요지

장기임대주택을 보유한 일시적 2주택자가 조정지역 내 주택을 양도하는 경우 1세대 3주택 중과세율을 적용하고, 장기보유특별공제를 배제한 것은 적법함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2020. 8. 24. 원고에 대하여 한 양도소득세 388,539,790원 부과처분을 취소한다.

  이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1989. 2. 18. 서울 송파구 중대로 00, AAA아파트 20☆동 140☆호(이하 ⁠‘이 사건 주택’이라 한다)를 취득하여 보유하다가 2018. 6. 28. 조정대상지역에 있는 이 사건 주택을 15억 9,000만 원에 양도(이하 ⁠‘이 사건 양도’라 한다)한 다음, 2018. 8. 6. 이 사건 주택이 1세대 1주택 고가주택에 해당한다고 보아, 양도가액 중 9억 원을 초과하는 부분에 대한 양도차익 587,529,297원에 대하여 장기보유특별공제 및 일반세율을 적용하여 2018년 귀속 양도소득세 25,352,050원을 신고·납부하였다.

나. 이 사건 양도 당시, 원고의 배우자 김○○은 구리시 수택동 000, BB아파트 50★동 30★호(취득일: 2002. 1. 18. 이하 ⁠‘이 사건 임대주택’이라 한다)를 소유하고 있었고, 원고와 김○○(이하 ⁠‘원고 세대’라 한다)은 각 1/2 지분비율로 하남시 학암동 000, 위례신도시 CCC 60☆동 20☆호(취득일: 2016. 9. 23., 이하 ⁠‘이 사건 대체주택’이라 한다)를 공유하고 있었다.

다. 한편 김○○은 2015. 1.경 피고에게 업태를 ⁠‘부동산업 및 임대업’, 종목을 ⁠‘주거용 건물 임대업’로 한 사업자등록을 하고, 2015. 1. 15.경 송파구청장에게 이 사건 임대주택을 민간임대주택으로 하여 민간임대주택에 관한 특별법 제5조, 같은 법 시행규칙 제2조 제3항에 따른 임대사업자등록을 한 다음, 이 사건 양도 당시까지 이 사건 임대주택을 임대하고 있었다.

라. 피고는 2020. 8. 24. 원고에 대하여, 원고 세대가 이 사건 양도 당시 국내에 이 사건 임대주택 및 대체주택을 포함하여 1세대 3주택을 소유하고 있는 상태에서 조정대상지역 내에 있는 이 사건 주택을 고가주택의 기준인 9억 원을 초과하여 양도하였다는 이유로, 이 사건 주택의 양도가액 중 9억 원을 초과하는 부분에 대한 양도차익 587,529,297원에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고 일반세율에 20%를 더한 중과세율을 적용하여 2018년 귀속 양도소득세 388,539,790원(가산세 86,573,680원 포함)을 경정·고지(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2020. 11. 19. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2021. 3. 12. 심판청구를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 1~4호증, 을 1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

1) 이 사건 주택은 소득세법 시행령 제155조에 따른 1세대 1주택 특례에 해당하는

주택이므로, 양도가액 중 9억 원을 초과하는 부분에 대한 양도차익에 대하여도 1주택으로 보아 장기보유특별공제를 적용하여야 하고, 중과세율이 아닌 일반세율을 적용하여야 한다. 장기임대주택을 보유한 자에 대하여도 일시적 2주택 특례가 적용되고 고가주택으로서 9억 원 초과분에 대한 양도차익에 대하여도 장기보유특별공제가 적용된다는 취지의 국세청 질의회신이 2012년부터 2018년경까지 반복적이고 일관되게 있었고 ⁠[갑 5호증(국세청 질의회신 서면 2015-부동산-195, 2015. 3. 13.) 참조], 이는 행정청의 공적인 견해표명에 해당하므로 이에 반하는 이 사건 처분은 신뢰보호의 원칙에 위반되어 위법하다.

2) 설령 이 사건 처분이 정당하다 하더라도, 원고는 이 사건 양도 당시 이 사건 주택이 1세대 1주택에 해당하는지 여부를 확인하기 위한 노력을 기울였고, 과거 국세청장의 질의회신 등 원고가 이 사건 주택이 1세대 1주택에 해당한다고 판단할 만한 충분한 근거가 있어 이 사건 양도소득세 과소 신고와 관련하여 원고의 과실이 없다. 따라서 가산세를 감면할 부득이한 사유에 해당하므로, 적어도 가산세 부과처분은 취소되어야 한다.

