요지

주택지구의 지정 → 개발제한구역의 해제 → 주택지구의 해제 → 특별관리지역의 지정 → 주택지구 재지정(개발제한구역 해제일로부터 1년 이상이 지난 후)의 과정을 거쳐 협의매수 및 수용되는 토지의 경우 조특법§77의3에 따른 감면이 적용되지 않는 것임

회신

舊 ⁠「보금자리주택건설등에 관한 특별법」에 따라 보금자리주택지구로 지정되고 개발제한구역이 해제된 후 주택건설사업의 축소 및 취소 등에 따라 지정받은 주택지구가 해제되면서 ⁠「공공주택 특별법」 제6조의2에 따른 특별관리지역으로 지정된 후 개발제한구역 해제일로부터 1년 이상이 지난 후 ⁠「공공주택 특별법」 제6조에 따라 별도의 공공주택지구로 다시 지정되어 수용 및 협의매수되는 토지의 경우 ⁠「조세특례제한법」 제77조의3에 따른 개발제한구역 지정에 따른 매수대상 토지등에 대한 양도소득세의 감면이 적용되지 않는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ 1970년 父 토지 취득(취득 후 개발제한구역으로 지정)

 ○ 1979년 父 사망으로 子 토지 상속 취득

 ○ ’10. 05. 보금자리주택지구지정

 ○ ’10. 12. 보금자리주택지구계획승인개발제한구역 해제

 ○ ’15. 04. 기존 주택지구 해제 및 특별관리지역으로 지정

 ○ ’20. 05. 공공주택지구 지정 고시(보금자리주택지구의 명칭 변경)

 ○ ’23. 06. 토지 수용

2. 질의내용

 ○ 개발제한구역 해제일부터 1년 이내에 사업인정고시가 된 경우 개발제한구역에서 해제된 토지 등을 양도하는 경우 조특법§77의3에 따른 감면을 적용받을 수 있고, 개발제한구역에서 해제되기 전에 사업인정고시가 된 경우에도 동 특례의 적용이 가능하나

  - 보금자리주택지구 지정으로 인하여 사업인정고시가 된 후 개발제한구역에서 해제되었으나 보금자리주택지구가 해제되고 특별관리지역으로 지정되었다가 공공주택지구로 다시 지정된 후 수용 및 협의매수 되는 경우

  - 당초 보금자리주택지구 지정일을 수용 및 협의매수되는 토지의 사업인정고시일로 보아 조특법§77의3을 적용할 수 있는지 여부

3. 관련법령

□ 조세특례제한법 제77조의3【개발제한구역 지정에 따른 매수대상 토지등에 대한 양도소득세의 감면】

 ①「개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법」제3조에 따라 지정된 개발제한구역(이하 이 조에서 "개발제한구역"이라 한다) 내의 해당 토지등을 같은 법 제17조에 따른 토지매수의 청구 또는 같은 법 제20조에 따른 협의매수를 통하여 2025년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 다음 각 호에 따른 세액을 감면한다.

  1. 개발제한구역 지정일 이전에 해당 토지등을 취득하여 취득일부터 매수청구일 또는 협의매수일까지 해당 토지등의 소재지에서 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 소유한 토지등: 양도소득세의 100분의 40에 상당하는 세액

  2. 매수청구일 또는 협의매수일부터 20년 이전에 취득하여 취득일부터 매수청구일 또는 협의매수일까지 해당 토지등의 소재지에서 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 소유한 토지등: 양도소득세의 100분의 25에 상당하는 세액

 ② 개발제한구역에서 해제된 해당 토지등을 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따른 협의매수 또는 수용을 통하여 2025년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 다음 각 호에 따른 세액을 감면한다. 다만, 개발제한구역 해제일부터 1년(개발제한구역 해제 이전에「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 법률」에 따른 경제자유구역의 지정 등 대통령령으로 정하는 지역으로 지정이 된 경우에는 5년) 이내에 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따라 사업인정고시가 된 경우에 한정한다.

