요지

「조세특례제한법」 제97조의3 및 제98조의3 규정을 동시에 적용받는 경우에는 같은 법 제127조 제7항 본문에 따라 그 거주자가 선택하는 하나의 감면규정만을 적용하는 것임

회신

귀 서면질의의 경우, 거주자가 주택을 양도하여 ⁠「조세특례제한법」제97조의3 및 제98조의3 규정을 동시에 적용받는 경우에는 같은 법 제127조제7항 본문에 따라 그 거주자가 선택하는 하나의 감면규정만을 적용하는 것입니다.

1. 사실관계

○2011.01.20. 미분양주택^*을 취득함

   * ｢조세특례제한법｣ 제98조의3 적용 대상 미분양주택으로 지자체 확인 받음

 ○ 해당 미분양주택을 준공공임대주택으로 등록하여 10년 이상 임대 후 양도할 예정임

2. 질의내용

 ○ ｢조세특례제한법｣ 제97조의3 및 같은 법 제98조의3 규정이 적용되는 주택을 양도하는 경우 각 규정을 중복 적용할 수 있는지 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제97조의3【장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 대통령령으로 정하는 거주자가 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제4호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 법 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택을 등록하여 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 경우 그 주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등"이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 ⁠「소득세법」 제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 50의 공제율을 적용한다. 다만, 장기일반민간임대주택등을 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우에는 100분의 70의 공제율을 적용한다.

 1. 8년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우

 2. 대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등을 준수하는 경우

② 제1항에 따른 과세특례는 제97조의4에 따른 장기임대주택에 대한 양도소득세의 과세특례와 중복하여 적용하지 아니한다.

③ 제1항에 따라 과세특례를 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 과세특례 적용의 신청을 하여야 한다.

④ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 제98조의3【미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자 또는 「소득세법」 제120조에 따른 국내사업장이 없는 비거주자가 서울특별시 밖의 지역(「소득세법」 제104조의2에 따른 지정지역은 제외한다)에 있는 대통령령으로 정하는 미분양주택(이하 이 조에서 "미분양주택"이라 한다)을 다음 각 호의 기간 중에 「주택법」 제54조에 따라 주택을 공급하는 해당 사업주체(20호 미만의 주택을 공급하는 경우 해당 주택건설사업자를 포함한다)와 최초로 매매계약을 체결하고 취득(2010년 2월 11일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100(수도권과밀억제권역인 경우에는 100분의 60)에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 미분양주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 미분양주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액(수도권과밀억제권역인 경우에는 양도소득금액의 100분의 60에 상당하는 금액)을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다.

 1. 거주자인 경우: 2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지의 기간

 2. 비거주자인 경우: 2009년 3월 16일부터 2010년 2월 11일까지의 기간

② 제1항을 적용할 때 자기가 건설한 신축주택으로서 2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지의 기간 중에 공사에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)하고, 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택을 포함한다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 이를 적용하지 아니한다.

 1. ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재개발사업 또는 재건축사업, ⁠「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 관리처분계획에 따라 취득하는 주택

 2. 거주하거나 보유하는 중에 소실·붕괴·노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택

③ 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용할 때 제1항 및 제2항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

④ 제1항 및 제2항을 적용받는 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 「소득세법」 제95조제2항 및 제104조제1항제3호의 규정에도 불구하고 장기보유특별공제액 및 세율은 다음 각 호의 규정을 적용한다.

 1. 장기보유특별공제액: 양도차익에 「소득세법」 제95조제2항 표1(같은 조 제2항 단서에 해당하는 경우에는 표2)에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액

 2. 세율: 「소득세법」 제104조제1항제1호에 따른 세율

⑤ 제1항 및 제2항을 적용할 때 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 제127조【중복지원의 배제】

⑦ 거주자가 토지등을 양도하여 둘 이상의 양도소득세의 감면규정을 동시에 적용받는 경우에는 그 거주자가 선택하는 하나의 감면규정만을 적용한다. 다만, 토지등의 일부에 대하여 특정의 감면규정을 적용받는 경우에는 남은 부분에 대하여 다른 감면규정을 적용받을 수 있다.

⑧ 거주자가 토지등을 양도하여 제77조 및 제85조의7이 동시에 적용되는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다.

⑨ 거주자가 주택을 양도하여 제98조의2와 제98조의3이 동시에 적용되는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다.

○ 조세특례제한법 제129조【양도소득세의 감면 배제 등】

① 「소득세법」 제94조제1항제1호 및 제2호에 따른 자산을 매매하는 거래당사자가 매매계약서의 거래가액을 실지거래가액과 다르게 적은 경우에는 해당 자산에 대하여 「소득세법」 제91조제2항에 따라 이 법에 따른 양도소득세의 비과세 및 감면을 제한한다.

○ 소득세법 제91조【양도소득세 비과세 또는 감면의 배제 등】

② 제94조제1항제1호 및 제2호의 자산을 매매하는 거래당사자가 매매계약서의 거래가액을 실지거래가액과 다르게 적은 경우에는 해당 자산에 대하여 이 법 또는 이 법 외의 법률에 따른 양도소득세의 비과세 또는 감면에 관한 규정을 적용할 때 비과세 또는 감면받았거나 받을 세액에서 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 뺀다.

 1. 이 법 또는 이 법 외의 법률에 따라 양도소득세의 비과세에 관한 규정을 적용받을 경우: 비과세에 관한 규정을 적용하지 아니하였을 경우의 제104조제1항에 따른 양도소득 산출세액과 매매계약서의 거래가액과 실지거래가액과의 차액 중 적은 금액

 2. 이 법 또는 이 법 외의 법률에 따라 양도소득세의 감면에 관한 규정을 적용받았거나 받을 경우: 감면에 관한 규정을 적용받았거나 받을 경우의 해당 감면세액과 매매계약서의 거래가액과 실지거래가액과의 차액 중 적은 금액

○ 조세특례제한법 제2조【정의】

① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

 8. "조세특례"란 일정한 요건에 해당하는 경우의 특례세율 적용, 세액감면, 세액공제, 소득공제, 준비금의 손금산입(損金算入) 등의 조세감면과 특정 목적을 위한 익금산입, 손금불산입(損金不算入) 등의 중과세(重課稅)를 말한다.

○ 조세특례제한법 제60조【공장의 대도시 밖 이전에 대한 법인세 과세특례】

⑥ 제2항을 적용받으려는 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 토지 또는 건물(이하 "토지등"이라 한다)의 양도차익에 관한 명세서 등을 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

출처 : 국세청 2019. 03. 28. 서면-2017-법령해석재산-0404[법령해석과-757] | 국세법령정보시스템