요지

조세특례제한법 제63조의2 수도권 밖으로 본사를 이전하는 법인에 대한 세액감면을 적용

회신

조세특례제한법 제63조의2 수도권 밖으로 본사를 이전하는 법인에 대한 세액감면을 적용함에 있어서,
 ⁠(질의1,질의2에 대하여) 수도권과밀억제권역 안의 본사를 이전한 날은 본사이전등기일(이전등기일 이후 실제로 이전한 경우는 실제 이전일)이며,
이전일 이후 본사이전법인에서 최초로 소득이 발생한 과세연도의 개시일부터 본사이전 감면을 적용하는 것입니다.
이 경우 조세특례제한법 제63조의2 제1항 제1호 나목 및 조세특례제한법 시행령 제60조의2 제3항 제1호에 따라 수도권 밖으로 본사를 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 수도권과밀억제권역 안의 본사를 양도하거나 ⁠“본사 외의 용도로 전환”하여야 하는 것이며,
 ⁠“본사 외의 용도로 전환”하는 것에는 같은령 제13항에서 정하는 기준(본사업무에 종사하는 총 상시 근무인원의 연평균 인원 중 수도권 안의 사무소에서 본사업무에 종사하는 상시 근무인원의 연평균 인원의 비율이 100분의 50)미만으로 사용하는 경우를 포함하는 것입니다.
 ⁠(질의3에 대하여) 수도권 외의 지역에 지점을 설치한 후 해당 지점으로 본사를 이전하여 같은 조 제1항 제1호의 세액감면 요건을 충족하는 경우에는 본사이전 감면을 적용하는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ 본사를 수도권과밀억제권역(서울 **구)에서 수도권 밖인 충남 **의 산업단지에 본사 및 공장 건물을 신축 중이며 완공 시 이전 예정임

2. 질의내용

 ○ 조특법 제63조의2 수도권 밖으로 본사를 이전하는 법인세 감면 적용과 관련하여

  - ⁠(질의1) 수도권 과밀억제권역 안의 사무소에서 본사 업무에 종사하는 상시 근무인원의 연평균 비율이 100분의 50미만(이하, 기준미만 사무소)이 된 경우, 본사이전 요건을 충족한 것인지 여부

  - ⁠(질의2) 수도권과밀억제권역 안의 사무소를 기준미만 사무소로 전환한 경우, 전환일을 실제 본사이전 완료일로 보아 해당 과세연도부터 감면을 적용하는지 여부

  - ⁠(질의3) 수도권 밖에 지점을 설치 후 해당 지점을 본사로 전환하는 경우 본사이전 감면적용이 가능한지 여부

3. 관련법령

○조세특례제한법 제63조2【수도권 밖으로 본사를 이전하는 법인에 대한 세액감면 등】

 ① 제1호 각 목의 요건을 모두 갖추어 본사를 이전하여 2025년 12월 31일(본사를 신축하는 경우로서 본사의 부지를 2025년 12월 31일까지 보유하고 2025년 12월 31일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 이전계획서를 제출하는 경우에는 2028년 12월 31일)까지 사업을 개시하는 법인(이하 이 조에서 "본사이전법인"이라 한다)은 제2호에 따른 감면대상소득(이전 후 합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 사업을 승계하는 경우 승계한 사업장에서 발생한 소득은 제외한다)에 대하여 제3호의 구분에 따라 법인세를 감면한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부동산업, 건설업, 소비성서비스업, 무점포판매업 및 해운중개업을 경영하는 법인인 경우에는 그러하지 아니하다.

  1. 세액감면 요건

   가. 수도권과밀억제권역에 3년 이상 계속하여 본사를 둔 법인일 것

   나. 본사를 수도권 밖으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 이전할 것

   다. 수도권 밖으로 이전한 본사(이하 이 조에서 "이전본사"라 한다)에 대한 투자금액 및 이전본사의 근무인원이 지역경제에 미치는 영향 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 기준을 충족할 것

  2. 감면대상소득 : 가목의 금액에 나목의 비율과 다목의 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 금액

   가. 해당 과세연도의 과세표준에서 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익 및 대통령령으로 정하는 소득을 뺀 금액

