요지

중소기업인 내국법인이 창업일이 속하는 과세연도 종료일로부터 2년 이내에 관계기업에 폅입함에 따라 해당 내국법인의 합산매출액이 중소기업기준을 초과하는 경우 중소기업 유예기간을 적용하는 것임

회신

｢조세특례제한법 시행령｣ 제2조에 따른 중소기업 해당여부와 중소기업 유예기간 등을 적용함에 있어
｢조세특례제한법 시행령｣ 제2조 제1항에 따른 중소기업인 내국법인이 ｢중소기업기본법 시행령｣ 제2조 제3호에 따른 관계기업에 편입된 경우 해당 내국법인의 매출액은 ｢중소기업기본법 시행령｣ 제7조의4에 따라 지배기업의 매출액을 합산하여 산정한 매출액(이하 ⁠‘합산매출액’이라 한다)을 적용하여 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제2조 제1항 제1호의 ⁠“중소기업기준”에 맞는지를 판단하며 해당 내국법인의 합산매출액이 ⁠“중소기업기준”을 초과하는 경우에는 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제2조 제2항 각호 외의 부분 본문 괄호의 규정에 따라 중소기업 유예기간을 적용하는 것입니다.
이때, ｢조세특례제한법 시행령｣ 제2조 제2항 각호 외의 부분 본문 괄호 규정을 적용하는 경우로서 중소기업인 내국법인이 창업일이 속하는 과세연도 종료일로부터 2년 이내에 관계기업에 편입함에 따라 해당 내국법인의 합산매출액이 ⁠“중소기업기준”을 초과하는 경우(｢조세특례제한법｣ 제2조 제2항 제4호)에도 중소기업 유예기간을 적용하는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ 질의법인은 수출입물류종합대행업^*을 영위하는 법인으로 개업 당시부터 ’18년까지 ｢조세특례제한법｣상 중소기업에 해당

    * 주된 업종별 중소기업 규모 기준 : 800억원(운수 및 창고업)

 ○ 질의법인의 창업일이 속하는 과세연도의 종료일로부터 2년 이내인 2019 과세연도에 ㈜AA(수출입물류종합대행업 영위)가 질의법인의 100% 주주가 되어 질의법인은 관계기업에 편입됨

  - 2019 과세연도 질의법인의 개별 매출액은 중소기업 규모기준인 800억원 미만에 해당하나 관계기업의 합산 매출액이 800억원을 초과함

2. 질의내용

 ○ 중소기업의 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내 과세연도 종료일 현재 해당 중소기업이 관계기업으로 편입되어 합산 매출액이 중소기업기준을 초과하는 경우 유예기간 적용여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제6조【창업중소기업 등에 대한 세액감면】

 ① 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다) 중 2024년 12월 31일 이전에 제3항 각 호에 따른 업종으로 창업한 중소기업(이하 이 조에서 "창업중소기업"이라 한다)과 「중소기업창업 지원법」 제53조제1항에 따라 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인(이하 이 조에서 "창업보육센터사업자"라 한다)에 대해서는 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업 개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다. 이하 제6항에서 같다)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 금액에 상당하는 세액을 감면한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제2조【중소기업의 범위】

 ① 법 제6조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 않는다.

  1. 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1에 따른 규모 기준("평균매출액등"은 "매출액"으로 보며, 이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

  2. 삭제

  3. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제31조제1항에 따른 공시대상기업집단에 속하는 회사 또는 같은 법 제33조에 따라 공시대상기업집단의 국내 계열회사로 편입ㆍ통지된 것으로 보는 회사에 해당하지 않으며, 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호에 적합할 것. 이 경우 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호나목의 주식등의 간접소유 비율을 계산할 때 ⁠「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외하며, 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호다목을 적용할 때 "평균매출액등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업"은 "매출액이 「조세특례제한법 시행령」 제2조제1항제1호에 따른 중소기업기준에 맞지 않는 기업"으로 본다.

  4. 제29조제3항에 따른 소비성서비스업을 주된 사업으로 영위하지 아니할 것

 ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 같은 항 제1호 또는 제3호(「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호다목의 규정으로 한정한다)의 요건을 갖추지 못하게 되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 해당 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 해당 사유가 발생한 날(제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업이 중소기업과 합병하는 경우에는 합병일로 한다)이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

  1. ⁠「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

  2. 유예기간중에 있는 기업과 합병하는 경우

  3. 1항제3호(「중소기업기본법 시행령」제3조제1항제2호다목의 규정은 제외한다)의 요건을 갖추지 못하게 되는 경우

  4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

 ③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 2 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 사업별 사업수입금액이 큰 사업을 주된 사업으로 본다.

 ④ 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호 및 제3호 후단에 따른 매출액, 자산총액 및 발행주식의 간접소유비율의 계산과 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호나목에 따른 외국법인의 자산총액의 계산 및 같은 호 다목에 따른 관계기업에 속하는 기업인지의 판단에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

 ⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.

○ 중소기업기본법 제2조【중소기업자의 범위】

 ① 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 "중소기업시책"이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업 또는 조합 등(이하 "중소기업"이라 한다)을 영위하는 자로 한다. 다만, 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제31조제1항에 따른 공시대상기업집단에 속하는 회사 또는 같은 법 제33조에 따라 공시대상기업집단의 소속회사로 편입ㆍ통지된 것으로 보는 회사는 제외한다.

