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조특법 신축주택 양도 시 세율 및 장기보유특별공제 적용

사전-2021-법령해석재산-1034[법령해석과-3065] · 2021. 09. 02.

질의 및 요약

Q질의내용

조세특례제한법 제99조의3 신축주택 특례 적용대상 주택을 양도할 때 일반세율 및 장기보유특별공제를 적용할 수 있는지?

S요약

조세특례제한법 제99조의3의 신축주택 특례 주택을 양도하는 경우, 소득세법 제104조제7항의 중과세율은 적용되지 않으며, 소득세법 제95조에 따라 장기보유특별공제를 적용할 수 있음이 인정되었습니다.

#신축주택 #양도소득세 #조세특례제한법 #99조의3 #장기보유특별공제 #3주택 중과

핵심 정리

R회신 내용 사전-2021-법령해석재산-1034[법령해석과-3065] · 2021. 09. 02.

국세청 사전-2021-법령해석재산-1034[법령해석과-3065] 회신에 따른 답변입니다.
신청 건과 같이 조특법 제99조의3 신축주택 특례대상 주택은 양도 시 소득세법 제104조제7항 중과세율이 적용되지 않는다고 회신하였습니다.
해당 신축주택 양도 시 소득세법 제95조에 따른 장기보유특별공제를 적용하는 것으로 회신하였습니다.
소득세법 시행령 제167조의3, 제167조의4에 따라 신축주택 특례를 받은 주택은 1세대 2주택·3주택 산정 및 중과에서 제외됨이 규정되어 있습니다.
즉, 과세특례 대상 신축주택은 일반세율 및 장기보유특별공제의 적용 배제가 되지 않고, 일반 주택과 동일하게 적용이 가능하다고 보았습니다.

L관련 법령 해석

조세특례제한법 제99조의3: 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정. 일정 요건의 신축주택을 5년 내 또는 5년 후 양도 시 일정 금액을 과세대상 소득금액에서 공제.
조세특례제한법 시행령 제99조의3: 감면대상 양도소득금액 계산방법 및 5년 내·후의 계산 식 제시.
소득세법 제95조: 양도소득금액 계산 및 장기보유특별공제 적용 규정.
소득세법 제104조제7항: 조정대상지역 3주택 이상 등 중과세율 및 주택 수 산정 특례.
소득세법 시행령 제167조의3: 감면되는 주택의 세율 중과 예외 범위명시.

사례 Q&A

1. 신축주택 혜택 대상이 3주택자 중과세를 피할 수 있나요?

답변

조세특례제한법 제99조의3 신축주택 과세특례대상은 3주택 이상 양도 시에도 중과세율이 적용되지 않는다고 판단됩니다.

근거

소득세법 시행령 제167조의3에 따라 과세특례를 받은 신축주택은 3주택 중과 적용 대상에서 제외되고, 국세청 유권해석에서도 이를 명확히 인정하였습니다.

2. 신축주택 특례 적용시 장기보유특별공제 가능 여부는?

답변

특례대상 신축주택을 양도할 때 장기보유특별공제를 적용할 수 있음이 확인되었습니다.

근거

소득세법 제95조에 의거해 신축주택 특례대상 양도 시에도 장기보유특별공제가 가능함을 유권해석에서 명시하였습니다.

3. 조특법 99조의3 신축주택 양도 시 일반세율 적용받나요?

답변

신축주택 특례대상 양도 시 일반세율이 적용되고, 중과세율이 배제됨을 안내드립니다.

근거

국세청 회신 및 소득세법 제104조제7항, 소득세법 시행령 제167조의3에서 신축주택 특례대상은 일반세율 적용 예외임을 명확히 규정하였습니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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유권해석 전문

요지

조득법§99의3에 따른 신축주택 과세특례 적용 주택은 일반세율 및 장기보유특별공제 적용 가능

답변내용

귀 사전답변 신청의 경우, ⁠「조세특례제한법」제99조의3에 따른 ⁠‘신축주택 취득자에 대한 과세특례’ 적용대상 주택에 해당한다면, 그 주택을 양도할 경우 ⁠「소득세법」제104조제7항에 따른 중과세율이 적용되지 않으며,「소득세법」 제95조에 따라 장기보유특별공제를 적용하는 것입니다.

1. 사실관계

○ ⁠‘02.7월. 甲은 의정부 A아파트 계약금을 지급하고 ⁠‘05.1월. 취득

＊ 조특법§99의3 신축주택임을 전제

○’09.11월. 甲은 경기도 연천군 백학면 소재 B단독주택 취득하여 보유중

＊ ’21.1.1. 개별단독주택공시가격 70백만원

○ ⁠‘05.8월. 甲의 배우자 의정부 C아파트 취득하였고 이후 현재 조합원입주권으로 전환하여 보유중

○ ’21.5.11. 의정부 A아파트 490백만원 양도

＊ ’20.6.19. 의정부시 조정대상지역 지정

2. 질의내용

○ 주택과 조합원입주권의 합이 3개이상인 1세대가 양도하는 주택이 조특법§99의3 신축주택 특례적용대상일 경우

- 그 신축주택의 양도소득금액 계산시 일반세율이 적용되는지, 장기보유특별공제가 적용가능한지 여부에 대하여 질의함

3. 관련법령 및 관련사례

□조세특례제한법 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】(2015.12.15. 법률 제13560호로 개정된 것)

① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 양도일까지 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼며, 해당 신축주택을 취득한 날부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이「소득세법」제89조제1항제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(「주택법」에 따른 주택조합 또는 ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(「주택법」에 따른 주택조합 또는 ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

□ 조세특례제한법 시행령 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】(2017.2.7. 대통령령 제27848호로 개정된 것)

② 법 제99조의3제1항에 따른 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼는 양도소득금액(이하 이 조에서 "감면대상 양도소득금액"이라 한다)은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한다. 이 경우 새로운 기준시가가 고시되기 전인 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다.

