요지

사업자가 주택임대사업을 영위하고자 국민주택규모 초과주택을 매입하고 매입세액을 공제하지 아니하였으나 임대가 되지 않아 사업이 개시되지 아니한 경우에는 해당 주택 양도 시 부가가치세가 과세되는 것이며, 불공제한 매입세액은 과세사업에 사용하는 날이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제할 수 있는 것임

답변내용

1. 사업자가 주택임대사업을 영위할 목적으로 국민주택규모를 초과하는 외국인전용임대주택(이하 ⁠“본건주택”)을 구입하면서 구입 당시 면세사업에 사용될 것으로 보아 매입세액을 공제받지 아니한 경우로서
본건주택 입주자 공고일로부터 1년 이상 임대가 되지 않아 ⁠「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」에 따라 임대사업에 사용하지 아니한 본건주택을 분양으로 전환하게 되는 경우에는 ｢부가가치세법｣ 제9조에 따라 부가가치세가 과세되는 것입니다.
2. 면세사업에 사용될 것으로 보아 ｢부가가치세법｣ 제39조제1항제7호에 따라 매입세액을 공제받지 아니한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비하는 때에는 같은 법 제43조 및 같은 법 시행령 제85조제1항에 따라 계산한 금액을 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제할 수 있는 것이며
이 경우 같은 법 시행령 제85조제5항에 따라 해당 과세기간의 확정신고와 함께 과세사업전환 감가상각자산신고서를 작성하여 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 하는 것입니다.

 질의요지

1. 국민주택 규모를 초과하는 주택을 임대사업을 영위할 목적으로 매입하였으나 임대가 되지 않아 ⁠「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」에 따라 분양으로 전환하는 경우 부가가치세가 면제되는지

2. 부가가치세 과세대상인 경우 당초 공제되지 아니한 매입세액을 환급받을 수 있는지

 사실관계

○신청공사는 2009.4월 인천광역시 경제자유구역청으로부터 경제자유구역 내 송도지구의 공동주택용지 4개 필지를 매수하는 계약을 체결함

○신청공사는 2013.9월 2개 필지를 민간사업자에게 매각하려고 하였으나 해당 토지가「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」(이하 ⁠“경자법”) 제24조의2에 따른 외국인전용임대주택(이하 ⁠“외국인임대주택”)을 건설하여 공급하도록 의무화 되어있어 매각이 되지 않아

- 신청공사가 해당 토지를 매수하는 민간사업자로부터 외국인임대주택을 매입하는 조건으로 토지를 매각하였고 2016.12월, 2017.3월 민간사업자가 건설한 외국인임대주택을 취득하면서 매입세액 공제를 받지 아니하였음

○외국인임대주택은 입주자 모집을 위해 여러 차례 공고를 하였음에도 모집이 되지 않아 현재 전체 273세대 중 7세대만 임대 중이며

- 2018.4.17. 경자법이 임대공고 후 1년 이상 임대되지 아니한 외국인 전용 임대주택에 대하여 개발사업시행자는 관할 시도지사에게 분양전환 승인을 신청할 수 있도록 개정됨에 따라

- 신청공사는 2018.10.22. 임대공고 이후 현재까지 임대되지 아니한 외국인임대주택 266세대를 분양으로 전환할 예정임

 관련법령

○ 부가가치세법 제5조【과세기간】

② 신규로 사업을 시작하는 자에 대한 최초의 과세기간은 사업 개시일부터 그 날이 속하는 과세기간의 종료일까지로 한다. 다만, 제8조제1항 단서에 따라 사업개시일 이전에 사업자등록을 신청한 경우에는 그 신청한 날부터 그 신청일이 속하는 과세기간의 종료일까지로 한다.

○ 부가가치세법 시행령 제6조【사업 개시일의 기준】

법 제5조제2항에 따른 사업 개시일은 다음 각 호의 구분에 따른다. 다만, 해당 사업이 법령 개정 등으로 면세사업에서 과세사업으로 전환되는 경우에는 그 과세 전환일을 사업 개시일로 한다.

 1. 제조업: 제조장별로 재화의 제조를 시작하는 날

 2. 광업: 사업장별로 광물의 채취ㆍ채광을 시작하는 날

 3. 제1호와 제2호 외의 사업: 재화나 용역의 공급을 시작하는 날

○ 부가가치세법 제9조【재화의 공급】

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

○ 부가가치세법 제14조【부수 재화 및 부수 용역의 공급】

② 주된 사업에 부수되는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급은 별도의 공급으로 보되, 과세 및 면세 여부 등은 주된 사업의 과세 및 면세 여부 등을 따른다.

 1. 주된 사업과 관련하여 우연히 또는 일시적으로 공급되는 재화 또는 용역

○ 부가가치세법 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

 12. 주택과 이에 부수되는 토지의 임대 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

○ 부가가치세법 제43조【면세사업 등을 위한 감가상각자산의 과세사업 전환 시 매입세액공제 특례】

사업자는 제39조제1항제7호에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 면세사업 등을 위한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제할 수 있다.

○ 부가가치세법 시행령 제85조【면세사업 등을 위한 감가상각자산의 과세사업 전환 시 매입세액 공제 특례】

① 사업자가 법 제39조제1항제7호에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비하는 경우 법 제43조에 따라 공제되는 세액은 다음 각 호의 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제66조제2항 후단을 준용한다.

 1. 건물 또는 구축물

⑤ 사업자가 법 제43조에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비할 때에는 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간에 대한 확정신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 과세사업전환 감가상각자산 신고서를 작성하여 각 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

○ 제24조의2【외국인 전용 임대주택에 관한 특례】(2016.1.27. 법률 제13837호로 개정되기 전의 것) ☞ 2016.1.27. 개정 시 조문 삭제

① 개발사업시행자는 해당 단위개발사업지구 안 총주택공급세대수의 100분의 1부터 100분의 10까지에 해당하는 주택의 건설용지를 외국인을 위한 임대주택(이하 "외국인 전용 임대주택"이라 한다)의 건설용지로 공급하여야 한다.

② ⁠「임대주택법」 제16조제1항에도 불구하고 외국인 전용 임대주택은 임대개시일부터 10년이 지나지 아니하면 이를 매각할 수 없다.

○ 부칙

제2조(외국인 전용 임대주택의 건설용지 공급에 관한 경과조치 및 분양전환에 관한 특례)

① 이 법(법률 제13837호 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법 일부개정법률을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 시행 전에 제9조제1항에 따라 경제자유구역개발사업 실시계획의 승인을 받았거나 변경승인을 신청한 개발사업시행자에 대해서는 제24조의2의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. 다만, 이 법 시행 후 외국인 전용 임대주택의 건설용지나 공급계획을 조정하는 내용으로 개발계획 또는 실시계획의 변경승인을 신청하여 승인을 받은 경우에는 그러하지 아니하다.

② 제1항 본문에 해당하는 개발사업시행자는 제1항 본문에도 불구하고 임대공고 후 1년 이상 임대되지 아니한 외국인 전용 임대주택에 대하여 관할 시ㆍ도지사에게 분양전환 승인을 신청할 수 있다.

③ 토지가격의 정산, 분양전환가격의 산정 등 제2항에 따른 분양전환에 필요한 사항은 시ㆍ도지사가 개발사업시행자와 협의하여 정한다.

출처 : 국세청 2019. 11. 21. 사전-2019-법령해석부가-0606[법령해석과-3056] | 국세법령정보시스템