수도권 중소기업 공장 이전 시 세액감면 요건 및 임대 가능 여부

요지

수도권과밀억제권역에서 공장시설을 갖추고 2년 이상 계속하여 조업한 중소기업이 수도권과밀억제권역 밖으로 공장시설을 전부 이전한 후 이전일로부터 1년 이내에 구공장의 공장시설 전부를 철거 또는 폐쇄하여 당해 공장시설에 의한 조업이 불가능한 상태에 있는 구공장을 임대한 경우에도 적용하는 것입

회신

1. 귀 질의1의 경우 아래 회신사례를 참고하시기 바랍니다.
○ 기획재정부 조세특례제도과-371, 2017.04.05.
「조세특례제한법」 제63조에 따른 세액감면은 수도권과밀억제권역에서 공장시설을 갖추고 2년 이상 계속하여 조업한 중소기업이 수도권과밀억제권역 밖으로 공장시설을 전부 이전한 후 이전일로부터 1년 이내에 구공장의 공장시설 전부를 철거 또는 폐쇄하여 당해 공장시설에 의한 조업이 불가능한 상태에 있는 구공장을 임대한 경우에도 적용하는 것입니다.
2. 귀 질의2의 경우 ⁠「조세특례제한법」 제63조를 적용받기 위해 양도하거나 시설의 전부를 철거 또는 폐쇄하여야 하는 대상은 동법 시행령 제60조제1항 규정에 따라 수도권과밀억제권역 안에 소재하는 구공장으로 구본사는 이에 해당하지 않는 것입니다.
3. 귀 질의3의 경우 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면의 감면기간은「조세특례제한법」 제63조 제1항에 규정된 과세연도에 한하여 적용받을 수 있는 것으로 세액감면의 적용 과세연도를 임의로 선택할 수 없고, 세액공제액의 이월공제는 동법 제144조제1항에 열거된 세액공제 규정에 한하여 적용가능한 것입니다.

1. 사실관계

 ○질의법인은 19××년부터 안양시에 본사와 공장시설을 갖추고 산업용○○을 생산 판매하는 중소기업으로,

  - 2016.10월 경기도 ○○ 소재 토지를 매입하여 2017.4월부터 본사건물 및 공장을 신축하고 있으며 2018.2월말 준공 예정임

  - 2018.2월말 이후에 본사 및 공장시설을 상기 ○○소재 신설 건물 및 공장으로 전부 이전하여 사업을 진행코자 함

 ○총인원 140명 중 영업부서 인원 13명은 수도권에 남아서 사무실을 운영할 계획이며, 그 외 인원은 상기 ○○소재 본사 및 공장에서 근무할 예정임

  - 안양 공장은 2018.4월말까지 기계장치 이전 완료후 폐쇄 예정임

2. 질의내용

○ 조세특례제한법 제63조【수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면】규정 적용과 관련하여

  -질의1) 안양시 소재 본점과 공장을 ○○ 소재 건물 및 신공장으로 이전 후 구본사와 구공장을 타인에게 임대시 세액감면 가능 여부

  -질의2) 영업부서 직원이 수도권과밀억제권역(안양시)에 소재한 구본사 사무실을 계속 사용하는 경우 세액감면 가능 여부

  -질의3) 결손 발생 따라 세액감면의 이월적용 가능 여부 또는 감면과세연도의 임의 선택 가능 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제63조【수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면】

① 수도권과밀억제권역에서 2년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하는 중소기업(내국인만 해당한다)이 대통령령으로 정하는 바에 따라 수도권과밀억제권역 밖으로 그 공장시설을 전부 이전(본점이나 주사무소가 수도권과밀억제권역에 있는 경우에는 해당 본점이나 주사무소도 함께 이전하는 경우만 해당한다)하여 2020년 12월 31일까지 사업을 개시한 경우에는 이전 후의 공장에서 발생하는 소득에 대하여 이전일 이후 해당 공장에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 소득이 발생하지 아니한 경우에는 이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도 개시일부터 6년(「수도권정비계획법」 제6조제1항제2호의 성장관리권역, 같은 항 제3호의 자연보전권역, 수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 4년) 이내에 끝나는 과세연도에는 소득세 또는 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 그 다음 3년(「수도권정비계획법」 제6조제1항제2호의 성장관리권역, 같은 항 제3호의 자연보전권역, 수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 2년) 이내에 끝나는 과세연도에는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

