요지

원고의 2015년 내지 2019년 귀속 종합소득세의 과세표준을 계산함에 있어서 이 사건 각 양식장의 수입금액 산정에 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 또는 그 장부와 증빙서류의 중요한 부분이 미비한 경우에 해당한다고 봄이 타당하고, 제1양식장 추계방법은 가장 객관적인 자료에 근거하여 과세표준을 추계하였으나, 제2양식장 추계방법은 합리적이고 타당하다 보기 어려움

판결내용

원고의 2015년 내지 2019년 귀속 종합소득세의 과세표준을 계산함에 있어서 이 사건 각 양식장의 수입금액 산정에 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 또는 그 장부와 증빙서류의 중요한 부분이 미비한 경우에 해당한다고 봄이 타당하고, 따라서 피고로서는 추계조사결정을 할 수 있다. 그러나, 제1양식장 추계방법은 가장 객관적인 자료에 근거하여 과세표준을 추계하였으나, 제2양식장 추계방법은 합리적이고 타당하다 보기 어렵다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2021. 5. 4. 원고에 대하여 한 2015년 귀속 50,450,046원의, 2016년 귀속 204,607,856원의, 2017년 귀속 186,671,132원의 종합소득세 경정처분을 각 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 모두 기각한다.

3. 소송비용 중 35%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2021. 5. 4¹⁾. 원고에 대하여 한 별지1 목록의 ⁠[표1] ⁠‘연도’란 기재 각 연도 귀속 같은 표 ⁠‘재경정 처분 세액’란 기재 각 세액의 종합소득세 경정처분, 별지1 목록의 ⁠[표2] ⁠‘연도’란 기재 각 연도 귀속 같은 표 ⁠‘세액’란 기재 각 세액의 부가가치세 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 당사자의 지위

1) 원고는 2009. 9. 15.부터 ⁠‘CC수산’이라는 상호로 ○○ ○○군 ○○면 ○○리 ○○○○-○○ 소재 양식장(이하 ⁠‘제1양식장’이라 한다)과 같은 리 ○○○○-○ 소재 양식장(이하 ⁠‘제2양식장’이라 하고, 제1양식장과 통칭하여 ⁠‘이 사건 각 양식장’이라 한다), ○○면 ○○리 ○○-○ 소재 양식장(이하 ⁠‘제3양식장’이라 한다)에서 전복 종자를 키워 전복양식업자에게 전복치패를 판매하는 전복종묘생산업을 영위하는 사람이다.

2) 원고는 2015년 귀속 수입금액을 275,300,000원, 2016년 귀속 수입금액을 559,750,000원, 2017년 귀속 수입금액을 491,000,000원, 2018년 귀속 수입금액을 668,404,570원, 2019년 귀속 수입금액을 496,470,000원으로 하여 2015년 내지 2019년 귀속 각 종합소득세를 각 신고하였다.

나. 이 사건 각 처분의 경위

1) 피고는 2021. 3. 16.부터 2021. 4. 27.까지 원고에 대하여 2015년 내지 2019년 귀속 개인통합조사(이하 ⁠‘이 사건 세무조사’라 하고, 그 대상이 된 기간을 ⁠‘이 사건 과세대상기간’이라 한다)를 실시하였다.

2) 피고는 이 사건 세무조사 결과 원고가 2015년 내지 2019년 귀속 종합소득세 신고시 전복치패 판매수입금액을 일부 누락하였으나 원고의 수입금액을 장부 기타 증빙서류에 의하여 계산할 수 없다는 이유로 수입금액을 추계조사결정하였다.

3) 피고는 전복치패 판매수입금액을 추계한 결과 원고의 전복치패 판매수입금액 합계 6,985,000,000원 및 이 사건 세무조사 기간 중 제1양식장의 임대 수입 273,000,000원이 신고누락되었다고 판단한 후 2021. 5. 4. 원고에게 2015년 내지 2019년 귀속 종합소득세를 별지1 목록의 ⁠[표1] ⁠‘연도’란 기재 각 연도 귀속 같은 표 ⁠‘경정처분 세액’란 기재 각 세액(합계 788,436,666원)으로 경정(이하 ⁠‘이 사건 종합소득세 경정처분’이라 한다)하고, 2017년 귀속 부가가치세를 별지1 목록의 ⁠[표2] ⁠‘연도’란 기재 각연도 귀속 같은 표 ⁠‘세액’란 기재 각 세액(합계 44,916,813원)으로 결정하는 내용의 처분(이하 ⁠‘이 사건 부가가치세 부과처분’이라 한다)을 하였다.

4) 원고는 2021. 7. 1. 위 각 처분에 불복하여 DD지방국세청장에게 이의신청(이하 ⁠‘이 사건 이의신청’이라 한다)을 하였고, DD지방국세청장은 2021. 9. 15. ⁠‘이 사건 종합소득세 경정처분 중 추계의 내용과 방법에 있어서 2015년도 과세연도 제1양식장의 연간생산량은 수조당 파판 수를 관련 민사소송 2심 판결문(EE고등법원 2019나○○○○○)에 따른 1,656개로, 치패 생산비율을 한국해양수산연구원 어업감정보고서상의 제2차 치패 생산비율인 28.8%로 각 적용하여 산출하고 수입금액을 재계산한 후 과세표준과 세액을 경정하고, 2016년 과세연도부터 2019년 과세연도의 제1양식장 연간생산량 역시 수조 1칸당 파판 수를 관련 민사소송 2심 판결문(EE고등법원 2019나○○○○○판결)의 1,656개를 적용하여 산출하고 수입금액을 재계산한 후 과세표준과 세액을 결정하며, 나머지 신청은 이를 기각한다’는 내용의 결정을 하였다(이하 ⁠‘이 사건 이의신청결과’라 한다).

5) 피고는 2021. 9. 30. 이 사건 이의신청 결과에 따라 이 사건 각 양식장의 2015년도 내지 2019년도 전복치패 판매수입금액을 별지1 목록 ⁠[표4]와 같이 추계한 후, 이를 토대로 2015년도 내지 2019년도 귀속 종합소득세를 별지1 목록 ⁠[표1] ⁠‘재경정 처분세액’란 기재 각 세액으로 감액 경정하고(이하부터는 재감액경정된 위 처분을 ⁠‘이 사건종합소득세 재경정처분’이라 하고, 이 사건 종합소득세 재경정처분과 이 사건 부가가치세 부과처분을 통칭하여 ⁠‘이 사건 각 처분’이라 한다) 원고에게 이를 고지하였다.

6) 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 2021. 12. 10. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2022. 8. 2. 원고의 청구를 모두 기각하는 결정을 하였다.

다. 원고와 FFF, GGG 사이의 관련 민사소송

1) 원고는 2010. 10.경 FFF 및 그의 배우자 GGG(이하 ⁠‘FFF 등’이라 한다)과 ○○ ○○군 ○○면 ○○리 ○○○○-○ 답 31,372㎡ 중 약 5,000평을 매입하여 그중 약 3,000평은 원고가, 약 2,000평은 FFF 등이 각 소유하되 그 지상에 각자 전복치패양식장을 신축․운영하기로 하였다. 원고와 FFF 등은 2011. 5. 전복치패양식장을 완공하였는데, 구체적으로 위 ○○리 ○○○○-○ 양식장 1330㎡²⁾ 지상에는 원고와 FFF등이 공동으로 사용하는 여과조동, 기계실, 집수정 등이 신축되었고, 같은 리 ○○○○-○○ 양식장 1,160㎡ 및 ○○○○-○○ 양식장 5,783㎡(제1양식장이다)³⁾에는 원고 소유의, 같은 리 ○○○○-○○ 양식장 2,877㎡ 및 ○○○○-○○ 답 2,740㎡⁴⁾에는 FFF 등 소유의 각 전복치패 양식장이 신축되었다.

2) 원고와 FFF 등이 위 각 전복양식장 완공 이후부터 전복치패양식을 하던 중, FFF 등이 2015. 7. 9.부터 2015. 8. 10.까지 각 전복양식장의 집수정에서 넘쳐나는 해수와 수조 하단의 배수관에서 나오는 해수를 배수하는 중앙배수로(원고와 FFF 등의 양식장에서 공동으로 사용하였다) 중 제1양식장과 FFF 등의 양식장의 경계부분(이하 ⁠‘이 사건 경계부분’이라 한다)을 차단하였고, 그로 인하여 제1양식장의 전복이 폐사하는 사고(이하 ⁠‘이 사건 폐사사고’라 한다)가 발생하였다.

3) 원고는 2016. 6. 8. FFF 등을 상대로 ○○지방법원 ○○지원에 제1양식장 전복폐사에 따른 손해배상을 구하는 소(2016가합○○○○호)를 제기하였다. 위 법원은 FFF 등이 중앙배수로를 막은 일과 이 사건 폐사사고 사이의 인과관계 유무 및 전복 치폐 폐사로 인한 제1양식장의 손실액 감정을 위해 감정인 HHH(이하 ⁠‘법원감정인’이라 한다)을 감정인으로 지정하여 이에 관한 감정절차를 진행하였다.

