요지

사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 안분계산 하는 것임

회신

주관기관과 참여기관(이하 ⁠“사업자”)이 정부 또는 정부의 위임을 받은 전문기관과 관계법령에 따라 연구개발과제협약을 체결하여 국책연구과제를 수행한 후 그 연구개발의 결과물(무형적 및 유형적)을 사업자에 귀속시키기로 하고, 해당 연구개발과 관련하여 재화 또는 용역과 직접 관련 없이 정부 또는 정부의 위임을 받은 자로부터 정부출연금을 지원받은 경우 해당 출연금은 ｢부가가치세법｣ 제29조제5항제4호에 따라 부가가치세 과세표준에 포함하지 아니하는 것이며,
자기의 과세사업과 관련하여 공급받은 재화 또는 용역의 대가를 종업원명의의 신용카드를 사용하여 지급하고 부가가치세법 시행령 제88조제5항에 따른 일반과세자로부터 부가가치세액이 별도로 구분 가능한 신용카드매출전표를 교부받은 경우 동 부가가치세는 매출세액에서 공제할 수 있는 매입세액으로 보는 것입니다.
다만, 부가가치세 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자가 자기의 면세사업과 관련하여 연구기자재 등을 구입하면서 부담한 부가가치세는 같은 법 제39조제1항제7호에 따라 매출세액에서 공제하지 아니하는 것이며, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용하여 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 ｢부가가치세법 시행령｣ 제81조에 따라 안분 계산하는 것으로 기존 해석사례를 보내 드리니 참고하시기 바랍니다.
○ 기준 2018-법령해석부가-0206, 2018.10.23.
사업자(이하 ⁠“주관기관”)가 정부 또는 정부의 위임을 받은 전문기관과 관계법령에 따라 연구개발과제협약을 체결하여 국책연구과제를 수행한 후 그 연구개발의 결과물(무형적 및 유형적)을 주관기관에 귀속시키기로 하고, 해당 연구개발과 관련하여 재화 또는 용역과 직접 관련 없이 정부 또는 정부의 위임을 받은 자로부터 정부출연금을 지원받은 경우 해당 출연금은 ⁠「부가가치세법」제29조제5항제4호에 따라 부가가치세 과세표준에 포함하지 아니하는 것이며, 사업자가 자기의 과세사업과 관련하여 연구기자재 등을 구입하면서 부담한 부가가치세액은 같은 법 제38조제1항에 따라 매출세액에서 공제할 수 있는 것임
○ 전자세원과-847, 2009.12.18.
사업자가 자기의 과세사업과 관련하여 공급받은 재화 또는 용역의 대가를 종업원명의의 신용카드를 사용하여 지급하고 공급자(일반과세자)로부터 부가가치세액이 별도로 구분 가능한 신용카드매출전표를 교부받은 경우 동 부가가치세는 매출세액에서 공제할 수 있는 매입세액으로 보는 것이나, 이 경우 당해 종업원명의의 신용카드로 공급받은 재화 또는 용역이 자기의 과세사업과 관련되는지 여부는 구체적인 거래사실에 따라 사실판단할 사항임
○ 부가가치세과-1367, 2010.10.14.
부가가치세가 면제되는 여객운송용역과 과세되는 부동산 임대용역 및 광고용역을 공급하는 사업자의 경우 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용하여 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 ｢부가가치세법 시행령｣ 제61조 규정에 의하여 안분계산하는 것이며,
부가가치세가 면제되는 여객운송용역의 제공을 위하여 필수적인 재화나 용역을 공급받고 교부받은 세금계산서의 매입세액은 같은 법 제17조제2항제6호의 규정에 의하여 매출세액에서 공제되지 아니하는 것임

1. 사실관계

 ○ 질의법인은 ｢지방공기업법｣에 따라 설립된 서울특별시 지방공사로서 도시철도 1-8호선을 운영하며, ｢도시철도법｣의 적용을 받는 기관으로 면세사업(여객운송)과 과세사업(부동산 임대, 광고 등)을 겸영함

