중소기업 유예기간 중 독립성 위배 시 계속 적용 가능 여부

요지

조특법 시행령(2015.2.3 개정 전의 것)에 따라 유예기간을 적용받던 중소기업이 독립성 기준 위배 시 잔여 유예기간을 계속 적용받을 수 있음

회신

귀 과세기준자문 신청의 경우, 기존해석사례(기획재정부 조세특례제도과-264, 2018.4.6.)를 참조하시기 바랍니다.

○ 기획재정부 조세특례제도과-264, 2018.4.6.
 ⁠「조세특례제한법 시행령」(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정되어 2015.2.3. 제26070호로 개정되기 전의 것) 제2조 제2항 본문에 따라 유예기간을 적용받던 기업은 유예기간 중 같은 영 제2조제2항제3호에 해당하는 경우에도 유예기간을 계속 적용하는 것임.

1. 질의내용

○중소기업이 법령상 중소기업 기준 변경으로 인하여 유예기간(4년)을 적용 받던 중 2014.12.31. 이전 개시 사업연도에 관계기업 기준을 위배하는 경우 잔여 유예기간을 계속 적용할 수 있는지 여부

2. 사실관계

 ○A법인은 플라스틱 및 진공 증착용 도료의 제조·판매를 사업목적으로 ’90.5.18. 설립된 법인으로

  - ’08.2.22. 법령개정 시 간접소유비율 적용으로 자산총액 5천억 이상 법인이 소유주식 30% 이상을 간접적으로 소유하게 되어 중소기업 독립성 기준을 불충족 하게 되었으며

  - 조특법 시행령(’08.2.22. 대통령령 제20620호로 개정된 것) 제2조 제5항 및 부칙 제3조 제1항에 따라 2009사업연도와 그 다음 3개 사업연도인 2012사업연도까지 중소기업 유예기간을 적용하여 법인세 신고함

  - ’12.1.1. 이후 관계기업제도 시행으로 지배기업인 B법인(50% 소유)과 종속기업인 당 법인의 합산 자기자본이 1천억원을 초과하게 되어

  - 관계기업 기준 위배를 중소기업 유예기간 배제 사유로 하는 구 조특령(2015.2.3. 대통령령 제26070호로 개정되기 전) 제2조제2항제3호에 해당하게 됨

    * 관계기업에 대해 중소기업 유예기간을 배제하는 규정은 2015.1.1.부터 폐지됨

3. 관련법령

○조세특례제한법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정되어 2015.2.3. 대통령령 제26070호로 개정되기 전의 것) 제2조【중소기업의 범위】

 ① ⁠「조세특례제한법」(이하 "법"이라 한다) 제5조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, …(중략)… 시장조사 및 여론조사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

  1. 상시 사용하는 종업원수・자본금 또는 매출액이 업종별로 ⁠「중소기업기본법 시행령」 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

  2. 삭제

  3. 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호에 적합할 것. 이 경우 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조제1항제2호다목을 적용할 때 "별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는"은 "「조세특례제한법 시행령」 제2조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.

 ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

  1. ⁠「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

  2. 유예기간중에 있는 기업과 합병하는 경우

  3. 제1항제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우

  4.창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

 ③～④ ⁠(생략)

 ⑤제1항을 적용할 때 기업이 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.

○ 중소기업기본법 시행령(2014.4.14. 대통령령 제25302호로 개정되기 전의 것) 제3조【중소기업의 범위】

 ① ⁠「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조제1항제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

  1. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.

  가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업

  나. 자산총액이 5천억원 이상인 기업

  다. 자기자본이 1천억원 이상인 기업

  라. 직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1천5백억원 이상인 기업

  2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업

  가. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 회사

  나. 제1항제1호나목에 따른 법인(외국법인을 포함하되, 제3조의2제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다)이 주식등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업. 이 경우 최다출자자는 해당 기업의 주식등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식등의 간접소유 비율에 관하여는 「국제조세조정에 관한 법률 시행령」 제2조제2항을 준용한다.

   1) 주식등을 소유한 자가 법인인 경우: 그 법인의 임원

   2) 주식등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우: 그 개인의 친족

  다.관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 "상시근로자수등"이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업

 (이하 생략)

○조세특례제한법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26070호로 개정된 것) 제2조【중소기업의 범위】

 ①「조세특례제한법」(이하 "법"이라 한다) 제5조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, …(중략)… ⁠「신에너지 및 재생에너지 개발・이용・보급 촉진법」에 따른 신・재생에너지 발전사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

  1.매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1에 따른 규모 기준("평균매출액등"은 "매출액"으로 보며, 이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

  2. 삭제

  3. 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호에 적합할 것. 이 경우 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호나목의 주식등의 간접소유 비율을 계산할 때 ⁠「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외하며, 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호다목을 적용할 때 "평균매출액등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업"은 "매출액이 「조세특례제한법 시행령」 제2조제1항제1호에 따른 중소기업기준에 맞지 아니하는 기업"으로 본다.

 ②제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 같은 항 제1호 또는 제3호(「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호다목의 규정으로 한정한다)의 요건을 갖추지 못하게 되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 해당 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

  1. ⁠「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

  2. 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우

  3.제1항제3호(「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호다목의 규정은 제외한다)의 요건을 갖추지 못하게 되는 경우

  4.창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

 (이하 생략)

○조세특례제한법 시행령(2017.2.7. 대통령령 제27848호로 개정된 것) 제2조【중소기업의 범위】

 ① ⁠「「조세특례제한법」(이하 "법"이라 한다) 제5조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

  1. 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1에 따른 규모 기준("평균매출액등"은 "매출액"으로 보며, 이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

  2. 삭제

  3. 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호에 적합할 것. 이 경우 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호나목의 주식등의 간접소유 비율을 계산할 때 ⁠「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외하며, 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호다목을 적용할 때 "평균매출액등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업"은 "매출액이 「조세특례제한법 시행령」 제2조제1항제1호에 따른 중소기업기준에 맞지 아니하는 기업"으로 본다.

 4. 제29조제3항에 따른 소비성서비스업을 주된 사업으로 영위하지 아니할 것

 ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 같은 항 제1호 또는 제3호(「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호다목의 규정으로 한정한다)의 요건을 갖추지 못하게 되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 해당 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 해당 사유가 발생한 날(제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업이 중소기업과 합병하는 경우에는 합병일로 한다)이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

  1. ⁠「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

  2. 유예기간중에 있는 기업과 합병하는 경우

  3. 제1항제3호(「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호다목의 규정은 제외한다)의 요건을 갖추지 못하게 되는 경우

  4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

출처 : 국세청 2018. 04. 12. 기준-2017-법령해석법인-0239[법령해석과-973] | 국세법령정보시스템