1. 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우 감면대상 양도소득금액은 「소득세법」 제95조제1항에 따라 계산한다. 다만, 재개발·재건축되기 이전의 주택(이하 이 조에서 "종전주택"이라 한다)을 재개발·재건축하여 취득한 법 제98조의3제2항 각 호에 따른 신축주택인 경우 감면대상 양도소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

「소득세법」제95조제1항에 따라 계산한 양도소득금액	×	양도당시 기준시가	-	신축주택 취득당시 기준시가
「소득세법」제95조제1항에 따라 계산한 양도소득금액	×	양도당시 기준시가	-	종전주택 취득당시 기준시가

2. 취득일부터 5년 후에 양도하는 경우 감면대상 양도소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

「소득세법」제95조제1항에 따라 계산한 양도소득금액	×	신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가	-	신축주택 취득당시 기준시가
「소득세법」제95조제1항에 따라 계산한 양도소득금액	×	양도당시 기준시가	-	신축주택 취득당시 기준시가(다만, 종전주택을 재개발․재건축하여 취득한 법 제98조의3제2항 각 호에 따른 신축주택의 경우 종전주택 취득당시 기준시가)

□ 소득세법 제95조【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.

표1

보유기간	공제율
3년 이상 4년 미만	100분의 6
4년 이상 5년 미만	100분의 8
5년 이상 6년 미만	100분의 10
6년 이상 7년 미만	100분의 12
7년 이상 8년 미만	100분의 14
8년 이상 9년 미만	100분의 16
9년 이상 10년 미만	100분의 18
10년 이상 11년 미만	100분의 20
11년 이상 12년 미만	100분의 22
12년 이상 13년 미만	100분의 24
13년 이상 14년 미만	100분의 26
14년 이상 15년 미만	100분의 28
15년 이상	100분의 30

표2

보유기간	공제율	거주기간	공제율
3년 이상 4년 미만	100분의 12	2년 이상 3년 미만 (보유기간 3년 이상에 한정함)	100분의 8
3년 이상 4년 미만	100분의 12	3년 이상 4년 미만	100분의 12
4년 이상 5년 미만	100분의 16	4년 이상 5년 미만	100분의 16
5년 이상 6년 미만	100분의 20	5년 이상 6년 미만	100분의 20
6년 이상 7년 미만	100분의 24	6년 이상 7년 미만	100분의 24
7년 이상 8년 미만	100분의 28	7년 이상 8년 미만	100분의 28
8년 이상 9년 미만	100분의 32	8년 이상 9년 미만	100분의 32
9년 이상 10년 미만	100분의 36	9년 이상 10년 미만	100분의 36
10년 이상	100분의 40	10년 이상	100분의 40

③ 제89조제1항제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다.

□ 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항제2호 또는 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

1. 「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택

2. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 1주택과 조합원입주권 또는 분양권을 1개 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택

4. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권 또는 분양권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

□ 소득세법 시행령 제167조의3 【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조제7항제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다

5. 「조세특례제한법」 제77조, 제98조의2, 제98조의3, 제98조의5부터 제98조의8까지, 제99조, 제99조의2 및 제99조의3에 따라 양도소득세가 감면되는 주택

□ 소득세법 시행령 제167조의4 【1세대 3주택ㆍ입주권 또는 분양권 이상에서 제외되는 주택의 범위】

② 법 제104조제7항제4호에서 1세대가 소유한 주택(주택에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 조합원입주권 또는 분양권의 수를 계산할 때 수도권 및 광역시ㆍ특별자치시(광역시에 소속된 군, 「지방자치법」 제3조제3항ㆍ제4항에 따른 읍ㆍ면 및 「세종특별자치시 설치 등에 관한 특별법」 제6조제3항에 따른 읍ㆍ면에 해당하는 지역은 제외한다) 외의 지역에 소재하는 주택, 조합원입주권 또는 분양권으로서 해당 주택의 기준시가, 조합원입주권의 가액(「도시 및 주거환경정비법」 제74조제1항제5호에 따른 종전 주택의 가격을 말한다) 또는 분양권의 가액[주택에 대한 공급계약서상의 공급가격(선택품목에 대한 가격은 제외한다)을 말한다]이 해당 주택 또는 그 밖의 주택의 양도 당시 3억원을 초과하지 않는 주택, 조합원입주권 또는 분양권은 이를 산입하지 않는다.

③ 법 제104조제7항제4호 단서에서 "대통령령으로 정하는 장기임대주택 등"이란 국내에 소유하고 있는 주택과 조합원입주권 또는 분양권 수의 합이 3개 이상인 1세대가 소유하고 있는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택을 말한다.

1. 제2항의 규정에 따른 주택

2. 제167조의3제1항제2호 내지 제8호 및 제8호의2 중 어느 하나에 해당하는 주택

□ 소득세법 시행령 제167조의11【1세대 2주택ㆍ조합원입주권 또는 분양권에서 제외되는 주택의 범위】

① 법 제104조제7항제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 장기임대주택 등"이란 국내에 주택과 조합원입주권 또는 분양권을 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 소유하고 있는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택을 말한다.

1. 제156조의2제3항부터 제5항까지 또는 제156조의3제2항ㆍ제3항에 따라 1세대 1주택으로 보아 제154조제1항을 적용받는 주택으로서 양도소득세가 과세되는 주택

2. 제167조의3제1항제2호부터 제8호까지 및 제8호의2 중 어느 하나에 해당하는 주택

출처 : 국세청 2021. 09. 02. 사전-2021-법령해석재산-1034[법령해석과-3065] | 국세법령정보시스템

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