법원감정인은 이 사건 폐사사고로 원고가 입은 손해액을 산정하기 위해 ① 제1양식장의 평균 연간 생산량을 산정하였는데, 그 산정방법으로 ㉠ 실적자료에 의한 생산량 추정, ㉡ 현장조사에 의한 수면적에 따른 생산량 추정, ㉢ 현장조사에 의한 파판 수에 따른 생산량 추정 방법 중 ㉡, ㉢의 방법으로 생산량을 산정한 후, ㉢의 추정 방법이 가장 실제 생산량을 잘 반영한다는 이유로 ㉢ 파판 수에 따른 생산량 추정 방법을 채택하였다.

위 법원은 현장검증, 법원감정인의 각 감정결과 및 법원감정인에 대한 각 사실조회결과(이하 통칭하여 ⁠‘관련 소송 감정결과’라 한다), 변론 전체의 취지 등을 종합하여, FFF 등이 2015. 7. 9.경부터 2015. 8. 10.경까지 이 사건 경계부분을 차단한 행위가 이 사건 폐사사고의 원인 중 하나라고 보고, 그 손해배상책임의 범위를 관련 소송 감정결과 등을 토대로 ① 제1양식장의 가동률은 100%, 연간 전체 매출액은 1,749,413,120원[= 평균 연간 생산량 6,247,904미(= 수조 653칸 × 수조 1칸당 파판 수 1,840장 × 파판 당 치패 부착량 5.2미) × 평균 판매 단가 280원]이며, 제1양식장의 전복치패 폐사로 원고가 절감하게 된 경비(사료비, 전기료, 일용인건비, 판매관리비 등)의 합계액은 282,889,435원이라고 보아 FFF 등이 공동하여 원고에게 불법행위책임에 따른 손해배상금 384,229,205원[= 1,466,523,685원(= 연간 전체 매출액 1,749,413,120원- 절감 경비액 282,889,435원) × 피해율 26.2%, 원 미만 버림] 및 이에 대한 지연손해금을 지급할 의무가 있다고 판단하였다.

4) FFF 등은 위 1심 판결에 불복하여 EE고등법원 2019나○○○○○호로 항소하였고, 항소심 법원은 손해배상의 범위에 관한 FFF 등의 주장을 일부 받아들여 제1양식장에 있던 수조는 약 653칸, 수조 1칸당 파판 수는 1,656장, 파판 당 치패 부착량은 5.2미, 평균 판매 단가는 단위면적당 파판수가 유사한 □□ 지역의 종패 1미당 평균판매 단가는 306원으로 보았다. 이에 따라 제1양식장의 전복생산량 감소분은 1,473,256미(= 수조 653칸 × 수조 1칸당 파판수 1,656장 × 파판당 치패 부착량 5.2미× 중앙배수로 차단행위 기여도 26.2%)인 사실을 인정하고, 그로 인한 원고의 손해액을 위 전복생산량 감소분에 종패 단가를 곱한 450,816,336원(= 1,473,256미 × 306원/미)으로 본 후, 그 손해배상책임을 70%로 제한하여 FFF 등이 공동하여 원고에게 불법행위로 인한 손해배상금 241,454,403원(= 책임제한 손해액 315,571,435원 - 경비절감액 74,117,032원) 및 이에 대한 지연손해금을 지급할 의무가 있다고 판단하였다.

원고와 FFF 등은 위 항소심판결에 불복하여 대법원 2020다○○○○○○호로 각 상고를 제기하였으나 상고가 모두 기각되었다(이하 위 민사소송을 통칭하여 ⁠‘관련 민사소송’이라 하고, 위 제1심판결과 항소심판결을 통칭하여 ⁠‘관련 민사판결’이라 한다).

라. 원고와 JJJ의 임대차계약 체결 등

1) 원고는 2016. 12. 15. III, JJJ에게 제1양식장 및 이에 부수한 부분(FFF 등과 원고가 공유하는 여과조동, 기계실, 집수정 등과 그 부지에 관한 원고의 지분⁵⁾)을 2016. 12. 15.부터 2019. 12. 14.까지 3년간 연 임대료 3억 원(2016. 12. 15. 계약금 1억, 인수라인 완료일에 1억, 2017. 3. 31. 1억 원을 지급하는 조건)에 임대하는 내용의 임대차계약(이하 ⁠‘이 사건 임대차계약’이라 한다)을 체결하였다.

2) JJJ는 2016. 12. 15. 이 사건 임대차계약의 계약금 1억 원을 원고 명의의 계좌에 입금하였고, 이후 2017. 3. 27. 4,000만 원, 같은 달 28. 6,000만 원을 중도금 명목으로 원고 명의 계좌에 입금하였다. 한편, JJJ는 2017. 2. 28. 전복 알 구입비용의 계약금 명목으로 1,000만 원, 2017. 3. 4. 전기공사비용으로 500만 원의 합계 1,500만 원을 원고에게 별도로 지급하였다.

3) JJJ는 2)에서 본 2억 1,500만 원을 포함하여, 2016. 12. 15.부터 2017. 8. 1.까지 합계 2억 4,490만 원을 원고 명의 계좌로 입금하였고, 원고는 2017. 12. 18.부터 2019. 3. 1.까지 1억 1,100만 원을 JJJ 명의의 계좌로 입금하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7, 62호증(가지번호 있는 것은 이를 포함한다. 이하 같다), 을 제1, 5호증의 각 기재, 증인 JJJ의 증언, 변론 전체의 취지

2. 원고 주장의 요지 이 사건 각 처분은 아래와 같이 위법하므로 모두 취소되어야 한다.

가. 이 사건 종합소득세 재경정처분 관련 주장

1) 추계과세 요건의 불비

피고는 원고의 영수증, 매입세금계산서, 매출세금계산서, 통장 입출금 내용, 매매계약서 등 일체의 장부를 예치조사하였고, 원고에 대한 금융거래 조사를 통해 원고와 원고 배우자의 계좌 입출금 내역까지 모두 확보하였으므로 객관적 장부를 통한 실지조사로 원고의 소득금액을 산정하여야 했다. 그럼에도 피고는 만연히 원고의 증빙자료가 미비하다는 이유로 추계과세를 하였는바, 이 사건 종합소득세 재경정처분은 구 소득세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28637호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제143조 제1항 제1호의 추계과세 허용요건을 갖추지 못하여 위법하다.

2) 추계과세 방법의 위법 및 계산의 합리성과 타당성 결여

가) 피고는 관련 소송 감정결과를 기초로 하여 원고의 수입금액을 계산하였는데, 이와 같은 방법은 추계과세 방법을 정한 구 소득세법 시행령 제144조 제1항의 각 호에 해당하지 않는 방법이므로 허용될 수 없다.

나) 원고가 이 사건 폐사사고 이후 자금난으로 제1양식장의 수조를 100% 가동할 수 없었고, 제2양식장은 구조적 특성과 자금난으로 수익성이 저조하였는데도, 피고는 관련 소송 감정결과를 근거로 하여 제1양식장의 2016, 2018, 2019년도 수입금액 및 제2양식장의 2015, 2016, 2017년도 수입금액까지 같은 방식으로 추계하였다. 그러나 제1양식장의 수조 당 파판 수를 1,656장으로, 제2양식장의 총 파판 수를 540,000장으로 본 피고의 전제는 전혀 합리성이 없는 가정에 불과하고, 파판마다 5.2미의 치패를 부착하지도 않았으며, 제1양식장의 경우 이 사건 폐사사고 이후 타 사업장으로부터 사용하고 남은 저품질의 어린 치패를 구입하여 양식한 결과 2차 치패 비중이 증가하거나 폐기량이 늘어나는 악순환이 반복되었던 점, 이 사건 과세대상기간 중 제1양식장의 상당량 수조에서 전복 치패가 아닌 중간패, 성패, 해삼 및 꽃게종자 등을 양식하였던 점 등에 비추어 보면, 피고의 추계방식은 합리성과 타당성을 결여하여 위법하다.

나. 이 사건 부가가치세 부과처분 관련 주장

원고가 2016. 12.경 JJJ에게 제1양식장을 연 임대료 3억 원에 3년간 임대하기로 약정하고 JJJ로부터 계약금 1억 원, 중도금 1억 원, 부대비용 1,500만 원 합계 2억 1,500만 원을 지급받은 것은 사실이나, 2017년경 임대차계약을 해지하고 제1양식장을 공동운영하여 JJJ로부터 지급받은 돈의 대부분인 1억 8,250만 원을 반환하였으므로, 원고가 3억 원의 임대소득을 얻었음을 전제로 한 이 사건 부가가치세 부과처분은 위법하다.

