요지

조세특례제한법상 중소기업은 실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호에 적합하여야 하는 것임

회신

위 과세기준자문 신청의 경우 기획재정부의 해석(기획재정부 조세특례제도과-56, 2017.1.12.)을 참조하시기 바람

○ 기획재정부 조세특례제도과-56, 2017.1.12.
조세특례제한법상 중소기업은 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3호(후단 규정 제외)에 의하여 실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호에 적합하여야 하는 것이며, 자산총액이 5천억원 이상인 비영리법인이 기업의 주식을 30% 이상 직접적 또는 간접적으로 소유하는 경우, 해당 자회사는 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호(2015.6.30. 대통령령 제26356호로 일부개정된 것)에 의하여 실질적인 독립성 기준에 위배되지 않는 것임

1. 사실관계

 ○ 갑법인은 비영리법인인 을법인이 100% 출자하여 설립된 자회사로 방송용세트 제작을 주업으로 하는 법인임

  -갑법인은 비영리법인이 100% 출자하여 설립된 자회사가 「중소기업기본법 시행령」제3조제1항제2호나목의 기업에 해당(독립성기준 위배)하는지에 대하여 국민신문고에 민원신청한 결과

  - 중소기업청으로부터, 비영리법인이 100% 출자하여 설립된 자회사는 해당 규정의 적용대상이 되지 않는다는 답변을 받음

2. 질의내용

 ○ 자산총액 5천억원 이상인 비영리법인이 주식의 30% 이상을 직·간접적으로 소유하면서 최다출자자인 자회사가 중소기업 요건 중 독립성기준에 위배되는지 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 시행령 제2조 【중소기업의 범위】

 ①「조세특례제한법」(이하 "법"이라 한다) 제5조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, ⁠(중략) 전문디자인업, ⁠(중략)「신에너지 및 재생에너지 개발·이용·보급 촉진법」에 따른 신·재생에너지 발전사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

  1. 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1에 따른 규모 기준("평균매출액등"은 "매출액"으로 보며, 이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

  2. 삭제

  3. 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호에 적합할 것. 이 경우 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호나목의 주식등의 간접소유 비율을 계산할 때 ⁠「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외하며, 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호다목을 적용할 때 "평균매출액등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업"은 "매출액이 「조세특례제한법 시행령」 제2조제1항제1호에 따른 중소기업기준에 맞지 아니하는 기업"으로 본다.

 ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 같은 항 제1호 또는 제3호(「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호다목의 규정으로 한정한다)의 요건을 갖추지 못하게 되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 해당 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

  1.「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

  2. 유예기간중에 있는 기업과 합병하는 경우

  3.제1항제3호(「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호다목의 규정은 제외한다)의 요건을 갖추지 못하게 되는 경우

  4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

 ③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 2 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 사업별 사업수입금액이 큰 사업을 주된 사업으로 본다.

 ④ 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호 및 제3호 후단에 따른 매출액, 자산총액, 발행주식의 간접소유비율의 계산과 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호다목에 따른 관계기업에 속하는 기업인지의 판단에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

 ⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.

○중소기업기본법(2015.2.3. 법률 제13157호로 개정되기 전의 것) 제2조【중소기업자의 범위】

 ① 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 "중소기업시책"이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 영위하는 자로 한다. ⁠(2011.7.25. 개정)

  1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖추고 영리를 목적으로 사업을 하는 기업 ⁠(2011.7.25. 개정)

  가. 업종별로 상시 근로자 수, 자본금, 매출액 또는 자산총액 등이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것

  나. 지분 소유나 출자 관계 등 소유와 경영의 실질적인 독립성이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것

  2.「사회적기업 육성법」제2조 제1호에 따른 사회적기업 중에서 대통령령으로 정하는 사회적기업 ⁠(2011.7.25. 개정)

  3.「협동조합 기본법」제2조 제1호에 따른 협동조합 중 대통령령으로 정하는 협동조합 ⁠(2014.1.14. 신설)