  1. 개발제한구역 지정일 이전에 해당 토지등을 취득하여 취득일부터 사업인정고시일까지 해당 토지등의 소재지에서 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 소유한 토지등: 양도소득세의 100분의 40에 상당하는 세액

  2. 사업인정고시일부터 20년 이전에 취득하여 취득일부터 사업인정고시일까지 해당 토지등의 소재지에서 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 소유한 토지등: 양도소득세의 100분의 25에 상당하는 세액

 ③ 제1항 및 제2항을 적용하는 경우 상속받은 토지등은 피상속인이 해당 토지등을 취득한 날을 해당 토지등의 취득일로 본다.

 ④ 제1항 및 제2항을 적용할 때 감면신청, 거주기간의 계산, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

□ 조세특례제한법 시행령 제74조【개발제한구역 지정에 따른 매수대상 토지 등에 대한 양도소득세의 감면】

 ① 법 제77조의3제1항제1호ㆍ제2호 및 같은 조 제2항제1호ㆍ제2호에서 "해당 토지등의 소재지에서 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(거주 개시 당시에는 해당 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주한 자를 말한다.

  1. 해당 토지등이 소재하는 시(특별자치시와「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」제10조제2항에 따른 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역

  2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구 안의 지역

  3. 해당 토지등으로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

□ 개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법 제3조【개발제한구역의 지정 등】

 ① 국토교통부장관은 도시의 무질서한 확산을 방지하고 도시 주변의 자연환경을 보전하여 도시민의 건전한 생활환경을 확보하기 위하여 도시의 개발을 제한할 필요가 있거나 국방부장관의 요청으로 보안상 도시의 개발을 제한할 필요가 있다고 인정되면 개발제한구역의 지정 및 해제를 도시ㆍ군관리계획으로 결정할 수 있다.

 ② 개발제한구역의 지정 및 해제의 기준은 대상 도시의 인구ㆍ산업ㆍ교통 및 토지이용 등 경제적ㆍ사회적 여건과 도시 확산 추세, 그 밖의 지형 등 자연환경 여건을 종합적으로 고려하여 대통령령으로 정한다.

□ 개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법 제5조【해제된 개발제한구역의 재지정 등에 관한 특례】

 ③ 도시용지의 적절한 공급, 기반시설의 설치 등 대통령령으로 정하는 사유로 개발제한구역에서 해제된 지역이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 다음 날에 개발제한구역으로 환원된 것으로 본다.

  1. 개발제한구역의 해제에 관한 도시ㆍ군관리계획이 결정ㆍ고시된 날부터 4년이 되는 날까지 관련 개발사업이 착공되지 아니한 경우. 다만, 재난의 발생 등 대통령령으로 정하는 불가피한 사유로 인하여 개발사업의 착공이 지연되는 경우 국토교통부장관은 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제106조에 따른 중앙도시계획위원회의 심의를 거쳐 해당 사유가 없어진 날부터 1년의 범위에서 환원을 추가로 유예할 수 있다.

  2. 관련 개발사업을 위한 사업구역 등의 지정이 효력을 잃게 된 경우

□ 개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법 제12조【개발제한구역에서의 행위 제한】

 ① 개발제한구역에서는 건축물의 건축 및 용도변경, 공작물의 설치, 토지의 형질변경, 죽목(竹木)의 벌채, 토지의 분할, 물건을 쌓아놓는 행위 또는 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제2조제11호에 따른 도시ㆍ군계획사업(이하 "도시ㆍ군계획사업"이라 한다)의 시행을 할 수 없다. 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(이하 "시장ㆍ군수ㆍ구청장"이라 한다)의 허가를 받아 그 행위를 할 수 있다.

    (이하 생략)

□ 개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법 제17조【토지매수의 청구】

 ① 개발제한구역의 지정에 따라 개발제한구역의 토지를 종래의 용도로 사용할 수 없어 그 효용이 현저히 감소된 토지나 그 토지의 사용 및 수익이 사실상 불가능하게 된 토지(이하 "매수대상토지"라 한다)의 소유자로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 국토교통부장관에게 그 토지의 매수를 청구할 수 있다.

