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칼럼 기업·사업 법인설립·지분구조·주주간계약
기업·사업 · 법인설립·지분구조·주주간계약 2026.05.15 조회 107

비영리법인 전환 절차, 영리법인이 비영리로 바꿀 수 있을까

손수혁 변호사
선우 법률사무소 · 서울특별시 서초구

오늘은 비영리법인 전환 절차에 대해 알아보겠습니다. 영리법인을 운영하다 사업 성격이 공익에 가까워졌거나, 정부 보조금·기부금 영수증 발급이 필요해 비영리법인으로 전환을 고민하시는 분들이 많습니다. 그런데 실무에서 자주 접하는 오해 중 하나는 "주식회사를 그대로 사단법인으로 바꿀 수 있다"는 생각입니다. 결론부터 말씀드리면 현행법상 영리법인이 비영리법인으로 직접 조직변경되는 절차는 존재하지 않습니다.

Q. 운영 중인 주식회사를 비영리법인(사단법인·재단법인)으로 바꿀 수 있나요?

1. 핵심 결론 — 직접 전환은 불가, 신설+해산 방식

첫째, 우리 상법과 민법은 영리법인과 비영리법인 사이의 조직변경을 인정하지 않습니다. 상법상 조직변경은 같은 영리법인 안에서만 가능합니다(예: 유한회사 ↔ 주식회사). 둘째, 따라서 실무적으로는 두 가지 방식 중 하나를 선택하게 됩니다.

방식 A. 비영리법인을 새로 설립한 뒤, 기존 영리법인의 자산·사업을 양도(또는 기부)하고 기존 법인은 해산·청산합니다.

방식 B. 영리법인은 그대로 유지하면서, 별도로 비영리법인을 설립하여 공익 사업만 분리 운영합니다(이른바 듀얼 구조).

셋째, 어느 쪽이든 핵심은 "기존 법인의 잔여재산을 어떻게 처리할 것인가"입니다. 비영리법인은 잉여금을 구성원에게 분배할 수 없으므로, 주주에게 잔여재산을 배당하면 그 즉시 거액의 배당소득세가 발생합니다.

2. 법적 근거와 비영리법인의 종류

민법 제32조는 학술, 종교, 자선, 기예, 사교 기타 영리 아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단은 주무관청의 허가를 얻어 법인으로 할 수 있다고 정하고 있습니다. 비영리법인의 종류는 크게 다음과 같이 나뉘며, 무엇을 선택하느냐에 따라 절차와 세제 혜택이 완전히 달라집니다.

비영리법인 유형별 비교

  • 비영리 사단법인 — 사람의 결합체. 정관, 사원총회, 이사회 필요. 주무관청 허가제.
  • 비영리 재단법인 — 재산의 결합체. 출연재산이 핵심. 설립자가 사망해도 존속.
  • 공익법인 — 학술·자선을 목적으로 하는 사단·재단 중 공익법인법 적용. 감독이 가장 엄격.
  • 사회적협동조합 — 협동조합기본법상 비영리. 기획재정부 인가. 배당 금지.
  • 지정기부금단체 — 위 법인 설립 후 별도로 기획재정부 지정을 받아야 기부금 영수증 발급 가능.

3. 실무 절차 — 신설형 전환 단계별 흐름

1
목적사업과 주무관청 확정사업 내용에 따라 관할이 달라집니다. 교육은 교육부, 보건·복지는 보건복지부, 문화·예술은 문화체육관광부 등입니다. 잘못 신청하면 반려됩니다.
2
발기인·출연자 모집 및 정관 작성사단법인은 발기인 2인 이상(실무상 5인 이상 권장), 재단법인은 출연재산이 핵심입니다. 정관에는 잔여재산 귀속에 관한 조항을 반드시 두어야 합니다.
3
창립총회 개최 및 주무관청 설립허가 신청설립취지서, 정관, 임원취임승낙서, 재산목록, 사업계획서, 수지예산서 등을 첨부합니다. 허가까지 통상 2~3개월이 소요됩니다.
4
설립등기허가서를 받은 날로부터 3주 이내에 주된 사무소 소재지 관할 등기소에 설립등기를 마쳐야 법인격을 취득합니다.
5
고유번호증 발급 및 자산 이전세무서에서 고유번호증을 발급받은 뒤, 기존 영리법인의 자산을 양도·기부 방식으로 이전합니다. 이때 양도소득세, 부가가치세 과세 여부를 사전 검토해야 합니다.
6
기존 영리법인의 해산·청산주주총회 특별결의로 해산을 결의하고 청산인을 선임합니다. 잔여재산 분배 시점에서 세금이 결정되므로, 자산 이전 단계와 순서를 맞춰야 합니다.

4. 예외와 함정 — 반드시 확인할 세 가지

잔여재산의 귀속

민법상 비영리법인이 해산할 경우 잔여재산은 정관에 정한 자에게 귀속되며, 정관에 정함이 없으면 국고에 귀속됩니다. 즉 "내 돈을 비영리법인에 넣었다가 나중에 돌려받겠다"는 발상은 성립하지 않습니다.

증여세 과세 문제

영리법인이 신설 비영리법인에 자산을 무상이전하면 증여세 또는 법인세가 문제될 수 있습니다. 공익법인으로 인정받기 전 상태에서 자산을 이전하면 최대 50% 수준의 세부담이 발생할 수 있으므로, 공익법인 지정 이후 이전 시점을 조율하는 것이 중요합니다.

기부금 영수증 발급 자격

비영리법인이 된다고 자동으로 기부금 영수증을 발급할 수 있는 것은 아닙니다. 지정기부금단체로 별도 추천·지정을 받아야 하며, 통상 설립 후 1년 이상의 활동 실적과 결산서가 요구됩니다.

5. 실무 팁 — 시작 전 점검할 사항

첫째, 사업 성격이 진짜 비영리에 부합하는지 점검하십시오. 회비·후원금 중심이 아니라 수익사업 비중이 크면 비영리법인 형식은 오히려 불리합니다.

둘째, 출연 예정 자산의 규모와 세무 영향을 사전에 시뮬레이션하십시오. 부동산이 포함되면 취득세 감면 여부도 함께 검토해야 합니다.

셋째, 정관 작성 단계에서 임원 구성, 의결 정족수, 잔여재산 귀속을 정밀하게 설계해야 합니다. 설립 후 정관 변경도 주무관청 허가사항이라 까다롭습니다.

넷째, 기존 영리법인의 주주 간 이해관계를 먼저 정리하십시오. 일부 주주만 공익 전환에 동의하지 않는 경우, 주식 매수 또는 자본감소 절차가 추가됩니다.

비영리법인 전환은 "법인 옷만 갈아입는" 단순한 일이 아니라, 자산 이전·세무·주주관계가 얽힌 복합 절차입니다. 단계별 순서와 타이밍에 따라 세부담이 수억 원 단위로 달라질 수 있으므로, 설립 신청서를 작성하기 전에 전체 흐름을 먼저 설계하는 것이 무엇보다 중요합니다.

손수혁
손수혁 변호사의 코멘트
선우 법률사무소 · 서울특별시 서초구
실무에서 보면 비영리법인 전환을 "등기만 다시 하면 되는 일"로 가볍게 생각하시는 분들이 적지 않습니다. 그러나 잔여재산 처리와 자산 이전 순서를 잘못 잡으면 세부담만 수억 원이 발생할 수 있습니다. 설립 허가 신청 전에 세무·법무 검토를 함께 받으시길 권합니다.
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