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조특법 §99의2 특례주택 비과세 보유기간 기산일 유권해석

서면-2021-법규재산-6575[법규과-392]  ·  2023. 02. 13.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 조세특례제한법 제99조의2에 따른 특례주택(A)과 일반주택(B)을 함께 보유하다가 일반주택(B)을 먼저 비과세 양도한 후 남게 된 특례주택(A)을 양도할 때, 1세대1주택 비과세의 보유기간 기산일은 언제인가요?

S요약

조세특례제한법 제99조의2에 따른 특례주택(A)과 일반주택(B)을 함께 보유하다 일반주택(B)을 먼저 비과세 양도한 경우, 남아 있는 특례주택(A)을 양도할 때 비과세 보유기간은 특례주택(A) 취득일부터 계산함이 타당하다고 회신하였습니다.
#조특법99조의2 #특례주택 #1세대1주택 #비과세 보유기간 #양도소득세 #일반주택
핵심 정리

R회신 내용 서면-2021-법규재산-6575[법규과-392]  ·  2023. 02. 13.

  • 국세청 서면-2021-법규재산-6575[법규과-392](2023.2.13) 및 기획재정부 재산세제과-236(2023.2.10) 회신에 근거한 답변입니다.
  • 조세특례제한법 제99조의2의 과세특례를 적용받은 특례주택(A)과 일반주택(B)을 모두 보유하고 있다가, 일반주택(B)을 먼저 비과세 요건에 따라 양도하였다면, 이후 남게 된 특례주택(A)을 양도할 때 1세대 1주택 비과세를 위한 보유기간은 특례주택(A) 취득일부터 기산하는 것으로 보입니다.
  • 해당 회신에서는 질의의 두 가지 선택지(① 일반주택(B) 양도일부터 보유기간 재기산, ② 특례주택(A) 취득일부터 보유기간 산정)에 대해, 특례주택 취득일부터 보유기간 산정(재기산 없음)이 옳다고 명확히 밝혔습니다.
  • 소득세법 시행령 제154조 및 제95조 제4항에 따라 주택의 보유기간은 원칙적으로 그 자산의 취득일부터 양도일까지 계산됨을 근거로 하였습니다.
  • 조세특례제한법 제99조의2 제2항에 따라 특례주택은 1세대 1주택 판정에서 소유주택에서 일시적으로 제외하지만, 비과세 보유기간 산정에는 별도의 재기산 규정이 없기에 특례주택 취득일을 기준으로 합니다.

L관련 법령 해석

  • 소득세법 제89조(비과세 양도소득): 1세대 1주택 보유 등 대통령령으로 정한 요건 충족시 양도소득세 비과세
  • 소득세법 시행령 제154조(1세대1주택의 범위): 보유기간 2년(또는 3년) 이상 등 비과세 위한 요건 및 보유기간 계산 특례
  • 소득세법 제95조 제4항: 자산의 보유기간은 취득일부터 양도일까지로 산정
  • 조세특례제한법 제99조의2: 신축·미분양 등 일정 요건 주택의 양도세 과세특례, 해당 주택을 소유주택에서 제외
  • 조세특례제한법 제99조의2 제2항: 과세특례 주택을 1세대 1주택 비과세 판정 시 소유주택에서 제외
사례 Q&A
1. 특례주택과 일반주택을 함께 보유하다가 일반주택을 먼저 비과세 양도한 뒤 남은 특례주택을 팔면 비과세 보유기간은 어떻게 산정되나요?
답변
일반주택을 먼저 비과세로 양도한 뒤 남은 특례주택의 비과세 보유기간은 해당 특례주택 취득일부터 계산됩니다.
근거
국세청과 기획재정부 유권해석에 따르면, 조세특례제한법 제99조의2 특례주택은 비과세 보유기간을 별도로 재기산하지 않고 취득일부터 산정합니다.
2. 조특법§99의2 특례주택의 1세대1주택 비과세 보유기간 계산방법은?
답변
특례주택을 처음 취득한 날부터 양도일까지의 기간이 비과세 보유기간입니다.
근거
소득세법 시행령 및 유권해석에 따라 특례주택의 1세대1주택 보유기간은 취득일부터 양도일까지 산정함이 명확히 밝혀졌습니다.
3. 특례주택과 일반주택 동시 보유 시 일반주택 처분 후 남은 특례주택 양도 시 비과세 가능한가요?
답변
비과세 요건을 충족하였다면, 특례주택도 1세대1주택 비과세가 적용될 수 있습니다.
근거
특례주택을 양도할 때, 조세특례제한법 및 소득세법상 비과세 요건과 보유기간 충족 시 비과세 가능함을 유권해석에서 확인하였습니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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유권해석 전문

요지

일반주택(B)과 조세특례제한법§99의2에 따른 특례주택(A)을 보유하다 일반주택(B)을 먼저 비과세 양도한 후 남은 조세특례제한법§99의2 특례주택(A)을 양도 시 비과세 보유기간은 특례주택(A) 취득일부터 기산하는 것임

회신

귀 서면질의 신청의 경우, 기획재정부의 해석(기획재정부 재산세제과-236, 2023.2.10)을 참고하시기 바랍니다. 끝.

○ 기획재정부 재산세제과-236, 2023.2.10.
【질의】일반주택(B)과 조특법§99의2에 따른 특례주택(A)을 보유하다 일반주택(B)을 먼저 비과세 양도한 후 남은 조특법§99의2 특례주택(A)을 양도 시 비과세 보유기간 기산일
일반주택 양도일(재기산○)
특례주택 취득일(재기산×)
【회신】 귀 질의의 경우 제2안이 타당합니다.

1. 사실관계

 ○ ’16.10. A주택 취득(조특법§99의2에 따른 특례주택)

 ○ ’16.11. B주택 취득

 ○ B주택을 먼저 비과세 양도 후 남은 A주택을 양도할 예정

2. 질의내용

 ○ 일반주택(B)과 조특법§99의2에 따른 특례주택(A)을 보유하다 일반주택(B)을 먼저 비과세 양도한 후 남은 조특법§99의2 특례주택(A)을 양도 시 비과세 보유기간 기산일

3. 관련법령

소득세법 제89조 【비과세 양도소득】

 ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

  3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

   가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

소득세법 시행령 제154조 【1세대1주택의 범위】

 ① 법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다.(단서 생략)

 ⑤ 제1항에 따른 보유기간의 계산은 법 제95조제4항에 따른다.

소득세법 제95조 【양도소득금액】

 ④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다.

조세특례제한법 제99조의2 【신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

 ① 거주자 또는 비거주자가 대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택 또는 1세대 1주택자의 주택으로서 취득가액이 6억원 이하이거나 주택의 연면적(공동주택의 경우에는 전용면적)이 85제곱미터 이하인 주택을 2013년 4월 1일부터 2013년 12월 31일까지 「주택법」 제54조에 따라 주택을 공급하는 사업주체 등 대통령령으로 정하는 자와 최초로 매매계약을 체결하여 그 계약에 따라 취득(2013년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우를 포함한다)한 경우에 해당 주택을 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 공제한다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다.

「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

출처 : 국세청 2023. 02. 13. 서면-2021-법규재산-6575[법규과-392] | 국세법령정보시스템