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칼럼 기업·사업 투자·벤처투자·스톡옵션
기업·사업 · 투자·벤처투자·스톡옵션 2026.05.06 조회 19

스톡옵션 행사 세금 유예 특례, 신청 절차와 요건 총정리

강성중 변호사

스톡옵션(주식매수선택권)을 행사하면 그 차익에 대해 바로 소득세가 부과됩니다. 수천만 원에서 수억 원에 달하는 세금이 한꺼번에 나오다 보니, 막상 행사를 앞두고 부담을 느끼시는 분들이 많습니다.

다행히 일정 요건을 갖춘 벤처기업 임직원이라면 스톡옵션 행사이익에 대한 납부 특례 제도를 통해 세금 납부를 최대 5년간 분할 또는 유예할 수 있습니다. 이 제도를 활용하면 행사 시점의 현금 유출 부담을 크게 줄일 수 있는데, 절차와 요건이 다소 까다로워 많은 분들이 어려워하십니다.

오늘은 이 납부 특례 제도의 적용 요건부터 신청 절차, 주의사항까지 차근차근 안내해 드리겠습니다.

납부 특례의 핵심 구조를 먼저 이해하기

스톡옵션 행사이익은 근로소득 또는 기타소득으로 과세됩니다. 일반적으로 행사 시점에 (행사 시 시가 - 행사가액)에 해당하는 금액 전체가 과세 대상이 되므로, 실제로 주식을 처분하지 않았더라도 세금부터 내야 하는 상황이 발생합니다.

조세특례제한법 제16조의4에서 정하는 스톡옵션 행사이익 과세 특례는 이 문제를 해결하기 위한 것으로, 크게 두 가지 혜택이 있습니다.

비과세 특례 : 벤처기업 임직원의 스톡옵션 행사이익 중 연간 5,000만 원까지 비과세 (2024년 개정 기준)

납부 유예 특례 : 비과세 한도를 초과하는 금액에 대해, 해당 주식을 실제로 처분하는 시점까지 또는 행사일로부터 최대 5년간 납부를 유예

이 글에서는 납부 유예 특례에 초점을 맞추어 안내해 드리겠습니다.

납부 유예 특례 적용 요건

특례를 적용받기 위해서는 아래 요건을 모두 충족해야 합니다. 하나라도 빠지면 적용이 거부되니, 미리 꼼꼼하게 확인해 두시는 것이 좋습니다.

1. 기업 요건

벤처기업육성에 관한 특별조치법에 따른 벤처기업일 것

스톡옵션 부여 시점에 벤처기업 확인을 받은 상태여야 함

2. 대상자 요건

해당 벤처기업의 임직원일 것 (사외이사, 단순 자문역 제외)

최대주주 및 특수관계인에 해당하지 않을 것

3. 스톡옵션 부여 요건

상법 또는 벤처기업법에 따라 적법하게 부여된 스톡옵션일 것

부여 후 2년 이상 재직 후 행사할 것

4. 납부 유예 한도

비과세(연 5,000만 원) 초과분에 대해 적용

납부 유예 대상 행사이익 한도: 연간 5억 원 이내

신청 절차 3단계 안내

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스톡옵션 행사 및 행사이익 산정 소요기간 : 행사일 기준 비용 : 행사가액 납입금

먼저 회사에 스톡옵션 행사 의사를 통보하고, 행사가액을 납입합니다. 이때 행사 시점의 주식 시가행사가액의 차이가 행사이익이 됩니다. 비상장주식의 경우 시가 산정 방법(보충적 평가방법 등)을 미리 확인해 두시는 것이 중요합니다.

행사이익이 5,000만 원 이하라면 비과세 특례만으로 충분하므로 납부 유예를 신청할 필요가 없습니다. 5,000만 원을 초과하는 경우에만 다음 단계로 진행합니다.

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납부 유예 신청서 제출 제출 시기 : 근로소득세 원천징수 신고 시 필요서류 : 4종

납부 유예를 받으려면 과세 특례 적용 신청서를 작성하여 원천징수의무자(회사)를 통해 관할 세무서에 제출해야 합니다.

필요 서류는 다음과 같습니다.

주식매수선택권 행사이익 납부 유예 신청서 (조세특례제한법 시행규칙 별지서식)

스톡옵션 부여 계약서 사본

벤처기업 확인서 사본 (부여 시점 기준)

행사이익 산정 내역서 (시가 산정 근거 포함)

회사가 원천징수 신고를 할 때 함께 제출하는 구조이므로, 반드시 회사 인사팀 또는 세무 담당자와 사전에 협의해야 합니다. 회사 측에서 이 제도를 모르는 경우도 적지 않으니, 관련 조문과 서식을 미리 안내해 드리시면 절차가 수월해집니다.

