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국가 귀속 의료기관 수익에 대한 법인세 납부 의무 판단

사전-2020-법령해석법인-1197[법령해석과-4257]  ·  2020. 12. 24.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 국토교통부가 설치하고 소득이 전부 국토교통부에 귀속되는 AA병원에 대해 법인세 납부 의무가 있는지요?

S요약

국토교통부가 설치한 AA병원을 비영리의료법인에 위탁 운영하더라도, 병원에서 발생하는 모든 수익과 비용이 국토교통부에 귀속된다면 해당 소득에 대해 법인세를 납부할 의무가 없는 것으로 판단됩니다. 이는 법인세법 제3조제2항의 국가 소득 면세 규정에 따른 해석입니다.
#법인세 #국가기관 수익 #병원 법인세 #귀속주체 #납세의무 #국토교통부
핵심 정리

R회신 내용 사전-2020-법령해석법인-1197[법령해석과-4257]  ·  2020. 12. 24.

  • 회신 주체·출처: 국세청 사전-2020-법령해석법인-1197(2020-12-24)
  • 국토교통부가 AA병원을 설치 후 비영리의료법인에 관리·운영을 위탁하고, 병원에서 발생하는 수익과 비용이 전부 국토교통부에 귀속된다면 해당 소득에 대해 법인세법 제3조제2항에 따라 법인세를 납부할 의무가 없는 것으로 회신하였습니다.
  • 법령 해석에 따르면 국가(국토교통부)가 귀속 주체인 소득은 법인세 과세 대상에 해당하지 않습니다.
  • 사업자등록증 발급 등 행정절차와 무관하게, 실질적으로 소득의 귀속주체가 국가이면 납세의무가 발생하지 않습니다.
  • 이 유권해석은 구체적으로 AA병원의 운영 수익이 국토교통부에 전액 귀속되는 점, 위·수탁협약의 명시적 귀속 조항, 국유 부동산 소유 및 관리 구조 등을 종합적으로 고려한 결과입니다.

L관련 법령 해석

  • 법인세법 제3조: 내국법인 중 국가와 지방자치단체는 그 소득에 대한 법인세 납부 의무 면제
  • 부가가치세법 시행령 제12조: 세무서장은 등록번호에 준하는 고유번호 부여 가능
  • 자동차손해배상 보장법 제32조: 의료재활시설의 관리·운영 위탁 및 그 귀속 범위
사례 Q&A
1. 국가 소유 병원에 법인세를 내야 하나요?
답변
병원 소득의 귀속 주체가 국가라면 법인세 납세의무가 발생하지 않는다고 판단됩니다.
근거
법인세법 제3조제2항은 국가 소득에 대해 법인세를 면제한다고 규정.
2. 위탁운영하는 병원 수익이 국가에 귀속될 때 과세 여부는?
답변
위탁 운영 여부에 관계없이 소득이 전부 국가에 귀속되면 법인세 납부 의무 없다고 볼 수 있습니다.
근거
수익과 비용의 귀속이 납세의무 결정에 핵심임을 국세청 해석에서 확인할 수 있습니다.
3. 사업자등록증이 있어도 국가 귀속 소득에 법인세 나오나요?
답변
사업자등록 여부와 상관없이 국가 귀속 소득은 법인세 비과세로 판단됩니다.
근거
실질적 귀속주체가 국가라는 점이 과세 여부 결정에 우선함.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

유권해석 전문

요지

AA병원에서 발생하는 수익과 비용이 국토교통부에 귀속되는 경우 AA병원에서 발생한 소득에 대해서는 「법인세법」 제3조제2항에 따라 법인세를 납부할 의무가 없는 것임

답변내용

귀 세법해석 사전답변 신청의 사실관계와 같이, 국토교통부가 AA병원을 설치한 후 관리․운영을 비영리의료법인에게 위탁하고, 해당 병원에서 발생하는 수익과 비용이 국토교통부에 귀속되는 경우 AA병원에서 발생한 소득에 대해서는 「법인세법」 제3조제2항에 따라 법인세를 납부할 의무가 없는 것입니다.

1. 사실관계

 ○국토교통부(이하 ⁠‘국토부’)는 교통사고로 인한 부상자나 후유장애인의 재활을 지원하고 능동적 복지를 실현하고자

  -2002년 1월 「자동차손해배상 보장법」을 개정해 의료재활시설 설치 근거를 마련하였고,

  -2014년 8월 AA병원의 개설자로서 OO군 보건소로부터 의료기관 개설허가증을 발부받았으며,

  -AA병원 부지와 건물에 대해 소유권 보존등기*를 하였음

    *토지 및 건물의 등기사항 증명서상의 소유자는 국(국가)이고, 관리청은 국토부로 기재되어 있으며 2014년 10월 AA병원을 개원함

 ○국토부는 「자동차손해배상 보장법」 제32조제1항제1호의 요건을 갖춘 재활시설운영자에게 의료재활시설 및 재활사업의 관리․운영을 위탁할 수 있는 바,

