농지대토 양도세 감면 기준시가 산정기준(주거지역 편입 시)

요지

2017.1.1. 기준으로 공시된 개별공시지가를 기초로 산정한 보상금을 지급받은 경우로서 사업인정고시 이후 주거지역등에 편입되어 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제67조제7항의 계산산식에 따라 감면대상 소득금액을 산정하는 경우, 양도당시 기준시가는 2017.1.1. 기준으로 공시된 해당 토지의 개별공시지가를 적용하여 계산하는 것임

답변내용

위 사전답변 신청의 사실관계와 같이, ｢조세특례제한법｣ 제70조에 따른 농지대토에 대한 양도소득세 감면 적용 시 개인이 소유하는 토지가 2009.2.4. 이후에 ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣에 따라 협의매수․수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되고 2017.1.1. 기준으로 공시된 개별공시지가를 기초로 산정한 보상금을 지급받은 경우로서 사업인정고시 이후 주거지역등에 편입되어 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제67조제7항의 계산산식에 따라 감면대상 소득금액을 산정하는 경우, 양도당시 기준시가는 2017.1.1. 기준으로 공시된 해당 토지의 개별공시지가를 적용하여 계산하는 것입니다.

1. 사실관계

 ○신청인은 자경하던 농지를 아래와 같이 □□□□□□공사에 수용으로 인하여 양도함

  - 소재지:◎◎도 ◇◇◇시 △△읍 ▽▽리 ***-* 외 1필지, 3,361㎡

  - 수용보상금수령일(공탁일):2020.09.07.

  - 양도(수용) 농지 취득일자:2016.06.29.

  - 사업인정고시일:2018.07.10.

  - 보상가액 산정기준일:2018.07.10.

  - 보상가액산정기준시가:2017년도 공시지가(토지등 수용확인서에 기재)

  - 주거지역편입일자:2019.12.20.

 ○ 신청인은 보상금 수령 당시까지 4년 이상 자경하고 있는 상태이며, 농지 대토로 ⁠‘◎◎도 □□시 ☆☆동 **번지’ 1,674㎡를 취득하여 계속해서 자경할 예정임

 * 상기 농지는 조특법§70에 따른 농지대토에 대한 양도소득세 감면 요건을 모두 충족하는 것으로 전제함

2. 질의내용

 ○ 조특법§70에 따른 농지대토에 대한 양도소득세 감면규정을 적용함에 있어, 주거지역등에 편입된 토지가 ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣(이하 ⁠“토지보상법”) 등에 따라 협의매수․수용되는 경우 감면소득의 범위

  - 즉, 양도당시 기준시가로 보는 ⁠‘보상액 산정의 기초가 되는 기준시가’의 의미

3. 관련법령

○ 소득세법 제97조【양도소득의 필요경비 계산】

 ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다. 2020.6.9>

  1. 취득가액(｢지적재조사에 관한 특별법｣ 제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

  가. 제94조제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

  나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

○ 소득세법 제99조【기준시가의 산정】

 ① 제100조 및 제114조제7항에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다.

  1. 제94조제1항제1호에 따른 토지 또는 건물

  가. 토지

　　｢부동산 가격공시에 관한 법률｣에 따른 개별공시지가(이하 "개별공시지가"라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 하고, 지가(地價)가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 경우에는 배율방법에 따라 평가한 가액으로 한다.

○ 소득세법 제100조【양도차익의 산정】

 ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조제3항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조제7항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

○ 소득세법 시행령 제164조【토지․건물의 기준시가 산정】

 ⑨ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 가액이 법 제99조제1항제1호가목부터 라목까지의 규정에 따른 가액보다 낮은 경우에는 그 차액을 같은 호 가목부터 라목까지의 규정에 따른 가액에서 차감하여 양도 당시 기준시가를 계산한다.

  1. ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣에 따른 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우의 그 보상액과 보상액 산정의 기초가 되는 기준시가 중 적은 금액

  2. ｢국세징수법｣에 의한 공매와 ｢민사집행법｣에 의한 강제경매 또는 저당권실행을 위하여 경매되는 경우의 그 공매 또는 경락가액

○ 소득세법 시행령 제163조【양도자산의 필요경비】

 ⑫ 법 제97조제1항제1호나목에서 "대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액"이란 제176조의2제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다.

○ 소득세법 시행령 제176조의2【추계결정 및 경정】

 ② 법 제114조제7항에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 가액"이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 가액을 말한다.