  1. 개발제한구역으로 지정될 당시부터 계속하여 해당 토지를 소유한 자

  2. 토지의 사용ㆍ수익이 사실상 불가능하게 되기 전에 해당 토지를 취득하여 계속 소유한 자

  3. 제1호나 제2호에 해당하는 자로부터 해당 토지를 상속받아 계속하여 소유한 자

 ② 국토교통부장관은 제1항에 따라 매수청구를 받은 토지가 제3항에 따른 기준에 해당되면 그 토지를 매수하여야 한다.

 ③ 매수대상토지의 구체적인 판정기준은 대통령령으로 정한다.

□ 개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법 제20조 【협의에 의한 토지 등의 매수】

 ① 국토교통부장관은 개발제한구역을 지정한 목적을 달성하기 위하여 필요하면 소유자와 협의하여 개발제한구역의 토지와 그 토지의 정착물(이하 "토지등"이라 한다)을 매수할 수 있다. 이 경우 매수한 토지등의 귀속에 관하여는 제18조제4항을 준용한다.

 ② 제1항에 따라 개발제한구역의 토지등을 협의매수하는 경우에 그 가격의 산정시기ㆍ방법 및 기준에 관하여는 ⁠「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제67조제1항, 제70조, 제71조, 제74조, 제75조, 제76조, 제77조, 제78조제5항ㆍ제6항ㆍ제9항을 준용한다.

□ 개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법 제29조 【권한 등의 위임 및 위탁】

 ① 이 법에 따른 국토교통부장관의 권한은 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 일부를 시ㆍ도지사, 시장ㆍ군수 또는 구청장, 소속 기관의 장에게 위임할 수 있다.

 ② 국토교통부장관은 제1항에 따라 제21조 및 제25조에 따른 부담금 및 가산금의 부과ㆍ징수 업무를 시ㆍ도지사, 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 위임하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 지방자치단체에 위임 수수료를 지급하여야 한다.

 ③ 시ㆍ도지사, 시장, 군수 또는 구청장은 제1항에 따라 권한이 위임된 사무 중 대통령령으로 정하는 사무를 처리하는 경우에는 공익성, 환경훼손 가능성 및 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제106조에 따른 중앙도시계획위원회의 심의 필요성 등에 관하여 국토교통부장관과 미리 협의하여야 한다. 이 경우 시ㆍ도지사, 시장, 군수 또는 구청장은 특별한 사정이 없으면 국토교통부장관의 협의 의견에 따라야 한다.

 ④ 이 법에 따른 국토교통부장관 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장의 업무는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 일부를 보건복지부장관에게 위탁할 수 있다.

 ⑤ 국토교통부장관은 제17조부터 제20조까지의 규정에 따른 토지등의 매수에 관한 사무를 대통령령으로 정하는 바에 따라 토지등의 취득ㆍ관리 등의 업무를 수행하는 기관이나 단체에 위탁할 수 있다.

□ 개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법 시행령 제2조 【개발제한구역의 지정 및 해제의 기준】

 ③ 법 제3조제2항에 따라 개발제한구역이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 국토교통부장관이 정하는 바에 따라 개발제한구역을 조정하거나 해제할 수 있다.

  1. 개발제한구역에 대한 환경평가 결과 보존가치가 낮게 나타나는 곳으로서 도시용지의 적절한 공급을 위하여 필요한 지역. 이 경우 도시의 기능이 쇠퇴하여 활성화할 필요가 있는 지역과 연계하여 개발할 수 있는 지역을 우선적으로 고려하여야 한다.

