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기업·사업 · M&A·기업실사·주식·자산양수도 2026.04.18 조회 168

회사 분할·합병 실무 절차, 처음이라면 반드시 알아야 할 단계별 가이드

강승구 변호사
옳은법률사무소 · 서울특별시 서초구

얼마 전 중견 제조업체를 운영하는 대표로부터 이런 이야기를 들었습니다. 사업부 하나를 떼어내 별도 법인으로 만들고 싶은데, 어디서부터 시작해야 하는지 감이 잡히지 않는다는 것이었습니다. 상법 조문을 펼쳐보니 절차가 복잡하고, 채권자 보호와 주주총회 결의 등 넘어야 할 산이 한두 개가 아니었습니다.

많은 기업 대표와 실무 담당자분들이 회사 분할과 합병 절차를 어려워합니다. 실제로 한 단계를 빠뜨리면 등기가 거부되거나, 채권자 이의로 일정 전체가 밀리는 일도 드물지 않습니다. 오늘은 분할과 합병 각각의 실무 절차를 단계별로 정리하겠습니다.

분할 절차 - 하나의 회사를 둘로 나누는 과정

회사 분할은 기존 법인의 사업 일부 또는 전부를 분리하여 새로운 법인을 설립하거나 기존 다른 법인에 흡수시키는 것을 말합니다. 상법 제530조의2 이하에서 규율하며, 크게 단순분할(신설분할)과 분할합병으로 나뉩니다.

Step 1. 분할계획서(분할합병계약서) 작성

분할의 출발점은 이사회 결의를 거쳐 분할계획서를 작성하는 것입니다. 단순분할이면 분할계획서, 분할합병이면 분할합병계약서가 필요합니다. 여기에는 신설회사의 상호, 목적, 본점 소재지, 발행 주식 수, 배정 비율, 이전할 재산과 채무의 명세 등이 모두 포함되어야 합니다.

소요기간: 2~4주 필요서류: 재무제표, 자산목록, 채무명세, 정관 초안 비용: 법률자문 500만~3,000만 원(규모에 따라 상이)
Step 2. 주주총회 특별결의

분할계획서 또는 분할합병계약서는 주주총회에서 특별결의(출석 주주 의결권의 3분의 2 이상, 발행주식 총수의 3분의 1 이상)를 받아야 합니다. 총회 소집통지는 회일 2주 전까지 발송해야 하며, 반대주주에게는 주식매수청구권이 부여됩니다.

소요기간: 소집통지 후 2주 이상 필요서류: 소집통지서, 분할계획서 사본, 위임장(대리인 출석 시)

반대주주의 주식매수청구권 행사 기간은 총회 결의일로부터 20일 이내입니다. 매수가액 협의가 되지 않으면 법원에 매수가액 결정을 청구할 수 있어, 일정이 추가로 지연될 수 있습니다.

Step 3. 채권자 보호절차

회사는 분할에 대해 이의가 있는 채권자에게 1개월 이상의 이의 제출 기간을 부여해야 합니다. 관보 공고와 함께, 알고 있는 채권자에게는 개별 최고(催告)를 해야 합니다. 채권자가 이의를 제출하면 변제하거나 상당한 담보를 제공해야 합니다.

소요기간: 최소 1개월 비용: 관보 공고비 약 10만~30만 원 필요서류: 관보 공고문, 개별최고서
Step 4. 분할등기

채권자 보호절차가 종료되면 분할 대상 회사의 변경등기와 신설회사의 설립등기를 동시에 신청합니다. 분할합병의 경우에는 존속회사의 변경등기도 함께 진행됩니다. 등기 완료 시점에 분할의 효력이 발생합니다.

소요기간: 등기 신청 후 3~7영업일 비용: 등록면허세 + 교육세(자본금 기준), 법무사 수수료 50만~200만 원 필요서류: 주주총회 의사록, 분할계획서, 채권자 이의 공고 증명, 재무상태표
분할 전체 소요기간은 통상 2~4개월이며, 채권자 이의 대응이나 반대주주 매수청구 분쟁이 발생하면 6개월 이상 소요되기도 합니다.

합병 절차 - 두 회사를 하나로 결합하는 과정

합병은 두 개 이상의 회사가 하나로 결합하는 것으로, 존속하는 회사가 소멸회사를 흡수하는 흡수합병과 모든 회사가 소멸하고 새 회사를 설립하는 신설합병이 있습니다. 실무적으로는 흡수합병이 압도적으로 많습니다.

Step 1. 합병계약서 체결

합병 당사회사의 이사회 결의를 거쳐 합병계약서를 작성하고 체결합니다. 합병계약서에는 합병 대가(합병비율), 존속회사의 증자 내용, 소멸회사 주주에 대한 주식 배정 방법, 합병기일 등이 기재됩니다. 합병비율 산정은 외부 평가기관의 가치평가를 거치는 것이 일반적입니다.