  1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖추고 영리를 목적으로 사업을 하는 기업

  가. 업종별로 매출액 또는 자산총액 등이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것

  나. 지분 소유나 출자 관계 등 소유와 경영의 실질적인 독립성이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것

  2. 「사회적기업 육성법」 제2조제1호에 따른 사회적기업 중에서 대통령령으로 정하는 사회적기업

  3. 「협동조합 기본법」 제2조에 따른 협동조합, 협동조합연합회, 사회적협동조합, 사회적협동조합연합회, 이종(異種)협동조합연합회(이 법 제2조제1항 각 호에 따른 중소기업을 회원으로 하는 경우로 한정한다) 중 대통령령으로 정하는 자

  4. 「소비자생활협동조합법」 제2조에 따른 조합, 연합회, 전국연합회 중 대통령령으로 정하는 자

  5. 「중소기업협동조합법」 제3조에 따른 협동조합, 사업협동조합, 협동조합연합회 중 대통령령으로 정하는 자

 ② 중소기업은 대통령령으로 정하는 구분기준에 따라 소기업(小企業)과 중기업(中企業)으로 구분한다.

 ③ 제1항을 적용할 때 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 3년간은 중소기업으로 본다. 다만, 중소기업 외의 기업과 합병하거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그러하지 아니하다.

 ④ 중소기업시책별 특성에 따라 특히 필요하다고 인정하면 해당 법률에서 정하는 바에 따라 법인ㆍ단체 등을 중소기업자로 할 수 있다.

○ 중소기업기본법 시행령 제2조【정의】

 1.∼2. ⁠(생략)

 3. "관계기업"이란 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」 제4조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 "외부감사대상기업"이라 한다)이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다.

 4.∼6. ⁠(생략)

○ 중소기업기본법 시행령 제3조【중소기업의 범위】

 ① ｢중소기업기본법｣(이하 "법"이라 한다) 제2조제1항제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

  1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 기업일 것

  가.해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 평균매출액 또는 연간매출액(이하 "평균매출액등"이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞을 것

  나.자산총액이 5천억원 미만일 것

  2.소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업일 것

  가. ｢독점규제 및 공정거래에 관한 법률｣ 제14조제1항에 따른 상호출자제한기업집단 또는 채무보증제한기업집단에 속하는 회사

  나.자산총액이 5천억원 이상인 법인(외국법인을 포함하되, 제3조의2제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다)이 주식등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업. 이 경우 최다출자자는 해당 기업의 주식등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식등의 간접소유 비율에 관하여는 ｢국제조세조정에 관한 법률 시행령｣ 제2조제2항을 준용한다.

    1) 주식등을 소유한 자가 법인인 경우: 그 법인의 임원

    2) 주식등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우: 그 개인의 친족

  다.관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 평균매출액등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업

○ 중소기업기본법 시행령 제3조의2【지배 또는 종속의 관계】

 ① 관계기업에서 지배 또는 종속의 관계란 기업이 직전 사업연도 말일 현재 다른 국내기업을 다음 각 호의 어느 하나와 같이 지배하는 경우 그 기업(이하 "지배기업"이라 한다)과 그 다른 국내기업(이하 "종속기업"이라 한다)의 관계를 말한다. 다만, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조제15항에 따른 주권상장법인으로서 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」 제2조제3호 및 같은 법 시행령 제3조제1항에 따라 연결재무제표를 작성하여야 하는 기업과 그 연결재무제표에 포함되는 국내기업은 지배기업과 종속기업의 관계로 본다.

  1. 지배기업이 단독으로 또는 그 지배기업과의 관계가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

  가. 단독으로 또는 친족과 합산하여 지배기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 개인

  나. 가목에 해당하는 개인의 친족

  2. 지배기업이 그 지배기업과의 관계가 제1호에 해당하는 종속기업(이하 이 조에서 "자회사"라 한다)과 합산하거나 그 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 공동으로 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

  3. 자회사가 단독으로 또는 다른 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

  4. 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자가 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

○ 중소기업기본법 시행령 제7조의4【관계기업의 평균매출액등의 산정】

 ① 관계기업에 속하는 지배기업과 종속기업의 평균매출액등의 산정은 별표 2에 따른다. 이 경우 평균매출액등은 제7조에 따라 산정한 지배기업과 종속기업 각각의 평균매출액등을 말한다.

 ② 제1항에 따른 지배기업과 종속기업이 상호간 의결권 있는 주식등을 소유하고 있는 경우에는 그 소유비율 중 많은 비율을 해당 지배기업의 소유 비율로 본다.

○ 중소기업기본법 시행령 제9조【유예제외】(2014.4.14. 대통령령 제25302호로 개정되기 전의 것)

  법 제2조제3항 단서에서 ⁠“그 밖에 대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다.

  1. 법 제2조제3항 본문에 따라 중소기업으로 보는 기간 중에 있는 기업과 중소기업이 합병하는 경우

  2. 창업한 중소기업이 창업일이 속하는 달부터 12개월이 되는 달 말일 이전에 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제3조제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

  3. 중소기업이 제3조제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

  4. 중소기업이 제3조제1항제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 다만, 중소기업이 다른 중소기업의 주식등을 소유하여 제3조제1항제2호다목에 해당하는 경우는 제외한다.

○ 중소기업기본법 시행령 제9조【유예제외】(2014.4.14. 대통령령 제25302호로 개정된 것)

  법 제2조제3항 단서에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다.

  1. 법 제2조제3항 본문에 따라 중소기업으로 보는 기간 중에 있는 기업과 중소기업이 합병하는 경우

  2. 중소기업이 제3조제1항제2호가목 또는 나목에 해당하는 경우

  3. 법 제2조제3항 본문에 따라 중소기업으로 보았던 기업이 같은 조 제1항에 따른 중소기업이 되었다가 그 평균매출액등의 증가 등으로 다시 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우

  4. 삭제(2014.4.14.)

○ 중소기업기본법 시행령 【별표2】

출처 : 국세청 2024. 05. 28. 서면-2024-법인-0525 | 국세법령정보시스템