② 제1항에 따라 감면을 적용받은 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

1. 공장을 이전하여 사업을 개시한 날부터 3년 이내에 그 사업을 폐업하거나 법인이 해산한 경우. 다만, 합병·분할 또는 분할합병으로 인한 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 공장을 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하여 사업을 개시한 경우에 해당하지 아니하는 경우

3. 제1항에 따라 감면을 받는 기간에 수도권과밀억제권역에 제1항에 따라 이전한 공장에서 생산하는 제품과 같은 제품을 생산하는 공장을 설치하거나 본사를 설치한 경우

③ 제1항에 따라 감면받은 소득세액 또는 법인세액을 제2항에 따라 납부하는 경우에는 제33조의2제4항의 이자 상당 가산액에 관한 규정을 준용한다.

④ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액감면신청을 하여야 한다.

⑤ 제1항을 적용받으려는 중소기업은 대통령령으로 정하는 분류를 기준으로 이전 전의 공장에서 영위하던 업종과 이전 후의 공장에서 영위하는 업종이 같아야 한다.

⑥ 제1항에 따라 감면을 적용받은 기업이 ⁠「중소기업기본법」에 따른 중소기업이 아닌 기업과 합병하는 등 대통령령으로 정하는 사유에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 해당 사유 발생일이 속하는 과세연도부터 감면하지 아니한다.

○ 조세특례제한법 제144조 【세액공제액의 이월공제】

① 제5조, 제7조의2, 제7조의4, 제8조의3, 제10조, 제11조, 제12조제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제13조의2, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의6까지, 제26조, 제29조의2부터 제29조의5까지, 제29조의7, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22, 제104조의25, 제122조의4제1항, 제126조의6, 제126조의7제8항 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년(제5조에 따라 공제할 세액을 중소기업이 설립일로부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 공제받지 못하는 경우는 7년, 제10조에 따라 공제할 세액을 중소기업이 설립일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 공제받지 못하는 경우는 10년) 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세[사업소득(제126조의6을 적용하는 경우에는 「소득세법」 제45조제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다.

② 각 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제할 금액으로서 제5조, 제7조의2, 제7조의4, 제10조, 제11조, 제12조제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의6까지, 제26조, 제29조의2부터 제29조의5까지, 제29조의7, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의25, 제122조의4제1항, 제126조의6, 제126조의7제8항 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 금액과 제1항에 따라 이월된 미공제 금액이 중복되는 경우에는 제1항에 따라 이월된 미공제 금액을 먼저 공제하고 그 이월된 미공제 금액 간에 중복되는 경우에는 먼저 발생한 것부터 차례대로 공제한다.

③ 제1항에도 불구하고 제26조제1항제2호 각 목 외의 부분 단서에 따라 해당 투자가 이루어진 과세연도에 공제받지 못한 금액과 제26조제6항에 따라 소득세 또는 법인세로 납부한 금액은 다음 각 호의 순서대로 계산한 금액을 더한 금액을 한도로 하여 해당 투자가 이루어진 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 이월공제받는 과세연도의 상시근로자 수는 제3호 각 목에 따른 상시근로자 수 중 큰 수를 초과하여야 한다.

1. 이월공제받는 과세연도에 최초로 근로계약을 체결한 상시근로자 중 산업수요맞춤형고등학교등의 졸업생 수 × 2천만원(중소기업의 경우는 2천500만원)

2. 이월공제받는 과세연도에 최초로 근로계약을 체결한 제1호 외의 상시근로자 중 청년근로자, 장애인근로자, 60세 이상인 근로자 수 × 1천500만원(중소기업의 경우는 2천만원)

3. ⁠(이월공제받는 과세연도의 상시근로자 수 - 제1호에 따른 졸업생 수 - 제2호에 따른 청년근로자, 장애인근로자, 60세 이상인 근로자 수 - 다음 각 목의 수 중 큰 수) × 1천만원(중소기업의 경우는 1천500만원)