   나. 해당 과세연도의 이전본사의 근무인원이 법인전체 근무인원에서 차지하는 비율

   다. 해당 과세연도의 전체 매출액에서 대통령령으로 정하는 위탁가공무역에서 발생하는 매출액을 뺀 금액이 해당 과세연도의 전체 매출액에서 차지하는 비율

  3. 감면기간 및 감면세액

   가. 본사이전일 이후 본사이전법인에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(본사이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 소득이 발생하지 아니한 경우에는 이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 다음의 구분에 따른 기간 이내에 끝나는 과세연도: 감면대상소득에 대한 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액

    1) 제63조제1항제2호가목1)에 따른 지역으로서 수도권 밖의 지역으로 이전하는 경우: 5년

    2) 제63조제1항제2호가목2)에 따른 지역으로 이전하는 경우

     가) 성장촉진지역등으로 이전하는 경우: 7년

     나) 가)에 따른 지역 외의 지역으로 이전하는 경우: 5년

    3) 1) 또는 2)에 따른 지역 외의 지역으로서 수도권 밖의 지역으로 이전하는 경우

     가) 성장촉진지역등으로 이전하는 경우: 10년

     나) 가)에 따른 지역 외의 지역으로 이전하는 경우: 7년

   나. 가목에 따른 과세연도의 다음 2년[가목2)가) 또는 같은 목 3)나)에 해당하는 경우에는 3년] 이내에 끝나는 과세연도: 감면대상소득에 대한 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액

 ② 제1항에 따라 감면을 적용받는 본사이전법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 법인세로 납부하여야 한다.

  1. 본사를 이전하여 사업을 개시한 날부터 3년 이내에 그 사업을 폐업하거나 법인이 해산한 경우. 다만, 합병ㆍ분할 또는 분할합병으로 인한 경우에는 그러하지 아니하다.

  2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 본사를 수도권 밖으로 이전하여 사업을 개시하지 아니한 경우

  3. 수도권에 본사를 설치하거나 대통령령으로 정하는 기준 이상의 사무소를 둔 경우

  4. 제1항에 따른 감면기간에 대통령령으로 정하는 임원 중 이전본사의 근무 임원 수가 수도권 안의 사무소에서 근무하는 임원과 이전본사 근무 임원의 합계 인원에서 차지하는 비율이 100분의 50에 미달하게 된 경우

 ③ 제1항에 따라 감면받은 법인세액을 제2항에 따라 납부하는 경우에는 제63조제3항의 이자 상당 가산액에 관한 규정을 준용한다.

 ④ 본사이전법인이 수도권과밀억제권역에 있는 본사를 양도함으로써 발생한 양도차익에 대한 법인세에 관하여는 제61조제3항ㆍ제5항 및 제6항을 준용한다.

 ⑤ 제1항 및 제4항을 적용받으려는 본사이전법인은 대통령령으로 정하는 분류를 기준으로 이전 전의 본사에서 영위하던 업종과 이전 후의 본사에서 영위하는 업종이 같아야 한다.

 ⑥ 공장과 본사를 함께 이전하는 경우에는 제1항과 제63조제1항에도 불구하고 제1항에 따른 감면대상소득과 제63조제1항에 따라 이전한 공장에서 발생하는 소득을 합하여 산출한 금액에 상당하는 소득을 감면대상소득으로 한다. 다만, 해당 과세연도의 소득금액을 한도로 한다.

 ⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 투자금액ㆍ근무인원ㆍ기간의 계산방법, 세액감면신청 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○조세특례제한법 시행령 제60조의2【수도권 밖으로 본사를 이전하는 법인에 대한 세액감면 등】

 ① 법 제63조의2제1항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 부동산업, 건설업, 소비성서비스업, 무점포판매업 및 해운중개업"이란 제60조제1항에 따른 사업을 말한다.

 ② 법 제63조의2제1항제1호가목에 따른 세액감면 요건이란 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 "본사"라 한다)의 이전등기일부터 소급하여 3년 이상 계속하여 수도권과밀억제권역 안에 본사를 두고 사업을 경영한 실적이 있을 것을 말한다.

