요지

이 사건 부동산은 합병으로 인하여 전환법인에게서 원고에게 양도되었으므로 전환법인이 합병된 때 이월과세가 종료되었고, 전환법인에게 이월과세된 양도소득세를 법인세로 납부할 의무가 발생했다고 봄이 타당함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2018. 9. 3. 원고에 대하여 한 2014 사업연도 귀속 법인세 281,592,160원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경과

가. 김BB의 현물출자와 양도소득세 이월과세 신청

1) 김BB은 2002. 1. 1.부터 **시에서 ⁠‘ㅁㅁTECH’라는 상호로 개인 사업을 영위하고 있었다.

2) 김BB은 2008. 4. 24. 자신이 소유하던 **시 ****길 52 토지 및 지상 건물(이하 ⁠‘이 사건 부동산’이라고 한다)을 주식회사 ***자전거(이하 ⁠‘전환법인’이라고한다)에 현물출자하고, 2008. 6. 27. 소유권이전등기를 마쳐주었다.

3) 김BB은 2008. 8.경 이 사건 부동산에 관한 양도소득세 205,399,298원을 신고하면서 구 조세특례제한법(2009. 5. 21. 법률 제9671호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 조세특례제한법’이라고 한다) 제32조에 의한 ⁠‘법인전환에 대한 양도소득세 이월과세’를 신청하여 과세를 이연받았다.

나. 원고의 흡수합병과 부동산 매도

1) 원고는 전자제품 및 자전거 부품 도소매업 및 무역업 등을 영위하는 법인이다.

2) 원고는 2011. 12. 31.을 합병기일로 하여 전환법인을 흡수합병한 뒤 2012. 1. 3. 합병등기를 마쳤고(위 흡수합병은 법인세법 제44조 제2항에서 규정하는 적격합병에 해당한다. 이하 ⁠‘이 사건 합병’이라고 한다), 2012. 1. 31. 위 합병을 원인으로 하여 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기를 마쳤다.

3) 원고는 2014. 4. 2. 이 사건 부동산을 주식회사 ****앤티(이하 ⁠‘****앤티’라고 한다)에게 매도하고, 2014. 4. 30. ****앤티에게 소유권이전등기를 마쳐주었다.

다. qqq세무서장의 김BB에 대한 양도소득세 부과처분과 조세심판원의 결정

1) qqq세무서장은 2016. 11. 11. ⁠‘전환법인이 원고에게 흡수합병된 것은 법인전환 이월과세의 사후관리규정인 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 ’개정 조세특례제한법‘이라고 한다) 제32조 제5항 제1호¹⁾의 해당법인이 법인전환 후 5년 이내에 사업을 폐지하는 경우에 해당한다.’라는 이유로, 김BB에게 2008년 귀속 양도소득세 282,362,410원을 경정·고지하였다.

2) 김BB은 위 양도소득세 부과처분에 불복하여 2017. 5. 22. 조세심판원에 심판청구를 제기하였는데, 조세심판원은 2017. 11. 20. ⁠‘적격합병을 사업의 폐지의 예외로 규정한 조세특례제한법 시행령 제29조 제6항 제2호²⁾는 확인적 규정이다.’라는 등의 이유로, 김BB의 청구를 인용하여 양도소득세 부과처분을 취소하는 결정을 하였다.

라. 피고의 원고에 대한 법인세 부과처분과 조세심판원의 결정

1) 피고는 2018. 9. 3. ⁠‘원고가 2014년 이 사건 부동산을 양도하여 김BB으로부터 과세이연된 양도소득세를 법인세로 납부하여야 함에도 납부하지 않았다.’라는 이유로, 원고에게 2014 사업연도 귀속 법인세 281,592,160원을 경정·고지(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라고 한다)하였다.

2) 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2018. 11. 23. 조세심판원에 심판청구를 제기하였는데, 조세심판원은 2020. 11. 23. 원고의 청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8호증(가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2. 원고 주장의 요지

원고는 아래와 같은 이유를 들어 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다고 주장한다.