3. 관계 법령

별지2 관계 법령 기재와 같다.

4. 판단

가. 추계조사 사유의 존부(이 사건 종합소득세 경정처분 관련)

1) 관계 규정 및 관련 법리

가) 소득세법 제80조 제3항은 그 본문에서 ⁠“납세지 관할 세무서장 등이 과세표준 확정신고의무자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있어 과세표준과 세액을 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다”고 규정하고, 그 단서에서는 ⁠“대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득금액을 추계조사결정할 수 있다”고 규정하고 있다. 그 위임에 따른 구 소득세법 시행령 제143조 제1항 제1호는 ⁠‘과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우’(제1호)를 추계조사결정이 가능한 경우로 열거하고 있다.

나) 소득세의 과세표준은 실지조사의 방법에 의하여 밝혀진 실액에 의하여 결정하는 것이 원칙이고 추계조사의 방법에 의하여 이를 결정하려면 납세자의 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 중요부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없고 달리 과세관청이 그 소득의 실액을 밝힐 수 있는 방법이 없을 때에 한하여 예외적으로 허용되는 것이며 이러한 추계조사결정의 필요성에 관한 입증책임은 과세관청에 있다(대법원 1985. 12. 10. 선고 84누49 판결 참조).

한편, 과세관청은 납세자가 과세표준과 세액을 신고하면서 제출한 세금계산서·장부 기타의 증빙이 불성실한 것으로 보이는 경우 그 부당성을 지적하고 새로운 자료를 제출받아 실지조사를 하고, 그 자료에 의하더라도 과세표준과 세액을 결정할 수 없을 때 비로소 추계조사 결정을 하여야 하며, 이러한 절차를 취함이 없이 한 추계조사결정에 의한 과세처분은 추계과세의 요건을 결한 것으로서 위법하지만, 그와 같은 절차를 취하는 이유가 근거과세의 원칙상 추계조사 결정이 실지조사 결정을 할 수 없는 때에 예외적으로 허용된다는 점에 있음에 비추어 보면, 과세관청이 납세자로 하여금 그 제출된 세금계산서·장부 기타 증빙의 부당성을 지적하고 새로운 자료를 제출하게 하여 실지조사를 하더라도 과세표준과 세액을 결정할 수 없음이 명백한 경우까지 그러한 절차를 취하지 아니하고 추계조사 결정에 의한 과세처분을 하였다 하여 이를 위법하다고 볼 수는 없다(대법원 1996. 7. 30. 선고 94누15202 판결, 대법원 2005. 7. 8. 선고 2004두8293 판결 등 참조).

추계조사결정 후 과세처분의 취소소송단계에서 납세자에 의하여 관계 장부 등이 나타났다고 하더라도 그 장부 등의 중요 부분이 미비 또는 허위임이 밝혀지고 이를 보완할 새로운 자료가 제출되지 아니하여 실액조사가 불가능한 경우에까지 과세관청이 장부 등의 미비 부분이나 허위 부분을 지적하고 새로운 자료의 제시를 요구하여야 한다고는 볼 수 없다(대법원 1992. 7. 24. 선고 91누8203 판결, 대법원 1997. 10. 24. 선고 97누10192 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

앞서 든 증거, 을 제3, 4, 6 내지 15호증의 각 기재와 갑 제11호증의 영상 및 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고의 2015년 내지 2019년 귀속 종합소득세의 과세표준을 계산함에 있어서 이 사건 각 양식장의 수입금액 산정에 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 또는 그 장부와 증빙서류의 중요한 부분이 미비한 경우에 해당한다고 봄이 타당하고, 따라서 피고로서는 추계조사결정을 할 수 있다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

가) 피고는 이 사건 세무조사에 착수한 2021. 3. 16. 원고로부터 구 국세기본법 (2017. 12. 19. 법률 제15220호로 개정되기 전의 것) 제81조의10 제2항에 따라 이 사건 세무조사를 위한 원고의 장부 등을 제출받아 일시보관하였다. 그 목록에는 ① 관련 민사소송에 관한 서류(소송기록 등), ② KKK, LLL의 전복치패대금 및 양식어업권 관련 약속이행각서 및 약정서(을 제9, 10호증), ③ ○○○도 해양수산과학원 ○○지원장 발급의 종자생산 및 납품(방류)확인서(을 제11호증), ④ MMM과의 전복종묘계약서(을 제12호증), ⑤ NNN에 대한 전복치패 대금 및 미수금 지불 독촉서(을 제13호증), ⑥ OOO에 대한 고소장(전복치패대금 편취혐의, 을 제14호증), ⑦ 매출․매입 수첩(2016, 2017년도 일부 거래내역과 몇 개의 계좌번호가 기재되어 있음)이 있었고, 한편 조사 대상 기간인 2015년 내지 2019년(이하 ⁠‘이 사건 과세대상기간’이라 한다)의 매출장부는 제출받지 않았으므로, 위 일시보관 자료만으로는 2015년부터 2019년까지의 이 사건 각 양식장 수입 중 일부 내역의 확인만이 가능하였던 것으로 보인다.

원고는, 갑 제17, 18, 19호증의 장부(이하 ⁠‘이 사건 장부’라 한다)가 이 사건 과세대상기간의 매출에 관련된 장부인데, 피고가 2021. 3. 16. 이 사건 장부를 확인하였음에도 장부가 아니라면서 이를 제출받지 않았다고 주장한다. 갑 제11호증의 영상에 의하면, 2021. 3. 16. 피고 소속 공무원들이 원고로부터 장부 및 서류를 일시 보관하는 예치조사를 실시할 당시 장부 등을 일시보관받은 그 장소에 검은색의 노트들(이사건 장부인지는 명확하지 않다)이 있었던 것으로 보이기는 한다. 그러나 설령 피고가 세무조사 착수 즉시 이 사건 장부를 제출받지 않았다고 하더라도 원고로서는 스스로 이 사건 장부를 토대로 하여 수입금액을 밝힐 수 있었는데, 원고는 2021. 4. 20. 조세범칙혐의자 심문조사(제1차)시 ⁠“조사대상기간 중 발생한 미수금 장부는 별도로 보관하고 있지 않고, 조사대상기간 전에 발생한 미수금에 대한 장부만 있어 조사반에서 가져가지 않은 것 같습니다”라고 진술(을 제2호증의 1, 제15면 참조)하였고, 이 사건 종합소득세 재경정처분시까지도 이 사건 장부를 토대로 한 수입금액에 대해 제대로 밝히지 못하였는바, 피고가 이 사건 장부를 제대로 살피지 않거나 제출받기를 거부하여 제대로 된 실지조사를 하지 않은 것이라고 보기는 어렵다.

나) 원고는 2021. 3. 19, 2021. 4. 5, 2021. 4. 9. 총 3차례에 걸쳐 ⁠‘경영상 어려움 및 자료제출 지연’을 이유로 한 세무조사 중지 신청을 하였고, 피고는 이를 승인하여 2021. 3. 19.부터 2021. 4. 18.까지 이 사건 세무조사를 중지하였다.

그러나 원고는 중지기간 동안 증빙자료를 제출하지 못하였고, 피고는 원고에게 2021. 3. 30., 2021. 4. 8. 각 소명자료요구서를 발송하고, 2021. 4. 20. 원고에 대한 조세범칙혐의자 1차 조사(이하 ⁠‘제1차 조사’라 한다) 및 2021. 4. 26. 원고에 대한 조세범칙혐의자 2차 조사(이하 ⁠‘제2차 조사’라 한다)시에도 원고에게 매출 관련 자료를 제출할 것을 요구하였다.

원고는 제1차 조사에서 ⁠“11월, 12월달 ⁠(전복치패) 판매분은 대부분 바로 결제가 된다고 생각하시면 되고 다음 해 1월부터 4월에 판매한 치패의 경우 보통 2, 3년에 걸쳐 회수되거나 못 받는 경우도 많다”, ⁠“통상적으로 치패를 판매할 때 외상매출로 하고 판매대금은 보통 1년 아니면 2년 후에 받기 때문에 통장으로 확인이 되지 않는다”(을 제2호증의 1, 제13면), ⁠“세금계산서가 빠진 경우도 있다”(을 제2호증의 1, 제16면), ⁠“조사대상기간 중 발생한 미수금에 대한 장부는 별도로 보관하고 있지 않다”(을제2호증의 1, 제15면)고 진술하였을 뿐, 이 사건 세무조사 기간 중에 2015년 내지 2019년의 매출액을 뒷받침할 자료는 제출하지 못하였다.