나. 관계 법령과 쟁점 등

1) 관계 법령은 별지 기재와 같다.

2) 조정대상지역 내에 있는 이 사건 주택 양도 당시 원고는 이 사건 주택과 장기임대주택인 이 사건 임대주택을 보유한 상황에서, 2016. 9. 23. 이 사건 대체주택을 취득함으로써 일시적 2주택을 보유하였던 것이므로, 그로부터 3년 이내에 이루어진 이 사건 양도는 구 소득세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제155조 제1항, 제20항에 따라 1세대 1주택으로 의제되는 경우에 해당한다.

그러나 이 사건 주택은 양도가액이 15억 9,000만 원으로 구 소득세법 시행령 제156조에서 정한 ⁠‘고가주택’에 해당하므로, 구 소득세법 제89조 제1항 제3호의 괄호 부분에 따라 양도가액 중 9억 원을 초과하는 부분에 대한 양도차익에 대해서는 양도소득세가 부과되게 된다.

여기서 장기임대주택을 보유한 일시적 2주택자의 이 사건 양도에 대한 구 소득세법 제104조 제7항 제3호의 1세대 3주택 중과세율 적용 여부와 구 소득세법 제95조 제3항, 제2항의 장기보유특별공제 적용 여부 및 가산세를 감면할 부득이한 사유의 존재 여부가 이 사건의 쟁점이다.

3) 한편 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).

다. 1세대 3주택 중과세율 적용 여부

1) 관련 규정의 내용과 체계

양도소득에 대한 세율은 구 소득세법(2018. 12. 31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조(양도소득세의 세율)에 따라 계산하게 되는데, 건물(주택)의 경우 원칙적으로 구 소득세법 제55조 제1항에 따른 일반세율을 적용하되(제1항 제1호), 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택을 양도하는 경우에는 일반세율에 100분의 10을 더한 세율을 적용하고(제7항 제1호), 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택을 양도하는 경우에는 일반세율에 100분의 20을 더한 세율을 적용하게 된다(제7항 제3호).

그리고 구 소득세법 시행령 제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) 제1항은, 법 제104조 제7항 제3호에서 ⁠“대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 ⁠‘국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다’고 규정하면서, 제1호에서 수도권, 광역시․특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택을, 제2호에서 장기임대주택을, 제10호에서 1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(일반주택)을 들고 있다.

한편, 구 소득세법 시행령 제167조의10(양도소득세가 중과되는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 범위) 제1항은 ”대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택”에 관하여 ⁠‘국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 이를 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다’고 규정하면서 제1호에서 수도권, 광역시․특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택을, 제8호에서 일시적 2주택의 경우 종전 주택 등을 들고 있다.

2) 관련 규정의 해석

관련 규정의 문언 및 체계에 의하면, 양도소득에 대한 세율은 주택 수에 따라 결정하게 되는데, 1세대가 소유하는 주택수가 1개인지, 2개인지, 3개 이상인지 여부는 원칙적으로 법문상 거주자가 실제 소유하는 모든 주택이 주택의 수를 계산할 때에 포함되고, 다만 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호, 제167조의10 제1항 제1호에 규정된 주택(수도권 및 광역시, 특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택)만이 주택 수 산정에서 제외될 뿐이다.

구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항, 제167조의10 제1항 중 제1호를 제외한 나머지 각 호에 규정된 주택은 그것이 비록 1세대 1주택 특례에 해당하는 장기임대주택, 대체주택 등이라 할지라도 모두 주택 수 산정에는 포함되고, 그것이 양도대상이 되는 경우에만 중과세율이 적용되지 않는다.

한편 일시적 2주택의 경우 종전 주택에 대하여는, 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항에서는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 예외로 규정하고 있으나(제8호), 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항에서는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 예외로 규정하고 있지 않다.

3) 이 사건의 경우

원고 세대가 소유하고 있는 주택들은 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호에서 정한 주택(수도권 및 광역시·특별자치 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택에 정한 주택)에 해당하지 않으므로, 일단 주택 수 산정에 있어 모두 포함하여 계산하여야 하고, 양도대상인 이 사건 주택이 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 각호에서 정한 주택에 해당하지 않으므로 1세대 3주택 이상의 ⁠‘예외’에 해당하지 않는다.