가. 김BB의 이월과세 신청에 따라 과세이연된 양도소득세는 이 사건 부동산을 현물출자 받은 전환법인이 이를 다시 제3자에게 양도한 때 비로소 과세이연이 종료되어 전환법인이 이를 법인세로 납부하게 된다.

나. 법인 간 합병의 본질은 자산의 양도에 해당하므로, 전환법인이 원고에게 흡수합병된 2012. 1. 3. 이 사건 부동산은 전환법인으로부터 원고에게로 양도되어 과세이연이 종료되었고, 따라서 전환법인의 법인세 납부의무가 성립한다. 그런데 법인세를 납부할 전환법인이 흡수합병으로 소멸하여 존속법인인 원고가 법인세 납부의무를 승계하계 되었다.

다. 그런데 이 사건 처분은 원고가 2014년도에 ****앤티에게 이 사건 부동산을 양도하여 과세이연이 종료되었음을 전제로 원고에게 2014 사업년도 귀속 법인세를 부과하고 있는바, 여기에는 이월과세의 과세대상 행위와 그 행위자 및 본래 납세의무자 판정에 관한 오류, 그로 인한 이월과세 법인세의 성립시기 및 귀속시기에 관한 오류 등의 하자가 존재한다.

3. 관계 법령

별지 기재와 같다.

4. 판단

가. 관련 규정

구 조세특례제한법 제32조 제1항은 ⁠“거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령이 정하는 사업양수도방법에 따라 2009년 12월 31일까지 법인으로 전환하는 경우 당해 사업용고정자산에 대하여는 이월과세를 적용받을 수 있다.”라고 규정하고 있는데, 이월과세라 함은 개인이 당해 사업에 사용되는 사업용고정자산 등(이하 ⁠‘종전 사업용고정자산 등’이라고 한다)을 법인에게 현물출자 등을 통하여 양도하는 경우 이를 양도하는 개인에 대하여는 소득세법 제94조의 규정에 의한 양도소득세를 과세하지 아니하고, 그 대신 이를 양수한 법인이 당해 사업용고정자산 등을 양도하는 경우 개인이 종전사업용고정자산 등을 동법인에게 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계산한 동법 제104조의 규정에 의한 양도소득산출세액 상당액을 법인세로 납부하는 것을 말한다(구 조세특례제한법 제2조 제1항 제6호).

개정 조세특례제한법 제32조 제5항 제1호는 ⁠‘제32조 제1항에 따라 설립되는 법인이 법인전환 후 5년 이내에 사업을 폐지하는 경우에는 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 양도소득세 산출세액을 해당 거주자로부터 징수한다.’라고 규정하고 있다.

조세특례제한법 시행령 제29조 제6항 본문은 ⁠“법 제32조 제1항에 따라 설립되는 법인이 같은 조 제1항에 따른 현물출자 또는 사업 양도·양수의 방법으로 취득한 사업용고정자산의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 않는 경우 법 제32조 제5항 제1호에 따른 사업의 폐지로 본다.”라고 규정하고 있고, 단서 제2호는 ⁠‘법 제32조 제1항에 따라 설립되는 법인이 법인세법 제44조 제2항에 따른 합병, 같은 법 제46조 제2항에 따른 분할, 같은 법 제47조 제1항에 따른 물적분할, 같은 법 제47조의2 제1항에 따른 현물출자의 방법으로 자산을 처분한 경우에는 사업의 폐지로 보지 않는다.’라고 규정하고 있다.

나. 구 조세특례제한법 제2조 제1항 제6호가 규정하고 있는 양도의 의미

1) 앞서 본 바와 같이 구 조세특례제한법 제2조 제1항 제6호는 이월과세에 관하여 ⁠‘법인이 사업용고정자산 등을 양도하는 경우 개인이 종전사업용고정자산 등을 동법인에게 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계산한 동법 제104조의 규정에 의한 양도소득산출세액 상당액을 법인세로 납부하는 것’이라고 규정하고 있으므로, 법인이 사업용고정자산 등을 양도한 때에 과세이연이 종료되어 법인의 법인세 납부의무가 성립한다고 보아야 한다.

