분양권 상태 임대주택 등록 시 장기임대 특례 적용 판단

요지

거주자가 분양권 상태에서 2020.12.31.까지 민간임대주택법에 따른 장기일반민간임대주택으로 등록하고 조특법§97의3①의 요건을 갖추어 그 주택을 양도시 해당 특례 적용가능함. ⁠(단, 2020.7.11. 이후 장기일반민간임대주택으로 아파트를 등록 신청하거나 단기민간임대주택을 해당임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외)

회신

귀 서면질의의 경우, 거주자가 분양권 상태에서 2020.12.31.(｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제2조제2호에 따른 민간건설임대주택의 경우에는 2022년 12월 31일)까지 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제2조제4호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 법 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택으로 등록[2020년 7월 11일 이후 장기일반민간임대주택으로 등록 신청한 경우로서 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이나 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택을 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조제3항에 따라 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외함]하여 ｢조세특례제한법｣(2022.12.31. 법률 제19199호로 개정되기 전의 것) 제97조의3(이하 ⁠“쟁점특례”) 제1항 각 호의 요건을 갖추어 그 주택을 양도하는 경우에는 쟁점특례를 적용할 수 있는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ 2018. 7월 서울 소재 A아파트(59㎡) 분양계약

 ○ 2018.12월 분양권 상태에서 시·군·구 임대사업자등록(장기일반민간임대주택 8년) 및 세무서 사업자등록

 ○ 2021. 1월부터 임대 중

   *임대기간 중「조세특례제한법」제97조의3 장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세 과세특례 요건은 준수한 것으로 전제

2. 질의내용

 ○ 분양권 상태에서 2020년 12월 31일 이전에 장기일반민간임대주택으로 등록하고 2021년 1월 1일 후에 주택을 취득(완공)한 경우 ｢조세특례제한법｣ 제97조의3【장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세의 과세특례】적용이 가능한지

3. 관련법령

○ 조세특례제한법(2022.12.31. 법률 제19199호로 개정된 것) 제97조의3 【장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세의 과세특례】

 ① 대통령령으로 정하는 거주자가 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제2호에 따른 민간건설임대주택으로서 같은 조 제4호 또는 제5호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택을 2024년 12월 31일까지 등록[2020년 7월 11일 이후 장기일반민간임대주택으로 등록 신청한 경우로서 ⁠「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택을 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조제3항에 따라 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다]한 후 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 그 주택을 양도하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 임대기간 중 발생하는 양도소득에 대해서는 「소득세법」 제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 70의 공제율을 적용한다.

  1. 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우

  2. 대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등을 준수하는 경우

○ 조세특례제한법(2022.12.31. 법률 제19199호로 개정되기 전의 것) 제97조의3 【장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세의 과세특례】

 ① 대통령령으로 정하는 거주자가 2020년 12월 31일(「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제2호에 따른 민간건설임대주택의 경우에는 2022년 12월 31일)까지 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제4호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 법 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택을 등록[2020년 7월 11일 이후 장기일반민간임대주택으로 등록 신청한 경우로서 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이나 ⁠「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택을 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조제3항에 따라 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다]하여 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우 그 주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등"이라 한다)을 양도하는 경우에 대통령령으로 정하는 바에 따라 임대기간 중 발생하는 소득에 대해서는 「소득세법」 제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 50의 공제율을 적용한다. 다만, 장기일반민간임대주택등을 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우에는 100분의 70의 공제율을 적용한다.

  1. 8년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우

  2. 대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등을 준수하는 경우

○ 조세특례제한법 시행령 제97조의3 【장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세의 과세특례】

 ② 법 제97조의3제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 10년 이상 계속하여 임대한 경우와 같은 항 제1호에 따른 8년 이상 계속하여 임대한 경우는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제4호의 공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등"이라 한다)으로 각각 10년 또는 8년 이상 계속하여 등록하고, 그 등록한 기간 동안 통산하여 각각 10년 또는 8년 이상 임대한 경우로 한다. 이 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 등록 및 임대한 기간을 계산한다.

  1. ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재개발사업ㆍ재건축사업, ⁠「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모주택정비사업 또는 ⁠「주택법」에 따른 리모델링으로 임대할 수 없는 경우: 해당 주택의 관리처분계획 인가일(소규모주택정비사업의 경우에는 사업시행계획 인가일, 리모델링의 경우에는 허가일 또는 사업계획승인일을 말한다) 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지의 기간 동안 계속하여 임대한 것으로 보되, 임대기간 계산 시에는 실제 임대기간만 포함한다.

