자법인 합병 시 승계 자기주식 압축기장충당금의 세무처리

요지

자법인이 모법인을 합병하면서 취득한 자기주식을 소각하는 경우 해당 자기주식에 대해 설정된 압축기장충당금은 익금에 산입함

회신

귀 서면질의의 경우, 기획재정부 해석(기획재정부 법인세제과-380, 2021.8.20.)을 참고하시기 바랍니다.

(질의)자법인(합병법인)이 모법인(피합병법인)을 합병하면서 승계한 자기주식을 소각하는 경우, 해당 자기주식에 대해 설정된 압축기장충당금의 세무처리 방법
제1안:압축기장충당금은 소멸하여 익금에 산입되지 않음
제2안:압축기장충당금을 익금에 산입함
귀 질의의 경우 제2안이 타당합니다. 끝.

1. 사실관계

○甲법인은 ’03.4월 임대사업부 등을 적격물적분할하여 乙법인의 주식을 취득하고 지분법적용투자주식으로 계상한 후

  -당해 지분법적용투자주식(이하 ⁠“주식”)의 가액 중 물적분할로 인해 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액을 압축기장충당금으로 계상하여 손금에 산입하였음

 ○’06.6월 乙법인이 甲법인으로부터 승계받은 임대사업부를 적격인적분할하여 丙법인을 설립함에 따라

  -甲법인은 당초 乙법인 주식 및 그에 대한 압축기장충당금을 丙법인 주식 및 그에 대한 압축기장충당금으로 안분^*하였음

    *(당초) 乙법인분: 415억원 ➡(안분) 乙법인분: 276억원, 丙법인분: 139억원

 ○甲법인은 그 이후 ’06.6월 丙법인 주식을 적격인적분할하여 丁법인을 설립함에 따라 丁법인은 丙법인의 완전 母법인이 되었으며

  -丁법인은 甲법인으로부터 丙주식에 대한 충당금을 승계하는 것으로 회계처리하였음

 ○丙법인은 향후 완전 母법인인 丁법인을 적격합병하고 신주를 발행하여 피합병법인인 丁법인의 주주에게 교부할 예정이며

  -당해 합병으로 승계받는 자기주식은 소각할 계획임

2. 질의요지

 ○자법인인 합병법인이 모법인인 피합병법인을 합병하면서 승계한 자기주식을 소각하는 경우

  -자기주식에 대해 설정된 압축기장충당금의 세무처리 방법

  (제1안) 압축기장충당금은 소멸하여 익금에 산입되지 않음

  (제2안) 압축기장충당금을 익금에 산입함

3. 관련 법령

○법인세법 제47조【물적분할로 인한 자산양도차익상당액의 손금산입】

   ⁠(2005.12.31. 법률 제7838호로 개정되기 전의 것)

①분할법인이 물적분할에 의하여 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인의 주식을 취득한 경우로서 제46조제1항 각호의 요건(동항 제2호의 경우 전액이 주식이어야 한다)을 갖춘 경우 당해 주식의 가액 중 물적분할로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다.

 ②분할법인이 제1항의 규정에 의하여 양도차익상당액을 손금에 산입한 후 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인(분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인이 다른 법인과 합병하는 경우에는 그 합병법인을 말한다)이 분할등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도개시일부터 3년 이내에 분할법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우에는 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 금액(제3항의 규정에 해당하는 경우에는 동항의 규정에 의하여 손금에 산입한 금액을 말한다)을 사업폐지일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 익금에 산입한다. 이 경우 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인이 분할법인으로부터 승계받은 사업을 합병법인이 다시 승계하는 경우에는 사업의 폐지로 보지 아니한다.

○법인세법 시행령 제83조【물적분할로 인한 자산양도차익의 손금산입】

   ⁠(2006.2.9. 대통령령 제19328호로 개정되기 전의 것)

 ①법 제47조제1항의 규정에 의하여 분할법인이 손금에 산입하는 금액은 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인(이하 이 조에서 "분할신설법인등"이라 한다)으로부터 취득한 주식의 가액중 물적분할로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액으로 한다.

 ②제1항의 규정에 의하여 손금에 산입하는 금액은 당해 주식의 압축기장충당금으로 계상하여야 한다.

 ③제2항의 규정에 의하여 계상한 압축기장충당금은 법 제47조제2항에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 주식을 처분하는 사업연도에 이를 익금에 산입한다. 이 경우 일부 주식을 처분하는 경우의 익금에 산입하는 금액은 처분한 주식수를 분할등기일 현재 분할로 인하여 취득한 분할신설법인등의 발행주식총수(주식의 소각 또는 자본의 감소가 있는 경우 그 소각 또는 감소후의 발행주식총수를 말한다)로 나누어 계산한 율을 압축기장충당금에 곱하여 계산한 금액으로 한다.

○법인세법 시행령 제85조【합병 및 분할시의 자산･부채의 승계 등】

   ⁠(2010.6.8. 대통령령 제22184호로 개정되기 전의 것)

 ②내국법인이 분할하는 경우 법 또는 다른 법률에 다른 규정이 있는 경우를 제외하고는 분할법인(소멸한 분할합병의 상대방법인을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준의 계산에 있어서 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액은 다음 각 호에 의한다.

  1.압축기장충당금 및 일시상각충당금은 분할신설법인(분할합병의 상대방법인을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)이 이를 승계 할 수 있다.

○법인세법 제44조【합병 시 피합병법인에 대한 과세】

 ①피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제44조의3에서 같다)은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.

  1.피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액

  2.피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채의 장부가액 총액을 뺀 가액(이하 이 관에서 "순자산 장부가액"이라 한다)

 ②제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병(이하 "적격합병"이라 한다)의 경우에는 제1항제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호･제3호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 적격합병으로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

  1.합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것. 다만, 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 제외한다.