소요기간: 3~6주(가치평가 포함) 비용: 외부 가치평가 수수료 1,000만~5,000만 원, 법률자문 별도 필요서류: 재무제표, 사업계획서, 가치평가보고서
Step 2. 합병계약서 등 사전 공시

합병 당사회사는 주주총회 회일 2주 전부터 합병 후 6개월이 경과하는 날까지 합병계약서, 합병대차대조표 등을 본점에 비치하여 주주와 채권자가 열람할 수 있게 해야 합니다. 상장법인이라면 공정거래위원회 기업결합 신고, 금융위원회 주요사항보고서 제출도 필요합니다.

소요기간: 총회 2주 전부터 비치 시작 상장사 추가: 기업결합 신고 심사 30~120일
Step 3. 주주총회 특별결의

합병 당사회사 각각에서 주주총회 특별결의를 받아야 합니다. 결의 요건은 분할의 경우와 동일합니다. 다만, 소규모합병(존속회사가 발행하는 신주가 발행주식 총수의 10% 이하)이나 간이합병(소멸회사 주식의 90% 이상을 존속회사가 보유)에 해당하면 총회를 이사회 결의로 갈음할 수 있습니다.

소요기간: 2~3주 필요서류: 소집통지서, 합병계약서, 위임장

소규모합병의 경우에도 발행주식 총수의 20% 이상을 보유한 주주가 반대하면 주주총회를 개최해야 합니다.

Step 4. 채권자 보호절차

분할과 마찬가지로, 관보 공고 및 개별 최고를 통해 채권자에게 1개월 이상의 이의 제출 기간을 부여해야 합니다. 합병으로 인해 소멸회사의 채권자가 존속회사에 대한 채권자로 변경되므로, 이 단계를 소홀히 하면 합병 무효 사유가 될 수 있습니다.

소요기간: 최소 1개월 비용: 관보 공고비 약 10만~30만 원
Step 5. 합병등기 및 해산등기

합병기일이 도래하면 존속회사의 변경등기(자본금 증가 등)와 소멸회사의 해산등기를 동시에 신청합니다. 신설합병이면 신설회사의 설립등기와 각 당사회사의 해산등기를 진행합니다. 등기 완료 시점에 합병의 효력이 확정적으로 발생합니다.

소요기간: 3~7영업일 비용: 등록면허세 + 교육세, 법무사 수수료 100만~300만 원 필요서류: 합병계약서, 주주총회 의사록, 채권자 이의 공고 증명, 합병대차대조표
합병 전체 소요기간은 비상장회사 기준 3~5개월, 상장회사나 기업결합 심사가 필요한 경우 6개월~1년 이상 소요될 수 있습니다.

분할과 합병에서 공통적으로 주의할 실무 포인트

세무 이슈를 사전에 검토해야 합니다. 적격분할 또는 적격합병 요건을 충족하면 법인세법상 과세이연 혜택을 받을 수 있지만, 요건 불충족 시 양도차익에 대해 즉시 법인세가 과세됩니다. 적격 요건에는 사업의 계속성, 지배관계의 연속성(분할 후 5년간 지분 유지 등), 고용승계 요건 등이 포함되므로, 구조설계 단계에서 세무 전문가와의 협업이 필수적입니다.

근로관계 승계 문제를 간과해서는 안 됩니다. 분할이나 합병 시 근로자의 고용관계가 포괄적으로 승계되는 것이 원칙이지만, 분할계획서에 근로관계 승계를 명확히 기재하지 않으면 분쟁이 발생할 수 있습니다. 노동조합이 있는 경우 사전 협의도 필요합니다.

인허가 및 계약관계를 점검해야 합니다. 사업 관련 인허가(건설업 면허, 식품제조업 허가 등)가 법인 단위로 발급된 경우, 분할 후 신설법인이 별도로 인허가를 다시 취득해야 하는지 확인이 필요합니다. 주요 거래처와의 계약에 지배구조 변경 시 해지 조항(Change of Control Clause)이 있는지도 반드시 검토해야 합니다.

분할과 합병은 기업의 근본적 구조를 변경하는 중대한 의사결정입니다. 상법, 세법, 노동법, 공정거래법 등 다수의 법률이 교차하며, 한 단계의 하자가 전체 절차의 무효로 이어질 수 있습니다. 계획 단계에서부터 법률, 세무, 회계 전문가로 구성된 자문팀을 꾸려 체계적으로 진행하는 것이 가장 확실한 리스크 관리 방법입니다.

강승구
강승구 변호사의 코멘트
옳은법률사무소 · 서울특별시 서초구
분할이나 합병을 진행하면서 세무상 적격 요건을 놓쳐 수억 원의 법인세를 추가 부담하게 된 사례를 여러 차례 접했습니다. 특히 구조설계 초기 단계에서 법률과 세무 자문을 동시에 받는 것이 중요하며, 채권자 보호절차의 기한 준수 여부가 전체 일정의 성패를 좌우합니다. 복잡한 기업구조 재편을 앞두고 계시다면 가능한 이른 시점에 전문가의 도움을 받으시길 권합니다.
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