  2. 주민이 집단적으로 거주하는 취락으로서 주거환경 개선 및 취락 정비가 필요한 지역

  3. 도시의 균형적 성장을 위하여 기반시설의 설치 및 시가화(市街化) 면적의 조정 등 토지이용의 합리화를 위하여 필요한 지역

  4. 지정 목적이 달성되어 개발제한구역으로 유지할 필요가 없게 된 지역

  5. 도로(국토교통부장관이 정하는 규모의 도로만 해당한다)ㆍ철도 또는 하천 개수로(開水路)로 인하여 단절된 3만제곱미터 미만의 토지. 다만, 개발제한구역의 조정 또는 해제로 인하여 그 지역과 주변지역에 무질서한 개발 또는 부동산 투기행위가 발생하거나 그 밖에 도시의 적정한 관리에 지장을 줄 우려가 큰 때에는 그러하지 아니하다.

  6. ~ 7. 생략

 ④ 제3항제2호 또는 제5호에 해당하는 지역을 개발제한구역에서 해제하려는 경우에는 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제51조에 따라 지구단위계획구역으로 지정하고 지구단위계획을 수립하여야 한다. 제3항제5호에 해당하는 지역은 그 면적이 1만제곱미터를 초과하는 경우만 해당한다.

  ⁠(2014.1.14. 법률 제12251호로 공공주택건설등에 관한 특별법으로 제명 변경되기 전의 것)

□ 보금자리주택건설등에 관한 특별법 제6조 【보금자리주택지구의 지정 등】

 ① 국토교통부장관은 보금자리주택지구조성사업(이하 ⁠“지구조성사업”이라 한다)을 추진하기 위하여 필요한 지역을 보금자리주택지구(이하 ⁠“주택지구”라 한다)로 지정하거나 지정된 주택지구를 변경 또는 해제할 수 있다.

□ 보금자리주택건설등에 관한 특별법 제27조 【토지등의 수용 등】

 ① 시행자는 주택지구의 조성을 위하여 필요한 경우에는 토지등을 수용 또는 사용할 수 있다.

 ② 주택지구를 지정하여 고시한 때에는 ⁠「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제20조제1항 및 같은 법 제22조에 따른 사업인정 및 사업인정의 고시가 있는 것으로 본다.

 ③ ~ ⑤ 생략

 ⑥ 제1항에 따른 토지등의 수용 또는 사용에 관하여 이 법에 특별한 규정이 있는 것을 제외하고는 ⁠「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」을 적용한다.

  ⁠(2015.8.28. 법률 제13498호로 공공주택건설등에 관한 특별법에서 공공주택 특별법으로 제명 변경된 것)

□ 공공주택 특별법 제6조 【공공주택지구의 지정 등】

 ① 국토교통부장관은 공공주택지구조성사업(이하 "지구조성사업"이라 한다)을 추진하기 위하여 필요한 지역을 공공주택지구(이하 "주택지구"라 한다)로 지정하거나 지정된 주택지구를 변경 또는 해제할 수 있다.

□ 공공주택 특별법 제6조의2 【특별관리지역의 지정 등】

 ① 국토교통부장관은 제6조제1항에 따라 주택지구를 해제할 때 국토교통부령으로 정하는 일정 규모 이상으로서 체계적인 관리계획을 수립하여 관리하지 아니할 경우 난개발이 우려되는 지역에 대하여 10년의 범위에서 특별관리지역으로 지정할 수 있다.

 ② 국토교통부장관은 특별관리지역을 지정하고자 할 경우에는 다음 각 호의 사항을 포함한 특별관리지역 관리계획(이하 이 조에서 "관리계획"이라 한다)을 수립하여야 한다. 이 경우 제4조에 따른 종전 주택지구의 공공주택사업자(이하 "종전 사업자"라 한다)는 관리계획의 입안을 제안할 수 있다.

  1. 특별관리지역의 관리기본방향에 관한 사항

  2. 인구 및 주택 수용계획에 관한 사항

  3. ⁠「도시개발법」에 따른 도시개발사업 등 취락정비에 관한 사항

  4. 「개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법」 제4조제4항에 따른 훼손지 복구계획에 따라 존치된 개발제한구역의 해제 및 관리방안에 관한 사항

  5. 그 밖에 국토교통부장관이 관리에 필요하다고 인정하는 사항

 ③ ~ ⑤ 생략

□ 공공주택 특별법 제6조의3 【특별관리지역의 관리】

 ① 특별관리지역 안에서는 건축물의 건축 및 용도변경, 공작물의 설치, 토지의 형질변경, 죽목의 벌채, 토지의 분할, 물건을 쌓아놓는 행위를 할 수 없다. 다만, 특별관리지역의 취지에 부합하는 범위에서 대통령령으로 정하는 행위에 한정하여 시장, 군수 또는 구청장의 허가를 받아 할 수 있으며, 허가된 사항을 변경하고자 하는 경우에도 또한 같다.