이와 관련하여 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제10호에서는 ⁠‘1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(일반주택)’을 중과세율 배제 대상으로 규정하고 있으나, 원고는 이 사건 양도 당시 장기임대주택인 이 사건 임대주택(제2호) 외에 이 사건 주택과 이 사건 대체주택을 소유하고 있었으므로, 이 사건 주택은 위 제10호 소정의 일반주택에도 해당하지 않는다.

결국 이 사건 양도는 구 소득세법 제104조 제7항 제3호에서 정한 ⁠‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’을 양도한 경우에 해당하여 중과세율이 적용된다고 봄이 타당하다.

4) 원고의 주장에 대한 판단

원고는 이 사건 주택이 구 소득세법 시행령 제155조에서 정한 1세대 1주택 특례의 적용을 받는 이상 이를 1세대 3주택으로 볼 수 없고, 고가주택의 일부분에 대하여 중과세율을 적용하는 것은 실수요자 보호 및 단기 투기수요 억제라는 다주택자 중과세제도의 취지에도 부합하지 않으며, 조세법률주의에도 위반된다는 취지로 주장한다.

살피건대, 소득세법상 양도소득세의 세율은 원칙적으로 일반세율이고, 예외적으로 1세대 1주택 중 일정한 경우는 구 소득세법 제89조 제1항 제3호, 구 소득세법 시행령 제154조, 제155조의 비과세 특례규정에 따라 비과세대상이 되며, 1세대 2주택 또는 3주택 이상의 경우는 구 소득세법 제104조 제7항, 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항, 제167조의3 제1항의 각 중과세 규정에 따라 중과세율이 적용된다. 1세대 1주택 비과세 특례 규정, 1세대 2주택 중과세 규정 및 1세대 3주택 이상 중과세 규정 상호간에는 그 적용 대상 및 주택 수 계산에 관한 규정을 각각 독립적으로 두고 있으므로, 원칙적으로 각 비과세 또는 중과세 사유를 개별적으로 검토하여 그 해당 여부를 따져 보아야 한다.

따라서 구 소득세법 시행령 제155조의 1세대 1주택의 특례에 해당한다 하더라도, 양도가액이 9억 원을 초과하여 비과세 특례가 적용되지 않는 이상, 양도소득세 세율에 관하여는 일단 실제 보유 주택수를 바탕으로 중과세율이 적용되는지 검토하여야 하고, 중과세율 적용이 배제되는 경우 비로소 일반세율이 적용된다고 보아야 한다. 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

라. 장기보유특별공제 적용 여부

1) 관련 규정의 내용과 체계

구 소득세법 제95조(양도소득금액) 제1항은 ⁠‘양도소득금액은 양도차익(양도가액에서 필요경비를 공제한 금액)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다’고 규정하고, 같은 조 제2항은 ⁠“장기보유 특별공제액”이란 ⁠‘제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)로서 보유기간이 3년 이상인 것 … 에 대하여 그 자산의 양도차익에 대하여 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다(본문). 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다(단서).’고 규정하고 있다.

구 소득세법 제104조 제7항 제3호는 ⁠‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’을 규정하고 있으며, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항은, 법 제104조 제7항 제3호에서 ⁠“대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 ⁠‘국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다’고 규정하면서, 제1호에서 수도권, 광역시․특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택을 들고 있다.

한편, 구 소득세법 제95조 제3항, 구 소득세법 시행령 제160조 제1항 제2호는 양도 소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 자산의 양도에 적용할 장기보유특별공제액은 ⁠‘구 소득세법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액’과 ⁠‘양도가액에서 9억 원을 공제한 금액을 양도가액으로 나눈 비율’을 곱하여 계산하도록 정하고 있다.

