상장법인 소액주주 주식교환 과세이연 후 양도소득세 비과세 여부

요지

주식을 양도할 당시 양도소득세가 비과세되는 상장법인 소액주주에 해당되는 경우에는 당초의 주식교환으로 발생한 양도차익에 대하여도 양도소득세가 과세되지 않는 것임

답변내용

｢조세특례제한법｣ 제38조의 규정에 의하여 ｢상법｣ 제360조의2에 따른 주식의 포괄적 교환에 대해 과세이연 받은 후 당해 주식교환으로 취득한 주식이 ｢법인세법｣ 제44조에 따른 적격합병에 의해 합병신주로 대체되고, 그 합병신주를 양도하는 경우 당초의 주식교환으로 발생한 양도차익에 대하여 양도소득세가 과세되는 것이나, 합병신주를 양도할 당시 양도소득세가 비과세되는 상장법인 소액주주에 해당되는 경우에는 당초의 주식교환으로 발생한 양도차익에 대하여도 양도소득세가 과세되지 않는 것입니다.

1. 사실관계

○ 2015.11. 주권비상장법인인 주식회사 ○○○○○○○○(이하 "△△△")는 주권비상장법인인 주식회사 □□(이하 "□□")과「상법」제360조의2에 따른 주식의 포괄적 교환을 하여 □□의 완전자회사가 됨

   * △△△ 주주인 신청인은 △△△ 주식 *,****주와 □□의 주식 *,***주를 교환함에 따라 양도차익이 발생하였으며,「조세특례제한법」제38조에 의해 과세이연 받음

○ 2016.11. □□은 코스닥 상장법인인 ⁠(구)▣▣▣▣▣▣▣▣▣▣인수목적주식회사(합병 후 ⁠(주)□□으로 상호변경)와 합병함

   * 해당 합병은「법인세법」제44조에 따른 적격합병에 해당함을 전제로 질의함

  ** 합병으로 신청인은 합병법인의 주식(이하 ⁠“합병신주”) ***,***주를 교부 받았고, 해당 주식은 2016.12. 코스닥시장에 상장됨

○ 2016.12. 신청인은 합병신주 중 **,***주를 장내 매도함

   * 신청인은 ⁠(주)□□의 대주주에 해당하지 않음을 전제로 질의함

2. 질의내용

○ 주식의 포괄적 교환으로 취득한 주식을 양도할 당시 상장법인 소액주주인 경우 당초 과세이연 받은 금액의 양도소득세 과세 여부

3. 관련법령

◯ 조세특례제한법 제2조【정의】

① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

 1.~6. ⁠(생략)

 7. "과세이연(課稅移延)"이란 공장의 이전 등을 위하여 개인이 해당 사업에 사용되는 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 "종전사업용고정자산등"이라 한다)을 양도하고 그 양도가액(讓渡價額)으로 다른 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 "신사업용고정자산등"이라 한다)을 대체 취득한 경우 종전사업용고정자산등의 양도에 따른 양도차익(讓渡差益) 중 다음의 계산식에 따라 계산한 금액(신사업용고정자산등의 취득가액이 종전사업용고정자산등의 양도가액을 초과하는 경우에는 종전사업용고정자산등의 양도에 따른 양도차익을 한도로 한다. 이하 이 호에서 "과세이연금액"이라 한다)에 대해서는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 신사업용고정자산등을 양도할 때 신사업용고정자산등의 취득가액에서 과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보고 양도소득세를 과세하는 것을 말한다.

    종전사업용고정자산등의 양도에 따른 양도차익 × ⁠(신사업용고정자산등의 취득가액 / 종전사업용고정자산등의 양도가액)

 (이하 생략)

◯ 조세특례제한법 제38조【주식의 포괄적 교환·이전에 대한 과세 특례】(2015.12.22. 법률 제13613호로 개정된 것)

① 내국법인이 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 「상법」 제360조의2에 따른 주식의 포괄적 교환 또는 같은 법 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 "주식의 포괄적 교환등"이라 한다)에 따라 주식의 포괄적 교환등의 상대방 법인의 완전자회사로 되는 경우 그 주식의 포괄적 교환등으로 발생한 완전자회사 주주의 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세 또는 법인세에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 완전자회사의 주주가 완전모회사의 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있다.

 1. 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 하던 내국법인 간의 주식의 포괄적 교환등일 것. 다만, 주식의 포괄적 이전으로 신설되는 완전모회사는 제외한다.

