요지

성실공익법인이 직전 사업연도 중에 1회라도 주식을 5% 초과보유한 경우 ⁠「상속세 및 증여세법」 제48조제2항제7호의 기준금액을 직접 공익목적사업에 사용하여야 함

회신

귀 서면질의의 경우, ⁠「기획재정부 재산세제과-264, 2020.03.13.」를 참고하시기 바랍니다.

[질의] 성실공익법인이 적전 사업연도(2018년) 기중에는 주식을 5% 초과 보유하였으나, 주식발행법인의 합병으로 그 합병일 이후부터 당해 사업연도(2019년)까지 계속 5% 이하를 보유한 경우로서 2019년 중 ⁠「상속세 및 증여세법」 제48조제2항제7호의 기준금액을 직접 공익목적사업에 사용하여야 하는지를 판정할 때
 ⁠(질의1) 5% 초과보유 여부를 판단하는 사업연도(이하 ⁠“기준사업연도”)가 기준금액을 공익목적사업에 사용하여야 할 사업연도의 ⁠(1안) 직전 사업연도(2018년)인지 ⁠(2안) 당해 사업연도(2019년) 인지
 ⁠(질의2)5% 초과보유 여부는 기준사업연도 중 ⁠(1안) 1회라도 초과보유하였는지 여부로 판정하는지 ⁠(2안) 사업연도 전체 또는 ⁠(3안) 사업연도 말 기준으로 판단하는지
[회신] 귀 질의1, 질의2의 경우 각각 제1안이 타당합니다.

1. 사실관계

 ○A성실공익법인은 B법인 주식을 5% 초과하여 보유하고 있었음

 ○B법인(합병법인)이 2018년 중 다른 법인(피합병법인)과 합병함에 따라 그 합병일 이후 A성실공익법인의 B법인 보유주식 비율은 5% 이하로 감소되었으며, 이에 따라 2019년에는 계속하여 5%이하 비율을 유지 중임

2. 질의내용

성실공익법인이 직전 사업연도(2018년) 기중에는 주식을 5% 초과 보유하였으나, 주식발행법인의 합병으로 그 합병일 이후부터 당해 사업연도(2019년)까지 계속 5% 이하를 보유한 경우로서2019년 중 ｢상속세 및 증여세법｣ 제48조 제2항 제7호의 기준금액을 직접 공익목적사업에 사용하여야 하는지를 판정할 때

 (질의1) 5% 초과보유 여부를 판단하는 사업연도(이하 ⁠“기준사업연도”)가 기준금액을 공익목적사업에 사용하여야 할 사업연도의 ①직전 사업연도(2018년)인지 ②당해 사업연도(2019년)인지

 (질의2) 5% 초과보유 여부는 기준사업연도 중 ①1회라도 초과보유 하였는지 여부로 판정하는지, ②사업연도 전체 또는 ③사업연도 말 기준으로 판단하는지

3. 관련법령

○ 상속세 및 증여세법제48조【공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등】

① 공익법인등이 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 아니한다. 다만, 공익법인등이 내국법인의 의결권 있는 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)을 출연받은 경우로서 출연받은 주식등과 다음 각 호의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액(자기주식과 자기출자지분은 제외한다. 이하 이 조에서 "발행주식총수등"이라 한다)의 제16조제2항제2호에 따른 비율을 초과하는 경우(제16조제3항 각 호에 해당하는 경우는 제외한다)에는 그 초과하는 가액을 증여세 과세가액에 산입한다.

 1. 출연자가 출연할 당시 해당 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

 2. 출연자 및 그의 특수관계인이 해당 공익법인등 외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등

 3. 출연자 및 그의 특수관계인으로부터 재산을 출연받은 다른 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

② 세무서장등은 제1항 및 제16조제1항에 따라 재산을 출연받은 공익법인등이 다음 제1호부터 제4호까지, 제6호 및 제8호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제5호 및 제7호에 해당하는 경우에는 제78조제9항에 따른 가산세를 부과한다. 다만, 불특정 다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액을 산정하기 어려운 재산으로서 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다.

 2. 출연받은 재산(그 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우 및 그 운용소득이 있는 경우를 포함한다. 이하 이 호 및 제3항에서 같다) 및 출연받은 재산의 매각대금(매각대금에 의하여 증가한 재산을 포함하며 대통령령으로 정하는 공과금 등에 지출한 금액은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)을 내국법인의 주식등을 취득하는 데 사용하는 경우로서 그 취득하는 주식등과 다음 각 목의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수등의 제16조제2항제2호에 따른 비율을 초과하는 경우. 다만, 제16조제3항제1호 또는 제3호에 해당하는 경우(이 경우 "출연"은 "취득"으로 본다)와「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단이 주식등을 취득하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 경우는 제외한다.

