요지

구「소득세법」(2015.12.15. 법률 제13558호로 개정된 것, 이하 같음) 시행일 현재 ⁠「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」(이하 ⁠‘자본시장법’이라 한다) 제390조에 따라 매각이 제한된 중소기업 주식을 보호예수기간 종료일로부터 6개월 이내 양도하는 경우에는 종전 규정을 적용하는 것임

회신

자본시장법에 따라 설립된 한국예탁결제원이 구「소득세법」시행일(’16.1.1.) 현재 자본시장법 등에 따라 의무적으로 보호예수 중인 중소기업 주식을 보호예수기간 종료일로부터 6개월이 되는 날까지 양도하는 경우, 구「소득세법」제104조 제1항 제11호의 개정에도 불구하고 종전의 규정을 적용하는 것입니다.
다만, 보호예수대상으로서 보호예수기간동안 매각이 제한되었는지 여부, 보호예수 된 주식이 중소기업 주식인지 여부 등은 사실판단 할 사항으로, 사실관계가 신청내용과 다른 경우에는 본 답변내용과 다르게 과세관계가 형성될 수 있습니다.

※ 관련참고자료

1. 질의내용 요약

 ○ 사실관계

  - 2001.11.22. A사 설립

  - 2015.12.24. A사 코스닥시장 상장

* 갑은 B사의 최대주주로 B사에 대한 주식(17,321주)은 A사가 상장 시「코스닥시장상장규정」에 따라 B사의 A사에 대한 주식(80만주)과 함께 보호예수됨

  - 2018.01. 보호예수기간 종료로 갑(신청인) 보유주식 매각

○ 질의내용

① 구「소득세법」시행일(’16.1.1.) 현재 부칙 경과규정이 적용되는 보호예수 대상 주식에 자본시장법에서 위임한 ⁠「코스닥시장상장규정」 및 관련 시행세칙에 따라 보호예수된 주식이 포함되는지

② A사 상장에 따라 함께 보호예수 된 갑의 B사 주식 보유분이 부칙 경과규정을 적용받기 위해서는 B사도 중소기업이어야 하는지

2. 질의내용에 대한 자료

□ 관련 법령 ⁠(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

 ○ 소득세법 제104조【양도소득세의 세율】

①거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

     1~10 생략

     11. 제94조제1항제3호에 따른 자산

 가. 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 주식등

  1) 1년 미만 보유한 주식등으로서 중소기업 외의 법인의 주식등: 양도소득 과세표준의 100분의 30

        2) 1)에 해당하지 아니하는 주식등

         ․ 양도소득과세표준 3억원 이하 20퍼센트

         ․ 3억원 초과 6천만원+(3억원 초과액 × 25퍼센트)

       나. 대주주가 아닌 자가 양도하는 주식등

         1) 중소기업의 주식등: 양도소득 과세표준의 100분의 10

         2) 1)에 해당하지 아니하는 주식등: 양도소득 과세표준의 100분의 20

        (이하 이 조 생략)

 ○ 소득세법 부칙(제13558호, ’15.12.15) 제12조【중소기업 주식양도세율 조정에 따른 경과조치】

「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제294조에 따라 설립된 한국예탁결제원이 법 시행일 현재 ⁠「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」, ⁠「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따라 의무적으로 보호예수중인 중소기업 주식을 보호예수기간 종료일로부터 6개월이 되는 날까지 양도하는 경우에는 제104조 제1항 제11호의 개정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

 ○ 자본시장법 제294조【설립】

① 증권등(증권, 그 밖에 대통령령으로 정하는 것을 말한다. 이하 이 장에서 같다)의 집중예탁과 계좌 간 대체, 매매거래에 따른 결제업무 및 유통의 원활을 위하여 한국예탁결제원을 설립한다.

     ② 예탁결제원은 법인으로 한다.

③ 예탁결제원은 대통령령으로 정하는 바에 따라 주된 사무소의 소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다.

 ○ 자본시장법 제390조【상장규정】

① 거래소는 증권시장에 상장할 증권의 심사 및 상장증권의 관리를 위하여 증권상장규정(이하 "상장규정"이라 한다)을 정하여야 한다. 이 경우 거래소가 개설·운영하는 둘 이상의 증권시장에 대하여 별도의 상장규정으로 정할 수 있다.

     (이하 이 조 생략)

 ○ 코스닥시장 상장규정 제21조【상장 후 매각제한】

① 계속보유의무자의 주식 등의 계속보유기간은 다음 각 호와 같다. 다만, 경영투명성, 경영안정성 및 투자자 보호 등을 위하여 거래소가 필요하다고 인정하는 경우에는 계속보유의무자와 협의하여 다음 각 호의 계속보유기간 이외에 2년 이내의 범위에서 계속보유기간을 연장할 수 있다.

 1. 최대주주등 : 상장일부터 6월간(기술성장기업, 외국기업, 신속이전기업 또는 신속합병상장기업의 경우에는 1년간). 다만, 특수관계인의 경우 주식보유목적, 최대주주와의 관계 및 경영권 변동 가능성 등을 고려하여 세칙으로 정하는 경우는 제외할 수 있다.

       1의2 생략

 1의3. 최대주주가 세칙으로 정하는 명목회사(이하 ⁠“명목회사”라 한다)인 경우로서 그 명목회사의 최대주주등이 보유한 명목회사가 발행한 주식 등 : 제1호와 동일한 기간

      (이하 이 조 생략)

 ○ 코스닥시장 상장규정 시행세칙 제20조【상장 후 매각제한】

    ① ~ ⑤ 생략

⑥ 규정 제21조 제1항 제1호의3에서 ⁠“세칙으로 정하는 명목회사”란 다음 각 호의 요건을 충족하는 회사를 말한다.

 1. 법 제9조 제15항 제3호에 따른 주권상장법인(적격해외증권시장에 외국주권 또는 외국주식예탁증권을 상장한 법인을 포함한다)이 아닐 것

 2. 최근 사업연도말 현재 당해 회사가 소유하고 있는 다른 법인(이하 이 조에서 ⁠“출자대상법인”이라 한다)의 주식가액 합계액이 자산총액의 100분의50 이상일 것. 이 경우 제2조 제4항 단서를 준용한다.

 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 업무를 제외한 영리를 목적으로 하는 업무로부터 발생한 매출액이 최근 사업연도의 손익계산서를 기준으로 전체 매출액의 100분의 30미만일 것

       가. 출자대상법인에 대한 경영관리 업무

       나. 주식 또는 사채의 발행, 상장 등 자금조달에 관한 업무

다. 예산의 수립 및 집행, 인력의 채용 및 관리, 전산시스템의 구축 및 운영 등 주식회사의 운영을 위하여 일반적으로 필요한 업무

       라. 가목부터 다목까지의 업무에 부수하는 업무

     (이하 이 조 생략)

  □ 유사사례 ⁠(판례, 심판례, 심사례, 예규)

   ○ 사전-2016-법령해석재산-0435(2016.10.25)

   [ 요 지 ]

2016.1.1. 이후 양도하는 중소기업 대주주의 주식으로서 2016.1.1. 전에 보호예수기간이 종료된 경우에는 개정된 양도소득세율이 적용되는 것임

   [답변내용]

2016.1.1. 전에 보호예수기간이 종료된 중소기업의 주식을 2016.1.1. 이후 대주주가 양도하는 경우에는「소득세법(2015.12.15. 법률 제13558호로 개정된 것)」제104조제1항 제11호 다목에 따른 세율이 적용되는 것임

출처 : 국세청 2019. 05. 02. 서면-2018-자본거래-1731[자본거래관리과-187] | 국세법령정보시스템