 2.완전자회사의 주주가 완전모회사로부터 교환ㆍ이전대가를 받은 경우 그 교환ㆍ이전대가의 총합계액 중 주식의 가액이 100분의 80 이상으로서 그 주식이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 완전모회사 및 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

 3. 완전자회사가 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것

(이하생략) 

◯ 조세특례제한법 시행령 제35조의2【주식의 포괄적 교환·이전에 대한 법인의 과세특례】(2016.11.29. 대통령령 제27621호로 개정된 것)

①～② ⁠(생략)

③ 완전자회사의 주주인 거주자, 비거주자 또는 「법인세법」 제91조제1항에 해당하지 아니하는 외국법인(이하 이 조에서 "거주자등"이라 한다)이 보유주식을 법 제38조제1항에 따라 완전모회사에 주식의 포괄적 교환등을 하고 과세를 이연받는 경우에는 제1호와 제2호의 금액 중 작은 금액을 양도소득으로 보아 양도소득세를 과세한다.

 1. 교환ㆍ이전대가에서 주식의 포괄적 교환등으로 양도한 완전자회사 주식의 취득가액을 뺀 금액

 2. 교환ㆍ이전대가로 받은 완전모회사의 주식 외의 금전, 그 밖의 재산가액의 합계액

④ 거주자등이 제3항에 따라 취득한 완전모회사의 주식의 전부 또는 일부를 양도하는 때에는 다음 계산식에 따른 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다. 이 경우 주식의 포괄적 교환등 외의 다른 방법으로 취득한 완전모회사의 주식이 있으면 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다.

⑤ 법 제38조제1항제2호에 따라 교환ㆍ이전대가의 총합계액 중 주식의 가액이 100분의 80 이상 인지를 판정할 때 완전모회사가 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 전 2년 내에 취득한 완전자회사의 주식이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 금전으로 교부한 것으로 보아 교환ㆍ이전대가의 총합계액에 더한다.

 1.완전모회사가 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재 완전자회사의 「법인세법 시행령」 제43조제7항에 따른 지배주주가 아닌 경우: 완전모회사가 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 전 2년 이내에 취득한 완전자회사의 주식이 완전자회사의 발행주식총수의 100분의 20을 초과하는 경우 그 초과하는 주식의 취득가액

 2.완전모회사가 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재 완전자회사의 「법인세법 시행령」 제43조제7항에 따른 지배주주인 경우: 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 전 2년 이내에 취득한 주식의 취득가액

⑥ 법 제38조제1항제2호 및 같은 조 제2항제2호에서 "대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주"란 완전자회사의 「법인세법 시행령」 제43조제3항에 따른 지배주주 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한 주주를 말한다.

 1. 「법인세법 시행령」 제43조제8항제1호가목의 친족 중 4촌 이상의 혈족 및 인척

 2. 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재 완전자회사에 대한 지분비율이 100분의 1 미만이면서 시가로 평가한 그 지분가액이 10억원 미만인 자

⑦ 완전자회사의 주주에게 교환ㆍ이전대가로 받은 완전모회사의 주식을 교부할 때에는 제6항에 따른 주주에게 다음 계산식에 따른 금액 이상의 완전모회사의 주식을 교부하여야 한다.

⑧ 법 제38조제1항제3호 및 같은 조 제2항제1호에 따른 완전자회사의 사업의 계속 및 폐지 여부를 판정할 때 완전자회사가 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재 보유하는 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 사업을 폐지한 것으로 본다.

(이하생략)

◯ 상법 제360조의2【주식의 포괄적 교환에 의한 완전모회사의 설립】

① 회사는 이 관의 규정에 의한 주식의 포괄적 교환에 의하여 다른 회사의 발행주식의 총수를 소유하는 회사(이하 "완전모회사"라 한다)가 될 수 있다. 이 경우 그 다른 회사를 "완전자회사"라 한다.

② 주식의 포괄적 교환(이하 이 관에서 "주식교환"이라 한다)에 의하여 완전자회사가 되는 회사의 주주가 가지는 그 회사의 주식은 주식을 교환하는 날에 주식교환에 의하여 완전모회사가 되는 회사에 이전하고, 그 완전자회사가 되는 회사의 주주는 그 완전모회사가 되는 회사가 주식교환을 위하여 발행하는 신주의 배정을 받거나 그 회사 자기주식의 이전을 받음으로써 그 회사의 주주가 된다.

◯ 상법 제360조의15【주식의 포괄적 이전에 의한 완전모회사의 설립】

①회사는 이 관의 규정에 의한 주식의 포괄적 이전(이하 이 관에서 "주식이전"이라 한다)에 의하여 완전모회사를 설립하고 완전자회사가 될 수 있다.

② 주식이전에 의하여 완전자회사가 되는 회사의 주주가 소유하는 그 회사의 주식은 주식이전에 의하여 설립하는 완전모회사에 이전하고, 그 완전자회사가 되는 회사의 주주는 그 완전모회사가 주식이전을 위하여 발행하는 주식의 배정을 받음으로써 그 완전모회사의 주주가 된다.

출처 : 국세청 2018. 10. 08. 사전-2017-법령해석재산-0035[법령해석과-2667] | 국세법령정보시스템