요지

원고제출의 증거들만으로는 이 사건 과수원, 비닐하우스, 기타 농지 등이 농지에 해당한다고 인정하기에 부족하고, 그리고 원고가 이 사건 밭을 8년 이상 경작하였다고 인정하기에 부족하며, 이 사건 건물이 구소득세법상 주택에 해당하지 않는다고 볼 수 없다.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2020. 2. 5. 원고에게 한 2019년 귀속 양도소득세 218,014,530원 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

 가. 원고는 2004. 5. 17. 석△△과 사이에 석△△로부터 남양주시 진전읍 ◆◆리(이하 ⁠‘◆◆리’라고만 한다) 709-1 답 549㎡, ◆◆리 709-4 답 2,479㎡(이하 양 토지를 통틀어 ⁠‘이 사건 농지’라 한다) 및 ◆◆리 709-2 대지 357㎡(이하 ⁠‘이 사건 대지’라 하고, 이 사건 농지와 함께 지칭할 때에는 ⁠‘이 사건 토지’라 한다)를 4억 8,000만 원에 매수하기로 약정하였고, 2004. 5. 18. 이 사건 토지에 대한 소유권이전등기를 마쳤다.

 나. 남양주시장은 2016. 12. 2. ◆◆리 653번지 일원에서 추진 중인 남양주시 ◆◆2지구 A1블록 아파트 신축공사의 사업주체를 주식회사 ◇◇개발에서 주식회사 ◈◈◈◈(이하 ⁠‘◈◈◈◈’이라 한다)로 변경하는 고시를 하였다.

 다. 원고는 2019. 3. 6. ◈◈◈◈과 사이에, ◈◈◈◈에게 이 사건 토지 및 그 지상건축물(이하 ⁠‘이 사건 건물’이라 한다) 등을 18억 원에 매도하고(이하 ⁠‘이 사건 양도’라 한다), ◈◈◈◈로부터 그 지상 수목 및 농작물에 대한 손실보상으로 1억 원을 지급받기로 각 약정하였다(이하 위 손실보상 약정을 ⁠‘이 사건 보상약정’이라 한다). 원고는 2019. 3. 14. ◈◈◈◈에게 이 사건 토지 및 건물에 대하여 각 소유권이전등기를 마쳐주었다.

 라. 원고는 이후 피고에게 이 사건 농지 전체에 대하여 조세특례제한법 제69조가 정한 자경농지 양도소득세 감면이 적용됨을 이유로 아래와 같이 이 사건 양도와 관련된 양도소득세로 259,634,830원을 신고 및 납부하였다.

 마. 피고는 위 양도소득세 신고에 대한 조사를 거쳐 2020. 2. 5. 원고에게, ① 양도소득세 신고 시 이 사건 건물에 대한 신고를 누락하였고, ② 이 사건 건물은 주택에 해당하므로 이 사건 대지 및 건물에 대하여 1세대 2주택을 이유로 한 중과가 적용되어야 하며, ③ 이 사건 농지의 경우 8년 이상 재촌 자경하지 않는 농지 또는 잡종지 등 상태로 존재하여 왔으므로 자경농지 양도소득세 감면 적용을 부인하고, ④ 이 사건 농지는 비사업용토지에 해당하여 중과대상에 해당함을 이유로 아래와 같이 2019년 귀속 양도소득세로 218,014,530원을 고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

 바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2020. 5. 4. 이의신청을 하였으나 2020. 6. 17. 기각되었고, 이에 불복하여 2020. 9. 14. 조세심판원에 심판을 청구하였으나 2021. 7. 19. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의1, 2, 제3호증의4, 5, 6 제5, 12호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

 가. 원고 주장의 요지

  1) 이 사건 농지는 과수원, 밭, 비닐하우스 및 기타 부분(이하 각각 ⁠‘이 사건 과수원’, ⁠‘이 사건 밭’, ⁠‘이 사건 비닐하우스’ 및 ⁠‘기타 농지’라고 한다)으로 구분되어 있는데, 그 법적 성격은 이 사건 양도 현재 아래와 같이 ⁠‘농지’에 해당한다.