다) 피고는 이 사건 세무조사 중 원고와 그의 배우자 PPP 계좌(이하 ⁠‘이 사건 각 계좌’라 한다)에 대한 금융거래정보의 제공요구서를 발송하여 총 6개 계좌의 금융거래정보를 회신받았는데, 2015년부터 2019년까지 이 사건 각 계좌로 입금된 금액의 합계는 4,596,040,400원, 출금된 금액의 합계는 4,565,045,615원이었다. 원고는 이 사건 각 계좌에 모든 매출자료가 있다고 주장하고, ⁠“입금액 중에는 전복치패 판매금액이 아닌 자금대여 관계도 있고 2015년 통장입금액은 상황이 어려워서 2013, 2014년도 매출판매대금을 전복양식업자들에게 독촉을 해서 회수한 부분이 많다”고 주장하였으나, 계좌내역 중 이 사건 각 양식장의 수입금액에서 제외되어야 하는 금액과 관련 자료를 구별하여 제출하지는 못하였다.

원고는 이 사건 이의신청시에야 이 사건 각 계좌 입금액 중 수입금액 해당분과 수입금액 제외분을 구분하여 제출하였는데, 이 사건 이의신청시에는 수입금액 해당분이 약 21억 3,400만 원, 제외분이 약 13억 9,200만 원이라고 주장하다가, 행정심판 청구시에는 수입금액 해당분이 약 17억 4,500만 원, 제외분이 약 21억 2700만 원이라고 주장하였다.

라) 원고의 주장과 같이 이 사건 각 계좌 입금액만을 분석하여 이 사건 각 양식장의 수입금액의 확인이 가능하다고 보려면, 이 사건 각 양식장의 전체 매출이 이 사건 각 계좌에 모두 입금되었다는 전제가 성립되어야 한다. 그러나 ① 전복 치패 양식 업종 특성상 외상매출금이 발생하게 되므로 회수되지 않은 외상매출금은 계좌 거래내역만으로는 확인이 불가한데, 원고는 이 사건 세무조사시 이 사건 과세대상기간 중 발생한 미수금에 관한 장부는 없다고 주장해왔던 점, ② 외상매출금의 회수주기는 2~3년이므로 각 거래내역의 귀속연도 확인이 필요한데, 원고가 이 사건 세무조사 기간 중 이를 제대로 밝히지 않았으므로 계좌거래내역만으로는 각 거래내역의 귀속연도를 알 수 없었을 것으로 보이는 점, ③ 원고가 이 사건 과세대상기간에 신고한 제1양식장의 수입금액은 원고가 FFF 등에 대한 형사고소 사건에서의 원고 진술 및 관련 민사소송에서 주장한 연간 매출인 ⁠‘약 20억 원’과는 상당한 차이가 있었던 점 등에 비추어 보면, 이 사건 각 계좌 입금액과 피고가 일시보관한 서류 등 피고가 확보한 자료만으로는 이 사건 각 양식장의 이 사건 과세대상기간 수입금액을 모두 파악할 수 없는 사정이 있었다고 봄이 타당하다.

마) 원고는 이 사건 장부가 이 사건 조사대상기간의 이 사건 각 양식장 수입을 모두 기록한 장부이므로 이 사건 장부 등에 대한 실지조사로 이 사건 각 양식장의 수입금액을 산정하는 것이 가능하다고 주장한다. 그러나 아래와 같은 사정에 비추어 보면, 이 사건 장부가 이 사건 각 양식장의 이 사건 과세대상기간 수입금액 전체를 기록하였다거나, 이 사건 각 계좌의 거래내역으로 알 수 없는 외상금 매출까지 모두 기록하고 있다고 인정하기 어려우므로, 이러한 경우에까지 피고가 원고로부터 이 사건 장부를 제출받아 미비 부분이나 허위 부분을 지적하고 새로운 자료의 제시를 요구하여야 했다고 볼 수도 없다.

① 원고는 2023. 12. 5.자 준비서면에 첨부한 ⁠[별지1] ⁠‘기타 증빙자료’가 이사건 장부 기재에 의하여 산출한 이 사건 과세대상기간 수입금액이라고 주장한다. 그러나 ⁠[별지1] ⁠‘기타 증빙자료’ 내역에는 과세자료(계산서합계표 불부합) 검토 시 매출 누락된 것으로 확인된 외상매출액 중 ㉠ QQ수산 대상 매출 1,300만 원(2018년 귀속), ㉡ RR수산 대상 매출 3750만 원(2018년 귀속), ㉢ 주식회사 SSSSSS연구원(TTT) 대상 매출 750만 원(2019년 귀속), ㉣ UU메탈에 대한 2019. 9.경 매출 중 일부인 500만 원, ㉤ WW금속주식회사에 대한 2019. 9.경 매출 중 일부인 1,100만 원이 각 누락되어 있고(을 제4호증 참조), 피고가 2021. 3. 16. 원고로부터 제출받아 일시 보관한 장부 및 서류에서 확인된 외상매출금 합계 3억 8,700만 원 중 ㉥ NNN에 대한 2017. 3.경 매출 5,750만 원(을 제13호증 참조), ㉦ OOO에 대한 2018. 2.경 매출 2,200만 원(을 제14호증 참조), ㉧ MMM에 대한 2019. 4. 26.자 매출 7,680만 원(을 제12호증 참조) 등의 매출내역이 다수 누락된 것으로 보이므로, 이 사건 장부를 토대로 한 ⁠[별지1] ⁠‘기타 증빙자료’가 원고의 이 사건 과세대상기간 수입금액을 모두 반영하고 있다고 믿기 어렵다.

② 원고는 이 사건 세무조사 기간 중에는 이 사건 장부를 토대로 이 사건 과세대상기간 수입금액을 산정해야 한다고 주장한 바 없고, 2021. 7. 1. 이 사건 이의신청을 하면서 계좌 입금액 중 수입금액 해당분과 수입금액 제외분을 구분하여 처음 제출하면서 수입금액에서 13억 9,200만 원이 제외되어야 한다고 주장하다가, 2021. 12. 20. 심판청구시에는 21억 2,700만 원이 제외되어야 한다고 주장을 변경하였는바, 이 사건 장부와 각 계좌내역, 확인서 등을 토대로 원고의 수입금액을 명확히 정리할 수 있었다면 위와 같이 수입금액에 대한 원고의 주장과 금액이 변동되지는 않았을 것으로 보인다.

바) 전복 치패 양식 업종 특성상 외상매출금 발생은 필수적이나, 앞서 본 바와 같이 원고는 연도별 외상매출금의 발생 및 회수에 대한 증빙을 제대로 제출하지 않았으며, 외상매출금의 회수주기가 1~2년, 많게는 3년에 걸쳐 회수되기 때문에 이 사건 각 계좌의 입금액 및 피고가 일시보관한 자료들, 원고에 대한 제1, 2차 조사 결과 등만으로는 이 사건 각 양식장의 이 사건 과세대상기간 수입금액 귀속시기, 외상매출금의 존부나 그 규모를 파악할 수 없었을 것으로 보인다. 또한 원고가 이 사건 이의신청시 매출 근거로 삼은 이 사건 장부에 의하더라도 누락된 내역들이 있어 이 사건 과세대상기간의 전체 매출자료 파악이 불가하였으므로, 과세표준이 되는 수입금액을 계산할 때 필요한 장부와 그 밖의 증명서류가 없거나 중요한 부분이 미비하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에 해당하였다고 봄이 타당하다.

따라서 피고의 추계조사결정이 구 소득세법 시행령 제143조 제1항 제1호의 추계과세 허용요건을 갖추지 못하여 위법하다는 원고의 주장은 이유 없다.

나. 추계과세 방법의 위법 여부 및 합리성 유무에 관한 판단(이 사건 종합소득세 재경정처분 관련)

1) 관련 법령 및 법리

구 소득세법 시행령 제144조 제1항에서는 ⁠‘사업자의 수입금액을 장부 기타 증빙서류에 의하여 계산할 수 없는 경우 그 수입금액은 다음 각 호의 1의 방법에 의하여 계산한 금액으로 한다’고 규정하고, 그중 제3호는 ⁠‘국세청장이 업종별로 투입원재료에 대하여 조사한 생산수율을 적용하여 계산한 생산량에 당해 과세기간 중에 매출한 수량의 시가를 적용하여 계산하는 방법’을, 제5호는 ⁠‘추계결정ㆍ경정대상사업자에 대하여 제 2호 내지 제4호의 비율을 산정할 수 있는 경우에는 이를 적용하여 계산하는 방법’을 각 규정하고 있다.

수입금액 추계가 정당한 것으로 시인되기 위해서는 수입금액을 추계할 수 있는 요건을 갖추었다는 것만으로 부족하고, 추계의 내용과 방법이 구체적인 사안에서 가장 진실에 가까운 수입금액의 실액을 반영할 수 있도록 합리적이고 타당성이 있는 것이어야 하며, 추계방법의 적법 여부가 다투어지는 경우에 합리성과 타당성에 대한 증명책임은 과세관청에 있지만, 과세관청이 관계 규정이 정한 방법과 절차에 따라 추계하였다면 합리성과 타당성은 일단 증명되었고, 구체적인 내용이 현저하게 불합리하여 수입금액의 실액을 반영하기에 적절하지 않다는 점에 관하여는 이를 다투는 납세자가 증명할 필요가 있다(대법원 1997. 10. 24. 선고 97누10192 판결, 대법원 2010. 10. 14. 선고 2008두7687 판결 참조).