 ③ 법 제63조의2제1항제1호나목에서 "본사를 수도권 밖으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 이전할 것"이란 다음 각 호의 어느 하나의 요건을 갖춘 것을 말한다. 이 경우 법 제63조의2제4항을 적용할 때에는 수도권과밀억제권역 안의 본사를 양도하는 경우로 한정한다.

  1. 수도권 밖으로 본사를 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 수도권과밀억제권역 안의 본사를 양도하거나 본사 외의 용도(제13항에서 정하는 기준 미만의 사무소로 사용하는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)로 전환할 것

  2. 수도권과밀억제권역 안의 본사를 양도하거나 본사 외의 용도로 전환한 날부터 2년 이내에 수도권 밖에서 사업을 개시할 것. 다만, 본사를 신축하여 이전하는 경우에는 수도권과밀억제권역 안의 본사를 양도하거나 본사 외의 용도로 전환한 날부터 3년 이내에 사업을 개시해야 한다.

 ④ 법 제63조의2제1항제1호다목에서 "대통령령으로 정하는 기준"이란 다음 각 호와 같다.

  1. 투자금액: 기획재정부령으로 정하는 사업용자산에 대한 누적 투자액으로서 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액이 10억원 이상일 것

  2. 근무인원: 해당 과세연도에 수도권 밖으로 이전한 본사(이하 이 조에서 "이전본사"라 한다)의 근무인원이 20명 이상일 것

 ⑤ 법 제63조의2제1항제2호가목에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액을 말한다. 이 경우 그 차액이 음수일 경우에는 0원으로 본다.

  1. 고정자산처분익, 유가증권처분익, 수입이자, 수입배당금 및 자산수증익을 합한 금액. 다만, 금융 및 보험업을 경영하는 법인(「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사는 제외한다)의 경우에는 기업회계기준에 따라 영업수익에 해당하는 유가증권처분익, 수입이자 및 수입배당금은 제외한다.

  2. 고정자산처분손, 유가증권처분손 및 지급이자를 합한 금액. 다만, 금융 및 보험업을 경영하는 법인(「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사는 제외한다)의 경우에는 기업회계기준에 따라 영업비용에 해당하는 유가증권처분손 및 지급이자는 제외한다.

 ⑥ 해당 과세연도에 이전본사의 근무인원 및 법인 전체 근무인원은 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 계산한 인원으로 한다.

  1. 이전본사의 근무인원: 가목에서 나목을 뺀 인원

   가. 이전본사에서 본사업무에 종사하는 상시 근무인원의 연평균 인원(매월 말 현재의 인원을 합하고 이를 해당 개월 수로 나누어 계산한 인원을 말한다. 이하 이 조에서 같다). 다만, 이전일부터 소급하여 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 이후 수도권 외의 지역에서 본사업무에 종사하는 근무인원이 이전본사로 이전한 경우는 제외한다.

   나. 이전일부터 소급하여 3년이 되는 날이 속하는 과세연도에 이전본사에서 본사업무에 종사하던 상시 근무인원의 연평균 인원

  2. 법인 전체 근무인원: 법인 전체의 상시 근무인원의 연평균 인원

 ⑦ 제6항을 적용할 때 상시 근무인원은 「근로기준법」 제2조제1항제2호에 따른 사용자 중 상시 근무하는 자 및 같은 법에 따라 근로계약을 체결한 내국인 근로자로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람은 제외한다.

  1. 근로계약기간이 1년 미만인 근로자(근로계약의 연속된 갱신으로 인하여 그 근로계약의 총 기간이 1년 이상인 근로자는 제외한다)

  2. 「근로기준법」 제2조제1항제9호에 따른 단시간근로자. 다만, 1개월간의 소정근로시간이 60시간 이상인 근로자는 상시근로자로 본다.

  3. 「법인세법 시행령」 제40조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 임원 중 상시 근무하지 않는 자

  4. 「소득세법 시행령」 제196조에 따른 근로소득원천징수부에 따라 근로소득세를 원천징수한 사실이 확인되지 않고, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액의 납부사실도 확인되지 않는 자

   가. 「국민연금법」 제3조제1항제11호 및 제12호에 따른 부담금 및 기여금

   나. 「국민건강보험법」 제69조에 따른 직장가입자의 보험료

 ⑧ 법 제63조의2제1항제2호다목에서 "대통령령으로 정하는 위탁가공무역"이란 가공임(加工賃)을 지급하는 조건으로 외국에서 가공(제조, 조립, 재생 및 개조를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)할 원료의 전부 또는 일부를 거래 상대방에게 수출하거나 외국에서 조달하여 가공한 후 가공물품 등을 수입하거나 외국으로 인도하는 것을 말한다.

