지방공사의 지방자치단체 업무 대행과 부가가치세 과세여부

요지

지방공사가 지방자치단체와 업무 대행 위탁계약을 체결하고 부가가치세가 과세되는 사업을 대행하는 경우 해당 대행 용역은 부가가치세가 과세되는 것임

답변내용

“「지방공기업법」제49조에 따라 설립된 지방공사”(이하“신청인”이라 함)가 지방자치단체와 부가가치세가 과세되는 업무의 대행 위탁계약을 체결하고 지방자치단체를 대신하여 해당 업무를 수행하는 것은「부가가치세법」제11조에 따른 용역의 공급에 해당하므로 신청인이 동 용역을 제공하고 받는 보조금 등의 대가는 부가가치세가 과세되는 것이며, 신청인은 용역의 제공이 완료되는 때를 공급시기로 하여 세금계산서를 발급하여야 하는 것입니다.
다만, 신청인이 지방자치단체가 지정한 사업자에게 전달하기 위해 수령하는 보조금은 부가가치세 과세대상에 해당하지 아니하는 것이며, 해당 용역의 제공이 부가가치세 과세대상에 해당하는지 여부는 계약내용 및 거래의 실질 등으로 판단하는 것입니다.

 ○ ⁠“☆☆☆☆공사”(이하 ⁠“신청인”이라 함)는「지방공기업법」제49조 및 ☆☆☆☆공사설치 조례에 의해 ◇◇◇◇시(이하 ⁠“◇◇시”라 함)에서 전액 출자하여 설립한 지방공사로

  - ◇◇시의 사업을 대행^*하기 위하여 ◇◇시와 신청인은「◇◇ 관광진흥사업 대행 위탁 계약서」(이하 ⁠“계약서”라 함)라는 위탁계약을 체결함

    * 신청인은 ◇◇시의 명의와 책임으로 업무를 대행함

 ○ 계약서에 따른 사업 및 운영에 필요한 비용은 ◇◇시가 부담하고 해당사업에서 발생한 수익도 전부 ◇◇시로 귀속되며

  - 신청인은 별도로 받는 대행수수료 없이 계약에 따른 단순한 운영․사무관리 대행의 역할만을 수행하고, 사업계획, 계약에 따른 권한 및 해석, 지도 및 감독은 전적으로 ◇◇시에 있음

 ○ 신청인이 추진하는 보조금 사업 및 대행위탁 사업의 형태별 분류

    * 사업추진 전과정을 ◇◇시가 지도, 감독, 통제, 조정하며 대행수수료는 없음

 ○ □□□□공사에서 지역 관광공사에 매년「2014 지역 MICE 유치 활성화」와「지역특화컨벤션 육성사업」보조금을 한국관광공사에서 결정하여 신청인에게 교부하나

  - 이는 국비 및 관광진흥개발기금 보조금으로써 해당 사업과 관련한 계약서 및 수수료는 없음

2. 질의내용

 ○ 신청인이 ◇◇시와 체결한 대행위탁 계약으로 인하여 지방자치단체로부터 받는 사업비(보조금)와 □□□□공사로부터 교부받는 보조금이 면세대상인지 여부

 ○ 대행계약의 제3자 교부금 교부시마다 ⁠“◇◇시 업무대행자 ☆☆☆☆공사 사장”이라는 표기를 하여야 면세 대상 보조금으로 인정받는지 여부

 ○ 부가가치세가 과세된다면 보조금에 대한 매출세금계산서 발행시기는 언제로 하여야 하는지

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제4조 【과세대상】

 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

  1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급

○ 부가가치세법 제11조 【용역의 공급】

 ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

  1. 역무를 제공하는 것

  2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

○ 부가가치세법 제12조 【용역 공급의 특례】

 ② 사업자가 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다. 다만, 사업자가 대통령령으로 정하는 특수관계인에게 사업용 부동산의 임대용역 등 대통령령으로 정하는 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 본다.

○ 부가가치세법 제26조 【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

 ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

  20. 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합 또는 대통령령으로 정하는 공익단체에 무상으로 공급하는 재화 또는 용역

 ② 제1항에 따라 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 통상적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 그 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다.

○ 부가가치세법 제16조 【용역의 공급시기】

 ① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

  1. 역무의 제공이 완료되는 때

  2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때

○ 부가가치세법 제32조 【세금계산서 등】

 ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

○ 부가가치세법 시행령 제69조 【위탁판매 등에 대한 세금계산서 발급】

 ① 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매의 경우 수탁자 또는 대리인이 재화를 인도할 때에는 법 제32조제6항에 따라 수탁자 또는 대리인이 위탁자 또는 본인의 명의로 세금계산서를 발급하며, 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 인도하는 때에는 위탁자 또는 본인이 세금계산서를 발급할 수 있다. 이 경우 수탁자 또는 대리인의 등록번호를 덧붙여 적어야 한다.

○ 조세특례제한법 제106조 【부가가치세의 면제 등】

 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다.

  6. 대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 조세특례제한법 시행령 제106조 【부가가치세면제 등】

 ⑦ 법 제106조제1항제6호에서 ⁠“대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

  21.「지방공기업법」제76조의 규정에 의하여 설립된 지방공단

○ 지방공기업법 제1조 【목적】 이 법은 지방자치단체가 직접 설치ㆍ경영하거나, 법인을 설립하여 경영하는 기업의 운영에 필요한 사항을 정하여 그 경영을 합리화함으로써 지방자치의 발전과 주민복리의 증진에 이바지함을 목적으로 한다.

