요지

2021년 1월 1일 전에 지정된 지정기부금단체등의 경우에는 제39조제1항제1호 각 목 외의 부분의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따르는 것이며, 이 경우 지정기부금단체등은 종전의 규정에 따라 지정받은 기간이 끝날 때까지는 제39조제1항바목3)의 개정규정에 따른 지정요건을 갖춘 것임

회신

귀 질의의 경우 ⁠「법인세법 시행령」제39조 ⁠(2020.02.11 대통령령 제30396호로 개정된 것) 및 아래 부칙을 참고하시기 바랍니다.
◇부칙
제3조(지정기부금의 범위 등에 관한 적용례) ① 제39조제1항의 개정규정은 2021년 1월 1일 이후 지정기부금단체등을 지정하는 경우부터 적용한다.
제13조(지정기부금 등의 범위 등에 관한 경과조치) ① 2021년 1월 1일 전에 지정된 지정기부금단체등의 경우에는 제39조제1항제1호 각 목 외의 부분의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. 이 경우 지정기부금단체등은 종전의 규정에 따라 지정받은 기간이 끝날 때까지는 제39조제1항바목3)의 개정규정에 따른 지정요건을 갖춘 것으로 본다.

1. 사실관계

○ 질의법인은 「법인세법 시행령」제39조 제1항 제1호 바목에 따른 지정기부금 단체(지정기간 : ’19.1.1.∼’24.12.31.)임

- ’20.2.11. 「법인세법 시행령」제39조 제1항 제1호 바목 3)이 개정됨

     * 적용시기 : ’21.1.1. 이후 지정기부금단체등을 지정하는 경우부터 적용함

     * 경과조치 : ’21.1.1. 전에 지정된 지정기부금단체등의 경우에는 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따르며, 종전의 규정에 따라 지정받은 기간이 끝날 때까지는 개정규정에 따른 지정요건을 갖춘 것으로 봄(부칙 제30396호, 2020.2.11.)

2. 질의내용

○ 지정기부금단체의 지정기간(’19.1.1.∼’24.12.31.) 만료일까지 재단법인이 개설한 홈페이지와 공익위반사항에 대한 공익제보가 가능한 주무관청·국세청 등의 홈페이지를 연결하지 않은 경우

- 지정기간 만료시까지 「법인세법 시행령」제39조 제1항 제1호 바목 3)의 지정요건을 갖춘 것으로 보는 것인지 여부

3. 관련법령

○ 법인세법 제24조【기부금의 손금불산입】

① 이 조에서 "기부금"이란 내국법인이 사업과 직접적인 관계없이 무상으로 지출하는 금액(대통령령으로 정하는 거래를 통하여 실질적으로 증여한 것으로 인정되는 금액을 포함한다)을 말한다.

④ 제2항에서 지정기부금은 사회복지ㆍ문화ㆍ예술ㆍ교육ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술 등 공익성을 고려하여 대통령령으로 정하는 기부금(제3항에 따른 법정기부금은 제외한다. 이하 이 조 및 제29조에서 같다)으로 한다.

○ 법인세법 시행령 제39조【법정기부금단체의 요건 등】

① 법 제24조제4항에서 "대통령령으로 정하는 기부금"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 다음 각 목의 비영리법인(단체 및 비영리외국법인을 포함하며, 이하 이 조에서 "지정기부금단체등"이라 한다)에 대하여 해당 지정기부금단체등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금. 다만, 바목에 따라 지정·고시된 법인에 지출하는 기부금은 지정일이 속하는 연도의 1월 1일부터 3년간(지정받은 기간이 끝난 후 2년 이내에 재지정되는 경우에는 재지정일이 속하는 사업연도의 1월 1일부터 6년간으로 한다. 이하 이 조에서 "지정기간"이라 한다) 지출하는 기부금에 한정한다.