2) 구 조세특례제한법은 양도에 관한 자체적인 정의 규정이 없으나, 구 조세특례제한법 제2조 제2항은 ⁠‘이 법에서 특별히 정하는 경우를 제외하고는 제3조 제1항 제1호 내지 제19호에 규정된 법률에서 사용하는 용어의 예에 의한다.’라고 규정하고 있으므로, 구 조세특례제한법 제2조 제1항 제6호가 규정하고 있는 양도의 의미는 소득세법(제3조 제1항 제1호)이나 법인세법(제3조 제1항 제2호) 등에서 정의하고 있는 양도와 같은 의미로 해석하는 것이 타당하다.

소득세법 제88조 제1호 본문은 ⁠‘양도란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 말한다.’라고 규정하고 있고, 법인세법 제44조 제1항은 ⁠‘피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다.’라고 규정하고 있다.

위와 같이 법인세법 제44조 제1항은 법인 간 합병으로 인한 재산의 이동을 피합병법인 자산의 양도로 규율하고 있고, 소득세법 제88조 제1호 본문이 규정하고 있는 양도의 원인들은 예시적인 것으로서 여기에 합병이 포함되지 못할 이유가 없으므로, 합병으로 인한 법인 간 재산의 이동 역시 양도로서 구 조세특례제한법 제2조 제1항 제6호가 규정하고 있는 양도에 해당한다고 봄이 타당하다(법인세법 제44조 제2항이 이 사건 합병과 같은 적격합병의 경우에는 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다는 특례를 규정하고 있기는 하지만, 이는 합병으로 인한 법인 간 재산의 이동이 양도에 해당한다는 것을 전제로 한 특례 규정이므로, 위와 같은 해석을 부정할 근거가 되지 못한다).

3) 피고는 이에 대한 반박으로 ⁠‘구 조세특례제한법 제32조의 입법취지와 관련 법 규정 상호 간의 해석 등을 고려하여 보면, 이 사건 합병으로 인하여 이 사건 부동산이 원고에게 이전된 것은 이익의 실현이 없이 법률상 소유권만이 이전된 것에 불과하므로, 이를 과세이연의 종료 시점이 되는 양도에 해당한다고 볼 수 없다.’라고 주장한다.

구 조세특례제한법 제32조 제1항의 법인전환에 대한 양도소득세 이월과세 제도는 법인전환을 유도하여 기업경영의 투명성을 제고하고 법인전환 시 발생하는 거주자의 양도소득세 부담 등 조세문제를 해결하여 개인기업의 법인전환이 용이할 수 있도록 지원하기 위하여 도입된 것이다. 이후 양도소득세 이월과세 제도가 부동산 등에 대한 양도소득세 회피수단으로 악용되지 않도록 하기 위한 사후관리규정으로서 개정 조세특례제한법 제32조 제5항이 신설되었고, 이월과세의 특례를 악용하거나 조세를 회피하려는 의도가 없음에도 사후관리규정으로 인한 불이익을 방지하기 위하여 조세특례제한법 시행령 제29조의 제6항이 신설되었다.

위 규정들의 입법취지와 연혁을 살펴보면 이는 구 조세특례제한법 제2조 제1항 제6호가 규정하고 있는 양도의 의미와는 별다른 관련이 없는 점, 앞서 본 바와 같이 적격합병의 경우 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다는 특례규정에 따라 이익의 실현이 없는 것으로 의제될 뿐 실제로 이익의 실현이 없는 것이 아닌 점 등에 비추어 보면, 피고의 위 주장을 받아들이기는 어렵다.

4) 피고는 ⁠‘개정 조세특례제한법은 법인전환 후 5년 이내라는 기한 제한을 통하여 사업의 폐지와 양도에의 포섭을 상호배타적으로 취급하고 있는바, 이 사건 부동산의 소유권 이전이 법인전환 후 5년 이내에 있었다면, 사업의 폐지 여부만이 문제되고, 이 사건 부동산의 소유권 이전이 법인전환 후 5년 이후에 있었다면 양도 여부만이 문제된다. 그런데 이 사건 합병으로 인한 이 사건 부동산의 소유권 이전은 법인전환 후 5년 이내에 있었으므로 양도 자체가 문제될 여지가 없다.’라고 주장하나, 그와 같이 볼 아무런 법적인 근거가 없다.