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유예 기간 관리 및 최종 납부 유예 기간 : 최대 5년 납부 시점 : 처분 시 또는 유예 만료 시

납부 유예가 승인되면, 아래 사유 중 가장 먼저 도래하는 시점에 유예된 세금을 납부해야 합니다.

해당 주식을 실제로 양도(처분)하는 때

스톡옵션 행사일로부터 5년이 경과하는 때

해당 기업이 벤처기업 확인 취소를 받는 때

주식 일부만 처분하는 경우에는 처분 비율에 해당하는 세금만 납부하면 됩니다. 5년 유예 기간이 만료되면, 남은 세금 전액을 일시에 납부해야 하므로 사전에 자금 계획을 세워두시는 것이 좋습니다.

비과세 특례와 납부 유예 특례의 비교

구분비과세 특례납부 유예 특례
대상 금액행사이익 중 연 5,000만 원비과세 초과분 (연 5억 원 한도)
효과소득세 면제납부 시점 이연
최종 세금없음처분 시 또는 5년 후 납부

두 특례는 양자택일이 아니라 동시에 적용됩니다. 예를 들어 행사이익이 2억 원이라면, 5,000만 원은 비과세로 면제되고 나머지 1억 5,000만 원에 대해 납부 유예를 신청할 수 있습니다.

실무에서 자주 놓치는 주의사항

1. 부여 시점의 벤처기업 확인 여부가 관건입니다

행사 시점이 아니라 부여 시점에 벤처기업이어야 합니다. 부여 당시에는 벤처기업이었으나 행사 시점에 확인이 만료된 경우, 비과세와 납부 유예 모두 적용 가능합니다. 반대로 부여 시점에 벤처기업이 아니었다면 행사 시점의 확인 여부와 무관하게 특례를 받을 수 없습니다.

2. 회사와의 사전 협의가 필수입니다

납부 유예 신청은 원천징수의무자인 회사를 통해 이루어집니다. 회사가 일반적인 원천징수를 먼저 진행해 버리면 이후 수정 신고 절차가 복잡해지므로, 행사 전에 반드시 회사 측과 납부 유예 적용 여부를 합의해야 합니다.

3. 유예 기간 중 주가 하락 리스크를 고려해야 합니다

납부 유예된 세금은 행사 시점의 행사이익을 기준으로 확정됩니다. 유예 기간 동안 주가가 하락하더라도 세금 금액은 줄어들지 않습니다. 따라서 주가 변동 가능성을 감안하여 행사 시점과 처분 시점을 전략적으로 결정하는 것이 중요합니다.

4. 양도소득세와의 관계를 확인해야 합니다

납부 유예된 세금(근로소득세 또는 기타소득세)과 주식 처분 시 발생하는 양도소득세는 별개입니다. 처분 시점에 두 가지 세금이 동시에 발생할 수 있으므로, 총 세금 부담을 미리 시뮬레이션 해보시는 것을 권합니다.

신청 전 체크 포인트 정리

스톡옵션 부여 당시 벤처기업 확인서를 보유하고 있는가

부여 후 2년 이상 재직 요건을 충족했는가

최대주주 또는 특수관계인에 해당하지 않는가

행사이익이 비과세 한도(5,000만 원)를 초과하는가

회사 세무 담당자와 납부 유예 적용에 관해 사전 협의했는가

유예 만료 시점(5년 후)의 자금 계획을 수립했는가

스톡옵션 행사는 임직원에게 큰 보상이 되는 동시에, 세금 부담이라는 현실적인 과제를 동반합니다. 납부 유예 특례를 활용하면 현금 흐름에 여유를 확보할 수 있지만, 요건 충족 여부와 사후 관리까지 꼼꼼히 살펴야 제도의 혜택을 온전히 누릴 수 있습니다.

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강성중 변호사의 코멘트
스톡옵션 행사이익 과세 특례는 벤처 임직원분들이 가장 많이 문의하시는 주제 중 하나입니다. 실무에서 보면 부여 시점의 벤처기업 확인 여부나 회사와의 사전 협의를 놓쳐 특례 적용이 무산되는 경우가 적지 않습니다. 행사 전에 세무 전문가와 함께 요건 충족 여부를 점검해 보시길 권합니다.
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