  - 국토교통부 소관 국가연구개발사업에 공동연구기관으로 참여하였으며, 국책연구과제는 민간부담금 없이 정부출연금만을 연구비로 지급받아 수행하면서

  - 지급받은 정부출연금을 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금에 해당하는 것으로 보아 전액 부가가치세 과세표준에서 제외하였고, 국책연구과제 수행에 필요한 연구기자재 등을 정부출연금으로 구입함

 ○ 질의법인이 국책연구과제를 수행하면서 체결한 협약내용에 따라 국책연구과제의 성과물은 질의법인에게 귀속됨

2. 질의내용

 ○ 면세사업인 여객운송업(지하철 운수)을 영위하는 사업자가 국가연구개발사업의 공동연구기관으로 참여하여 해당 과제를 수행하고 국가 등으로부터 정부출연금을 받은 경우

  - 직원 명의 카드로 결제 시 매입세액 공제를 받을 수 있는지 여부

  - 연구비 지출을 지하철 운수수입 관련으로 보아 매입세액이 불공제 대상인지 여부

3. 관련법령

 ○ 부가가치세법 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

   ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

    7. 여객운송 용역. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 여객운송 용역으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다.

     가. 항공기, 고속버스, 전세버스, 택시, 특수자동차, 특종선박(特種船舶) 또는 고속철도에 의한 여객운송 용역

 ○ 부가가치세법 제29조【과세표준】

   ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

   ③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

    1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가(단서 생략)

   ⑤ 다음 각 호의 금액은 공급가액에 포함하지 아니한다.

    4. 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금

 ○ 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】

   ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

    1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

 ○ 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

   ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

    7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

 ○ 부가가치세법 제40조【공통매입세액의 안분】

   사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.

 ○ 부가가치세법 시행령 제81조【공통매입세액 안분 계산】

   ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다. 이하 이 조부터 제83조까지의 규정에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.

 ○ 부가가치세법 제46조【신용카드 등의 사용에 따른 세액공제 등】

   ③ 사업자가 대통령령으로 정하는 일반과세자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 부가가치세액이 별도로 구분되는 신용카드매출전표등을 발급받은 경우로서 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 경우 그 부가가치세액은 제38조제1항 또는 제63조제3항에 따라 공제할 수 있는 매입세액으로 본다.

    1. 대통령령으로 정하는 신용카드매출전표등 수령명세서를 제출할 것

    2. 신용카드매출전표등을 제71조제3항을 준용하여 보관할 것. 이 경우 대통령령으로 정하는 방법으로 증명 자료를 보관하는 경우에는 신용카드매출전표등을 보관하는 것으로 본다.

 ○ 부가가치세법 시행령 제88조【신용카드 등의 사용에 따른 세액공제 등】

   ⑤ 법 제46조제3항에서 "대통령령으로 정하는 일반과세자"란 다음 각 호에 해당하지 아니하는 사업을 경영하는 사업자를 말한다.

    1. 목욕·이발·미용업

    2. 여객운송업(「여객자동차 운수사업법 시행령」 제3조에 따른 전세버스운송사업은 제외한다)

    3. 입장권을 발행하여 경영하는 사업

    4. 제35조제1호 단서의 용역을 공급하는 사업

    5. 제35조제5호 단서에 해당하지 아니하는 것으로서 수의사가 제공하는 동물의 진료용역

    6. 제36조제2항제1호 및 제2호의 용역을 공급하는 사업

   ⑥ 법 제46조제3항제1호에서 "대통령령으로 정하는 신용카드매출전표등 수령명세서"란 제74조제1호에 따른 신용카드매출전표등 수령명세서를 말한다.

   ⑦ 법 제46조제3항제2호에서 "대통령령으로 정하는 방법"이란 「소득세법」 제160조의2제4항 또는 「법인세법」 제116조제4항에 따른 방법을 말한다.

출처 : 국세청 2020. 06. 02. 서면-2019-부가-2295[부가가치세과-978] | 국세법령정보시스템