   가) 원고는 2006년 3월경 이 사건 과수원에 매매를 목적으로 매실나무 50그루 등 여러 종류의 나무를 식재하였고, 2011년 그 중 일부를 매도한 이후에도 여전히 매매 목적으로 매실나무 9그루 등 과수나 매매를 목적으로 한 조경수를 식재하고 있었으므로, 이 사건 과수원은 농지에 해당한다.

   나) 이 사건 비닐하우스는 농기구 및 비료 등을 보관하고 수확한 작물 등을 임시로 보관하는 장소로 사용되어 농지경영에 직접 필요한 농막․퇴비사․지소․농도․수로 등에 포함되므로, 농지에 해당한다.

   다) 기타 농지 또한 농로, 수로, 경계지 등으로 농지 기능을 원활하게 도와주는 부분으로 농지에 해당한다.

  2) 원고는 아래와 같이 이 사건 농지를 8년 이상 직접 경작하였다.

   가) 원고는 2006년 구입한 묘목을 이 사건 과수원에 식재한 이래로 매년마다 위 나무들을 키워왔다.

   나) 원고는 2004년부터 2016년까지 이 사건 밭에 배추, 고추 등의 채소를 직접 경

작하였고, 매년마다 이에 필요한 비료를 구입하였다.

  3) 이 사건 건물은 주택으로 사용된 사실이 없고, 주택개발사업 사무실 등의 용도로 사용되어 왔으며, 이 사건 건물은 재개발 사업 등으로 인하여 철거될 예정이므로 주택으로 사용될 가능성이 없었고, 이후 실제 철거되었다. 또한 이 사건 건물의 등기사항전부증명서에 의하면 이 사건 건물의 용도는 제2종 근린생활시설이다. 이와 같은 점을 종합하면, 이 사건 건물을 주택으로 볼 수 없고, 따라서 이 사건 건물이 ⁠‘주택’임을 전제로 하는 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 ⁠‘관계법령’기재와 같다.

 다. 판단

  1) 관련 법리

과세처분에 관한 행정소송에 있어 과세원인 및 과세표준금액 등 과세요건이 되는 사실에 관하여는 특별한 사정이 없는 한 과세관청에 그 입증책임이 있으나(대법원 2007. 2. 22. 선고 2006두6604 판결 등 참조), 양도소득세의 감면요건에 해당하는 사실에 대한 입증책임은 양도소득세의 감면을 주장하는 납세의무자에게 있다고 할 것이다(대법원 1993. 7. 13. 선고 92누11893 판결 등 참조).

  2) 이 사건 농지의 농지 여부에 관한 판단

   가) 관계 법령의 내용

    구 조세특례제한법(2021. 12. 28. 법률 제18634호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제69조 제1항 본문은 농지 소재지에 거주하는 대통령령으 로 정하는 거주자가 8년 이상 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다고 정하고 있고, 조세특례제한법 시행령 제66조제4항은 구 조세특례제한법 제69조 제1항 본문에서 ⁠“대통령령으로 정하는 토지”란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지라고 정하고 있다. 그리고 조세특례제한법 시행규칙 제27조 제1항은 영 제66조제4항 및 제67조제3항의 규정에 의한 농지는 전ㆍ답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소ㆍ농도ㆍ수로 등을 포함하는 것으로 한다고 정하고 있다.

   나) 이 사건 과수원 부분(불인정)

    살피건대, 앞서 든 증거들, 갑 제2호증, 제6호증의1, 2, 제13호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 갑 제9호증의1 내지 8, 을 제1호증의 각 영상에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고 제출의 증거들만으로는 이 사건 과수원이 실지로 경작에 사용되는 토지로서 양도소득세 감면의 대상인 ⁠‘농지’에 해당한다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 아니한다.