  4.「협동조합 기본법」제2조 제2호에 따른 협동조합연합회 중 대통령령으로 정하는 협동조합연합회 ⁠(2014.1.14. 신설)

 ② 중소기업은 대통령령으로 정하는 구분기준에 따라 소기업(小企業)과 중기업(中企業)으로 구분한다. ⁠(2007.4.11. 개정)

 ③ 제1항을 적용할 때 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 3년간은 중소기업으로 본다. 다만, 중소기업 외의 기업과 합병하거나 그밖에 대통령령으로 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우에는 그렇지 않다. ⁠(2007.4.11. 개정)

 ④ 중소기업시책별 특성에 따라 특히 필요하다고 인정하면「중소기업협동조합법」이나 그밖의 법률에서 정하는 바에 따라 중소기업협동조합이나 그밖의 법인ㆍ단체 등을 중소기업자로 할 수 있다. ⁠(2007.4.11. 개정)

○중소기업기본법 시행령(2014.4.14. 대통령령 제25302호로 개정되기 전의 것) 제3조 【중소기업의 범위】

 ①「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조제1항제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

  1. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.

  가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업

  나. 자산총액이 5천억원 이상인 기업

  다. 자기자본이 1천억원 이상인 기업

  라. 직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1천5백억원 이상인 기업

  2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업

  가.「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 회사

  나. 제1항제1호나목에 따른 법인(외국법인을 포함하되, 제3조의2제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다)이 주식등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업. 이 경우 최다출자자는 해당 기업의 주식등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식등의 간접소유 비율에 관하여는 「국제조세조정에 관한 법률 시행령」 제2조제2항을 준용한다.

  1) 주식등을 소유한 자가 법인인 경우: 그 법인의 임원

  2) 주식등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우: 그 개인의 친족

  다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 "상시근로자수등"이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업

 ② ⁠(생략)

○중소기업기본법 시행령(2014.4.14. 대통령령 제25302호로 개정된 것) 제3조 【중소기업의 범위】

 ①「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조제1항제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

  1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 기업일 것

  가. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 평균매출액 또는 연간매출액(이하 "평균매출액등"이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞을 것

  나. 자산총액이 5천억원 미만일 것

  2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업일 것

  가.「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조제1항에 따른 상호출자제한기업집단 또는 채무보증제한기업집단에 속하는 회사

  나. 자산총액이 5천억원 이상인 법인(외국법인을 포함하되, 제3조의2제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다)이 주식등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업. 이 경우 최다출자자는 해당 기업의 주식등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식등의 간접소유 비율에 관하여는 「국제조세조정에 관한 법률 시행령」 제2조제2항을 준용한다.

   1) 주식등을 소유한 자가 법인인 경우: 그 법인의 임원

   2) 주식등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우: 그 개인의 친족

  다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 평균매출액등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업

 ② ⁠(생략)

○중소기업기본법 시행령(2015.6.30. 대통령령 제26356호로 개정된 것) 제3조 【중소기업의 범위】

 ①「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조제1항제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

  1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 기업일 것

  가. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 평균매출액 또는 연간매출액(이하 "평균매출액등"이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞을 것

  나. 자산총액이 5천억원 미만일 것

  2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업일 것

  가. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조제1항에 따른 상호출자제한기업집단 또는 채무보증제한기업집단에 속하는 회사

  나. 자산총액이 5천억원 이상인 법인(외국법인을 포함하되, 비영리법인 및 제3조의2제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다)이 주식등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업. 이 경우 최다출자자는 해당 기업의 주식등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식등의 간접소유 비율에 관하여는 「국제조세조정에 관한 법률 시행령」 제2조제2항을 준용한다.

   1) 주식등을 소유한 자가 법인인 경우: 그 법인의 임원

   2) 주식등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우: 그 개인의 친족

  다.관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 평균매출액등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업

출처 : 국세청 2017. 01. 16. 기준-2014-법령해석법인-22174[법령해석과-188] | 국세법령정보시스템