  -국토부가 보유한 시설물인 AA병원에 대한 관리·운영을 2014년 10월부터 2019년 9월까지 갑병원에,

  -2019년 10월부터 현재까지 을병원에 위탁하였으며,

  -위·수탁협약서에 따라 AA병원의 관리․운영과 관련하여 위탁운영자인 을병원이 취득한 재산은 모두 국토부에 귀속됨(AA병원의 운영과 관련하여 발생한 수익과 비용 전부 국토부에 귀속)

 ○한편, AA병원의 최초 위탁운영자인 갑병원은 AA병원이 설치된 2014년경에 보조금 관리를 위한 별도의 계좌개설 및 AA병원 근로자의 원천징수 등 세금업무의 편의를 위해,

  -「부가가치세법 시행령」 제12조에 따라 AA병원을 국가기관으로 보아 등록번호에 준하는 고유번호 발급을 OO세무서에 신청했으나,

  -OO세무서는 고유번호 신청을 반려하고 AA병원을 비영리 내국법인으로 보아 사업자등록증을 교부하여 AA병원에 대한 법인세 납세의무가 발생하게 되었음

2. 질의내용

 ○국토교통부가 AA병원을 설치한 후 관리․운영을 위탁하고, 해당 병원에서 발생하는 수익과 비용이 전부 국토교통부에 귀속되는 경우 AA병원에서 발생하는 소득에 대해 법인세를 납부하여야 하는지 여부

3. 관련법령 및 관련사례

법인세법 제3조【납세의무자】

 ②내국법인 중 국가와 지방자치단체(지방자치단체조합을 포함한다. 이하 같다)는 그 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 없다.

부가가치세법 시행령 제12조【등록번호】

 ①법 제8조제6항에 따른 등록번호는 사업장마다 관할 세무서장이 부여한다. 다만, 법 제8조제3항부터 제5항까지의 규정에 따라 사업자 단위로 등록신청을 한 경우에는 사업자 단위 과세 적용 사업장에 한 개의 등록번호를 부여한다.

 ②관할 세무서장은 과세자료를 효율적으로 처리하기 위하여 법 제54조제4항 또는 제5항에 따른 자에게도 등록번호에 준하는 고유번호를 부여할 수 있다.

출처 : 국세청 2020. 12. 24. 사전-2020-법령해석법인-1197[법령해석과-4257] | 국세법령정보시스템

유권해석

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국가 귀속 의료기관 수익에 대한 법인세 납부 의무 판단

사전-2020-법령해석법인-1197[법령해석과-4257]  ·  2020. 12. 24.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 국토교통부가 설치하고 소득이 전부 국토교통부에 귀속되는 AA병원에 대해 법인세 납부 의무가 있는지요?

S요약

국토교통부가 설치한 AA병원을 비영리의료법인에 위탁 운영하더라도, 병원에서 발생하는 모든 수익과 비용이 국토교통부에 귀속된다면 해당 소득에 대해 법인세를 납부할 의무가 없는 것으로 판단됩니다. 이는 법인세법 제3조제2항의 국가 소득 면세 규정에 따른 해석입니다.
#법인세 #국가기관 수익 #병원 법인세 #귀속주체 #납세의무
핵심 정리

R회신 내용 사전-2020-법령해석법인-1197[법령해석과-4257]  ·  2020. 12. 24.

  • 회신 주체·출처: 국세청 사전-2020-법령해석법인-1197(2020-12-24)
  • 국토교통부가 AA병원을 설치 후 비영리의료법인에 관리·운영을 위탁하고, 병원에서 발생하는 수익과 비용이 전부 국토교통부에 귀속된다면 해당 소득에 대해 법인세법 제3조제2항에 따라 법인세를 납부할 의무가 없는 것으로 회신하였습니다.
  • 법령 해석에 따르면 국가(국토교통부)가 귀속 주체인 소득은 법인세 과세 대상에 해당하지 않습니다.
  • 사업자등록증 발급 등 행정절차와 무관하게, 실질적으로 소득의 귀속주체가 국가이면 납세의무가 발생하지 않습니다.
  • 이 유권해석은 구체적으로 AA병원의 운영 수익이 국토교통부에 전액 귀속되는 점, 위·수탁협약의 명시적 귀속 조항, 국유 부동산 소유 및 관리 구조 등을 종합적으로 고려한 결과입니다.