가. ⁠「사회복지사업법」에 따른 사회복지법인

나. ⁠「영유아보육법」에 따른 어린이집

다. ⁠「유아교육법」에 따른 유치원, ⁠「초·중등교육법」 및 ⁠「고등교육법」에 따른 학교, ⁠「근로자직업능력 개발법」에 따른 기능대학, 「평생교육법」 제31조제4항에 따른 전공대학 형태의 평생교육시설 및 같은 법 제33조제3항에 따른 원격대학 형태의 평생교육시설

라. ⁠「의료법」에 따른 의료법인

마. 종교의 보급, 그 밖에 교화를 목적으로 「민법」 제32조에 따라 문화체육관광부장관 또는 지방자치단체의 장의 허가를 받아 설립한 비영리법인(그 소속 단체를 포함한다)

바. 「민법」 제32조에 따라 주무관청의 허가를 받아 설립된 비영리법인(이하 이 조에서 "「민법」상 비영리법인"이라 한다), 비영리외국법인, 「협동조합 기본법」 제85조에 따라 설립된 사회적협동조합(이하 이 조에서 "사회적협동조합"이라 한다), 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조에 따른 공공기관(같은 법 제5조제3항제1호에 따른 공기업은 제외한다. 이하 이 조에서 "공공기관"이라 한다) 또는 법률에 따라 직접 설립된 기관 중 다음의 요건을 모두 충족한 것으로서 국세청장(주사무소 및 본점소재지 관할 세무서장을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)의 추천을 받아 기획재정부장관이 지정하여 고시한 법인. 이 경우 국세청장은 해당 법인의 신청을 받아 기획재정부장관에게 추천해야 한다.

1) 다음의 구분에 따른 요건

가) ⁠「민법」상 비영리법인 또는 비영리외국법인의 경우: 정관의 내용상 수입을 회원의 이익이 아닌 공익을 위하여 사용하고 사업의 직접 수혜자가 불특정 다수일 것(비영리외국법인의 경우 추가적으로 「재외동포의 출입국과 법적 지위에 관한 법률」 제2조에 따른 재외동포의 협력·지원, 한국의 홍보 또는 국제교류·협력을 목적으로 하는 것일 것)

나) 사회적협동조합의 경우: 정관의 내용상 「협동조합 기본법」 제93조제1항제1호부터 제3호까지의 사업 중 어느 하나의 사업을 수행하는 것일 것

다) 공공기관 또는 법률에 따라 직접 설립된 기관의 경우: 설립목적이 사회복지·자선·문화·예술·교육·학술·장학 등 공익목적 활동을 수행하는 것일 것

2) 해산하는 경우 잔여재산을 국가·지방자치단체 또는 유사한 목적을 가진 다른 비영리법인에 귀속하도록 한다는 내용이 정관에 포함되어 있을 것

3) 인터넷 홈페이지가 개설되어 있고, 인터넷 홈페이지를 통해 연간 기부금 모금액 및 활용실적을 공개한다는 내용이 정관에 포함되어 있으며, 법인의 공익위반 사항을 국민권익위원회, 국세청 또는 주무관청 등 공익위반사항을 관리·감독할 수 있는 기관(이하 "공익위반사항 관리·감독 기관"이라 한다) 중 1개 이상의 곳에 제보가 가능하도록 공익위반사항 관리·감독기관이 개설한 인터넷 홈페이지와 해당 법인이 개설한 홈페이지가 연결되어 있을 것

4) 비영리법인으로 지정ㆍ고시된 날이 속하는 연도와 그 직전 연도에 해당 비영리법인의 명의 또는 그 대표자의 명의로 특정 정당 또는 특정인에 대한 「공직선거법」 제58조제1항에 따른 선거운동을 한 것으로 권한 있는 기관이 확인한 사실이 없을 것

5) 제12항에 따라 지정이 취소된 경우에는 그 취소된 날부터 3년, 제9항에 따라 추천을 받지 않은 경우에는 그 지정기간의 종료일부터 3년이 지났을 것. 다만, 제5항제1호에 따른 의무를 위반한 사유만으로 지정이 취소되거나 추천을 받지 못한 경우에는 그렇지 않다.

