산업단지 기반시설 설치비 매입세액 공제 가능성

요지

산업용지 분양과 별도로 신청법인의 과세사업에 사용할 예정인 전력구 및 공업용수시설의 건설과 관련된 비용을 사업시행자에게 부담하고 수취한 세금계산서는 토지의 자본적 지출 등과 관련된 세금계산서에 해당하지 아니하므로 관련 매입세액은 공제되는 것임

답변내용

산업단지 입주예정 업체인 신청법인이 공장가동에 필수적인 전력시설 및 공업용수시설(산업단지 밖에 설치되며, 이하 ⁠“기반시설”)을 자기의 사업에 사용할 목적으로 ｢산업입지 및 개발에 관한 법률｣에 따른 산업단지 조성사업의 사업시행자인 갑법인과 산업시설 용지 매매계약과는 별도로 일반산업단지 전력공급 및 공사시행 협약 및 기반시설 설치 부담금 납부계약을 각각 체결하여 갑법인으로부터 해당 기반시설을 설치하는 역무를 제공받고 기반시설 설치비용을 지급하면서 ｢부가가치세법｣ 제32조에 따라 세금계산서를 발급받은 경우, 신청법인은 해당 세금계산서에 기재된 부가가치세액을 같은 법 제38조제1항제1호에 따라 자기의 매출세액에서 공제할 수 있는 것입니다.

 질의요지

 ○ 신청법인이 산업용지 매매계약과 별도로 본건 산업단지 내에 건축하는 공장의 건설 및 운영에 필요한 전력공급시설 및 공업용수 공급시설의 설치비용의 일부를 부담하기로 약정하고 산업단지 사업시행자에게 해당 비용을 지급하는 경우

  - 산업단지 사업시행자로부터 발급받은 세금계산서(이하 ⁠“쟁점세금계산서”)상의 매입세액을 자기의 매출세액에서 공제할 수 있는지 여부

 사실관계

 ○ **도 **시 내에 조성 예정인 △△ △△△클러스터 산업단지(이하 ⁠“본건 산업단지”)에 ◇◇㈜(이하 ⁠“신청법인”)와 ◇◇, @@, ** 협력업체 약 **여 사가 입주할 예정임

 ○ 신청법인은 20**.00.00. 본건 산업단지 내 공장 신축을 위한 부지를 ㅇㅇ일반산업단지㈜(본건 산업단지의 사업시행자, 이하 ⁠“갑법인”)로부터 약 0000억 원에 매수하는 용지매매계약을 체결함

 ○ 갑법인은 위 용지매매계약과 별도로 토지 매입, 수용 및 보상을 포함한 관련 인허가 등 업무를 진행하며,

  - 본건 산업단지의 설치 및 운영에 필요한 기반시설(전력공급시설, 공업용수공급시설 및 도로 등)설치 등을 위한 도급계약을 체결하였음

 ○ 전력공급시설(이하 ⁠“전력구”)은 본건 산업단지 밖에 위치한 △△변전소에서 본건 산업단지까지 전력을 끌어오는 시설이고,

  - 공업용수공급시설은 **보에서 본건 산업단지까지 용수를 끌어오는 시설로서 본건 산업단지 밖에 위치함

 ○ 신청법인과 갑법인, 산업통상자원부, 한국전력공사(이하 ⁠“한전”)는 ’21.00월 본건 산업단지 전력공급 및 공사시행 협약을 체결한 바

  - 동 협약에 따르면 본건 산업단지의 전력공급에 필요한 전력구 건설공사는 갑법인이 시행하고, 전력구 공사 건설비용은 신청법인 또는 갑법인이 부담하며

  - 갑법인이 전력구 공사를 시행한 후 한전은 갑법인으로부터 전력구를 취득가액의 **%와 국비 지원금을 합한 금액으로 유상인수하기로 함

 ○ 갑법인은 신청법인의 본건 산업부지 내 공장 신설 및 운영에 필요한 전력구 및 공업용수공급시설을 설치하는 역무를 제공하고,

  - 해당 시설들의 실질적 사용·수익자인 신청법인은 위 역무 수행에 대한 대가로 위 시설의 설치비용 일부(신청법인 사용료율 적용 후 금액)에 이윤 3%를 가산한 금액(이하 ⁠“부담금”)을 지급하게 됨

 ○ 위 공사시행 협약에 따라, 신청법인과 갑법인은 20**.00.0. 전기공급시설 설치 부담금 납부계약서(이하 ⁠“전기시설 계약”)를 체결하였으며

  - 그 주요내용은 아래와 같음(전기공급시설 설치 부담금 납부 계약서 일부 발췌)

 ○ 한편 본건 산업단지 내 공장운용에 필수적인 공업용수 공급시설의 경우에도 신청법인과 갑법인은 20**.00.0. 위 전기시설 계약과 유사한 내용*의 공업용수공급시설 설치 부담금 납부계약서(이하 ⁠“용수시설 계약”)를 체결하였으며,

   * 공업용수공급시설을 갑법인이 설치하고, 설치비용 일부를 신청법인이 부담하는 내용

  - 용수시설 계약의 주요 내용은 다음과 같음(공업용수공급시설 설치 부담금 납부계약서 일부 발췌)

 관련법령

 ○ 부가가치세법 제11조【용역의 공급】

  ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

   1. 역무를 제공하는 것

 ○ 부가가치세법 제29조【과세표준】

  ③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

   1. 금전으로 대가를 받는 경우 :그 대가

 ○ 부가가치세법 제26조 【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

  ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

   20. 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합 또는 대통령령으로 정하는 공익단체에 무상(無償)으로 공급하는 재화 또는 용역

 ○ 부가가치세법 제32조【세금계산서 등】

  ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

  ⑥ 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매 등 대통령령으로 정하는 경우에는 제1항에도 불구하고 해당 재화 또는 용역을 공급하는 자이거나 공급받는 자가 아닌 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급하거나 발급받을 수 있다.