    ① 이 사건 토지 및 건물에 대하여는 의정부지방법원 2017타경74104호로 임의경매절차가 진행된 바 있는데, 위 경매절차에서 작성된 이 사건 농지에 대한 현황조사서에 의하면, 이 사건 농지 중 ◆◆리 709-1에는 소나무 및 품목 미상의 나무가 밀식되어 있었고, ◆◆리 709-4에는 은행나무 등 몇 그루의 나무가 식재되어 있었다고 기재되어 있다. 그리고 위 경매절차에서 2017. 8. 14. 작성된 감정평가서에 의하면, 이 사건 농지에 소재하는 수목은 별도의 경제적 가치가 크지 않은 통상적인 조경 수준의 수목에 해당한다고 기재되어 있다. 위와 같은 이 사건 과수원의 현황에 이 사건 과수원에 대한 항공사진 등의 영상을 더하여 보더라도, 위와 같은 나무들이 식재되어 있는 사정만으로는 이 사건 과수원이 실지로 경작에 사용되는 토지라고 보기 어렵다.

    ② 원고는 2006년경 주재철로부터 매실나무, 자두나무, 살구나무, 대추나무 및 벚나무의 묘묙을 매수하여 이 사건 과수원에 식재하였다고 주장한다. 그러나 원고에 대한 농지원부에 의하면 이 사건 농지의 주재배 작물은 채소 또는 관상수로 기재되어 있고, 오히려 원고가 소유하는 강원 영월군 무릉도원면 ◉◉리 783 과수원 용지에서 과수를 재배하는 것으로 기재되어 있는바, 이러한 사정에 의하면 원고가 위 묘목을 이사건 과수원에 식재하여 경작하였다고 보기 어렵다.

    ③ 이 사건 보상약정은 ◈◈◈◈이 원고에게 이 사건 과수원에 식재되어 있는 수목(소나무, 매실, 대추, 살구, 벚꽃, 은행)에 대한 손실보상으로 4,000만 원을 지급하도록 정하고 있다. 그러나 이 사건 보상약정에 의하더라도 위 보상대상은 원고의 제시에 의하여 정하여진 것에 불과하므로, 이 사건 보상약정이 보상대상 항목을 위와 같이 정하고 있다는 사정만으로는 원고가 이 사건 과수원에 위 수목들을 식재하여 실지로 경작하였다고 인정하기에는 부족하다.

   다) 이 사건 비닐하우스 부분(불인정)

    살피건대, 앞서 든 증거들, 갑 제7호증의7의 기재, 갑 제6호증의4, 제9호증의9, 10, 을 제4호증의 각 영상, 증인 송◍◍의 일부 증언에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 비닐하우스가 농지경영에 직접 필요한 시설에 해당하여 양도소득세 감면의 대상인 ⁠‘농지’에 해당한다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 아니한다.

   ① 이 사건 비닐하우스는 이 사건 농지에 위치하고 있으나, 원고 주장과 같이 이 사건 비닐하우스가 농기구와 비료 등을 보관하고, 수확한 농작물 등을 임시로 보관하는 용도로 사용되었음을 인정할 수 있는 증거가 없다. 오히려 이 사건 비닐하우스를 촬영한 사진의 영상 등에 의하면, 이 사건 비닐하우스는 이 사건 농지와 인접한 지역에서 농사를 짓는 전상균의 트랙터를 보관하는 용도로 사용되었던 것으로 보인다.

    ② 뒤에서 보는 바와 같이 원고의 승낙에 따라 이 사건 농지 중 일부에서 경작한 증인 송◍◍는 이 사건 비닐하우스 안에 트랙터가 있는 것을 보았으나, 원고가 위 트랙터를 이용하여 농업을 영위하였는지 여부에 대하여는 기억나지 않는다고 증언하였다.