 가. 취득 당시 해당 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

 나. 해당 내국법인과 특수관계에 있는 출연자가 해당 공익법인등 외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등

 다. 해당 내국법인과 특수관계에 있는 출연자로부터 재산을 출연받은 다른 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

 7. 제16조제2항, 제48조제1항 및 같은 조 제2항제2호에 따라 내국법인의 의결권 있는 주식등을 그 내국법인의 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하여 보유하고 있는 성실공익법인등이 대통령령으로 정하는 출연재산가액에 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 금액(이하 제78조제9항제3호에서 "기준금액"이라 한다)에 미달하여 직접 공익목적사업에 사용한 경우

○ 상속세 및 증여세법 제16조【공익법인등에 출연한 재산에 대한 상속세 과세가액 불산입】

① 상속재산 중 피상속인이나 상속인이 종교·자선·학술 관련 사업 등 공익성을 고려하여 대통령령으로 정하는 사업을 하는 자(이하 "공익법인등"이라 한다)에게 출연한 재산의 가액으로서 제67조에 따른 신고기한(법령상 또는 행정상의 사유로 공익법인등의 설립이 지연되는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그 사유가 없어진 날이 속하는 달의 말일부터 6개월까지를 말한다) 이내에 출연한 재산의 가액은 상속세 과세가액에 산입하지 아니한다.

② 제1항에도 불구하고 내국법인의 의결권 있는 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)을 공익법인등에 출연하는 경우로서 출연하는 주식등과 제1호의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액(자기주식과 자기출자지분은 제외한다. 이하 이 조에서 "발행주식총수등"이라 한다)의 제2호에 따른 비율을 초과하는 경우에는 그 초과하는 가액을 상속세 과세가액에 산입한다.

 1. 주식등: 다음 각 목의 주식등

 가. 출연자가 출연할 당시 해당 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

 나. 출연자 및 그의 특수관계인이 해당 공익법인등 외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등

 다. 상속인 및 그의 특수관계인이 재산을 출연한 다른 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

 2. 비율: 100분의 5. 다만, 제50조제3항에 따른 외부감사, 제50조의2에 따른 전용계좌의 개설 및 사용, 제50조의3에 따른 결산서류등의 공시, 제51조에 따른 장부의 작성·비치, 그 밖에 대통령령으로 정하는 요건을 모두 갖춘 공익법인등(이하 "성실공익법인등"이라 한다)으로서 ⁠「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조에 따른 상호출자제한기업집단(이하 "상호출자제한기업집단"이라 한다)과 특수관계에 있지 아니한 성실공익법인등에 출연하는 경우에는 다음 각 목의 구분에 따른 비율

 가. 다음의 요건을 모두 갖춘 성실공익법인등에 출연하는 경우: 100분의 20

  1) 출연받은 주식등의 의결권을 행사하지 아니할 것

  2) 자선·장학 또는 사회복지를 목적으로 할 것

 나. 가목 외의 경우: 100분의 10

○ 상속세 및 증여세법 제78조【가산세 등】

⑨ 세무서장등은 공익법인등이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 각 호의 구분에 따른 금액에 100분의 10에 상당하는 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 공익법인등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다. 이 경우 제1호와 제3호에 동시에 해당하는 경우에는 더 큰 금액으로 한다.

 1. 제48조제2항제5호에 따라 운용소득을 대통령령으로 정하는 기준금액에 미달하여 사용한 경우: 운용소득 중 사용하지 아니한 금액

 2. 제48조제2항제5호에 따라 매각대금을 대통령령으로 정하는 기준금액에 미달하여 사용한 경우: 매각대금 중 사용하지 아니한 금액

 3. 제48조제2항제7호에 해당하는 경우: 기준금액에서 직접 공익목적사업에 사용한 금액을 차감한 금액

○ 상속세 및 증여세법 시행령 제37조【내국법인 주식등의 초과보유 계산방법등】

① 법 제48조제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 조 제2항제2호 본문에 따른 주식등의 초과부분은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 날을 기준으로 하여 계산한다.

 1. 공익법인등이 매매 또는 출연에 의하여 주식등을 취득하는 경우에는 그 취득일

 2. 공익법인등이 보유하고 있는 주식등을 발행한 내국법인이 자본 또는 출자액을 증가시키기 위하여 발행한 신주 중 공익법인등에게 배정된 신주를 유상으로 취득하는 경우에는 그 취득하는 날이 속하는 과세기간 또는 사업연도 중「상법」제354조의 규정에 의한 주주명부의 폐쇄일 또는 권리행사 기준일(주식회사외의 회사의 경우에는 과세기간 또는 사업연도의 종료일로 한다)

 3. 공익법인등이 보유하고 있는 주식등을 발행한 내국법인이 자본 또는 출자액을 감소시킨 경우에는 감자를 위한 주주총회결의일이 속하는 연도의 주주명부폐쇄일(주식회사외의 회사의 경우에는 과세기간 또는 사업연도의 종료일로 한다)

○ 상속세 및 증여세법 시행령 제38조【공익법인등이 출연받은 재산의 사후관리】

⑱ 법 제48조제2항제7호에서 "대통령령으로 정하는 출연재산가액"이란 직접 공익목적사업에 사용하여야 할 과세기간 또는 사업연도의 직전 과세기간 또는 사업연도 종료일 현재 재무상태표 및 운영성과표를 기준으로 다음의 계산식에 따라 계산한 가액을 말한다. 다만, 재무상태표상 가액이 법 제4장에 따라 평가한 가액의 100분의 70 이하인 경우에는 법 제4장에 따라 평가한 가액을 말한다.

⑲ 법 제48조제2항제7호에서 "대통령령으로 정하는 비율"이란 100분의 1을 말한다. 다만, 법 제16조제2항제2호가목에 해당하는 성실공익법인등이 발행주식총수 등의 100분의 10을 초과하여 보유하고 있는 경우에는 100분의 3을 말한다.

출처 : 국세청 2020. 03. 19. 서면-2019-법령해석재산-2134[법령해석과-836] | 국세법령정보시스템