법인전환 후 5년 이내라는 기간과 무관하게 법인 재산의 이전은 사업의 폐지와 양도 모두에 해당할 수 있는 것이다. 예컨대, 개인이 부동산을 출자하여 법인전환을 하였고, 그 전환법인이 법인전환 후 5년 이내에 다른 법인과 적격합병이 아닌 단순합병을 하였다고 볼 경우 이는 부동산의 양도와 동시에 사업의 폐지에 해당할 수 있다. 이러한 경우 과세이연이 종료되어 구 조세특례제한법 제32조 제1항에 따라 전환법인이 개인의 양도소득세를 법인세로 납부하여야 하는 것이 원칙이지만, 구 조세특례제한법 제32조 제5항에 따라 제1항의 적용이 배제되어 개인이 양도소득세를 납부하게 되는 것으로 이해해야 한다. 그리고 개인이 부동산을 출자하여 법인전환을 하였고, 전환법인이 법인전환 후 5년 이내에 다른 법인과 적격합병을 하였다고 볼 경우에도 이는 부동산의 양도와 동시에 사업의 폐지에 해당할 수 있다. 이러한 경우 조세특례제한법 시행령 제29조 제6항 단서 제2호에 따라 구 조세특례제한법 제32조 제5항의 적용이 배제되므로, 결국 원칙으로 돌아가 구 조세특례제한법 제32조 제1항에 따라 전환법인이 개인의 양도소득세를 법인세로 납부하게 되는 것으로 이해해야 한다(다만, 조세특례제한법 시행령 제29조 제6항 단서 제2호가 확인적 규정이라는 견해에 의할 경우에는 적격합병이 사업의 폐지에 해당할 여지는 없다).

다른 예로 전환법인이 개인으로부터 출자받은 사업용고정자산 중 극히 일부를 제3자에게 매도한다고 볼 경우 전환법인의 매도 행위는 현물출자 또는 사업양도, 양수 방법으로 취득한 사업용고정자산 중 2분의 1 이상을 처분한 경우에 해당하지 않으므로, 이는 사업의 폐지에 해당하지 않는다. 따라서 과세관청이 개인에게 사후관리 규정 위반을 이유로 양도소득세를 부과할 일은 없게 된다. 그런데 전환법인의 매도 행위는 양도에 해당함이 명백하므로 그 부분에 대한 이월과세의 적용은 종료됨이 타당하고 그에 따라 전환법인은 이월과세의 대상이었던 개인의 양도소득산출세액 상당의 법인세를 부담하여야 하는 것이다. 그런데 피고의 주장에 의하면, 전환법인의 매도 행위는 법인전환 후 5년 내에 일어난 사건이므로 사업의 폐지에 해당하지 않는지 여부만 따져보면 될 뿐이고, 그 매도 행위가 양도에 해당하는지 여부는 검토해볼 필요가 없다는 결론에 이르게 되는바, 사업의 폐지에 이르지 않는 매도 행위를 규율할 수 없게 되는 문제가 발생한다.

무엇보다 피고의 위 주장은 구 조세특례제한법 제2조 제1항 제6호의 규정과 들어맞지 않는다. 위 규정은 과세이연의 종기를 ⁠‘사업용고정자산을 양수한 법인’이 당해 사업용고정자산을 양도하는 경우라고만 규정하고 있는데, 피고의 주장과 같이 적격합병으로 인한 법인 간 재산의 이동을 양도로 보지 않고, 합병 후 존속한 법인이 사업용고정자산을 제3자에게 매도한 경우를 양도로 본다면(전환법인이 적격합병으로 인하여 이미 소멸하였기 때문에 피고는 ⁠‘이 사건 부동산을 양수한 전환법인이 이 사건 부동산을 양도하는 경우’가 아니라 ⁠‘원고가 이 사건 부동산을 양도하는 경우’를 과세이연의 종기로 보아 이 사건 처분을 한 것으로 보인다), 위 규정과 같이 ⁠‘사업용고정자산을 양수한 법인’이 당해 사업용고정자산을 양도하는 경우는 발생할 여지가 없게 되어 과세이연의 종기가 영구히 도래하지 않는 부당한 결과에 이르기 때문이다.