   라) 기타 농지 부분(불인정)

    살피건대, 앞서 든 증거들, 을 제5호증의 영상 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정 즉, 이 사건 토지에 대한 감정평가서에 의하면 기타 농지 부분의 용도는 ⁠‘주차장’으로 기재되어 있고, 기타 농지에 대한 위성사진의 영상에 의하더라도 기타 부분은 주차장으로 사용되고 있는 것으로 보이는 점을 종합하면, 원고가 제출한 증거들만으로는 기타 농지가 나머지 이 사건 농지의 기능을 원활하게 도와주는 토지로서 ⁠‘농지’에 해당한다고 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거도 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

  3) 이 사건 밭에 대한 8년 이상 자경 여부(불인정)

   가) 관련 법리

    조세특례제한법 시행령 제66조 제13항은 법 제69조 제1항 본문이 정한 ⁠‘대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작’은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것이나 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것이라고 정하고 있다. 그리고 조세특례제한법 시행령 제66조 제13항은 ⁠‘법 제69조 제1항에서 직접 경작이라 함은 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다’고 명확하게

규정하고 있으므로, 위 규정을 문리대로 해석하여 그에 해당하는지 여부를 판단하여야

하고(대법원 2010. 9. 30. 선고 2010두8423 판결 참조), 양도한 토지를 위 규정에 따라 직접 경작하였다는 사실은 이를 주장하는 양도자가 적극적으로 입증하여야 한다(대법원 2013. 12. 12. 선고 2013두16531 판결 참조).

   나) 판단

    살피건대, 앞서 든 증거들, 을 제3, 9호증(가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고의 주장에 부합하는 듯한 갑 제7호증의12, 13 및 증인 송◍◍의 일부 증언은 믿기 어렵고, 원고가 제출한 나머지 증거들만으로는 원고가 이 사건 밭을 8년 이상 경작하였다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 아니한다.

    ① 피고는 2019. 10. 28. 및 11. 6. 원고에게 이 사건 농지에 대한 자경사실을 입증할 수 있는 자료를 제출할 것을 요청하였으나, 원고는 이에 관한 자료를 제출하지 못하였다.

    ② 피고 담당공무원은 2019. 11. 6. 이 사건 토지 인근에 거주하는 송◍◍, 박◎◎과 통화하였는데, 송◍◍, 박◎◎은 그 당시 이 사건 농지 중 일부 구역에서 10년 또는 약 8~9년 동안 경작하였다고 진술하였다. 피고 담당공무원은 같은 달 7. 송◍◍를 만나 송◍◍에게 이 사건 농지에 관하여 구역이 표시되지 않은 아래 사진을 제시한 상태로 송◍◍와 이 사건 농지의 경작 여부에 관한 얘기를 나누었다. 송◍◍는 같은 날 피고 담당공무원에게 송◍◍ 및 그 배우자는 이 사건 농지 중 아래 사진의 2, 3번 부분에서, 박◎◎은 아래 사진의 6번 부분에서, 원고는 아래 사진의 4번 부분에서 각 농사를 지었다는 내용의 확인서를 교부하였다. 위와 같이 위 확인서는 피고 담당공무원이 송◍◍에게 아래 사진을 제시한 후 경작의 대상 구역을 정리한 것으로 그 내용의

신빙성을 인정할 수 있다

   ③ 원고의 사업자등록 내역에 의하면, 원고는 2013년경 보◐◐ 상사라는 상호로 사업자등록을 한 후 2016년까지 위 상사를 운영한 것으로 보인다. 이에 의하면 원고가 같은 기간 동안 이 사건 밭에서 상시 농작물의 경작에 종사하거나 자기의 노동력으로 농작업의 2분의 1 이상을 경작하기는 어려웠을 것으로 보인다.

   ④ 나아가 갑 제6호증의2 기재만으로는 원고가 2005년부터 2016년까지 매년마다 온◑◑식물원에서 배추, 고추 모종 및 비료를 구매하여 이 사건 밭에서 경작함에 사용하였다고 인정하기 부족하다.

