요지
현물출자와 그 외 다른 방법으로 취득한 자회사 주식이 있는 경우 주식 처분 시 지주회사가 선택한 주식을 처분하는 것으로 봄
회신
｢조세특례제한법｣(2015.12.15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것) 제38조의2의 과세특례 적용에 따라 지주회사가 자산조정계정을 계상한 이후 해당 주식을 처분하는 경우로서 현물출자등으로 인하여 취득한 주식 외에 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우에는 지주회사가 선택한 주식을 처분하는 것으로 보아 「조세특례제한법 시행령」(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된 것) 제35조의3제6항 후단에 따라 익금 또는 손금에 산입하는 금액을 계산하는 것입니다. 끝.
1. 사실관계
○ A법인은 ’16.4.○. B법인의 주주*들로부터 주식 1X,XXX,XXX주를 현물출자 받아 지주회사로 전환하였고 ’16.4.○○. 유상증자로 X,XXX,XXX주를 추가로 취득하여 총 2X,XXX,XXX주를 보유함
* 주식의 현물출자 등에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례에 의해 양도소득세 과세이연 됨
** 주권 교부일인 ’16.5.○○.부터 1년간 보호예수
○ A법인은 유상증자 자금마련을 위해 ’16.4.○○. 교환사채*를 발행하였고, 사채권자는 ’18년 교환권 행사로 B법인 주식 4,XXX,XXX주와 교환함
* B법인은 A법인이 발행한 교환사채와 관련하여 B법인의 보통주 7,XXX,XXX주가 교환대상주식으로 한국예탁결제원에 신탁중임을 ’17. ○. ○○. 공시함
○ A법인은 현물출자로 취득한 자회사 주식의 장부가액과 시가와의 차액을 자산조정계정으로 계상하였고
- ’18사업연도 법인세 신고 시 교환에 의한 처분주식비율에 상당하는 자산조정계정 금액*을 익금 산입함
* 총평균법에 따라 처분비율 계산하여 익금산입
2. 질의요지
○ 현물출자와 그 외 다른 방법으로 자회사 주식을 취득한 지주회사가 자회사 주식을 처분하는 경우
- 처분주식비율에 상당하는 자산조정계정금액 익금산입 시 주식처분 순서
3. 관련 법령
○ 조세특례제한법 제38조의 2【주식의 현물출자 등에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례】(2015.12.15. 법률 제13560호로 개정된 것)
① 내국법인의 내국인 주주가 2018년 12월 31일까지 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 주식을 현물출자함에 따라 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사(「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사를 포함한다. 이하 이 조에서 "지주회사"라 한다)를 새로 설립하거나 기존의 내국법인을 지주회사로 전환하는 경우 그 현물출자로 인하여 취득한 주식의 가액 중 그 현물출자로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연 받을 수 있다.
1. 지주회사 및 현물출자를 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자로 취득한 주식을 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것
2.현물출자로 인하여 지주회사의 자회사로 된 내국법인(이하 이 조에서 "자회사"라 한다)이 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것
③ 내국법인의 주주가 제1항 또는 제2항에 따라 과세를 이연받은 경우 지주회사(전환지주회사를 포함한다)는 현물출자 또는 자기주식교환(이하 이 조에서 "현물출자등"이라 한다)으로 취득한 주식의 가액을 장부가액으로 하고, 이후 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생하는 경우에는 현물출자등으로 취득한 주식의 장부가액과 현물출자등을 한 날 현재의 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다)을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하여야 한다. 이 경우 제2호의 사유에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 법인세 납부 금액에 가산하여 납부하여야 한다.
1. ∼3. (생략)
4.지주회사(전환지주회사를 포함한다) 또는 현물출자등을 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자등으로 취득한 주식을 처분하는 경우
⑤ 제1항 각 호(제2항에서 제1항 각 호를 준용하는 경우를 포함한다) 및 제3항제3호·제4호를 적용할 때 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 주식을 보유하거나 사업을 계속하는 것으로 본다.
○ 조세특례제한법 시행령 제35조의3【지주회사의 설립 등에 대한 법인의 과세특례】(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된 것)
① 내국법인의 주주인 법인(내국법인 및 「법인세법」 제91조제1항에 따른 외국법인에 한정한다. 이하 이 조에서 같다)이 법 제38조의2제1항 또는 제2항에 따라 보유주식을 지주회사 또는 전환지주회사에 현물출자하거나 지주회사 또는 전환지주회사의 주식과 교환하고 과세를 이연받는 경우 그 주식의 현물출자 또는 교환(이하 이 조 및 제35조의4에서 "현물출자등"이라 한다)을 한 날 현재의 그 현물출자등으로 취득한 지주회사 또는 전환지주회사의 주식가액(「법인세법」제52조제2항의 규정에 따른 시가 평가액을 말한다)에서 그 현물출자등을 한 날 전일의 해당 보유주식의 장부가액을 뺀 금액(그 금액이 해당 보유주식의 시가에서 장부가액을 뺀 금액을 초과하는 경우 그 초과한 금액을 제외하며, 이하 이 조에서 "주식양도차익"이라 한다)을 그 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입한다. 이 경우 그 금액은 해당 주식의 압축기장충당금으로 계상하여야 한다.