○ 부칙

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제39조제1항, 제5항제5호의2, 제6항, 제7항, 제9항부터 제14항까지 및 제94조제2항 각 호 외의 부분 후단(연구개발비용과 관련된 개정사항에 한정한다)의 개정규정은 2021년 1월 1일부터 시행한다.

2조(일반적 적용례) 이 영은 2020년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도분부터 적용한다.

제3조(지정기부금의 범위 등에 관한 적용례) ① 제39조제1항의 개정규정은 2021년 1월 1일 이후 지정기부금단체등을 지정하는 경우부터 적용한다.

② 제39조제5항제5호의2, 제6항, 제7항, 제9항부터 제12항까지의 개정규정은 2021년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도분부터 적용한다.

③ 제39조제13항의 개정규정은 2021년 1월 1일 이후 지정기부금단체등으로 지정하거나 취소하는 경우 또는 지정기부금단체등이 제39조제8항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사실을 적발하는 경우부터 적용한다.

제4조(업무용승용차 관련비용 등의 손금불산입 특례에 관한 적용례) ① 제50조의2제11항제1호 및 같은 항 제2호 본문의 개정규정은 이 영 시행 이후 과세표준을 신고하는 분부터 적용한다.

② 제50조의2제11항제2호 단서 및 같은 조 제13항의 개정규정은 업무용승용차를 처분하거나 임차계약을 종료한 날부터 이 영 시행 이후 10년이 경과하게 되는 분부터 적용한다.

제5조(고유목적사업준비금의 손금산입에 관한 적용례) 제56조제2항제1호의 개정규정은 이 영 시행 이후 과세표준을 신고하는 분부터 적용한다.

제6조(국고보조금 등의 손금산입에 관한 적용례) 제64조제6항의 개정규정은 2020년 1월 1일 이후 사업용자산을 취득하거나 개량하는 분부터 적용한다.

제7조(부당행위계산의 유형 등에 관한 적용례) 제88조제1항제6호나목의 개정규정은 이 영 시행 이후 과세표준을 신고하는 분부터 적용한다.

제8조(외국납부세액의 공제에 관한 적용례) 제94조제2항 각 호 외의 부분 후단(연구개발비용과 관련된 개정사항에 한정한다)의 개정규정은 2021년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도분부터 적용한다.

제9조(성실신고확인서 등의 제출에 관한 적용례) 제97조의4제2항의 개정규정은 이 영 시행 이후 과세표준을 신고하는 분부터 적용한다.

제10조(연결법인의 기부금의 손금불산입에 관한 적용례) 제120조의20제2항의 개정규정은 이 영 시행 이후 과세표준을 신고하는 분부터 적용한다.

제11조(외국법인의 국내원천 인적용역소득에 관한 적용례) 제132조제7항의 개정규정은 이 영 시행 이후 지급하는 소득분부터 적용한다.

제12조(즉시상각의 의제에 관한 경과조치) 2020년 1월 1일 전에 개시한 사업연도분에 대해서는 제31조제6항제2호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

제13조(지정기부금 등의 범위 등에 관한 경과조치) ① 2021년 1월 1일 전에 지정된 지정기부금단체등의 경우에는 제39조제1항제1호 각 목 외의 부분의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. 이 경우 지정기부금단체등은 종전의 규정에 따라 지정받은 기간이 끝날 때까지는 제39조제1항바목3)의 개정규정에 따른 지정요건을 갖춘 것으로 본다.

② 2021년 1월 1일 전에 종전의 제39조제13항에 따라 재지정 받지 못한 지정기부금단체등의 경우에는 제39조제1항제1호바목5)의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

제14조(외국법인의 법인세 신고기한 연장에 따른 가산이자율에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 신고기한의 연장승인을 받은 경우에는 제136조제4항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

출처 : 국세청 2020. 08. 25. 서면-2020-법인-3244[법인세과-3070] | 국세법령정보시스템