  1. ⁠(생략)

  2. 법 제96조제1항에 따른 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 계산식에 따른 금액. 이 경우 ｢부동산 가격공시에 관한 법률｣에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격(이들에 부수되는 토지의 가격을 포함한다)이 최초로 공시되기 이전에 취득한 주택과 부수토지를 함께 양도하는 경우에는 다음 계산식 중 취득당시의 기준시가를 제164조제7항에 따라 계산한 가액으로 한다.

○ 소득세법 시행규칙 제80조【토지․건물의 기준시가 산정】

 ⑧ 영 제164조제9항제1호에서 보상금액 산정의 기초가 되는 기준시가는 보상금 산정 당시 해당 토지의 개별공시지가를 말한다.

○ 조세특례제한법 제70조【농지대토에 대한 양도소득세 감면】

 ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지로 대토(代土)함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 ｢도시개발법｣ 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역 등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세를 감면한다. 2015.12.15, 2016.12.20>

 ② 제1항에 따라 양도하거나 취득하는 토지가 주거지역등에 편입되거나 ｢도시개발법｣ 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 토지로서 대통령령으로 정하는 토지의 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.

 ③ 제1항에 따라 감면을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

 ④ 제1항에 따라 양도소득세의 감면을 적용받은 거주자가 대통령령으로 정하는 사유가 발생하여 제1항에서 정하는 요건을 충족하지 못하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 감면받은 양도소득세를 납부하여야 한다.

 ⑤ 제1항에 따라 감면받은 양도소득세를 제4항에 따라 납부하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제67조【농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등】

 ① 법 제70조제1항에서 "대통령령으로 정하는 거주자"란 4년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작을 개시할 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다. 이하 이 조에서 "농지소재지"라 한다)에 거주한 자로서 대토 전의 농지 양도일 현재 ｢소득세법｣ 제1조의2제1항제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

  1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 ｢제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법｣ 제10조제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역

  2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구 안의 지역

  3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

 ② 법 제70조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. 2006.2.9, 2012.2.2, 2015.2.3, 2016.2.5>

  1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것

  2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것

 ③ 법 제70조제1항에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

  1. 4년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년(｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣에 따른 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 2년) 내에 새로운 농지를 취득(상속ㆍ증여받은 경우는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)하여, 그 취득한 날부터 1년(질병의 요양 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유로 경작하지 못하는 경우에는 기획재정부령으로 정하는 기간) 내에 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작을 개시한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 다만, 새로운 농지의 경작을 개시한 후 새로운 농지소재지에 거주하면서 계속하여 경작한 기간과 종전의 농지 경작기간을 합산한 기간이 8년 이상인 경우로 한정한다.

  가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 3분의 2이상일 것

  나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 2분의 1 이상일 것

  2. 4년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 새로운 농지의 취득일부터 1년 내에 종전의 농지를 양도한 후 종전의 농지 양도일부터 1년(질병의 요양 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유로 경작하지 못하는 경우에는 기획재정부령으로 정하는 기간) 내에 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작을 개시한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 다만, 새로운 농지의 경작을 개시한 후 새로운 농지소재지에 거주하면서 계속하여 경작한 기간과 종전의 농지 경작기간을 합산한 기간이 8년 이상인 경우로 한정한다.

  가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 3분의 2 이상일 것

  나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 2분의 1 이상일 것

 ④～⑥ ⁠(생략)

 ⑦ 법 제70조제1항 단서에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 ｢소득세법｣ 제95조제1항에 따른 양도소득금액(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다) 중 다음의 계산식에 따라 계산한 금액을 말한다. 이 경우 ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣ 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우에는 보상가액 산정의 기초가 되는 기준시가를 양도 당시의 기준시가로 보며, 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득하거나 양도한 경우 또는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날이 도래하는 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다.

 ⑧～⑪ ⁠(생략)

○ 조세특례제한법 시행규칙 제27조【농지의 범위등】

 ⑥ 영 제66조제7항 단서 및 제67조제7항 단서에 따른 보상가액 산정의 기초가 되는 기준시가는 보상금 산정 당시 해당 토지의 개별공시지가로 한다.

○ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제2조【정의】

  6. "가격시점"이란 제67조제1항에 따른 보상액 산정(算定)의 기준이 되는 시점을 말한다.

  7. "사업인정"이란 공익사업을 토지등을 수용하거나 사용할 사업으로 결정하는 것을 말한다.

○ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제20조【사업인정】

① 사업시행자는 제19조에 따라 토지등을 수용하거나 사용하려면 대통령령으로 정하는 바에 따라 국토교통부장관의 사업인정을 받아야 한다.

○ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제22조【사업인정의 고시】

 ① 국토교통부장관은 제20조에 따른 사업인정을 하였을 때에는 지체 없이 그 뜻을 사업시행자, 토지소유자 및 관계인, 관계 시ㆍ도지사에게 통지하고 사업시행자의 성명이나 명칭, 사업의 종류, 사업지역 및 수용하거나 사용할 토지의 세목을 관보에 고시하여야 한다.

 ② 제1항에 따라 사업인정의 사실을 통지받은 시ㆍ도지사(특별자치도지사는 제외한다)는 관계 시장ㆍ군수 및 구청장에게 이를 통지하여야 한다.

 ③ 사업인정은 제1항에 따라 고시한 날부터 그 효력이 발생한다.

○ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제67조【보상가액의 가격시점 등】

 ① 보상액의 산정은 협의에 의한 경우에는 협의 성립 당시의 가격을, 재결에 의한 경우에는 수용 또는 사용의 재결 당시의 가격을 기준으로 한다.

 ② 보상액을 산정할 경우에 해당 공익사업으로 인하여 토지등의 가격이 변동되었을 때에는 이를 고려하지 아니한다.

○ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제68조【보상액의 산정】

 ① 사업시행자는 토지등에 대한 보상액을 산정하려는 경우에는 감정평가법인등 3인(제2항에 따라 시ㆍ도지사와 토지소유자가 모두 감정평가법인등을 추천하지 아니하거나 시ㆍ도지사 또는 토지소유자 어느 한쪽이 감정평가법인등을 추천하지 아니하는 경우에는 2인)을 선정하여 토지등의 평가를 의뢰하여야 한다. 다만, 사업시행자가 국토교통부령으로 정하는 기준에 따라 직접 보상액을 산정할 수 있을 때에는 그러하지 아니하다.

○ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제70조【취득하는 토지의 보상】

 ① 협의나 재결에 의하여 취득하는 토지에 대하여는 ｢부동산 가격공시에 관한 법률｣에 따른 공시지가를 기준으로 하여 보상하되, 그 공시기준일부터 가격시점까지의 관계 법령에 따른 그 토지의 이용계획, 해당 공익사업으로 인한 지가의 영향을 받지 아니하는 지역의 대통령령으로 정하는 지가변동률, 생산자물가상승률(｢한국은행법｣ 제86조에 따라 한국은행이 조사ㆍ발표하는 생산자물가지수에 따라 산정된 비율을 말한다)과 그 밖에 그 토지의 위치ㆍ형상ㆍ환경ㆍ이용상황 등을 고려하여 평가한 적정가격으로 보상하여야 한다.

 ② 토지에 대한 보상액은 가격시점에서의 현실적인 이용상황과 일반적인 이용방법에 의한 객관적 상황을 고려하여 산정하되, 일시적인 이용상황과 토지소유자나 관계인이 갖는 주관적 가치 및 특별한 용도에 사용할 것을 전제로 한 경우 등은 고려하지 아니한다.

 ③ 사업인정 전 협의에 의한 취득의 경우에 제1항에 따른 공시지가는 해당 토지의 가격시점 당시 공시된 공시지가 중 가격시점과 가장 가까운 시점에 공시된 공시지가로 한다.

 ④ 사업인정 후의 취득의 경우에 제1항에 따른 공시지가는 사업인정고시일 전의 시점을 공시기준일로 하는 공시지가로서, 해당 토지에 관한 협의의 성립 또는 재결 당시 공시된 공시지가 중 그 사업인정고시일과 가장 가까운 시점에 공시된 공시지가로 한다.

 ⑤ 제3항 및 제4항에도 불구하고 공익사업의 계획 또는 시행이 공고되거나 고시됨으로 인하여 취득하여야 할 토지의 가격이 변동되었다고 인정되는 경우에는 제1항에 따른 공시지가는 해당 공고일 또는 고시일 전의 시점을 공시기준일로 하는 공시지가로서 그 토지의 가격시점 당시 공시된 공시지가 중 그 공익사업의 공고일 또는 고시일과 가장 가까운 시점에 공시된 공시지가로 한다.

 ⑥ 취득하는 토지와 이에 관한 소유권 외의 권리에 대한 구체적인 보상액 산정 및 평가방법은 투자비용, 예상수익 및 거래가격 등을 고려하여 국토교통부령으로 정한다.

출처 : 국세청 2020. 11. 23. 사전-2020-법령해석재산-0946[법령해석과-3825] | 국세법령정보시스템