② 제1항에 따라 계상한 압축기장충당금은 해당 지주회사 또는 전환지주회사의 주식을 양도(현물출자등으로 인하여 취득한 주식외에 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우에는 주식의 현물출자등으로 인하여 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다)하는 사업연도에 이를 익금에 산입하되, 일부 주식을 양도하는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 익금에 산입한다.
{압축기장충당금×(주식의 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 지주회사 또는 전화지주회사의 주식중 양도한 주식수/주식의 현물출자 또는 자기 주식교환으로 인하여 취득한 지주회사 또는 전환지주회사의 주식수)}
④ 법 제38조의2제1항제1호 및 같은 조 제3항제4호에서 "대통령령으로 정하는 주주"란 현물출자등의 대상이 된 주식을 발행한 법인의 주주 중 「법인세법 시행령」 제80조의2제5항에 해당하는 주주등을 말한다.
⑥ 지주회사 또는 전환지주회사는 법 제38조의2제3항 각 호 외의 부분 전단에 따라 자회사의 주식을 장부가액으로 취득한 경우 현물출자등으로 취득한 자회사의 주식의 가액을 현물출자등을 한 날 현재의 시가로 계상하되, 시가에서 자회사의 주식의 장부가액 합계액을 뺀 금액을 자산조정계정으로 계상하여야 한다. 이 경우 계상한 자산조정계정의 처리에 관하여는 제35조의2제9항 후단을 준용한다.
⑬ 법 제38조의2제5항에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 법 제38조의2제1항제1호(같은 조 제2항에서 준용하는 경우를 포함한다) 및 같은 조 제3항제4호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우 : 지주회사, 전환지주회사 및 제4항에 따른 주주등이 「법인세법 시행령」제80조의2제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우
○ 조세특례제한법 시행령 제35조의 2【주식의 포괄적 교환·이전에 대한 법인의 과세특례】(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된 것)
⑨ 완전모회사는 법 제38조제2항 각 호 외의 부분에 따라 완전자회사의 주식을 장부가액으로 취득한 경우 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 완전자회사의 주식의 가액을 주식의 포괄적 교환·이전일 현재의 시가로 계상하되, 시가에서 완전자회사의 주식의 장부가액 합계액을 뺀 금액을 자산조정계정으로 계상하여야 한다. 이 경우 계상한 자산조정계정은 다음 계산식에 따른 금액을 해당 주식을 처분하는 사업연도에 익금 또는 손금에 산입하되, 자기주식으로 소각되는 경우에는 익금 또는 손금에 산입하지 아니하고 소멸하는 것으로 한다.
○ 조세특례제한법 시행령 제35조의4【지주회사의 설립 등에 대한 거주자 등의 과세특례】(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된 것)
① 내국법인의 주주인 거주자, 비거주자 또는 「법인세법」 제91조제1항에 해당하지 아니하는 외국법인(이하 이 조에서 "거주자등"이라 한다)이 법 제38조의2제1항 또는 제2항에 따라 보유주식을 지주회사 또는 전환지주회사에 현물출자하거나 지주회사 또는 전환지주회사의 주식과 교환하고 과세를 이연받는 경우 해당 보유주식의 현물출자등에 따라 발생하는 소득(이하 이 조에서 "주식과세이연금액"이라 한다)에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 그 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 양도(현물출자등으로 인하여 취득한 주식외에 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우에는 주식의 현물출자등으로 인하여 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다)에 대하여는 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 취득가액에서 주식과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다.
○ 법인세법 시행령 제80조의2【적격합병의 요건 등】(2019.2.12. 대통령령 제29529호로 개정된 것)
① 법 제44조제2항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 법 제44조제2항제2호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우
가. 제5항에 따른 주주등(이하 이 조에서 "해당 주주등"이라 한다)이 합병으로 교부받은 전체 주식등의 2분의 1 미만을 처분한 경우. 이 경우 해당 주주등이 합병으로 교부받은 주식등을 서로 간에 처분하는 것은 해당 주주등이 그 주식등을 처분한 것으로 보지 않고, 해당 주주등이 합병법인 주식등을 처분하는 경우에는 합병법인이 선택한 주식등을 처분하는 것으로 본다.
○ 법인세법 시행령 제80조의2【적격합병의 요건 등】(2019.2.12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것)
① 법 제44조제2항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 법 제44조제2항제2호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우
가. 제5항에 따른 주주등(이하 이 조에서 "해당 주주등"이라 한다)이 합병으로 교부받은 전체 주식등의 2분의 1 미만을 처분한 경우. 이 경우 해당 주주등이 합병으로 교부받은 주식등을 서로 간에 처분하는 것은 해당 주주등이 그 주식등을 처분한 것으로 보지 아니하며, 합병으로 교부받은 주식등과 합병외의 다른 방법으로 취득한 주식등을 함께 보유하고 있는 해당 주주등이 주식등을 처분하는 경우에는 합병외의 다른 방법으로 취득한 주식등을 먼저 처분하는 것으로 본다.
출처 :
국세청 2021. 05. 24. 기준-2020-법령해석법인-0240[법령해석과-1822] | 국세법령정보시스템