2) 추계과세 방법의 위법 여부

피고는 이 사건 각 양식장의 업종 특성, 판매방식에 비추어 관련 소송 감정결과 및 관련 민사소송에서 사용된 ⁠‘파판 수에 따른 치패 생산량 산정방법’(이하 ⁠‘이 사건 산정방법’이라 한다)이 이 사건 각 양식장의 수입금액 실액을 가장 정확히 반영할 수 있는 방법이라고 판단하여 그에 따라 이 사건 각 양식장의 생산수율(이 사건 각 양식장의 연간생산량을 산출)을 계산하고, 계산된 생산량에 대한 시가(○○지역 시기별 치패 생산량과 단가를 반영한 가중단가)를 적용하여 이 사건 각 양식장의 전복판매 수입금액을 별지1 목록 ⁠[표3] 기재와 같이 추계하였고, 이 사건 이의신청 이후 재차 별지1 목록 ⁠[표4] 기재와 같이 추계하였다.

이와 같은 추계방법은 이 사건 각 양식장의 매출액을 산출할 수 있는 다른 방법이 없는 이 사건에 있어 가장 객관적인 자료에 근거하여 과세표준을 추계한 것으로서 구 소득세법 시행령 제144조 제1항 제5호, 제3호에 의하여 허용되는 추계방법에 해당한다. 따라서 피고가 선택한 추계방법 자체가 구 소득세법 시행령 제144조 제1항에서 예정한 수입금액의 계산방법에 해당하지 않으므로 위법하다는 원고의 주장은 이유 없다.

3) 이 사건 추계과세에 합리성과 타당성이 인정되는지 여부

피고는 이 사건 산정방법을 사용하여 이 사건 각 양식장의 연간생산량을 산출한 후, 생산효율을 감안하여 파판 당 치패부착량은 5.2미로 적용하고, ○○지역 시기별 치패 생산량(1차: 71.2%, 2차: 28.8%), 판매단가(1차: 11월 단가 적용, 2차: 3, 4월 평균단가 적용)를 반영한 가중단가를 매년 계산하여, 이 사건 각 양식장의 이 사건 과세대상기간 중 수입금액을 추계하였다. 아래에서는 제1양식장의 2015년도 수입금액, 제1양식장의 2016, 2018, 2019년 각 수입금액, 제2양식장의 2015, 2016, 2017년의 수입금액을 각 추계한 것에 합리성과 타당성이 인정되는지에 관하여 살펴본다.

가) 제1양식장의 2015년도 수입금액 추계부분

앞서 든 증거와 을 제5호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 아래의 사실 및 사정에 의하면, 피고가 이 사건 산정방법에 따라 이 사건 제1양식장의 2015년도 수입금액을 별지1 ⁠[표4] 기재 수입금액인 453,447,881원으로 추계한 것이 합리적이지 않다거나 타당하지 않다고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(1) 이 사건 산정방법의 합리성(평균 연간생산량)

관련 소송 감정결과에 의하면, 양식장 평균연간생산량의 산정방법으로는 ㉠실적자료에 의한 생산량 추정, ㉡ 현장조사에 의한 수면적에 따른 생산량 추정, ㉢ 현장조사에 의한 파판 수에 따른 생산량 추정 방법(이 사건 산정방법)의 방법이 있는데, 그중 ㉠의 산정방법은 다시 ⓐ 3년 이상의 자료가 있는 경우 최근 3년간의 생산실적을 평가하여 구하는 방법, ⓑ 3년 미만의 자료가 있는 경우 해당 어업의 실적기간 중 생산량에 동일규모의 동종어업(통상 2건)의 3년 평균생산량을 곱하고 동일규모의 동종어업의 당해 실적기간 중의 생산량으로 나누는 방법(동일규모 동종어업의 생산량이 없는 경우에는 유사규모의 동종어업의 생산량으로 나누는 방법)으로 나누어진다(을 제1호증 제9면 이하 참조).

제1양식장의 평균 연간생산량은 원고가 관련 소송 감정을 위해 제출한 실적자료인 재무제표 자료에 의할 경우(ⓐ 방법) 2,656,666미로, ㉡ 방법에 의하면 5,270,633미로, 이 사건 산정방법에 의하면 6,247,904미로 각 산출되었다.

관련 민사소송에서는 일반적으로 어업 활동을 함에 있어서 개인과 개인의 관계에서 자료를 남기지 않고 매매를 하는 경우가 많기 때문에 판매 자료를 남기지 않는경우가 다수 있고, 세무서에는 세금 문제 등으로 제대로 신고를 하지 않는 경우도 빈번하다는 점을 들어 원고가 제출한 실적 자료를 토대로 평균 연간 생산량을 산정한다는 것은 한계가 있고, 실적 자료의 미비로 평균 연간 생산량을 산정하지 못할 경우 현장조사를 통하여 평균 연간 생산량을 추정할 수 있고, 육상 양식의 경우 수면양식보다 시설량 및 그에 따른 생산량을 정확히 추정할 수 있다고 본 법원감정인의 의견을 채택하여, 이 사건 산정방법에 의해 제1양식장의 평균 연간생산량을 산출하였다.

감정인은 제1양식장에 대한 2차례의 현장조사를 거쳐 제1양식장에 1.35m×8m 크기의 수조 653칸이 있고, 수조 1칸당 33cm×33cm 파판 40개가 1개의 틀에 묶여 총 46개의 틀이 들어가므로, 수조 1칸당 1,840장의 파판이 사용된다고 추정하였다.

한국해양수산개발원 수산업관측센터에서는 2015년부터 전복을 포함한 4개 어종에 관한 수산종자관측정보를 조사하여 발표하고 있는데(이하 ⁠‘수산종자관측정보 자료’라 한다), 특히 전복치패 생산에 관하여 주생산지역인 □□와 기타 지역으로 분류하여 수산물의 생산동향, 가격 등 조사내용을 정리하고 있다. 감정인은 위 자료에 기초하여 2015. 10. 파판당 평균 치패 부착량은 ○○의 경우 5.8미/파판이고, 이후 시간의 흐름에 따른 치패 부착량의 증․감을 고려하여 전복양식표준지침서(2008)에서 정한 ○○지역의 파판 수당 전복치패 생산량인 5.2미/파판이 제1양식장의 1파판 당 생산량이라고 보았다. 그 결과 제1양식장의 평균연간생산량은 6,247,904미(= 수조 653칸 × 1,840파판 × 5.2미)로 산정되었다[다만, 앞서 1의 다. 4] 및 뒤의 ⁠(2)항에서 본 바와 같이관련 민사소송의 항소심에서는 수조 1칸당 파판 수를 1,656파판으로 보았다].

아래에서 보는 사정과 사실들을 종합하면, 이 사건 산정방법을 통해 제1양식

장의 수입금액을 추계하는 것이 가장 진실에 가까운 수입금액의 실액을 반영하는 합리

적이고 타당성 있는 방법이라고 보인다.

① 실적 자료의 미비로 평균 연간 생산량을 산정하지 못할 경우라도 1년의 주기로 채란, 채묘, 양성 과정을 통하는 전복종묘생산업의 특성상 수조에는 일정한 양의 파판이 사용되고, 파판당 종묘생산량이 일정하게 유지되므로 파판 수에 따른 생산량으로 평균연간생산량을 추정할 수 있다고 보인다.

② 원고는 FFF에 대한 형사고소사건에서 수사기관에 ⁠‘수조당 1만~ 1만 5천개의 치패를 양식한다’고 진술하여 FFF의 이 사건 경계부분 차단으로 인해 총 20억원 상당의 손해를 입었다고 주장해왔는바(갑 제7호증 제37면 참조), 이 사건 산정방법에 의한 제1양식장의 평균 연간생산량인 6,247,904마리를 제1양식장의 수조 수인 653개로

나누어 보면 원고의 주장과 거의 부합한다⁶⁾.

③ 법원감정인은 이 사건 산정방법의 검증을 위하여 2019년경 제1양식장에 바로 인접한 FFF 등의 전복치패양식장 연간생산량을 같은 방법으로 산출하였는데, FFF 등의 양식장은 제1양식장과 동일하게 1.35m×8m 크기 수조 180개를 사용하고, 여기에 파판수를 계산하면 총 331,200장(= 파판 40장 × 46틀 × 수조 180칸)의 파판이 사용되었다. 제1양식장과 같이 파판 1장 당 5.2미의 전복 치패가 생산되는 것으로 계산하면, FFF 등의 양식장 연간 평균 생산량은 1,722,240미(= 331,200장 × 5.2미)로 산출되며 이 값은 FFF이 법원감정인과 면담할 당시 주장한 연간 생산량과 유사한 수치이다.