L관련 법령 해석

  • 법인세법 제3조: 내국법인 중 국가와 지방자치단체는 그 소득에 대한 법인세 납부 의무 면제
  • 부가가치세법 시행령 제12조: 세무서장은 등록번호에 준하는 고유번호 부여 가능
  • 자동차손해배상 보장법 제32조: 의료재활시설의 관리·운영 위탁 및 그 귀속 범위
사례 Q&A
1. 국가 소유 병원에 법인세를 내야 하나요?
답변
병원 소득의 귀속 주체가 국가라면 법인세 납세의무가 발생하지 않는다고 판단됩니다.
근거
법인세법 제3조제2항은 국가 소득에 대해 법인세를 면제한다고 규정.
2. 위탁운영하는 병원 수익이 국가에 귀속될 때 과세 여부는?
답변
위탁 운영 여부에 관계없이 소득이 전부 국가에 귀속되면 법인세 납부 의무 없다고 볼 수 있습니다.
근거
수익과 비용의 귀속이 납세의무 결정에 핵심임을 국세청 해석에서 확인할 수 있습니다.
3. 사업자등록증이 있어도 국가 귀속 소득에 법인세 나오나요?
답변
사업자등록 여부와 상관없이 국가 귀속 소득은 법인세 비과세로 판단됩니다.
근거
실질적 귀속주체가 국가라는 점이 과세 여부 결정에 우선함.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

유권해석 전문

요지

AA병원에서 발생하는 수익과 비용이 국토교통부에 귀속되는 경우 AA병원에서 발생한 소득에 대해서는 「법인세법」 제3조제2항에 따라 법인세를 납부할 의무가 없는 것임

답변내용

귀 세법해석 사전답변 신청의 사실관계와 같이, 국토교통부가 AA병원을 설치한 후 관리․운영을 비영리의료법인에게 위탁하고, 해당 병원에서 발생하는 수익과 비용이 국토교통부에 귀속되는 경우 AA병원에서 발생한 소득에 대해서는 「법인세법」 제3조제2항에 따라 법인세를 납부할 의무가 없는 것입니다.

1. 사실관계

 ○국토교통부(이하 ⁠‘국토부’)는 교통사고로 인한 부상자나 후유장애인의 재활을 지원하고 능동적 복지를 실현하고자

  -2002년 1월 「자동차손해배상 보장법」을 개정해 의료재활시설 설치 근거를 마련하였고,

  -2014년 8월 AA병원의 개설자로서 OO군 보건소로부터 의료기관 개설허가증을 발부받았으며,

  -AA병원 부지와 건물에 대해 소유권 보존등기*를 하였음

    *토지 및 건물의 등기사항 증명서상의 소유자는 국(국가)이고, 관리청은 국토부로 기재되어 있으며 2014년 10월 AA병원을 개원함

 ○국토부는 「자동차손해배상 보장법」 제32조제1항제1호의 요건을 갖춘 재활시설운영자에게 의료재활시설 및 재활사업의 관리․운영을 위탁할 수 있는 바,

  -국토부가 보유한 시설물인 AA병원에 대한 관리·운영을 2014년 10월부터 2019년 9월까지 갑병원에,

  -2019년 10월부터 현재까지 을병원에 위탁하였으며,

  -위·수탁협약서에 따라 AA병원의 관리․운영과 관련하여 위탁운영자인 을병원이 취득한 재산은 모두 국토부에 귀속됨(AA병원의 운영과 관련하여 발생한 수익과 비용 전부 국토부에 귀속)

 ○한편, AA병원의 최초 위탁운영자인 갑병원은 AA병원이 설치된 2014년경에 보조금 관리를 위한 별도의 계좌개설 및 AA병원 근로자의 원천징수 등 세금업무의 편의를 위해,

  -「부가가치세법 시행령」 제12조에 따라 AA병원을 국가기관으로 보아 등록번호에 준하는 고유번호 발급을 OO세무서에 신청했으나,

  -OO세무서는 고유번호 신청을 반려하고 AA병원을 비영리 내국법인으로 보아 사업자등록증을 교부하여 AA병원에 대한 법인세 납세의무가 발생하게 되었음

2. 질의내용

 ○국토교통부가 AA병원을 설치한 후 관리․운영을 위탁하고, 해당 병원에서 발생하는 수익과 비용이 전부 국토교통부에 귀속되는 경우 AA병원에서 발생하는 소득에 대해 법인세를 납부하여야 하는지 여부

3. 관련법령 및 관련사례

법인세법 제3조【납세의무자】

 ②내국법인 중 국가와 지방자치단체(지방자치단체조합을 포함한다. 이하 같다)는 그 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 없다.

부가가치세법 시행령 제12조【등록번호】

 ①법 제8조제6항에 따른 등록번호는 사업장마다 관할 세무서장이 부여한다. 다만, 법 제8조제3항부터 제5항까지의 규정에 따라 사업자 단위로 등록신청을 한 경우에는 사업자 단위 과세 적용 사업장에 한 개의 등록번호를 부여한다.

 ②관할 세무서장은 과세자료를 효율적으로 처리하기 위하여 법 제54조제4항 또는 제5항에 따른 자에게도 등록번호에 준하는 고유번호를 부여할 수 있다.

출처 : 국세청 2020. 12. 24. 사전-2020-법령해석법인-1197[법령해석과-4257] | 국세법령정보시스템