2주택자 1주택 양도 후 장기보유특별공제 기준

2주택자가 1주택 양도 후 남은 1주택 보유·거주기간 기산일

서면-2022-부동산-1386[부동산납세과-721] · 2022. 04. 04.

질의 및 요약

Q질의내용

2주택을 보유한 1세대가 2021년 1월 1일 이후 1주택을 먼저 양도한 뒤 남은 1주택을 양도할 때, 장기보유특별공제 적용을 위한 보유 및 거주기간의 기산일은 언제부터인지요?

S요약

2주택자가 2021년 1월 1일 이후 1주택을 먼저 양도하고, 보유기간 중 2년 이상 거주한 남은 1주택을 양도하는 경우, 장기보유특별공제율 표2는 해당 주택의 취득일부터 보유기간을 계산하며 거주기간 역시 취득일 이후 실제 거주한 기간으로 판단됩니다.

#2주택자 #1주택 양도 #장기보유특별공제 #보유기간 기산일 #거주기간 산정 #표2 공제율

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핵심 정리

R회신 내용 서면-2022-부동산-1386[부동산납세과-721] · 2022. 04. 04.

회신 주체·출처: 국세청, 서면-2022-부동산-1386[부동산납세과-721] (2022-04-04)
국세청 회신에 따르면, 2주택자가 2021년 1월 1일 이후 1주택을 양도하고, 보유기간 중 2년 이상 거주한 남은 1주택을 양도할 경우, 장기보유특별공제율 표2의 적용을 위한 보유기간은 해당 주택의 취득일부터 기산합니다.
실제 거주한 거주기간 역시 주택의 취득일 이후 실제 거주한 기간을 적용하는 것으로 보입니다.
이는 소득세법 제95조 제2항 및 소득세법 시행령 제154조, 제159조의4를 근거로 한 것으로, 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제율 산정에서 가장 중요하게 해석됩니다.
관련 유사사례(서면-2020-법령해석재산-1806 등)에서도 동일한 원칙을 적용하고 있음을 확인할 수 있습니다.

L관련 법령 해석

소득세법 제95조: 장기보유특별공제 적용 시 양도차익과 공제율 계산 방법 규정
소득세법 제95조 제2항 표2: 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제율(보유기간 및 거주기간 각각 반영)
소득세법 제95조 제4항: 자산의 보유기간은 해당 자산의 취득일부터 양도일까지로 함
소득세법 시행령 제154조 제5항: 2주택 이상 보유 1세대가 1주택 외 모두 처분 후 남은 주택은 처분일로부터 보유기간 기산(단, 2021.1.1. 이후 개정 전까지는 해당 없음)
소득세법 시행령 제159조의4: 1세대 1주택 장기보유특별공제 적용 요건 및 거주기간 기준 명시

사례 Q&A

1. 2주택자가 1주택 양도 후 남은 1주택을 팔 때 장기보유특별공제 보유기간은?

답변

장기보유특별공제 적용을 위한 보유기간은 해당 주택의 취득일부터 양도일까지로 판단됩니다.

근거

국세청 서면해석 및 소득세법 제95조 제4항에 근거합니다.

2. 남은 1주택의 거주기간은 공제율 산정 시 어떻게 계산되나요?

답변

거주기간은 해당 주택의 취득일 이후 실제 거주한 기간 전체를 기준으로 산정합니다.

근거

소득세법 시행령 제159조의4 및 국세청 유권해석에 따릅니다.

3. 2021년 1월 1일 이후 2주택자가 1채 양도 후 남은 1주택 보유·거주기간 기산 기준은?

답변

보유기간은 남은 1주택 취득일부터, 거주기간은 취득일 이후 실제 거주기간을 모두 인정받을 수 있습니다.

근거

서면-2022-부동산-1386 회신, 소득세법 제95조 및 관련 시행령 조항 등을 근거로 합니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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유권해석 전문

요지

2주택자가 ’21.1.1.이후 1주택을 양도하고 2년 이상 거주한 남은 1주택을 양도하는 경우 장기보유특별공제율 표2의 적용을 위한 보유기간은 해당주택의 취득일부터 기산하는 것이며, 거주기간은 해당주택의 취득일 이후 실제 거주한 기간에 따르는 것임

회신

귀 질의의 경우, 2주택을 보유한 1세대가 ’21.1.1.이후 1주택을 먼저 양도하고 보유기간(해당 주택의 취득일부터 양도일가지 기간) 중 2년 이상 거주한 주택을 양도한 경우 장기보유특별공제율은 ｢소득세법｣ 제95조제2항 표2의 공제율을 적용하는 것입니다.

1. 사실관계

’96.

A주택 취득 및 거주

B주택 취득

B주택 양도

A주택 양도 예정

-’96.A주택 취득

-’17.B주택 취득

-’22.1. B주택 양도

-’22.00.A주택 양도 예정

2. 질의내용

-2주택 보유세대가 ’21.1.1. 이후 1주택 양도 후 남은 1주택을 양도하는 경우

-장기보유특별공제 표2 적용여부 및 보유․거주기간의 기산일

3. 관련 조세 법령 ⁠(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 소득세법 제95조 【양도소득금액】

①양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 ⁠“양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 ⁠“양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

②제1항에서 ⁠“장기보유 특별공제액”이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 ｢도시 및 주거환경정비법｣ 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 ｢빈집 및 소규모주택정비에 관한 특례법｣ 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.