④ 한편 원고는 관련 민사소송에서 2015. 8. 폐사한 치패를 대신하여 미성숙 치패 6,900,000미를 매입하였다고 주장하였는바, 관련 소송 감정서에서 밝힌 일반적인 치패 생존율(생산수율) 90.5%를 위 매입수량에 적용하면 제1양식장의 연간생산량은 6,244,500미(= 6,9000,000미 × 90.5% = 6,244,500미)로 계산되어 파판수와 생산량의 상관관계식을 적용하여 산출된 6,247,904미와 거의 일치한다.

(2) 수조 수 및 파판 수

법원감정인은 관련 소송 감정을 위한 현장조사 당시 제1양식장 수조의 파판수를 일일이 확인하지는 못하였으나, 일부 수조의 파판 수를 확인한 결과 1개 틀에 38~40개의 파판이 끼워져 있었고, 1개 틀의 파판 수가 40개가 되지 않는 수조는 일부였으며, 파판은 소모품으로 종묘생산시 사용하다보면 부서져 한두 장씩 떨어져 나가는 경우가 있음을 고려하여 1개 틀당 파판 수를 40개로 산정하였다.

원고는 관련 민사소송에서 법원감정인이 채택한 ⁠‘파판 수에 따른 연평균생산량’에 따라 제1양식장의 평균 연간 생산량이 6,247,904미(= 수조 653칸 × 수조 당 파판수 1,840장 × 파판 당 치패 부착량 5.2미)라고 스스로 주장하였고, 관련 민사소송의 제1심 법원과 항소심 법원은 모두 법원감정인이 채택한 ⁠‘파판 수에 따른 연평균생산량’의 산출방법이 합리적이라고 판단하여 그 방법에 따라 제1양식장의 평균 연간 생산량을 산출하였다. 다만 항소심 법원은 항소심에서 이루어진 법원감정인에 대한 각 사실조회 내지 감정보완 결과에 따라 수조 1칸당 파판 수를 약 1,656장⁷⁾으로 보았다.

피고는 이 사건 이의신청 결과에 따라 이 사건 종합소득세 재경정처분시 수조 1칸 당파판 수를 1,656장으로 계산하였는바, 앞서 본 산정경위 및 관련 민사소송에서의 원고주장 등에 비추어 보면, 제1양식장의 수조 수 및 파판 수를 피고가 잘못 계산하였다거나 최대한계치인 40개로 설정하였다는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

(3) 파판 당 치패 생산량 및 생산효율

수산종자관측정보 자료에 의하면 전복의 경우 2015년 10월의 파판당 평균 치패 부착량은 전국평균이 5.6미, ○○의 경우 5.8미이고, 지역별 파판당 평균 치패 부착량은 2015년 기준으로 전국 5.6미, ○○의 경우 5.7미이다. 한편, 전복양식표준지침서(국립수산과학원 2008년 발간)에서는 ○○지역의 파판 수당 전복치패 생산량을 5.2미로 밝히고 있다. 법원감정인은 전복양식표준지침서가 2008년에 발간된 점을 지적하면서도, 제1양식장의 2015년도 파판 당 치패 생산량을 보수적으로 5.2미로 산정하였다.

양식장 가동율이 100%라고 하더라도 치패의 성장기간 동안 자연사망이 일어날 수 있으므로 파판 수에 따라 산정된 치패가 매출로 이어지는 생산효율이 고려되어야 하는데, 피고는 법원감정인이 산정한 파판당 치패 생산량이 ○○ 지역의 2015년 파판당 평균 치패 부착량인 5.8미에 생산효율 89.65%를 반영한 결과인 5.2미(= 5.8미× 89.65%)와 유사하여 그 결과가 타당하다고 보아 제1양식장의 파판 당 치패 부착율을 5.2미로 적용하였는바, 파판당 평균 치패 부착량이 과다하게 계산된 것으로 보기는 어렵다.

더욱이 원고는 2015. 8. 폐사한 전복과 치패를 대신할 미성숙 치패6,900,000미를 매입하였는데 이를 제1양식장의 총 파판 수인 1,201,520장(= 수조 653칸 × 수조 1칸당 파판 수 1,840장)로 환산하면 파판 당 5.7미(= 6,900,000미 ÷1,201,520장 = 5.74미)로 계산되므로, 이는 ○○군 파판당 평균 치패 부착량과 유사하다.

(4) 1, 2차 치패 생산비율 및 연간 평균 판매단가

피고는 관련 소송 감정결과 및 전복양식표준지침서를 참고하여 2015년 ○○지역 1차 치패 생산비율을 71.2%, 2차 치패생산비율은 28.8　%로 적용하였는바, 위와 같은 생산비율 산정 방식은 타당하다고 보인다.

전복치패의 판매단가 변동요인으로는 전복치패의 수요, 판매크기, 판매시기, 판매지역 등이 있을 수 있으므로, 그러한 변동요인을 반영하기 위해서는 평균연간 판매단가를 산출할 때 실제 매매된 실적자료를 바탕으로 월별판매비율이나 판매금액 등을 조사하여 결과를 적용하는 것이 가장 바람직하다. 그러나 원고는 관련 소송 감정에 있어 판매와 관련된 자료를 제출하지 않았고, 이에 법원감정인은 단위면적당 파판수가 유사한 □□ 지역의 종패 1미당 평균 판매 단가에 관하여 수산종자관측정보 자료를 참고하였다.

수산종자관측정보 자료에서는 전복치패 생산에 관하여 주생산지역인 □□와 기타 지역으로 분류하여 조사내용을 정리하고 있고, ○○지역 시기별 치패 생산비율과 판매단가를 고려하여 2015년 평균 단가를 280원으로 가중평균 계산하였다. 피고도 그자료에 따라 이 사건 종합소득세 재경정처분의 세액 계산시 280원을 2015년의 평균단가로 산정하였는바, 위 자료의 내용과 평균단가 산정 방식에 비추어 피고가 전복치패의 평균단가를 280원으로 하여 이 사건 종합소득세 재경정처분을 한 것이 비합리적이라 거나 타당하지 않다고 보기 어렵다.

(5) 양식장 가동률

법원감정인은 2017년 5월부터 2017년 12월까지 1차 감정을, 2018년 10월부터 2019년 3월까지 2차 감정을 실시하면서 제1양식장에 대한 현장조사를 진행하였고, 제1양식장의 가동률이 100%임을 확인하였다.

제1양식장은 어류양식과 같이 2~3년의 양식과정이 소요되지 않고 4월경에 산란 및 부화 과정을 시작으로 다음 해 4월경 판매까지 1년의 순환 주기를 가지는 전복 종패를 생산하는 곳이므로 전체 수조를 다 사용하여 종묘를 생산하게 되는 점, 한편 바다에 서 해수를 끌어오기 위한 펌프와 해수 순환을 위한 이 사건 여과조 등에 많은 전력이 사용되는데, 제1양식장 전체 수조를 사용하지 않고 일부 수조를 비워둔다는 것은 비효율적이라는 점에 비추어 보면, 2015년도 제1양식장의 가동률은 100%였던 것으로 보이고, 이와 같은 피고의 판단이 비합리적이라거나 타당하지 않다고 볼 수 없다.

(6) 2015년도 전복폐사에 따른 생존율 고려

피고는 이 사건 이의신청 결과에 따라 2015년 제1양식장의 2차 치패만이 생산되었다고 보아 5,623,114미(= 수조 수 653개 × 수조 1칸당 파판 수 1,656장 × 파판 당 치패부착량 5.2미) 중 2차 치패 생산 비율인 28.8%에 해당하는 1,619,457미(=5,623,114미 × 28.8%, 1미 미만 반올림)만이 생산되었다고 보고, 이에 대한 수입금액을 453,447,881원⁸⁾(= 1,619,457미 × 평균단가 280원)으로 추계하였는바, 2015년 제1양식장의 전복 폐사량을 고려한 합리적 판단으로 보인다.

나) 제1양식장의 2016년, 2018년, 2019년 수입금액 추계부분

피고는 제1양식장의 설비가 변동되지 않는 이상 이 사건 산정방법을 동일하게 적용하여 수입금액을 추계할 수 있다고 보고, 이 사건 산정방법에 따라 별지1 목록[표4] ⁠‘귀속’ 연도란 귀속 ⁠‘수입금액’란 각 기재와 같이 2016년, 2018년, 2019년의 연간생산량 및 수입금액을 추계하였는바, 앞서 든 증거와 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 아래의 사실 및 사정들을 종합하면, 제1양식장의 2016년, 2018년, 2019년 수입금액을 추계한 방법이 비합리적이라거나 타당하지 않다고 볼 수 없고, 동일한 방법으로 그 수입금액을 추계할 수 있다고 봄이 타당하다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(1) 실적 자료의 미비로 평균 연간 생산량을 산정하지 못할 경우라도 1년의 주기로 채란, 채묘, 양성 과정을 통하는 전복종묘생산업의 특성상 수조에는 일정한 양의 파판이 사용되고, 파판당 종묘생산량이 일정하게 유지되므로 파판 수에 따른 생산량으로 평균연간생산량을 추정할 수 있고, 2016년 이후에도 같은 방식으로 평균연간생산량을 추

정할 수 있다고 봄이 타당하다.

