요지

국내에 1주택을 취득한 거주자가 비거주자가 되었다가 다시 거주자가 된 상태에서 해당 주택(1세대1주택)을 양도하는 경우 장기보유특별공제는 전체 보유기간 및 거주기간에 대한 ⁠[표2] 공제율을 적용하는 것임

회신

귀 서면질의 신청의 경우 기획재정부의 해석(기획재정부 조세정책과-69, 2025.1.13.)을 참고하시기 바랍니다. 끝.

○ 기획재정부 조세정책과-69, 2025.1.13.
국내에 1주택을 취득한 거주자가 비거주자가 되었다가 다시 거주자가 된 상태에서 해당 주택(1세대1주택)을 양도하는 경우 장기보유특별공제 계산방법
(제1안) 전체 보유기간에 대한 ⁠[표1] 공제율과 거주자로서 보유기간 및 거주기간에 대한 ⁠[표2] 공제율 중 큰 공제율 적용
(제2안) 전체 보유기간 및 거주기간에 대한 ⁠[표2] 공제율 적용
(회신) 귀 질의와 관련하여 2안으로 회신합니다.

1. 사실관계

○ ’05.3월 A주택 취득

 ○ ’06.1월 해외 출국 및 해외 거주

 ○ ’16.9월 A주택 관리처분계획인가

 ○ ’20.2월 비거주자가 거주자로 전환된 날

 ○ ’22.2월 A주택 사용승인일

 ○ 이후 A주택에서 2년 이상 거주한 후 양도 예정

2. 질의요지

○국내에 1주택을 취득한 거주자가 비거주자가 되었다가 다시 거주자가 된 상태에서 해당 주택(1세대1주택)을 양도하는 경우 장기보유특별공제 계산방법

3. 관련 법령

□ 소득세법 제89조 【비과세 양도소득】

 ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

  1. 파산선고에 의한 처분으로 발생하는 소득

  2. 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합(分合)으로 발생하는 소득

  3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

   가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

   나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

□ 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

 ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

  1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

  2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득

   가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)

   나. 지상권

   다. 전세권과 등기된 부동산임차권

□ 소득세법 제95조 【양도소득금액】

 ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

 ② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.

 ④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다.

□ 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】

자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

□ 소득세법 제119조 【비거주자의 국내원천소득】

비거주자의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.

 9. 국내원천 부동산등양도소득: 국내에 있는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산ㆍ권리를 양도함으로써 발생하는 소득

  가. 제94조제1항제1호ㆍ제2호 및 같은 항 제4호가목ㆍ나목에 따른 자산 또는 권리

□ 소득세법 제121조 【비거주자에 대한 과세방법】

 ① 비거주자에 대하여 과세하는 소득세는 해당 국내원천소득을 종합하여 과세하는 경우와 분류하여 과세하는 경우 및 그 국내원천소득을 분리하여 과세하는 경우로 구분하여 계산한다.

 ② 국내사업장이 있는 비거주자와 제119조제3호에 따른 국내원천 부동산소득이 있는 비거주자에 대해서는 제119조제1호부터 제7호까지, 제8호의2 및 제10호부터 제12호까지의 소득(제156조제1항 및 제156조의3부터 제156조의6까지의 규정에 따라 원천징수되는 소득은 제외한다)을 종합하여 과세하고, 제119조제8호에 따른 국내원천 퇴직소득 및 같은 조 제9호에 따른 국내원천 부동산등양도소득이 있는 비거주자에 대해서는 거주자와 같은 방법으로 분류하여 과세한다. 다만, 제119조제9호에 따른 국내원천 부동산등양도소득이 있는 비거주자로서 대통령령으로 정하는 비거주자에게 과세할 경우에 제89조제1항제3호ㆍ제4호 및 제95조제2항 표 외의 부분 단서는 적용하지 아니한다.

□ 소득세법(2009.12.31. 법률 제9897호로 개정된 것) 제121조 【비거주자에 대한 과세방법】

 ② 제120조에 따른 국내사업장이 있는 비거주자와 제119조제3호에 따른 소득이 있는 비거주자에 대해서는 제119조제1호부터 제7호까지 및 제10호부터 제12호까지의 소득(제156조제1항 및 제156조의3부터 제156조의5까지의 규정에 따라 원천징수되는 소득은 제외한다)을 종합하여 과세하고, 제119조제8호 및 제9호에 따른 소득이 있는 비거주자에 대해서는 거주자와 같은 방법으로 과세한다. 다만, 제119조제9호에 따른 소득이 있는 비거주자로서 대통령령으로 정하는 비거주자에게 과세할 경우에 제89조제1항제3호 및 제95조제2항 표 외의 부분 단서는 적용하지 아니한다.

□ 소득세법(2009.12.31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제121조 【비거주자에 대한 과세방법】

 ② 제120조의 규정에 따른 국내사업장이 있는 비거주자와 제119조제3호의 규정에 따른 소득이 있는 비거주자에 대하여는 제119조제1호부터 제7호까지 및 제11호부터 제13호까지의 소득(제156조제1항 및 제156조의3부터 제156조의5까지의 규정에 따라 源泉徵收되는 所得을 제외한다)을 종합하여 과세하고, 제119조제8호 및 제9호의 규정에 따른 소득이 있는 비거주자에 대하여는 거주자와 동일한 방법으로 과세한다.

□ 소득세법 시행령 제154조 【1세대1주택의 범위】

 ➀ 법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다. ⁠(이하 생략)

 ⑤ 제1항에 따른 보유기간의 계산은 법 제95조제4항에 따른다.

출처 : 국세청 2024. 02. 17. 서면-2023-법규재산-3014 | 국세법령정보시스템