표1

보유기간	공제율
3년 이상 4년 미만	100분의 6
4년 이상 5년 미만	100분의 8
5년 이상 6년 미만	100분의 10
6년 이상 7년 미만	100분의 12
7년 이상 8년 미만	100분의 14
8년 이상 9년 미만	100분의 16
9년 이상 10년 미만	100분의 18
10년 이상 11년 미만	100분의 20
11년 이상 12년 미만	100분의 22
12년 이상 13년 미만	100분의 24
13년 이상 14년 미만	100분의 26
14년 이상 15년 미만	100분의 28
15년 이상	100분의 30

표2

보유기간	공제율	거주기간	공제율
3년 이상 4년 미만	100분의 12	2년 이상 3년 미만 (보유기간 3년 이상에 한정함)	100분의 8
3년 이상 4년 미만	100분의 12	3년 이상 4년 미만	100분의 12
4년 이상 5년 미만	100분의 16	4년 이상 5년 미만	100분의 16
5년 이상 6년 미만	100분의 20	5년 이상 6년 미만	100분의 20
6년 이상 7년 미만	100분의 24	6년 이상 7년 미만	100분의 24
7년 이상 8년 미만	100분의 28	7년 이상 8년 미만	100분의 28
8년 이상 9년 미만	100분의 32	8년 이상 9년 미만	100분의 32
9년 이상 10년 미만	100분의 36	9년 이상 10년 미만	100분의 36
10년 이상	100분의 40	10년 이상	100분의 40

③제89조제1항제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

④제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(기산)하고, 같은 조 제4항제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다.

⑤양도소득금액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 소득세법 시행령 제154조【1세대1주택의 범위】

①법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. ⁠(단서 생략)

⑤제1항에 따른 보유기간의 계산은 법 제95조제4항에 따른다. 다만, 2주택 이상(제155조, 제155조의2 및 제156조의2 및 제156조의3에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분[양도, 증여 및 용도변경(「건축법」 제19조에 따른 용도변경을 말하며, 주거용으로 사용하던 오피스텔을 업무용 건물로 사실상 용도변경하는 경우를 포함한다)하는 경우를 말한다. 이하 이 항에서 같다]한 후 신규주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다)을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다.

부칙

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정 규정은 각 호의 구분에 따른 날부터 시행한다.

3. 제154조제5항의 개정규정: 2021년 1월 1일

제2조(일반적 적용례)

② 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.

○소득세법 시행령 제159조의4【장기보유특별공제】

법 제95조제2항 표 외의 부분 단서에서 ⁠“대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택(제155조․제155조의2․제156조의2․제156조의3 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다. 이 경우 해당 1주택이 제155조제3항 각 호 외의 부분 본문에 따른 공동상속주택인 경우 거주기간은 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 따라 공동상속주택을 소유한 것으로 보는 사람이 거주한 기간으로 판단한다.

4. 유사사례(판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 사전-2021-법령해석재산-1600(2021.12.07.)

2021.1.1. 현재 2주택인 상태에서 2021년 중 1주택을 양도하고, 새로운 분양권을 취득하여, 「소득세법 시행령」제156조의3 제2항에 따른 1주택과 1분양권을 소유한 상태에서, 2년 이상 거주한 기존 주택을 양도한 경우 장기보유특별공제율은 「소득세법」 제95조제2항 표2의 공제율을 적용하는 것이고, 이 경우 표2의 공제율 방법에 관하여는 기존해석사례(서면-2020-법령해석재산-1806, 2020.6.8.)를 참고하시기 바랍니다.

○ 서면-2021-법령해석재산-0900(2021.04.01.)

- 사실관계

○ 2005년 갑은 ⁠‘□□ △△’ 소재 A주택 취득

○2009년 갑은 ⁠‘◇◇ 소재’ B주택 취득

○ 2021.3월 갑은 ⁠‘◇◇ 소재’ B주택 양도(과세)

○ 2021.5월 갑은 ⁠‘□□ △△’ 소재 A주택 양도 예정

○ 갑은 A주택에서 13년 거주함

- 질의내용

2주택을 보유한 1세대가 2021.1.1. 이후 1주택 외의 주택(B주택)을 양도 후 최종 1주택(A주택)을 양도하는 경우, 장기보유특별공제 적용 시 보유기간 및 거주기간의 기산일

아래 기존해석사례(서면-2020-법령해석재산-1806, 2020.06.08.)를 참고하시기 바랍니다.

○ 서면-2020-법령해석재산-1806(2020.06.08.)

A주택 양도시 ⁠「소득세법」제95조제2항 장기보유특별공제율 적용을 위한 보유기간은 같은 법 제95조제4항에 따라 A주택의 취득일부터 기산하는 것이며, 같은 법 시행령 제159조의3에 따른 거주기간은 A주택의 취득일 이후 실제 거주한 기간에 따르는 것입니다.