

나) 위 인정사실에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 원고는 2015. 3. 9. DD에게 입고를 부탁한 쟁점법인 주식 100만 주를 DD에게 증여하거나 양도한 것이 아니라고 주장하므로(DD 역시 위 주식 100만 주에 대해 증여세나 양도소득세를 신고한 사실이 없다),

    위 100만 주의 처분권은 여전히 원고에게 있다고 봄이 상당한 점, 그렇다면 DD가 자신의 계좌에 착오로 원고 소유의 쟁점법인 주식 100만 주를 입고하였다고 하더라도, 이는 여전히 원고 소유의 주식이라고 봄이 타당하다.

다) DD 증권계좌에 입고된 원고 소유의 쟁점법인 주식 100만 주 중 양도된 주식 수에 관하여 본다.

   ⑴ DD가 2015. 3. 9.부터 2015. 4. 15.까지 자신의 하나금융투자 증권계좌에서 출고한 쟁점법인 주식 751,200주 중 DD의 계좌에 이미 입고되어 있던 228,990주를 제외한 나머지 522,210주(751,200주 . 228,9990주)는 원고 소유의 주식 100만 주 중 일부가 양도된 것이라고 봄이 타당하다.

  ⑵ 한편 유상증자로 인하여 DD 소유로 2015. 4. 20. 쟁점법인 주식 493,520주가, 2015. 4. 27. 231,055주가 각 입고되어 2015. 4. 27. 기준 DD의 증권계좌에 입고되어 있는 쟁점법인 주식은 총 1,202,365주(228,990주+100만주. 751,200주+493,520주+231,055주)가 되었고, 2015. 4. 27.부터 2015. 8. 31.까지 DD의 증권계좌에서 출고된 쟁점법인 주식 236,850주는 양도된 주식이 어느 주식인지 특정할 수 없어 그 취득시기를 알 수 없으므로, 구 소득세법 시행령 제162조 제5항에 따라 먼저 입고된 주식이 먼저 양도된 것으로 보아야 한다(선납선출 방식).

      따라서 먼저 입고된 원고 소유의 주식 477,790주(= 100만 주 . 522,210주) 중 236,850주가 출고된 것이라고 보아야 하므로, DD 계좌에 남아 있는 원고 소유의 쟁점법인 주식은 240,940주(=477,790주 . 236,850주)가 된다.

   ⑶ 이후 2015. 8. 31. 유상증자로 DD 소유의 쟁점법인 주식 391,654주가 DD의 증권계좌에 입고되었고, 2015. 9. 1.부터 2015. 12.말경까지 DD의 증권계좌에서 쟁점법인 주식 22,000주가 출고되었는데, 위 22,000주 역시 앞서 본 선납선출 방식에 따라 원고 소유의 쟁점법인 주식 22,000주가 양도된 것으로 본다.

   ⑷ 따라서 2015. 12. 말 기준 DD 계좌에 남아 있는 원고 소유의 쟁점법인 주식은 218,940주(=240,940주 . 22,000주)라고 할 것인바, DD 계좌에 입고된 원고 소유 주식 100만 주 중 781,060주가 출고되었다고 봄이 타당하다.

라) 한편 원고는 2016. 4. 4. DD가 원고에게 쟁점법인 주식 100만 주를 반환 하였으므로, 위 100만 주중 781,060주의 양도는 원고 소유의 주식이 아닌 DD 소유의 주식을 양도한 것이 된다고 주장한다.

    원고가 DD에게 원고의 계좌에 주식을 입고하라고 지시하였음에도 DD가 원고의 계좌가 아닌 자신의 계좌에 주식을 입고하고, 그 주식을 양도하였다면, 이는 무권리자가 타인의 권리를 자기의 이름으로 또는 자기의 권리로 처분한 경우에 해당한다고 할 것인데, 원고가 DD로부터 쟁점 법인 주식을 매수한 양수인들과 DD의 거래를 무효로 하고 양수인들로부터 주식을 반환받는 대신 DD로부터 100만 주를 반환받고 DD와 양수인들 사이에 이루어진 원고 소유 주식에 대한 거래를 문제 삼지 않기로 했다면, 이는 권리자가 후일 이를 추인함으로써 그 처분행위를 인정한 것이 되므로, DD와 양수인들 사이에 이루어진 주식양도양수 거래의 효력은 그 주식의 소유자인 원고에게도 발생한다고 할 것이다(대법원 2019. 1. 31. 선고 2016다12656 판결 참조).

    또한 원고가 DD로부터 쟁점법인 주식 100만 주를 받은 것은 원고와 DD 사이에 무권리자가 처분행위로 인하여 얻은 이익의 반환에 갈음하여 이루어진 합의에 따른 것이라고 봄이 타당하고, DD가 2016. 4. 4. 원고에게 100만 주를 반환 하였다고 하여 DD와 주식 양수인들 사이에 2015년에 체결되어 이미 매매대금의 지급과 주식의 양도가 모두 완료된 주식양도양수계약이 소급적으로 DD 소유의 주식을 양도한 것으로 변경된다고 볼 수는 없다.

마) DD 계좌에 입고된 원고 소유 주식 100만 주 중 781,060주가 출고되었다고 인정됨은 앞서 본 바와 같은바, 피고는 이 사건 각 처분 당시 ②-㉯ 및 ⑤-㉯ 주식 합계 총 851,060주가 출고되었다고 인정하였으므로, 이 사건 각 처분 중 ②-㉯ 및 ⑤㉯에 대한 부분 중 위 781,060주의 양도를 초과하여 원고 소유의 주식이 양도되었다고 본 부분은 위법하다.

4) 취소의 범위

가) 과세처분취소소송에 있어 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것이다. 당사자는 사실심 변론종결 시까지 객관적인 과세표준과세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 한다.

    그러나 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 합리적이고 타당성 있는 산정방법을 찾아내어 부과 할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 1992. 7. 24. 선고 92누 4840 판결, 법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 등 참조).

나) 살피건대, 원고가 청구취지에 명시한 정당세액은 원고의 주장이 모두 인용될 경우의 정당세액이고, 피고는 DD의 하나금융투자 증권계좌의 주식 잔고가 228,990주인 경우에 대한 정당세액을 계산하여 제출하였는바, 원고가 2014년 CC에 양도한 105,200주(②-㉮ 주식)의 1주당 거래단가를 500원으로, 2015년 DD에게 양도한 930,000주(④-㉯ 주식)의 1주당 거래단가를 1,415원으로 각 인정하고, 2015년 CC와 제3자들에게 양도한 주식(②-㉯, ⑤-㉯ 주식)의 수를 781,060주로 인정하는 경우 원고에게 적법하게 부과되어야 할 2014년도 및 2015년도 정당한 각 양도소득세액 및 각 증권거래세액을 산출할 만한 자료가 모두 제출되었다고 볼 수는 없으므로, 원고에게 부과될 정당한 세액을 계산할 수 없는 경우에 해당한다고 봄이 타당하다.

다) 따라서 이 사건 각 처분 중 원고가 이 사건 소로 취소를 구하는 부분 전부를 취소할 수밖에 없다.

3. 결론

  그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하되, 소송비용의 부담에 관하여는 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제99조를 적용하여 주문과 같이 판결한 다.

출처 : 서울행정법원 2022. 06. 08. 선고 서울행정법원 2019구단71465 판결 | 국세법령정보시스템