 ③ 제1항에도 불구하고 국토교통부장관 또는 관계 중앙행정기관의 장이나 지방자치단체의 장(이하 이 조 및 제6조의4에서 "해당 기관장"이라 한다)은 특별관리지역 안에서 대통령령으로 정하는 개발사업을 위한 지정ㆍ승인ㆍ허가ㆍ인가 등(이하 이 조 및 제6조의4에서 "지정등"이라 한다)을 할 수 있다.

□ 공공주택 특별법 제6조의4 【특별관리지역의 해제】

 ① 제6조의2제1항에 따른 특별관리지역의 지정기간이 만료되거나 제6조의3제3항에 따라 해당 기관장이 특별관리지역 중 전부 또는 일부에 대하여 지정등을 하여 도시ㆍ군관리계획을 수립한 경우[수립의제(樹立擬制)된 경우를 포함한다]에는 해당 지역은 특별관리지역에서 해제된 것으로 본다.

□ 공공주택 특별법 제27조 【토지등의 수용 등】

 ① 공공주택사업자는 주택지구의 조성 또는 공공주택건설을 위하여 필요한 경우에는 토지등을 수용 또는 사용할 수 있다.

 ② 주택지구를 지정하거나 제35조제1항에 따라 주택건설사업계획을 승인하여 고시한 때에는 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제20조제1항 및 같은 법 제22조에 따른 사업인정 및 사업인정의 고시가 있는 것으로 본다.

 ③ ~ ⑤ 생략

 ⑥ 제1항에 따른 토지등의 수용 또는 사용에 관하여 이 법에 특별한 규정이 있는 것을 제외하고는 ⁠「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」을 적용한다.

□ 공익사업을 위한 토지등의 취득 및 보상에 관한 법률 제19조 【토지등의 수용 또는 사용】

① 사업시행자는 공익사업의 수행을 위하여 필요하면 이 법에서 정하는 바에 따라 토지등을 수용하거나 사용할 수 있다.

 ② 공익사업에 수용되거나 사용되고 있는 토지등은 특별히 필요한 경우가 아니면 다른 공익사업을 위하여 수용하거나 사용할 수 없다.

□ 공익사업을 위한 토지등의 취득 및 보상에 관한 법률 제20조 【사업인정】

 ① 사업시행자는 제19조에 따라 토지등을 수용하거나 사용하려면 대통령령으로 정하는 바에 따라 국토교통부장관의 사업인정을 받아야 한다.

 ② 제1항에 따른 사업인정을 신청하려는 자는 국토교통부령으로 정하는 수수료를 내야 한다.

□ 공익사업을 위한 토지등의 취득 및 보상에 관한 법률 제22조 【사업인정의 고시】

 ① 국토교통부장관은 제20조에 따른 사업인정을 하였을 때에는 지체 없이 그 뜻을 사업시행자, 토지소유자 및 관계인, 관계 시ㆍ도지사에게 통지하고 사업시행자의 성명이나 명칭, 사업의 종류, 사업지역 및 수용하거나 사용할 토지의 세목을 관보에 고시하여야 한다.

 ② 제1항에 따라 사업인정의 사실을 통지받은 시ㆍ도지사(특별자치도지사는 제외한다)는 관계 시장ㆍ군수 및 구청장에게 이를 통지하여야 한다.

 ③ 사업인정은 제1항에 따라 고시한 날부터 그 효력이 발생한다.

출처 : 국세청 2024. 09. 05. 서면-2023-법규재산-1780 | 국세법령정보시스템