 ○ 부가가치세법 제38조 【공제하는 매입세액】

  ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

   1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

 ○ 부가가치세법 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】

  ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

   2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 ⁠“필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

   4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액

   7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

 ○ 부가가치세법 시행령 제69조 【위탁판매 등에 대한 세금계산서 발급】

  ⑭ ｢전기사업법｣에 따른 전기사업자가 전력을 공급하는 경우로서 전력을 공급받는 명의자와 전력을 실제로 소비하는 자가 서로 다른 경우에 그 전기사업자가 전력을 공급받는 명의자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급하고 그 명의자는 발급받은 세금계산서에 적힌 공급가액의 범위에서 전력을 실제로 소비하는 자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급하였을 때(세금계산서의 발급이 면제되는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우에 그 세금계산서를 발급하였을 때를 포함한다)에는 그 전기사업자가 전력을 실제로 소비하는 자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급한 것으로 본다.

  ⑮ 동업자가 조직한 조합 또는 이와 유사한 단체가 그 조합원이나 그 밖의 구성원을 위하여 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 경우와 ｢국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률｣에 따른 공동 도급계약에 의하여 용역을 공급하고 그 공동 수급체의 대표자가 그 대가를 지급받는 경우 및 ｢도시가스사업법｣에 따른 도시가스사업자가 도시가스를 공급할 때 도시가스를 공급받는 명의자와 도시가스를 실제로 소비하는 자가 서로 다른 경우에 관하여는 제14항을 준용한다.

○ 부가가치세법 시행령 제75조 【세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제】

  법 제39조제1항제2호 단서에서 ⁠“대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

   9. 다음 각 목의 경우로서 그 거래사실이 확인되고 거래 당사자가 법 제48조ㆍ제49조 또는 제66조ㆍ제67조에 따라 납세지 관할 세무서장에게 해당 납부세액을 신고하고 납부한 경우

    다. 거래의 실질이 용역의 공급에 대한 주선ㆍ중개에 해당함에도 불구하고 거래 당사자 간 계약에 따라 용역의 공급에 대한 주선ㆍ중개가 아닌 거래로 하여 세금계산서를 발급받은 경우

    바. 다른 사업자로부터 사업을 위탁받아 수행하는 사업자가 위탁받은 사업의 수행에 필요한 비용을 사업을 위탁한 사업자로부터 지급받아 지출한 경우로서 해당 비용을 공급가액에서 제외해야 함에도 불구하고 거래 당사자 간 계약에 따라 이를 공급가액에 포함하여 세금계산서를 발급받은 경우

 ○ 부가가치세법 시행령 제80조 【토지에 관련된 매입세액】

  법 제39조 제1항 제7호에서 ⁠“대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액”이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

   1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

   2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액

   3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

 ○ 부가가치세법 기본통칙 4-0-1 【손해배상금 등】

  ① 각종 원인에 의하여 사업자가 받는 다음 각 호에 예시하는 손해배상금 등은 과세대상이 되지 아니한다.

   3. 공급받을 자의 해약으로 인하여 공급할 자가 재화 또는 용역의 공급없이 받는 위약금 또는 이와 유사한 손해배상금

 ○ 부가가치세 집행기준 39-80-1 【토지 관련 매입세액의 범위】

  ② 토지 관련 매입세액으로 보지 않는 매입세액은 다음과 같다.

   3. 토지와 구분되는 감가상각자산인 구축물(옹벽, 석축, 하수도, 맨홀 등) 공사 관련 매입세액

 ○ 부담금관리 기본법 제2조 【정의】

  이 법에서 "부담금"이란 중앙행정기관의 장, 지방자치단체의 장, 행정권한을 위탁받은 공공단체 또는 법인의 장 등 법률에 따라 금전적 부담의 부과권한을 부여받은 자(이하 "부과권자"라 한다)가 분담금, 부과금, 기여금, 그 밖의 명칭에도 불구하고 재화 또는 용역의 제공과 관계없이 특정 공익사업과 관련하여 법률에서 정하는 바에 따라 부과하는 조세 외의 금전지급의무(특정한 의무이행을 담보하기 위한 예치금 또는 보증금의 성격을 가진 것은 제외한다)를 말한다.

 ○ 민법 제664조 【도급의 의의】

  도급은 당사자 일방이 어느 일을 완성할 것을 약정하고 상대방이 그 일의 결과에 대하여 보수를 지급할 것을 약정함으로써 그 효력이 생긴다.

출처 : 국세청 2023. 03. 07. 사전-2022-법규부가-1241[법규과-593?] | 국세법령정보시스템