 ⑨ 법 제63조의2제1항제2호다목에 따른 위탁가공무역에서 발생한 매출액은 다른 매출액과 구분하여 경리해야 한다.

 ⑩ 삭제

 ⑪ 법 제63조의2제2항에 따라 납부해야 하는 세액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한다.

  1. 법 제63조의2제2항제1호에 해당하는 경우: 폐업일 또는 법인해산일부터 소급하여 3년 이내에 감면된 세액

  2. 법 제63조의2제2항제2호에 해당하는 경우: 제3항 각 호의 요건을 갖추지 못하게 된 날부터 소급하여 5년 이내에 감면된 세액

  3. 법 제63조의2제2항제3호에 해당하는 경우: 본사설치일 또는 제13항에서 정하는 기준 이상의 사무소를 둔 날부터 소급하여 5년 이내에 감면된 세액

  4. 법 제63조의2제2항제4호에 해당하는 경우: 같은 호에서 정하는 비율에 미달하게 되는 날부터 소급하여 5년 이내에 감면된 세액

 ⑫ 법 제63조의2제2항제2호에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 본사를 수도권 밖으로 이전하여 사업을 개시하지 아니한 경우"란 제3항 각 호의 요건을 갖추지 않은 경우를 말한다.

 ⑬ 법 제63조의2제2항제3호에서 "대통령령으로 정하는 기준 이상"이란 본사를 수도권 밖으로 이전한 날부터 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 지난 후 본사업무에 종사하는 총 상시 근무인원의 연평균 인원 중 수도권 안의 사무소에서 본사업무에 종사하는 상시 근무인원의 연평균 인원의 비율이 100분의 50 이상인 경우를 말한다.

 ⑭ 법 제63조의2제2항제4호에서 "대통령령으로 정하는 임원"이란 「법인세법 시행령」 제40조제1항 각 호의 자를 말한다. 다만, 상시 근무하지 않는 임원은 제외한다.

 ⑮ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세연도부터 법 제63조의2제1항에 따라 법인세를 감면받을 수 없다.

  1. 제4항제2호의 요건(20명)을 충족하지 못한 경우

  2. 법 제63조의2제2항제4호(임원비율)에 해당하는 경우

 ⑯ 법 제63조의2제1항에 따라 법인세의 감면을 받으려는 법인은 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액감면신청서 및 감면세액계산서를 납세지 관할 세무서장에게 제출해야 한다.

 ⑰ 법 제63조의2제5항에서 "대통령령으로 정하는 분류"란 한국표준산업분류상의 세분류를 말한다.

○조세특례제한법 시행령 제60조【수도권 밖으로 공장을 이전하는 기업에 대한 세액감면 등】

 ④ 법 제63조제1항제2호가목1)에서 "수도권 등 대통령령으로 정하는 지역"이란 다음 각 호의 지역을 말한다. 다만, 제2호의 지역은 해당 지역으로 이전하는 기업이 중소기업인 경우로 한정한다.

  1. 당진시, 아산시, 원주시, 음성군, 진천군, 천안시, 춘천시, 충주시, 홍천군(내면은 제외한다) 및 횡성군의 관할구역

  2.「수도권정비계획법」 제6조제1항제2호 및 제3호에 따른 성장관리권역 및 자연보전권역

 ⑤ 법 제63조제1항제2호가목2)에서 "수도권 밖에 소재하는 광역시 등 대통령령으로 정하는 지역"이란 다음 각 호의 지역을 말한다.

  1. 수도권 밖에 소재하는 광역시의 관할구역

  2. 구미시, 김해시, 전주시, 제주시, 진주시, 창원시, 청주시 및 포항시의 관할구역

출처 : 국세청 2023. 10. 06. 서면-2023-법인-2758[법인세과-1517] | 국세법령정보시스템