요지

「조세특례제한법 시행령」제99조의3제3항제2호에 따라 신축주택취득기간 내에 조합원 외의 자가 잔여주택에 매매계약을 체결하여 계약금납부를 한 사실이 있는 경우에도 부칙(법률 제6762호로 개정된 것)제29조제1항이 적용되는 것임

답변내용

귀 사전답변 신청 사실관계와 같이, ⁠「조세특례제한법」 제99조의3을 적용함에 있어 2001.12.31.이전에 재건축조합의 입주권을 취득한 승계조합원이 신축주택취득기간(‘01.5.23 ∼‘03.6.30) 경과 후 사용승인을 받은 경우, 당해 재건축조합과 조합원 외의 자가 ⁠‘01.5.23.부터 ’02.12.31.이전에 잔여주택에 대한 매매계약을 체결하여 계약금을 납부한 사실이 있는 경우에는 ⁠「조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것)」부칙(이하 ⁠“당해 부칙”) 제29조제1항에 따라 ⁠「조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호 개정되기 이전의 것)」제99조의3 규정이 적용되는 것이며, 이때 고급주택 판정기준은 당해 부칙 제29조제1항 후단에 따라 판단하는 것으로, 조합원 외의 자가 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약)을 체결하고 계약금을 납부한 날(이하 ⁠“계약금 납부일”) 당시의 면적기준을 충족하고, 양도당시의 실지거래가액이 계약금 납부일 당시의 가액기준을 충족하면 고급주택에 해당하여 동규정의 감면을 적용받을 수 없는 것입니다.

1. 사실관계

○ ⁠‘01.9월 신청인 서울시 강서구 소재 A주택을 취득

 - A주택 ⁠‘01.1월 사업시행계획인가, 재건축조합의 조합원지위를 승계받음

 - 재건축 공사 착공일 ⁠‘02.5.18. 사용승인일 ’04.7.1.

 - 분양받은 A’아파트 전용면적(84.98㎡)

※ ⁠(조합원외 일반분양) 총 24세대, ⁠‘02. 5.30. 모집공고, 02년 분양계약 체결 완료

○ ⁠‘20.7월 A’아파트를 830백만원에 양도

2. 질의내용

○ 조특법§99조의3①(1)의 ⁠“신축주택취득기간” 후에 재건축주택(신축주택)의 사용승인일이 도래한 경우에 재건축주택조합이 조합원 외의 자에게 잔여주택을 신축주택취득기간 내에 매도하여 조특령§99조의3③(2)에 해당하는 경우 부칙(법률 제6762호)§29①이 적용되어 양도소득세를 감면받는지 여부

 - 이 때, 감면 대상이 아닌 고가주택의 판단방법

3. 관련법령 및 관련사례

□ 조세특례제한법(2002.1211. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것) 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

 1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

   2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

 2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 소득세법 제89조제3호의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다

□ 조세특례제한법 시행령(2002.12.30. 법률 제17829호로 개정되기 전의 것) 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 삭제  

② 법 제99조의3제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

③ 법 제99조의3제1항제1호에서 ⁠“대통령령이 정하는 주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.  

 1. 주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합(이하 이 조에서 ⁠“주택조합등”이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 ⁠“잔여주택”이라 한다)으로서 법 제99조의3제1항제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 ⁠“신축주택취득기간”이라 한다) 이내에 주택조합등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

 2. 조합원(도시재개발법 제34조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

④ 법 제99조의3제1항제1호에서 ⁠“대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택”이라 함은 2001년 5월 23일전에 주택건설업자와 주택분양계약을 체결한 분양계약자가 당해 계약을 해제하고 분양계약자 또는 그 배우자(분양계약자 또는 그 배우자의 직계존비속 및 형제자매를 포함한다)가 당초 분양계약을 체결하였던 주택을 다시 분양받아 취득한 주택 또는 당해 주택건설업자로부터 당초 분양계약을 체결하였던 주택에 대체하여 다른 주택을 분양받아 취득한 주택을 말한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 사유에 해당하는 주택을 제외한다.  

⑤ 법 제99조의3제1항제2호에서 ⁠“대통령령이 정하는 조합원”이라 함은 도시재개발법 제34조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다.  

⑥ 제99조제4항의 규정은 법 제99조의3제3항의 규정에 의한 양도소득세의 감면신청에 관하여 이를 준용한다.

□ 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것) 제99조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배이내의 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득한 날부터 5년이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5연간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 신축주택이 소득세법 제89조제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

 1. 자기가 건설한 주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)으로서 1998년 5월 22일부터 1999년 6월 30일까지의 기간(국민주택의 경우에는 1998년 5월 22일부터 1999년 12월 31일까지로 한다. 이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)사이에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택

 2. 주택건설사업자로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간내에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 다른 자가 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

□ 조세특례제한법(2002.1211. 법률 제6762호로 개정된 것) 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

 1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

   2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

 2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 소득세법 제89조제3호의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

□ 조세특례제한법 시행령(2002.12.30. 영 제17829호로 개정된 것) 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 법 제99조의3제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 지역"이라 함은 서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정・고시된 분당・일산・평촌・산본・중동 신도시지역을 말한다.

□ 조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 개정된 것) 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 양도일까지 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼며, 해당 신축주택을 취득한 날부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 「소득세법」 제89조제1항제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

 1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(「주택법」에 따른 주택조합 또는 ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다.

 2. 자기가 건설한 신축주택(「주택법」에 따른 주택조합 또는 ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

□ 소득세법 (2002.12.18. 법률 제6781호로 개정되기 전의 것) 제89조 【비과세양도소득】

3. 대통령령이 정하는 일세대 일주택(거주용건물의 연면적・가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득

□ 소득세법 시행령 (1999.9.18 영 제16556호로 개정되기 전의 것)제156조 【고급주택의 범위】

법 제89조제3호에서 "거주용건물의 연면적・가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택과 이에 부수되는 토지를 말한다.

2. 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함한다)이 165제곱미터이상이고 그 양도가액이 5억원을 초과하는 것

□ 소득세법 시행령 (2002.10.1. 영 제17751호로 개정되기 전의 것)제156조 【고급주택의 범위】

법 제89조제3호에서 "거주용건물의 연면적・가액 및 시설등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택과 이에 부수되는 토지를 말한다.

 2. 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함한다)이 165제곱미터이상이고 양도당시의 실지거래가액이 6억원을 초과하는 것

□ 소득세법 시행령 (2002.10.1. 영 제17751호로 개정된 것)제156조 【고급주택의 범위】

법 제89조제3호에서 "거주용건물의 연면적・가액 및 시설등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택과 이에 부수되는 토지를 말한다.

 2. 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함한다)이 149제곱미터이상이고 양도당시의 실지거래가액이 6억원을 초과하는 것

□ 소득세법 시행령 (2003.1.1. 영 제17825호로 개정된 것)제156조 【고급주택의 범위】

① 법 제89조제3호에서 "가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택"이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액(1주택의 일부를 양도하는 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다)이 6억원을 초과하는 것을 말한다.

□ 소득세법 시행령 (2008.10.7. 영 제21062호로 개정된 것)제156조 【고급주택의 범위】

① 법 제89조제1항제3호에서 "가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택"이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액[1주택 및 이에 부수되는 토지의 일부를 양도하거나 일부가 타인 소유인 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분(타인 소유부분을 포함한다)의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다]이 9억원을 초과하는 것을 말한다.

출처 : 국세청 2021. 03. 30. 사전-2020-법령해석재산-0801[법령해석과-1090] | 국세법령정보시스템