요지

의료재단법인의 출연자는 국세기본법 제39조에서 규정하고 있는 출자자의 제2차 납세의무자로 지정할 수 없음

회신

귀 법령해석자문에 따른 의료재단법인의 출연자는 주주 또는 사원 등으로서 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들(과점주주)에 해당하지 않으므로 국세기본법 제39조에서 규정하고 있는 출자자의 제2차 납세의무자로 지정할 수 없는 것입니다.

1.사실관계

 ○ 납세자 A는 국세를 체납하고 있는 의료법인 ○○의료재단의 지분 100%를 국세청 전산망상 소유하고 있는 출연자임

  -처분청은 ○○의료재단의 ’14년 귀속 증여세 및 ’19년 귀속 종합부동산세를 징수할 수 없다고 보고, 납세자 A를 ○○의료재단의 제2차 납세의무자로 지정하여 납부고지하였고 납세자는 이에 이의신청을 제기함

2.신청내용

 ○의료재단법인의 출연자를 국세기본법 제39조에서 규정하고 있는 출자자의 제2차 납세의무자로 지정할 수 있는지 여부

3.관련규정

□국세기본법 제39조【출자자의 제2차 납세의무】

  법인(대통령령으로 정하는 증권시장에 주권이 상장된 법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

 1.무한책임사원으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원

  가. 합명회사의 사원

  나. 합자회사의 무한책임사원

 2.주주 또는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들(이하 "과점주주"라 한다)

  가. 합자회사의 유한책임사원

  나. 유한책임회사의 사원

  다. 유한회사의 사원

□의료법 제50조【「민법」의 준용】

  의료법인에 대하여 이 법에 규정된 것 외에는「민법」중 재단법인에 관한 규정을 준용한다.

□민법 제43조【재단법인의 정관】

  재단법인의 설립자는 일정한 재산을 출연하고 제40조제1호 내지 제5호의 사항을 기재한 정관을 작성하여 기명날인하여야 한다.

□민법 제48조【출연재산의 귀속시기】

 ①생전처분으로 재단법인을 설립하는 때에는 출연재산은 법인이 성립된 때로부터 법인의 재산이 된다.(이하생략…)

4.관련사례

○대법원2018두36110, 2019.5.16.

 [요지]국세기본법 제39조의 취지는 회사의 경영을 사실상 지배하는 실질적인 운영자인 과점주주는 회사의 수익을 자신에게 귀속시키고 그 손실은 회사에 떠넘김으로써 회사의 법인격을 악용하여 이를 형해화시킬 우려가 크므로 이를 방지하여 실질적인 조세평등을 이루려는 데 있으나(헌법재판소97.6.26.선고 93헌바49 등), 과점주주의 제2차 납세의무는 사법상 주주 유한책임의 원칙에 대한 중대한 예외로서 본래의 납세의무자가 아닌 제3자에게 보충적인 납세의무를 부과하는 것이기 때문에 그 적용 요건을 엄격하게 해석하여야 함

○대법원2019두60226, 2022.5.26.

 [요지]영어조합법인의 출자자를 상법상 ⁠‘주주’나 ⁠‘유한책임사원’으로 볼 수는 없고, 농어업경영체법 제16조 제8항에 따르면 영어조합법인에 관하여 위 법에서 규정한 사항 외에는 민법 중 조합에 관한 규정이 준용될 뿐이고, 영어조합법인의 출자자는 국세기본법 제39조에 따라 제2차 납세의무를 지는 과점주주가 될 수 없음

○대법원93누19146, 1994.8.26.

 [요지]‘출자자’라 함은 법인과의 거래 당시에 법인에 출자지분을 가지고 있는 주주나 사원 등과 같이 법인과의 사이에 법률상 일정한 관계를 유지하고 있는 자를 가리키는 것으로 해석되어야 할 것인데, 재단법인의 출연자는 출연에 의하여 재산을 재단법인에 귀속시킨 사실이 있을 뿐 그것만으로 법인과의 사이에 무슨 관계를 유지하는 지위에 있게 되는 것이 아니므로 법인세법 시행령 제46조 제1항 소정의 특수관계자인 출자자에 해당한다고 할 수 없음

○수원지방법원2010구합15750, 2011.5.18.

 [요지]‘출자’는 법인에 대하여 그 구성원이 자본적 가치가 있는 지출을 하는 것이고 그 출자에 따라 구성원은 법인의 활동으로 생긴 이익을 분배할 권리와 손실이나 위험을 분담할 의무를 가지게 되므로 출자로 자본을 구성하는 법인은 당연히 영리법인에 한하는데, 재단법인의 설립 행위인 ⁠‘출연’은 설립자가 자신의 재산상 손실로 재단법인의 재산을 구성하도록 할 뿐 그 출연행위에 대하여 법인으로부터 재산적 가치 있는 이득을 얻는 것이 아니므로, ⁠‘출자’와 ⁠‘출연’은 각각 영리법인과 비영리법인(특히 재단법인)의 구성에서 본질적인 차이를 나타내는 것으로 보임

○질의회신 서면인터넷방문상담1팀-212, 2005.2.17.

 [요지]의료재단법인의 대표자가 과점주주로서 발행주식총수의 51% 이상의 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자 등에 해당되지 아니하는 경우는 제2차 납세의무를 지정할 수 없음

 [회신]귀 질의의 경우, 의료법 제41조 규정에 의하여 설립된 의료재단법인의 대표자가 과점주주로서 국세기본법 제39조 제1항 제2호 각목의 1에 해당하지 아니하는 경우에는, 당해 의료재단법인의 국세․가산금과 체납처분비에 대하여 국세기본법 제39조 규정에 의한 출자자의 제2차 납세의무를 지정할 수 없는 것임

 [사실관계]질의자는 ’94.6.10. 보건복지부로부터 의료법 제41조 규정에 의한 의료법인으로 재단설립된 단체의 대표자이면서 이사장이며, 당초 의료재단 설립시에 출연된 자산은 개인 소유였던 재산을 재단에 출연시켜 완전히 공익재산으로 이관 처리하였음

출처 : 국세청 2023. 02. 16. 기준-2023-법무기본-0016[법무과-1089] | 국세법령정보시스템