  2. 종전의 ⁠「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이 「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조제5항에 따라 등록이 말소되는 경우: 해당 주택은 8년 동안 등록 및 임대한 것으로 본다.

 ③ 법 제97조의3제1항제2호에서 "대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등"이란 다음 각 호의 요건을 말한다.

  1. 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 "임대료등"이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등 증액 청구는 임대차계약 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조제4항에 따라 정한 기준을 준용한다.

  2. 「주택법」 제2조제6호에 따른 국민주택규모 이하의 주택(해당 주택이 다가구주택일 경우에는 가구당 전용면적을 기준로 한다)일 것

  3. 장기일반민간임대주택등의 임대개시일부터 8년 이상 임대할 것

  4.장기일반민간임대주택등 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 아니할 것

 ④ 장기일반민간임대주택등의 임대기간의 계산에 관하여는 제97조제5항제1호ㆍ제3호 및 제5호를 준용한다. 이 경우 「소득세법」 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록을 하고 장기일반민간임대주택등으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 보며, 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조제3항에 따라 같은 법 제2조제6호의 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택등으로 변경 신고한 경우에는 같은 법 시행령 제34조제1항제3호에 따른 시점부터 임대를 개시한 것으로 본다.

○ 조세특례제한법 시행령 제97조 【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】

 ⑤ 법 제97조제4항의 규정에 의한 임대주택에 대한 임대기간(이하 이 조에서"주택임대기간"이라 한다)의 계산은 다음 각호에 의한다.

  1. 주택임대기간의 기산일은 주택의 임대를 개시한 날로 할 것

  2. 삭제

  3. 상속인이 상속으로 인하여 피상속인의 임대주택을 취득하여 임대하는 경우에는 피상속인의 주택임대기간을 상속인의 주택임대기간에 합산할 것

  3의2. 삭제

  4. 5호 미만의 주택을 임대한 기간은 주택임대기간으로 보지 아니할 것

  5. 제1호 또는 제3호의 규정을 적용함에 있어서 기획재정부령이 정하는 기간은 이를 주택임대기간에 산입할 것

○ 민간임대주택에 관한 특별법 제2조【정의】

  이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  1. ⁠“민간임대주택”이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 ⁠“준주택”이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.

   2. "민간건설임대주택"이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 말한다.

   가. 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택

   나. 「주택법」 제4조에 따라 등록한 주택건설사업자가 같은 법 제15조에 따라 사업계획승인을 받아 건설한 주택 중 사용검사 때까지 분양되지 아니하여 임대하는 주택

  3. ⁠“민간매입임대주택”이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

  4. "공공지원민간임대주택"이란 임대사업자가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 이 법에 따른 임대료 및 임차인의 자격 제한 등을 받아 임대하는 민간임대주택을 말한다.

   가. ⁠「주택도시기금법」에 따른 주택도시기금(이하 "주택도시기금"이라 한다)의 출자를 받아 건설 또는 매입하는 민간임대주택

   나. 「주택법」 제2조제24호에 따른 공공택지 또는 이 법 제18조제2항에 따라 수의계약 등으로 공급되는 토지 및 「혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법」 제2조제6호에 따른 종전부동산(이하 "종전부동산"이라 한다)을 매입 또는 임차하여 건설하는 민간임대주택

   다. 제21조제2호에 따라 용적률을 완화 받거나 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제30조에 따라 용도지역 변경을 통하여 용적률을 완화 받아 건설하는 민간임대주택

   라. 제22조에 따라 지정되는 공공지원민간임대주택 공급촉진지구에서 건설하는 민간임대주택

   마. 그 밖에 국토교통부령으로 정하는 공공지원을 받아 건설 또는 매입하는 민간임대주택

  5. ⁠“장기일반민간임대주택”이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택[아파트(｢주택법｣ 제2조제20호의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다]을 말한다.

  6. 삭제

○ 민간임대주택에 관한 특별법 제5조【임대사업자의 등록】

 ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장․특별자치도지사․시장․군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 ⁠“시장․군수․구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

 ② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.

  1. 삭제

  2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택

  3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택

○ 민간임대주택에 관한 특별법 제6조【임대사업자 등록의 말소】

 ① 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 임대사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 등록의 전부 또는 일부를 말소할 수 있다. 다만, 제1호에 해당하는 경우에는 등록의 전부 또는 일부를 말소하여야 한다.