가. 이월공제받는 과세연도의 직전 과세연도의 상시근로자 수

나. 이월공제받는 금액의 해당 투자가 이루어진 과세연도의 직전 과세연도의 상시근로자 수

다. 제26조제6항에 따라 상시근로자 수가 감소하여 소득세 또는 법인세를 납부한 경우 그 상시근로자 수가 감소한 과세연도(2개 과세연도 연속으로 상시근로자 수가 감소한 경우에는 두 번째 과세연도)의 상시근로자 수

④ 제1항에도 불구하고 제25조의5제2항제1호에 따라 소득세 또는 법인세로 납부한 금액은 해당 투자가 이루어진 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제하되, 이월공제받는 과세연도에 최초로 근로계약을 체결한 상시근로자수에 1천만원을 곱한 금액을 한도로 한다. 이 경우 이월공제받는 과세연도의 상시근로자 수는 제3항제3호 각 목을 준용하여 산정한 상시근로자 수 중 큰 수를 초과하여야 한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제60조【수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면】

① 법 제63조제1항의 규정에 의하여 세액을 감면받을 수 있는 경우는 수도권 과밀억제권역안에 소재하는 공장시설의 소유자가 그 공장시설을 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하기 위하여 조업을 중단한 날부터 소급하여 2년 이상 계속 조업(「대기환경보전법」, 「물환경보전법」 또는 ⁠「소음ㆍ진동관리법」에 의하여 배출시설이나 오염물질배출방지시설의 개선ㆍ이전 또는 조업정지명령을 받아 조업을 중단한 기간은 이를 조업한 것으로 본다)한 실적이 있는 공장을 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하여 사업을 개시한 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다.

1. 당해 공장을 수도권과밀억제권역 밖으로 이전한 후 이전일부터 1년 이내에 수도권 과밀억제권역안에 소재하는 구공장을 다른 사람에게 양도하거나 구공장에 남아있는 공장시설의 전부를 철거 또는 폐쇄하여 당해 공장시설에 의한 조업이 불가능한 상태에 있을 것

2. 수도권 과밀억제권역안에 소재하는 공장을 양도 또는 폐쇄한 날(공장의 대지ㆍ건물을 임차하여 자기공장 시설을 갖추고 있는 경우에는 공장이전을 위하여 조업을 중단한 날을 말한다. 이하 이 호에서 같다)부터 1년 이내에 수도권과밀억제권역 밖에서 사업을 개시할 것. 다만, 신공장을 신설하는 경우에는 구공장을 양도 또는 폐쇄한 날부터 3년 이내에 사업을 개시할 것

② 법 제63조제1항에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 다음 표에 따른 지역을 말한다.

③ 법 제63조제2항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액"이란 공장의 이전일 이후 법 제63조제1항의 규정에 의하여 감면받은 소득세액 또는 법인세액을 말한다. 이 경우 수도권과밀억제권역 밖으로 이전한 공장이 2 이상인 경우로서 법 제63조제2항제3호에 해당하는 때(본사를 설치한 때를 제외한다)에는 수도권 과밀억제권역안에 설치된 공장의 제품과 동일한 제품을 생산하는 공장의 이전으로 감면받은 분에 한한다.

④ 법 제63조제2항제2호에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 공장을 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하여 사업을 개시한 경우"란 제1항에서 정하는 바에 따라 공장을 이전하여 사업을 개시한 경우를 말한다.

⑤ 법 제63조제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서 및 감면세액계산서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

⑥ 법 제63조제5항에서 "대통령령으로 정하는 분류"란 한국표준산업분류상의 세분류를 말한다.

⑦ 법 제63조제6항에서 "「중소기업기본법」에 따른 중소기업이 아닌 기업과 합병하는 등 대통령령으로 정하는 사유"란 제2조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다.

4. 관련사례

○ 기획재정부 조세특례제도과-371, 2017.04.05.

「조세특례제한법」 제63조에 따른 세액감면은 수도권과밀억제권역에서 공장시설을 갖추고 2년 이상 계속하여 조업한 중소기업이 수도권과밀억제권역 밖으로 공장시설을 전부 이전한 후 이전일로부터 1년 이내에 구공장의 공장시설 전부를 철거 또는 폐쇄하여 당해 공장시설에 의한 조업이 불가능한 상태에 있는 구공장을 임대한 경우에도 적용하는 것입니다.

출처 : 국세청 2018. 02. 20. 서면-2017-법인-3079[법인세과-414] | 국세법령정보시스템