  2.피합병법인의 주주등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 합병법인의 주식등의 가액이 100분의 80 이상이거나 합병법인의 모회사(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 말한다)의 주식등의 가액이 100분의 80 이상인 경우로서 그 주식등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것

  3.합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것

  4.합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자 중 합병법인이 승계한 근로자의 비율이 100분의 80 이상이고, 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 비율을 유지할 것

 ③다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항에도 불구하고 적격합병으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

  1.내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하거나 그 다른 법인에 합병되는 경우

  2.동일한 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 서로 다른 법인 간에 합병하는 경우

○법인세법 시행령 제85조【합병 및 분할시의 자산･부채의 승계 등】

  내국법인이 합병 또는 분할하는 경우 법 또는 다른 법률에 다른 규정이 있는 경우 외에는 법 제44조의2제1항 후단(비적격합병 시 합병법인), 제44조의3제2항(적격합병 시 합병법인), 제46조의2제1항 후단(비적격분할 시 분할신설법인), 제46조의3제2항(적격분할 시 분할신설법인) 또는 물적분할에 따라 피합병법인등의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액(이하 이 조에서 "세무조정사항"이라 한다)의 승계는 다음 각 호의 구분에 따른다.

  1.적격합병 또는 적격분할의 경우: 세무조정사항(분할의 경우에는 분할하는 사업부문의 세무조정사항에 한정한다)은 모두 합병법인등에 승계

  2.제1호 외의 경우: 법 제33조제3항･제4항 및 제34조제4항에 따라 퇴직급여충당금 또는 대손충당금을 합병법인등이 승계한 경우에는 그와 관련된 세무조정사항을 승계하고 그 밖의 세무조정사항은 모두 합병법인등에 미승계

○법인세법 시행령 제80조의4 【적격합병 과세특례에 대한 사후관리】

 ①합병법인은 법 제44조의3제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 양도받은 자산 및 부채의 가액을 합병등기일 현재의 시가로 계상하되, 시가에서 피합병법인의 장부가액(제85조제1호에 해당하는 세무조정사항이 있는 경우에는 그 세무조정사항 중 익금불산입액은 더하고 손금불산입액은 뺀 가액으로 한다)을 뺀 금액이 0보다 큰 경우에는 그 차액을 익금에 산입하고 이에 상당하는 금액을 자산조정계정으로 손금에 산입하며, 0보다 작은 경우에는 시가와 장부가액의 차액을 손금에 산입하고 이에 상당하는 금액을 자산조정계정으로 익금에 산입한다. 이 경우 계상한 자산조정계정은 다음 각 호의 구분에 따라 처리한다.

  1.감가상각자산에 설정된 자산조정계정: 자산조정계정으로 손금에 산입한 경우에는 해당 자산의 감가상각비(해당 자산조정계정에 상당하는 부분에 대한 것만 해당한다)와 상계하고, 자산조정계정으로 익금에 산입한 경우에는 감가상각비에 가산. 이 경우 해당 자산을 처분하는 경우에는 상계 또는 더하고 남은 금액을 그 처분하는 사업연도에 전액 익금 또는 손금에 산입한다.

  2.제1호 외의 자산에 설정된 자산조정계정: 해당 자산을 처분하는 사업연도에 전액 익금 또는 손금에 산입. 다만, 자기주식을 소각하는 경우에는 익금 또는 손금에 산입하지 아니하고 소멸한다.

○조세특례제한법 시행령 제35조의2 【주식의 포괄적 교환･이전에 대한 법인의 과세특례】

 ①내국법인(이하 이 조에서 "완전자회사"라 한다)의 주주인 법인(내국법인 및 ｢법인세법｣ 제91조제1항에 따른 외국법인에 한정한다. 이하 이 조에서 같다)이 보유주식을 법 제38조제1항에 따라 다른 내국법인(이하 이 조에서 "완전모회사"라 한다)에 주식의 포괄적 교환 또는 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 "주식의 포괄적 교환등"이라 한다)을 하고 과세를 이연받는 경우에는 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액에 상당하는 금액을 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다. 이 경우 손금에 산입하는 금액은 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 완전모회사 또는 그 완전모회사의 완전모회사 주식의 압축기장충당금으로 계상하여야 한다.

  1.주식의 포괄적 교환등으로 취득한 완전모회사 주식(법 제38조제1항제2호에 따라 받은 교환ㆍ이전대가의 총합계액 중 완전모회사의 완전모회사 주식의 가액이 100분의 80 이상인 경우에는 완전모회사의 완전모회사의 주식을 말한다. 이하 이 조에서 "완전모회사등주식"이라 한다)의 가액, 금전, 그 밖의 재산가액의 합계액(이하 이 조에서 "교환ㆍ이전대가"라 한다)에서 주식의 포괄적 교환등으로 양도한 완전자회사의 주식의 취득가액을 뺀 금액

  2.제1호의 금액과 교환ㆍ이전대가로 받은 완전모회사등주식 외의 금전, 그 밖의 재산가액의 합계액 중 작은 금액

 ②제1항에 따라 계상한 압축기장충당금은 해당 법인이 완전모회사등 주식을 처분하는 사업연도에 다음 계산식에 따른 금액을 익금에 산입하되, 자기주식으로 소각되는 경우에는 익금에 산입하지 아니하고 소멸하는 것으로 한다. 이 경우 주식의 포괄적 교환등 외의 다른 방법으로 취득한 완전모회사등주식이 있으면 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다.

출처 : 국세청 2021. 08. 24. 서면-2019-법령해석법인-3689[법령해석과-2909] | 국세법령정보시스템