요지
공단의 사업이 법령 개정으로 과세에서 면세전환 된 경우 전환일 이후 면세사업과 관련하여 취득한 재화‧용역의 매입세액은 공제하지 아니하는 것이나 해당 재화‧용역이 전환일 전의 과세사업에도 관련된 경우에는 공통매입세액으로서 안분계산 하는 것임
답변내용
한국어촌어항공단이 ｢어촌‧어항법｣ 제58조제1항에 따른 사업 중 국가 또는 지방자치단체의 업무를 대행하거나 위탁을 받아 수행하는 사업(어항구역 준설사업, ｢수산업법｣ 제45조제3항에 따른 연구어업 및 교습어업 제외)은 ｢조세특례제한법｣ 제106조제1항제6호 및 같은 법 시행령 제106조제7항제59호에 따라 2021.4.1. 이후 재화 또는 용역을 공급하는 분부터 부가가치세가 면제되며, 해당 면세사업과 관련하여 2021.4.1. 이후 공급받은 재화 또는 용역에 대한 매입세액은 ｢부가가치세법｣ 제39조제1항제7호에 따라 공제되지 아니하는 것이나, 해당 재화 또는 용역이 2021.4.1. 전 과세사업에도 관련되어 매입세액의 실지귀속을 구분할 수 없는 경우에는 같은 법 제40조에 따라 안분계산하는 것임
○ 신청공단은 ｢어촌‧어항법｣에 따라 어촌·어항의 개발 및 관리, 어장의 효율적인 보전 및 이용 등을 위해 국가가 설립한 비영리공공기관이며
- ’21.2.17. ｢조세특례제한법 시행령｣의 개정으로 신청공단이 정부업무대행단체에 지정됨에 따라 ’21.2월 지방자치단체(이하 “지자체”)로부터 위탁받은 본건 사업이 ’21.4.1.부터 면세 전환됨
○ 신청공단은 ’21.3.12. 본건 사업의 1차 선급금을 수취하여 지자체에 세금계산서를 발급하였고 질의일 현재 매입세액은 발생하지 아니함
2. 질의내용
○ 법령 개정으로 정부업무대행단체로 지정된 공단의 사업이 과세에서 면세 전환된 경우 전환 시행일 후 발생한 매입세액 공제 여부
3. 관련법령 및 관련사례
○ 부가가치세법 제11조【용역의 공급】
① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.
1. 역무를 제공하는 것
○ 부가가치세법 제16조【용역의 공급시기】
① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.
1. 역무의 제공이 완료되는 때
○ 부가가치세법 제17조【재화 및 용역의 공급시기의 특례】
① 사업자가 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 그 받은 대가에 대하여 제32조에 따른 세금계산서 또는 제36조에 따른 영수증을 발급하면 그 세금계산서 등을 발급하는 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.
○ 부가가치세법 제32조【세금계산서 등】
① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.
○ 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】
① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.
1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)
② 제1항제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.
○ 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】
① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액
○ 부가가치세법 제40조【공통매입세액의 안분】
사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.
○ 부가가치세법 시행령 제81조【공통매입세액 안분 계산】
① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다.
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면세사업등에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × |
면세공급가액 |
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총공급가액 |
④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.
1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율
2. 총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율
3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율
○ 조세특례제한법 제106조【부가가치세의 면제 등】
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다.
6. 대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것
○ 조세특례제한법 시행령 제106조【부가가치세 면제 등】
⑦ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.
59. ｢어촌‧어항법｣ 제57조에 따른 한국어촌어항공단
⑧ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 제7항 각호의 1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을 말한다.다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외하며, 제7호의 규정은 ｢부가가치세법 시행령｣ 제45조제1호에도 불구하고 적용한다.
1. 소매업‧음식점업‧숙박업‧욕탕업 및 예식장업
2. ｢부가가치세법 시행령｣ 제3조제2항에 규정된 사업
3. 부동산임대업
4. 골프장‧스키장 및 기타 운동시설 운영업
5. 수상오락서비스업
6. 유원지‧테마파크운영업
7. 주차장운영업 및 자동차견인업
○ 조세특례제한법 시행규칙 제48조【부가가치세의 면제등】
② 영 제106조제8항 각 호 외의 부분 본문에서 "기획재정부령이 정하는 사업"이라 함은 별표 10의 정부업무대행단체의 면세사업을 말한다.
○ 조세특례제한법 시행규칙 별표10 [정부업무대행단체의 면세사업]
○ 조세특례제한법 시행령 부칙
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제106조제7항제58호‧제59호 및 제115조제3항부터 제19항까지의 개정규정은 2021년 4월 1일부터 시행하고, 제104조의5제7항 및 제110조제1항의 개정규정은 2021년 7월 1일부터 시행하며, 제84조의 개정규정은 2023년 1월 1일부터 시행하고, 별표 6 제2호 아목의 개정규정은 2021년 6월 23일부터 시행한다.
제11조(정부업무대행단체가 공급하는 재화 또는 용역의 부가가치세 면제에 관한 적용례) 제106조제7항제58호 및 제59호의 개정규정은 2021년 4월 1일 이후 재화 또는 용역을 공급하는 분부터 적용한다.
○ 어촌‧어항법 제57조【한국어촌어항공단의 설립】
① 어촌‧어항의 개발 및 관리, 어장의 효율적인 보전 및 이용, 관련 기술의 개발‧연구, 관광 활성화 등을 효율적으로 수행하기 위하여 한국어촌어항공단(이하 "공단"이라 한다)를 설립한다.
○ 어촌‧어항법 제58조【공단의 사업】
① 공단은 제57조제1항에 따른 설립목적을 달성하기 위하여 다음의 사업을 수행한다.
1. 어촌‧어항 및 어장에 관한 조사‧연구 및 정보화
2. 어촌‧어항의 개발‧관리 및 이와 관련된 기술개발과 국제협력
3. 어촌 및 어항 관계자에 대한 교육‧훈련
4. 어촌종합개발사업 및 어항개발사업에 수반되는 조사‧측량‧설계‧감리 및 기술에 관한 용역업무 또는 시설물 안전점검‧유지‧보수 및 준설에 관한 위탁업무
5. 국가‧지방자치단체 또는 공공단체가 위탁하는 사업
6. 어촌‧어항 및 연안수역의 정화‧정비‧조사와 관련된 사업
7. 어촌‧어항과 관련된 도서의 발간‧보급 및 홍보
8. 어촌‧어항 및 어장과 관련된 관광자원의 개발‧관리 및 관광 활성화 사업
9. 그 밖에 공단의 목적달성을 위하여 필요한 사업
출처 :
국세청 2021. 05. 28. 사전-2021-법령해석부가-0683[법령해석과-1871] | 국세법령정보시스템