(2) 제1양식장의 수조 수는 2015년 이후에도 653칸의 규모를 유지하고 있었고, 감정인은 2021. 4. 12. 피고 소속 직원과의 문답시 ⁠“제1양식장 감정과정에서 양식장을 100% 가동한다는 것을 확인하였느냐”는 질문에 대해 ⁠“2017. 5.부터 2017. 12.까지 7개월 동안 1차 감정을, 2018. 10.부터 2019. 3.까지 6개월 동안 2차 감정을 진행하였는데, 감정기간 중 양식장을 100% 가동하고 있음을 확인하였다”고 답하였으므로, 제1양식장의 2015년 이후 수조 수, 파판 수를 2015년과 동일하게 두고, 가동율을 100%로 본 것에 사실을 오인한 잘못이 있다고 보이지 않는다.

(3) 파판당 치패 생산량 및 생산효율에 관하여 본다.

수산종자관측정보 자료에 따른 연도별 치패 부착량을 살펴보면, 전국, □□, 기타지역은 2015년, 2016년, 2017년으로 갈수록 지역별 치패 부착량이 늘어나고, ○○지역은 2015년부터 2017년까지 동일하게 5.8미로 추정된다. 피고는 2016년 내지 2019년도의 파판당 치패 생산량을 계산함에 있어서도 ○○지역 치패 부착량인 5.8미에 생산효율을 반영하여 5.2미로 산정한 것으로 보이는바, 파판당 평균 치패 부착량을 지나치게 과하게 산정하였다고 보기 어렵다.

(4) 1, 2차 치패 생산비율 및 연간 평균 판매단가

피고는 관련 소송 감정결과 및 전복양식표준지침서를 참고하여 2016년 내지 2019년의 ○○지역 1차 치패 생산비율을 71.2%, 2차 치패생산비율은 28.8%로 적용하였는바, 위와 같은 생산비율 산정 방식이 타당하다는 점은 앞서 제1양식장의 2015년도 수입금액 추계부분에서 본 바와 같다.

원고는, 이 사건 폐사사고 이후 모패에서 치패를 부화시켜 우량한 치패를 생산하지 못하고 타 업장에서 선별하고 남은 제2차 치패를 무상 혹은 유상으로 공급받았으므로 2015년 이후부터는 2차 치패의 생산비중이 증가하였다고 주장한다. 그러나 제1양식장은 4월경에 산란 및 부화 과정을 시작으로 다음 해 4월경 판매까지 1년의 순환 주기를 가지는 전복종묘생산업을 영위하는 곳이므로, 이 사건 폐사사고가 있었더라도 2016년도의 매출에까지 영향을 미쳤으리라고 단정하기는 어렵다. 또한 추계과세의 필요성이나 합리성이 과세관청에 의하여 일응 입증되면 구체적인 내용이 현저하게 불합리하여 수입금액의 실액을 반영하기에 적절하지 않다는 점에 관하여는 이를 다투는 납세자가 증명하여야 함은 앞서 관련 법리에서 본 바와 같다. 그런데 원고는 그 치패 생산 비율에 변동이 있다고 막연히 주장할 뿐 그 변동율에 관한 구체적 주장은 하지 않고 있고,

1차 치패와 2차 치패의 매출비율의 변화를 알 수 있는 판매내역 등 객관적 자료는 제출하지 못하고 있으므로, 원고의 이 부분 주장은 받아들이기 어렵다.

한편, 피고는 2015년도의 평균단가 산정방식과 동일하게, 수산종자관측정보 자료상의 ○○지역 시기별 치패 생산비율과 판매단가를 고려하여 2016년 평균단가는 286원, 2017년 평균단가는 290원, 2018년 평균단가는 286원, 2019년 평균단가는 280원으로 각 적용하였는바, 피고가 전복치패의 평균단가를 위와 같이 매년 산정하여 이 사건 종합소득세 재경정처분을 한 것이 비합리적이라거나 타당하지 않다고 보기 어렵다.

(5) 다른 종자(전복 중간패, 성패, 해삼 및 꽃게종자 등)를 양식하였다는 주장에 관한 판단

원고는 이 사건 과세대상기간 중 제1양식장의 상당량 수조에서 전복 치패가 아닌 유생, 중간패, 성패, 해삼 및 꽃게종자 등을 양식하였으므로, 제1양식장의 전체 수조에서 전복치패를 양식하였음을 전제로 한 이 사건 종합소득세 재경정처분은 위법하다고 주장한다.

갑 제20, 21호증의 각 기재에 의하면, 원고가 2018년 내지 2019년 사이에 전복 중간패, 해삼, 꽃게 등 전복치패가 아닌 다른 종자에 관한 납품계약을 체결하고, 세금계산서를 발행한 사실은 인정된다. 그러나 앞서 든 증거와 변론 전체의 취지에 의하면, 원고는 2018년, 2019년경 ZZZ에게 제2양식장을 무상으로 임대해주었고, ZZZ는 사업자등록 없이 제2양식장을 해삼양식장으로 개조하여 운영해왔던 사실이 인정되므로, ZZZ가 양식한 다른 종자들을 판매하면서 원고 명의로 납품계약서를 작성하거나 원고의 사업자등록번호로 계산서를 발행하였을 가능성이 높은 점(원고로부터 제1양식장을 임차한 JJJ도 제1양식장의 2017년도 매출에 대해 원고의 사업자등록번호로 계산서를 발행하였음은 아래 다.에서 보는 바와 같다), 법원감정인은 제1양식장에 대한 현장조사를 2017년 내지 2019년경 실시하였는데, 제1양식장에서 전복 종패를 생산하는 외에 중간패, 성패, 해삼 및 꽃게종자 등을 양식하고 있었다는 기록은 확인되지 않고, 원고도 관련 민사 소송과 FFF에 대한 형사고소사건의 고소인 진술 과정에서 전복중간패와 치패를 양식한다고 주장하였을 뿐 해삼, 꽃게 등 다른 종자에 대한 언급은 하지 않은 채 관련 소송 감정결과에 따라 전복 치패의 매출만을 그 손해배상근거인 매출자료로 삼았던 점 등에 비추어 보면, 제1양식장의 전체 수조에서 전복 치패를 양식하였음을 전제로 한 이 사건 산정방법에 따른 추계가 합리적이지 않다는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

다) 제2양식장의 수입금액 추계부분

피고는 제2양식장의 파판 수를 원고의 제2양식장에 파판을 납품하였던 FFF의 진술 및 파판 공급 견적서, 입금증빙을 통해 확인된 540,000개로 산정하였으며, 양식면적을 고려한 1㎡당 파판 수는 제1양식장과 제2양식장의 시설상 차이를 고려하여 86개로 산정한 후, 이에 따른 제2양식장의 연간 평균생산량을 계산하였다.

그러나 앞서 든 증거와 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 아래의 사정들을 종합하면, 피고가 제2양식장의 수조, 파판 수를 FFF의 진술과 파판 공급 견적서, 입금내역만으로 54만 개로 산정하여(1㎡당 86개) 계산한 것은 신빙할 수 없어 타당하다고 볼 수 없으므로, 이를 전제로 제2양식장의 전복치패 수입을 2015년 내지 2017년까지 별지1 ⁠[표4]와 같이 합계 2,403,648,000원으로 추계하고 이를 토대로 원고에게 2015년 내지 2017년 귀속 종합소득세를 경정한 것은 위법하다.

① 이 사건 산정방법은 파판 수에 따른 치패 생산량을 산출하는 것이므로, 그 전제가 되는 수조 수, 파판 수를 알 수 없다면 적용할 수 없게 된다. 그런데 피고는 이 사건 폐사사고로 원고와 다툼이 있었던 FFF의 진술만으로 제2양식장의 파판 수에 따른 연간생산량을 추정하였다.

② FFF이 2005. 3. 15. 원고에게 파판 54만 장을 1억 2,960만 원에 납품한 사실은 인정되나, 납품된 파판이 제2양식장에 모두 설치되었다고 단정할 수 없고, 납품시기도 이 사건 과세대상기간으로부터 약 10여 년 전이므로 이 사건 과세대상기간에도 FFF으로부터 납품받은 파판 수가 그대로 유지되고 있는지는 알 수 없다. 더욱이 FFF은 BB세무서 조사팀의 참고인 심문시 ⁠“제2양식장의 수조가 정확히 몇 칸인지 알지 못하고, 제2양식장의 수조는 일반적인 전복양식장 수조가 아닌 광어양식장 수조를 개조한 것이다”라고 진술하였는바, 그 진술에 의하더라도 수조당 들어가는 파판의 수도 제1양식장과는 상이할 것으로 보인다.