5) 피고는 ⁠‘단일한 사건인 합병에 납세의무의 발생과 납세의무의 승계라는 두 개의효과를 부여할 수는 없다.’라고도 주장하나, 그와 같이 볼 아무런 법적인 근거가 없다.

합병으로 인하여 과세이연의 종기가 도래하고 그로 인해 전환법인에 법인세가 부과되는 것(구 조세특례제한법 제2조 제6호)과 발생한 전환법인의 법인세 납세의무가 합병으로 인해 원고에게 승계되는 것(국세기본법 제23조)은 별개의 조문에 의한 별개의 법률효과로서 여기에 어떠한 법률적·논리적 모순이 있다고 볼 수 없다. 피고의 위 주장은 이유 없다.

다. 전환법인의 법인세 납부의무 성립과 원고의 승계

1) 앞서 본 구 조세특례제한법 제2조 제1항 제6호가 규정하고 있는 양도의 의미에비추어 보면, 이 사건 합병은 양도에 해당한다. 따라서 이 사건 합병으로 과세이연이 종료되었으므로, 이 사건 합병등기가 마쳐진 2012. 1. 3. 전환법인의 법인세 납세의무가 성립되었다.

2) 그런데 전환법인은 이 사건 합병으로 해산되었고, 국세기본법 제23조는 ⁠“법인이 합병한 경우 합병 후 존속하는 법인 또는 합병으로 설립된 법인은 합병으로 소멸된 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비를 납부할 의무를 진다.”라고 규정하고 있으므로, 합병 후 존속하는 원고가 위 규정에 따라 전환법인의 법인세 납세의무를 승계하였다.

라. 이 사건 처분의 위법

앞서 본 바와 같이 이 사건 합병등기일인 2012. 1. 3. 전환법인의 법인세 납세의무가 성립되었으므로, 원고가 승계한 법인세는 전환법인의 2012 사업연도에 발생한 것이다. 그런데 피고는 원고가 이 사건 부동산을 ****앤티에 양도한 2014. 4. 30.경에 과세이연이 종료되어 원고에게 직접 법인세를 이월과세해야 함을 전제로, 원고의 2014사업연도 귀속 법인세를 부과하였으므로, 이 사건 처분은 법인세의 성립주체, 성립시기, 귀속시기 등을 잘못 적용한 하자가 있어서 위법하다. 따라서 이 사건 처분은 취소되어야 한다(한편, ⁠‘원고가 승계한 전환법인의 법인세 납세의무는 2012 사업연도에 발생한 것으로서 이에 관해서는 이미 부과제척기간이 도과한 상태이다.’라는 원고의 주장에 관하여 피고는 ⁠‘이 사건 처분은 조세심판원의 결정일로부터 1년 이내에 이루어졌으므로 국세기본법 제26조의2 제2항의 특례제척기간의 적용을 받게 되어 제척기간이 도과하지 않았다.’라고 반박하고 있으나, 이 사건 처분이 위와 같은 위법으로 취소되는 이상 부과제척기간 도과 여부는 문제될 여지가 없다).

5. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 인용하기로 하여 주문과 같이 판결

한다.

1) 개정 조세특례제한법 제32조 제5항은 조세특례제한법이 2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정되면서 신설되었다.

2) 조세특례제한법 시행령 제29조 제6항은 조세특례제한법 시행령이 2013. 2. 15, 대통령령 제24368호로 개정되면서 신설되었다.

출처 : 수원지방법원 2022. 01. 13. 선고 수원지방법원 2021구합62608 판결 | 국세법령정보시스템