○ 지방공기업법 제49조 【설립】

 ① 지방자치단체는 제2조에 따른 사업을 효율적으로 수행하기 위하여 필요한 경우에는 지방공사(이하 ⁠“공사”라 한다)를 설립할 수 있다. 이 경우 공사를 설립하기 전에 특별시장, 광역시장, 특별자치시장, 도지사 및 특별자치도지사(이하 ⁠“시ㆍ도지사”라 한다)는 안전행정부장관과, 시장ㆍ군수ㆍ구청장(자치구의 구청장을 말한다)은 관할 특별시장ㆍ광역시장 및 도지사와 협의하여야 한다.

 ② 지방자치단체는 공사를 설립하는 경우 그 설립, 업무 및 운영에 관한 기본적인 사항을 조례로 정하여야 한다.

 ③ 지방자치단체는 공사를 설립하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 주민복리 및 지역경제에 미치는 효과, 사업성 등 지방공기업으로서의 타당성을 미리 검토하고 그 결과를 공개하여야 한다.

○ 지방공기업법 제71조 【대행사업의 비용 부담】

 ① 공사는 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행할 수 있으며, 이 경우에 필요한 비용은 국가 또는 지방자치단체가 부담한다.

 ② 제1항에 따른 비용의 부담에 필요한 사항은 대통령령으로 정하는 사항을 제외하고는 조례로 정한다.

○ 지방공기업법 시행령 제63조 【대행업무의 비용부담등】

 ① 공사가 법 제71조제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행하고자 하는 때에는 위탁계약에 의한다.

 ② 공사가 법 제71조제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행하는 경우 국가 또는 지방자치단체가 부담하여야 할 경비의 범위는 다음과 같다.

  1. 사업실시에 따른 사업계획의 수립, 사전조사, 용역 등에 소요되는 경비

  2. 사업의 집행에 소요되는 시설비ㆍ인건비 및 부대경비

  3. 사업의 종료 후 결산이전 또는 시설물 등의 인계 이전까지의 사이에 시설물 등을 관리하는데 소요되는 경비

  4. 사업의 대행에 따른 대행수수료

  5. 기타 사업집행상 필수적으로 소요되는 경비

 ③ 법 제71조제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체가 비용을 부담하는 경우, 공사는 미리 자금집행계획을 수립하여 국가 또는 지방자치단체에 제출하여야 하며, 국가 또는 지방자치단체는 다른 자금에 앞서 이에 대한 자금을 우선적으로 지급하되, 그 지급시기를 조정하고자 하는 때에는 공사와 협의하여야 한다.

 ④ 공사가 그 대행사업을 종료한 때에는 지체없이 국가 또는 지방자치단체가 부담한 비용을 정산하여야 한다.

 ⑤ 공사는 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행함에 있어 특히 필요한 경우에는 지방자치단체의 장의 승인을 얻어 그 사업의 일부를 제3자로 하여금 시행하게 할 수 있다.

○ 법규부가2013-488, 2013.12.09

   공사가 지방자치단체와 체결한 관광진흥사업 대행 위탁계약에 따라 지방자치단체로부터 한복체험전시관 시설물 유지, 인건비 및 프로그램 운영 관련 예산을 지원받아(이하 ⁠“운영지원금”이라 함) 수탁업무인 한복체험전시관 운영을 위한 교육·해설 인력투입 및 전시기획 등을 진행하는 경우 해당 운영지원금은 공사가 지방자치단체에게 한복체험전시관 운영 대행 용역을 제공하고 받는 대가에 해당하므로「부가가치세법」제4조에 따른 과세대상에 해당하는 것임

○ 부가가치세과-55, 2013.01.18

   재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금・공공보조금은「부가가치세법」제13조제2항제4호에 따라 과세표준에 포함하지 아니하는 것이나, 재화・용역의 공급과 직접 관련된 경우에는 과세표준에 포함하는 것이며, 또한 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 매입세액은「부가가치세법」제17조제2항에서 규정하고 있는 불공제되는 매입세액을 제외하고는 자기의 매출세액에서 공제할 수 있는 것입니다.

   그러나, 귀 질의의 경우가 어디에 해당되는지 여부에 대해서는 해당 국고보조금 지급에 대한 근거 규정, 사업자・지방자치단체・거래상대방 간에 체결된 약정내용, 구체적 대금 지급방법 등 제반 사실관계를 종합적으로 고려하여 판단하여야 할 사항인 것입니다.

○ 부가가치세과-872, 2011.08.02

 「지방공기업법」에 따라 설립된 지방공사가 지방자치단체와 위·수탁 협약을 체결하고 부가가치세가 과세되는 사업을 같은 법 제71조제1항에 따라 대행하여 주면서 해당 지방공사의 명의로 세금계산서를 발급하거나 발급받는 경우, 해당 사업에 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 매입세액은 ⁠「부가가치세법」 제17조제1항제1호에 따라 수탁받은 과세사업의 매출세액에서 공제할 수 있는 것임

○ 부가가치세과-1674, 2010.12.16

 「지방공기업법」제76조 규정에 의하여 설립된 지방공단이 국가 또는 지방자치단체로부터 그 시설의 관리 및 운영에 관하여 위탁을 받아 국가 또는 지방자치단체의 명의와 계산으로 사업을 하는 경우 그 사업은 국가 또는 지방자치단체가 공급하는 것에 해당하여 ⁠「부가가치세법」제12조제1항제18호 및「부가가치세법 시행령」제38조의 규정이 적용되는 것이며,

 「조세특례제한법 시행령」제106조제7항제22호 및 「조세특례제한법 시행규칙」별표10(정부업무대행단체의 면세사업) 제22호의 규정에 의한 부가가치세 면제는「지방공기업법」제76조의 규정에 의하여 설립된 지방공단이 지방공기업법 제71조 제1항 및 제76조 제2항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행하는 경우에 한하는 것임.

출처 : 국세청 2014. 06. 25. 법규부가2014-163 | 국세법령정보시스템