2) 구체적 검토

위 법령의 문언과 체계에 의하면, 구 소득세법 제89조 제1항 제3호의 위임에 따라 비과세 양도소득에 관한 특례를 규정한 구 소득세법 시행령 제155조에 의하여 1세대 1주택으로 의제된다 하더라도, 비과세대상에서 제외된 이상 양도소득금액을 산정함에 있어서는 구 소득세법 제95조, 구 소득세법 시행령 제160조에서 정한 바에 따라야 하고, 구 소득세법 제104조 제7항 각 호에 해당하는 자산인 경우에는 구 소득세법 제95조 제2항 본문 괄호 규정의 문언대로 장기보유특별공제 대상에서 제외되며, 이 경우 양도대상 자산이 장기보유특별공제 대상에 해당하는 경우임을 전제로 한 구 소득세법 제95조 제2항 단서나 구 소득세법 시행령 제160조 제1항 제2호는 적용될 여지가 없다고 봄이 타당하다.

이 사건에 관하여 보건대, 이 사건 주택이 구 소득세법 제104조 제7항 제3호, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항에서 정한 ⁠‘조정대상지역에 있는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’에 해당함은 위 다. 3)항에서 본 바와 같으므로, 구 소득세법 제95조 제2항 본문의 괄호 규정에 따라 이 사건 주택의 양도가액 중 9억 원을 초과하는 부분에 대한 양도차익에 대하여는 장기보유특별공제가 적용되지 않는다. 따라서 이 사건 양도에 대하여 장기보유특별공제의 적용대상이 된다는 취지의 원고 주장도 받아들일 수 없다.

3) 원고의 신뢰보호의 원칙 위반 주장에 대한 판단

조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도의 경우 장기보유특별공제를 배제하도록 규정한 구 소득세법 제95조 제2항 본문 괄호규정은 2012. 1. 1. 소득세법 개정으로 삭제되었다가 2017. 12. 19. 다시 신설되어 2018. 4. 1.부터 시행되었는데(부칙 제1조 제1호), 부칙 제2조 제1항은 ⁠‘이 법은 이 법 시행 이후 발생하는 소득분부터 적용한다’고 규정하고 있으며, 부칙 제2조 제2항은 ⁠‘이 법 중 양도소득에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 양도하는 자산으로부터 발생하는 소득분부터 적용한다’고 규정하고 있다.

이러한 소득세법의 개정 연혁에 비추어 보면, 원고가 주장하는 2012년경부터의 국세청의 질의회신 등은 위 규정이 신설되기 전의 사안에 관한 것으로서 2017. 12. 19. 법률 제15225호로 개정된 구 소득세법 제95조 제2항 본문이 적용되는 이 사건 양도에 그대로 적용할 수는 없으므로, 이 사건 처분이 신뢰보호의 원칙에 반한다는 원고의 주장은 이유 없다.

마. 가산세를 감면할 정당한 사유의 존재 여부

1) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재이다. 따라서 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법 해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없다. 그러나 세법 해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립 등이 있다고 할 수 없음에도 납세의무자가 자기 나름의 해석에 의하여 납세 등의 의무가 면제된다고 잘못 판단한 것은 단순한 법령의 부지 내지 오해에 불과하여 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하고, 이와 같은 경우 설령 과세관청이 세법에 위반된 신고를 그대로 받아들이면서 시정지시 등을 하지 아니하였다고 하더라도 정당한 사유가 있다고 할 수는 없다(대법원 1991. 9. 13. 선고 91누773 판결 등 참조).

2) 위 법리에 비추어 보건대, 원고가 주장하는 사정을 감안하더라도, 원고가 이 사건 양도와 관련하여 정당한 세액에 관한 양도소득세 신고ㆍ납부의무를 이행하지 않은 것은 단순한 법률의 부지ㆍ착오 또는 사실관계의 오인에 의한 것으로서 가산세 부과를 면제할 정당한 사유가 있는 때에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 가산세 감면에 관한 원고의 주장도 이유 없다.

바. 소결론

결국 이 사건 양도가 ⁠‘조정대상지역에 있는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도’에 해당한다고 보아 구 소득세법 제95조 제2항 본문 괄호 부분, 제104조 제7항 제3호에 따라 이 사건 주택의 양도가액 중 9억 원을 초과하는 부분에 대한 양도차익에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고 일반세율에 20%를 더한 중과세율을 적용한 이 사건 처분에 어떠한 위법이 있다고 보기 어렵다.

3. 결론

원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 수원지방법원 2022. 02. 25. 선고 수원지방법원 2021구단8034 판결 | 국세법령정보시스템