  4) 이 사건 건물이 주택에 해당하는지 여부(인정)

   가) 관련 법리

    구 소득세법(2020. 8. 18. 법률 제17477호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 소득세법’이라 한다) 제88조 제7호는 ⁠‘주택’은 허가 여부나 공부(公簿)상의 용도구분과 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말하고, 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다고 정하고 있다. 그리고 주택을 양도한 자가 다른 건물을 소유하고

있는 경우, 그 다른 건물이 소득세법에 따른 양도소득세 산정과 관련한 '주택'에 해당하는지 여부는 건물공부상의 용도구분에 관계없이 실제 용도가 사실상 주거에 공하는 건물인가에 의하여 판단하여야 하고, 일시적으로 주거가 아닌 다른 용도로 사용되고 있다고 하더라도 그 구조·기능이나 시설 등이 본래 주거용으로서 주거용에 적합한 상태에 있고 주거기능이 그대로 유지·관리되고 있어 언제든지 본인이나 제3자가 주택으로 사용할 수 있는 건물의 경우에는 이를 주택으로 보아야 한다(대법원 2005. 4. 28.선고 2004두14960 판결 참조).

   나) 판단

    살피건대, 앞서 든 증거들, 갑 제3호증의1, 2, 3, 7, 제14호증의 각 기재, 갑 제2호증의3, 을 제7호증의 각 영상에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 건물은 사실상 주거용으로 사용되는 건물로 구 소득세법 제88조 제7호로 정한 ⁠‘주택’에 해당하고, 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 건물이 구 소득세법상 주택에 해당하지 않는다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 건물이 주택임을 전제로 한 이 사건 처분은 적법하고, 이와 다른 원고의 주장은 받아들이지 아니한다.

   ① 이 사건 건물의 등기사항전부증명서에 의하면 이 사건 건물의 최초 용도는 ⁠‘주택 및 창고’였고, 이 사건 건물의 전 소유자인 석△△은 원고에게 이 사건 건물을 매도한 2004. 5. 18.까지 이 사건 건물에서 거주하였다.

   ② 앞서 본 이 사건 건물에 대한 임의경매절차(의정부지방법원 2017타경74104호) 에서 작성된 감정평가서에 의하면, 이 사건 건물의 공부상 용도는 근린생활시설 및 창고이나 주택으로 이용 중인 것으로 기재되어 있다. 그리고 위 감정평가서에 첨부된 이 사건 건물의 내부구조도에 의하면, 이 사건 건물은 거실, 주방, 다용도실 및 방으로 구성되어 있어 그 구조‧기능이 주거용에 적합한 상태로 되어 있다. 즉, 이러한 사정에 따르면 이 사건 건물은 용도나 구조 변경 없이 언제든지 주거용으로 사용할 수 있는 구조로 되어 있는 것으로 보인다.

   ③ 이 사건 건물의 용도는 2004. 5. 18. ⁠‘제2종 근린생활시설 및 창고’로 변경되었으나, 이 사건 건물에 대하여는 2005년부터 이 사건 양도가 이루어진 2019년까지 계속 개별주택가격이 고시되었고, 해당 기간 동안 이 사건 건물이 주택임을 전제로 재산세가 부과되어 왔었다.

   ④ 이 사건 건물은 2011년부터 이 사건 양도 전까지 ◆◆리 653 일원에서 주택건설사업을 추진하고 있던 주식회사 건남개발, ◈◈◈◈의 현장 사무소 등으로 사용되어 왔다. 그러나 앞서 본 바와 같이 일시적으로 주거가 아닌 다른 용도로 사용되고 있다고 하더라도 그 구조·기능이나 시설 등이 본래 주거용으로서 주거용에 적합한 상태에 있고 주거기능이 그대로 유지·관리되고 있어 언제든지 본인이나 제3자가 주택으로 사용할 수 있는 건물의 경우에는 이를 주택으로 보아야 하는데, 위 ① 내지 ③의 사정들에 의하면 이 사건 건물의 성격은 주택에 해당하므로, 위 기간 동안 이 사건 건물이 실제 주택으로 사용되지 않았다는 사정만으로는 이 사건 건물이 주택이 아니라고 볼 수 없다.

3. 결 론

  원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 춘천지방법원 2022. 09. 20. 선고 춘천지방법원 2021구합32208 판결 | 국세법령정보시스템