  1. 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 등록한 경우

  2. 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 후 대통령령으로 정하는 일정 기간 안에 민간임대주택을 취득하지 아니하는 경우

○ 민간임대주택에 관한 특별법 시행령 제4조【임대사업자 등록 및 변경신고 등】

 ① 법 제5조제1항에 따라 임대사업자로 등록할 수 있는 자는 다음 각 호와 같다. 이 경우 2인 이상이 공동으로 건설하거나 소유하는 주택의 경우에는 공동 명의로 등록해야 한다.

  1. 민간임대주택으로 등록할 주택을 소유한 자

  2. 민간임대주택으로 등록할 주택을 취득하려는 계획이 확정되어 있는 자로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자

   가. 민간임대주택으로 등록할 주택을 건설하기 위하여 「주택법」 제15조에 따른 사업계획승인(이하 "사업계획승인"이라 한다)을 받은 자

   나. 민간임대주택으로 등록할 주택을 건설하기 위하여 「건축법」 제11조에 따른 건축허가(이하 "건축허가"라 한다)를 받은 자

   다. 민간임대주택으로 등록할 주택을 매입하기 위하여 매매계약을 체결한 자

   라. 민간임대주택으로 등록할 주택을 매입하기 위해 분양계약을 체결한 자로서 다음의 어느 하나에 해당하는 자

    1) 등록 신청일을 기준으로 분양계약서에 따른 잔금지급일이 3개월 이내인 자

    2) 등록 신청일이 분양계약서에 따른 잔금지급일 이후인 자

 ③ 법 제5조제1항에 따라 임대사업자로 등록하려는 자는 신청서에 국토교통부령으로 정하는 서류를 첨부하여 임대사업자의 주소지를 관할하는 특별자치시장, 특별자치도지사, 시장, 군수 또는 자치구청장(이하 ⁠“시장․군수․구청장”이라 한다) 또는 해당 민간임대주택의 소재지를 관할하는 시장․군수․구청장에게 제출하여야 한다.

○ 민간임대주택에 관한 특별법 시행령 제5조【임대사업자 등록의 말소】

 ① 법 제6조제1항제2호에서 ⁠“대통령령으로 정하는 일정 기간”이란 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 말한다.

  4. 제4조제1항제2호라목의 자:임대사업자로 등록한 날부터 1년

○ 민간임대주택에 관한 특별법 시행규칙 제2조【임대사업자의 등록 등】

 ① 법 제5조제1항 및 ｢민간임대주택에 관한 특별법 시행령｣(이하 ⁠“영”이라 한다) 제4조제3항에 따라 임대사업자로 등록하려는 자는 별지 제1호서식의 임대사업자 등록신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 특별자치시장, 특별자치도지사, 시장, 군수 또는 자치구청장(이하 ⁠“시장․군수․구청장”이라 한다)에게 제출(정보통신망을 이용한 제출을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하여야 한다. 이 경우 ｢재외국민등록법｣ 제2조에 따른 재외국민(이하 ⁠“재외국민”이라 한다)이나 ｢부동산 거래신고 등에 관한 법률｣ 제2조제4호의 외국인 등(이하 ⁠“외국인”이라 한다)인 경우에는 민간임대주택의 소재지를 관할하는 시장․군수․구청장에게 제출하여야 한다.

  3. 영 제4조제1항제2호라목의 경우:분양계약서 사본. 다만, ｢주택공급에 관한 규칙｣ 제32조제1항에 따라 주택을 우선공급 받으려는 경우에는 등록일부터 6개월 이내에 매입 또는 분양계약서를 제출할 수 있다.

[2019.10.22. 대통령령 제30149호로 개정되기 전의 것]

○민간임대주택에 관한 특별법 시행령 제4조【임대사업자 등록 및 변경신고】

 ① 법 제5조제1항에 따라 임대사업자로 등록할 수 있는 자는 다음 각 호와 같다. 이 경우 2인 이상이 공동으로 건설하거나 소유하는 주택의 경우에는 공동 명의로 등록해야 한다.

  1. 민간임대주택으로 등록할 주택을 소유한 자

  2. 민간임대주택으로 등록할 주택을 취득하려는 계획이 확정되어 있는 자로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자

   라. 민간임대주택으로 등록할 주택을 매입하기 위하여 분양계약을 체결한 자

○ 민간임대주택에 관한 특별법 시행령 제5조【임대사업자 등록의 말소】

 ① 법 제6조제1항제2호에서 "대통령령으로 정하는 일정 기간"이란 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 말한다.

  4. 제4조제1항제2호라목의 자: 임대사업자로 등록한 날부터 3년

출처 : 국세청 2023. 02. 13. 서면-2021-법규재산-8203[법규과-393] | 국세법령정보시스템