③ 그럼에도 불구하고 피고는 제2양식장의 이 사건 과세대상기간 중 총 수조수, 수조당 설치될 수 있는 파판의 수를 확인할 수 있는 제2양식장의 도면 등 객관적자료에 근거하지 않고, 원고와 다툼이 있었던 FFF의 진술 등만으로 제2양식장의 파판 수를 54만 개라고 추정하여 그에 따른 연간 평균생산량을 계산하였는바, 추계방법이 합리적이라거나 타당하다고 보기 어렵다.

4) 취소의 범위 이 사건 종합소득세 재경정처분 취소의 범위에 관하여 본다. 과세처분취소소송에 있어 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 하나, 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없다(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 등 참조).

그런데 이 사건에서 변론종결시까지 제출된 자료만으로는 제2양식장의 수입금액을 추계할 수 없어 결국 제2양식장의 수입금액에 대한 종합소득세가 포함된 이 사건 각 양식장의 2015년, 2016년의 각 수입금액에 대한 종합소득세 세액을 계산할 수 없고, 제2양식장만을 운영하였던 2017년도의 수입금액 역시 알 수 없으므로, 결국 이 사건 종합소득세 재경정처분 중 제2양식장의 수입금액에 대한 종합소득세가 포함되거나 제2양식장의 수입금액에 대한 2015, 2016, 2017년도 귀속 종합소득세의 경정처분[별지1 목록 ⁠[표1]의 2015, 2016, 2017연도 각 세액 부분(합계 441,729,034원)]을 전부 취소할 수밖에 없다.

다. 임대소득에 대한 이 사건 부가가치세 부과 처분의 위법 여부

1) 관련 법리

과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에 있어서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 관하여는 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 경험칙상 이례에 속하는 특별한 사정의 존재는 납세의무자에게 그 입증책임 내지는 입증의 필요가 돌아가고(대법원 1990. 2. 13. 선고 89누2851 판결 등 참조), 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수 는 없다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

앞서 든 증거와 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 아래의 사정들을 종합하면 원고가 2017년경 JJJ에게 이 사건 제1양식장을 임대하고 3억 원을 지급받아 동액 상당의 임대소득을 얻은 사실이 인정되므로, 이 사건 부가가치세 부과처분은 적법하다.

가) JJJ가 이 사건 임대차계약 체결 이후 2016. 12. 15.부터 2017. 8. 1.까지 합계 2억 4,490만 원을 원고 명의 계좌로 입금한 사실은 앞서 처분의 경위에서 본 바와 같다. JJJ는 2017. 4.부터 2018. 초까지 제1양식장을 운영하였는데, 그 이후인 2019. 4. 16. FFF과 전화통화에서 ⁠“원고 명의 통장으로 입금한 금액이 2억 2,000만원 내지 2억 3,000만 원 정도이고, 포크레인비, 감가비, 컨테이너비, 밸브값 등 계산하면 3억을 모두 지급하였다”고 말하였고, 한편 2017년경 제1양식장의 운영에 필요한 자재, 사료비, 전기료 등을 모두 JJJ가 부담하였으므로, JJJ가 원고 명의 계좌로 입금한 2억 4,490만 원 외에 현금으로 지급한 비용이나 각종 사료비 등 지출비용을 더하면, JJJ가 이 사건 임대차계약에 따른 임대료 3억 원 전액을 원고에게 지급하였다고 봄이 타당하다.

나) 원고는, 2017. 3.경 임대차계약을 해지하고 제1양식장을 공동운영하기로 하여 JJJ로부터 지급받은 임대료를 반환하였으므로, 임대소득 잔존을 전제로 한 이 사건 부가가치세 부과처분은 위법하다고 주장한다.

제1양식장을 공동운영하였다면 제1양식장의 자재비, 사료비 등 각종 비용을 원고와 분담하지 않고 JJJ가 모두 부담한다는 것은 납득하기 어렵고(2017년도에 원고는 사료매입비로 38,025,000원만을 부담하였는데, 이는 이 사건 과세대상기간인 2015년의 사료매입비가 약 2억 2,000만 원, 2016년의 사료매입비가 약 2억 4,400만원, 2018년의 사료매입비가 약 2억 1,300만 원인 것에 비해 매우 적은 액수이다), 원고와 JJJ가 이 사건 임대차계약을 체결하면서 처음 알게 된 사이임에도, 비용분담, 역할, 공동사업 기간, 수익 배분 등에 관한 내용이 담긴 계약서 등을 작성하지 않았다는 것은 매우 이례적이다.

증인 JJJ의 증언에 의하면, JJJ는 이 사건 임대차기간이 지난 후에도 FFF에게 ⁠‘자신이 제1양식장을 임차하였다’고 주장하였고, 법원감정인은 BB세무서 조사팀에서의 진술시 ⁠“2017년경 제1양식장을 찾아가서 감정을 진행하는 과정에서 원고이외의 다른 사람이 ⁠‘지금은 내가 어장을 운영하고 있는데 왜 감정을 진행하느냐’고 말한 사실이 있다”고 진술하였던바, 위와 같은 사정들을 종합하면, JJJ가 2017년경 제1양식장을 단독으로 운영하였다고 보는 것이 합리적이다.

다) JJJ로부터 지급받은 임대료 중 1억 8,250만 원을 ⁠‘반환’하였다는 원고 주장에 대하여도 본다.

앞서 가)에서 본 바와 같이 원고가 JJJ로부터 지급받았다고 볼 수 있는 금원은 3억 원에 이르는바, 그중 1억 8,250만 원만을 반환함으로써 임대차계약을 해지하였다는 원고의 주장은 받아들이기 어렵다.

수산종자산업육성법 제21조 제1항에 따라 수산종자생산업을 하려는 자는 생산시설마다 허가를 받아야 하고, 수산종자산업육성법 제22조에 따르면 수산종자생산업의 허가를 받은 시설물을 그 허가를 받은 자로부터 상속하거나 매입 또는 임차한 자는 그 허가를 받은 자의 지위를 승계하고, 종전에 허가를 받은 자의 지위는 그 효력을 상실하게 된다. JJJ가 제1양식장의 수산종자생산업 지위를 승계할 경우 종전에 허가를 받은 원고의 지위는 그 효력이 상실되어 금융기관에서 받은 사업자대출을 반환하여야 했으므로, 원고는 JJJ에게 수산종자생산업 지위를 승계해줄 수 없는 상황이었다. 이에 JJJ는 세무서에 사업자등록을 하지 못하였기 때문에 원고 명의로 물품판매계약서를 작성하거나, 필요시 세금계산서도 원고 명의로 발행하였던 것으로 보인다.

한편 원고가 JJJ 명의 계좌로 직접 지급한 합계 1억 1,100만 원 또는 원고의 거래처에서 JJJ에게 지급한 돈은 임대차기간이 종료될 무렵인 2017. 12부터 지급되기 시작하였고, 그 금액도 300만 원에서 4,500만 원까지로 분할되어 지급되거나 전복 치패 거래처로부터 지급되었으므로, 그 지급시기와 액수, 지급방법 등에 비추어 보면 위 돈은 JJJ가 제1양식장을 운영하면서 판매한 전복치패대금을 원고를 통해 지급받은 것으로 보인다. 설령 원고와 JJJ가 2017년경 제1양식장을 공동으로 운영한 사실이 있다고 하더라도, 위 돈은 공동사업에 따른 판매수익금을 배분한 것에 불과할 뿐이므로 이를 두고 임대료를 반환한 것이라고 볼 수는 없다.

5. 결 론

그렇다면 원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1) 원고는 처분일자를 2021. 5. 6.이라고 주장하였으나, 갑 제5호증에 의하면 이 사건 각 처분의 처분일자는 2021. 5. 4.이므로 직권으로 이를 정정한다.

2) 원고와 GGG이 공유하는 토지이다.

3) 원고 단독 소유의 토지이다.

4) GGG 단독 소유의 토지이다.

5) ○○군 ○○면 ○○리 ○○○○-○○, ○○, ○○ 토지 및 같은 리 ○○○○-○ 토지 중 원고의 지분 전부

6)  6,247,904미 ÷ 653칸 = 9,568미

7) 1틀당 36개의 파판이 끼워진 것으로 본 것이다.

8) 정확히 계산하자면 453,447,960원이고, 위 금액은 오기로 보인다.

출처 : 광주지방법원 2024. 11. 07. 선고 광주지방법원 2022구합13978 판결 | 국세법령정보시스템