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비영리법인 고유목적 사용 상가 처분소득 법인세 과세여부

사전-2021-법규법인-1039[법규과-1310]  ·  2022. 04. 25.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 비영리법인이 3년 이상 고유목적사업에 사용한 상가를 관리처분계획 인가 후 처분한 경우, 그 처분수입이 비영리법인의 과세소득에 해당하는지 궁금합니다.

S요약

비영리내국법인이 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용한 상가를 관리처분계획인가 후 처분하여 발생한 수입은 법인세가 과세되지 않는 것으로 판단됩니다. 단, 상가의 실제 고유목적사업 직접 사용여부는 사실판단이 필요하며, 매각대금을 6개월 이상 정기예금으로 예치할 경우 이는 직접 공익목적사업 사용 실적에 포함됩니다.
#비영리법인 #상가 처분 #고유목적사업 #3년 요건 #법인세 비과세 #공익법인
핵심 정리

R회신 내용 사전-2021-법규법인-1039[법규과-1310]  ·  2022. 04. 25.

  • 국세청 사전-2021-법규법인-1039[법규과-1310](2022-04-25) 회신에 따름.
  • 비영리내국법인이 3년 이상 계속하여 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 상가를 관리처분계획 인가 후 처분해 수입이 발생한 경우, 그 수입은 법인세법 제4조제3항제5호 및 시행령 제3조제2항에 의해 법인세가 과세되지 않는 것으로 보입니다.
  • 상가의 실제 고유목적사업에 직접 사용 여부는 개별 사실판단이 필요한 점을 유념해야 합니다.
  • 공익법인이 출연받은 재산을 매각하고 매각대금을 운용기간 6개월 이상인 정기예금으로 예치하면, 이는 직접 공익목적사업에 사용한 실적에 해당합니다.
  • 관련 법령에 근거해, 매각대금의 활용방식 및 기간도 추가적으로 준수해야 할 필요가 있습니다.

L관련 법령 해석

  • 법인세법 제4조제3항제5호: 고유목적사업에 직접 사용한 자산 처분 수입은 대통령령이 정하는 경우 법인세 과세소득에서 제외
  • 법인세법 시행령 제3조제2항: 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용한 자산 처분 수입은 법인세 과세소득에서 제외
  • 상속세 및 증여세법 제48조제2항: 공익법인 출연재산의 매각대금의 직접 공익목적사업 사용 관련 규정
  • 상속세 및 증여세법 시행령 제38조제4항: 매각대금의 직접 공익목적사업 사용 실적 및 기준에 대한 구체적 규정
  • 상속세 및 증여세법 시행규칙 제11조의2: 일시 취득 재산의 운용기간 기준(6개월 미만)
사례 Q&A
1. 비영리법인이 3년 이상 사용한 상가 처분시 법인세 과세 여부는?
답변
3년 이상 고유목적사업에 직접 사용한 상가를 관리처분계획인가 후 처분하면 법인세가 과세되지 않는 것으로 보입니다.
근거
법인세법 제4조제3항제5호 및 시행령 제3조제2항에서 해당 처분수입은 과세소득에 해당하지 않는다고 규정합니다.
2. 공익법인 매각대금 정기예금 예치 시 공익목적 사용 실적 인정되나요?
답변
운용기간 6개월 이상 정기예금으로 매각대금을 예치하면 직접 공익목적사업 사용 실적으로 포함됩니다.
근거
상속세 및 증여세법 시행령 제38조제4항, 시행규칙 제11조의2에 따라 6개월 이상 정기예금은 인정됩니다.
3. 비영리법인 상가 실제 고유목적 사용 판단 기준은?
답변
상가가 실제로 고유목적사업에 직접 사용되었는지는 개별 사실판단 사항이라고 보입니다.
근거
국세청 답변 및 관련 규정에 따라, 실제 사용여부는 구체적 사실관계에 따라 결정됩니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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요지

영리내국법인이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하던 상가를 처분하여 수입이 발생한 경우로서 그 상가가 처분 전 관리처분계획인가로 상가에 대한 조합원입주권으로 전환된 경우 해당 처분으로 발생하는 수입은 법인세가 과세되지 않음

답변내용

1. 귀 사전답변 신청의 사실관계와 같이, 비영리내국법인이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하던 상가를 처분하여 수입이 발생한 경우로서
그 상가가 처분 전 관리처분계획인가로 상가에 대한 조합원입주권으로 전환된 경우
해당 처분으로 발생하는 수입은 「법인세법」 제4조제3항제5호 및 같은 법 시행령 제3조제2항에 따라 각 사업연도 소득에 대한 법인세가 과세되지 않는 것이나,
그 상가가 처분일 현재까지 실제 해당 교회의 고유목적사업에 직접 사용되었는지 여부는 사실판단할 사항입니다.
2. 공익법인등이 출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금을 운용기간이 6개월 이상인 정기예금으로 예치한 경우에는 「상속세 및 증여세법」 제48조제2항제4호 및 같은 법 시행령 제38조제4항에 따른 그 매각대금을 직접 공익목적사업에 사용한 실적에 포함하는 것입니다.

1. 사실관계

 ○’05년 6월 A재단은 00구 00동 상가(이하 ⁠“쟁점상가”)를 출연받아 고유목적사업(종교시설)에 사용함

 ○’18년 12월 쟁점상가의 관리처분계획인가

 ○’21년 6월 쟁점상가 매각

  -쟁점상가는 매각 전까지 고유목적사업(종교시설)에 사용됨

 ○A재단은 쟁점상가의 매각 대금을 운용기간이 6개월 이상인 정기예금으로 예치함

2. 질의내용

 ○(질의1) 비영리법인이 고유목적사업에 사용하던 상가를 처분하여 수입이 발생한 경우로서

  -해당 상가가 관리처분계획의 인가를 받은 후에 처분된 경우 그 처분수입이 비영리법인의 과세소득에 해당하는지 여부

 ○(질의2) 공익법인이 출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금을 정기예금으로 운용하는 것이 직접 공익목적사업에 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부

3. 관련법령

 ○ 법인세법 제4조【과세소득의 범위】

  ① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

   1.각 사업연도의 소득

   2.청산소득(淸算所得)

   3.제55조의2에 따른 토지등 양도소득

    (중략)

  ③제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

   5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

법인세법 시행령 제3조【수익사업의 범위】

  ② 법 제4조제3항제5호 단서에서 "대통령령으로 정하는 수입"이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일(「국가균형발전 특별법」 제18조에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다. 이 경우 해당 자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 보며, 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산한다.

 ○ 상속세 및 증여세법 제48조 【공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등】

  ① 공익법인등이 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 아니한다.

     (이하 생략)

  ② 세무서장등은 제1항 및 제16조제1항에 따라 재산을 출연받은 공익법인등이 다음 제1호부터 제4호까지, 제6호 및 제8호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 날에 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제5호 및 제7호에 해당하는 경우에는 제78조제9항에 따른 가산세를 부과한다. 다만, 불특정 다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액을 산정하기 어려운 재산으로서 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다.

   1. 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등(직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)의 용도 외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하거나 3년 이후 직접 공익목적사업 등에 계속하여 사용하지 아니하는 경우. ⁠(단서 생략)

   2. 출연받은 재산(그 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우 및 그 운용소득이 있는 경우를 포함한다. 이하 이 호 및 제3항에서 같다) 및 출연받은 재산의 매각대금(매각대금에 의하여 증가한 재산을 포함하며 대통령령으로 정하는 공과금 등에 지출한 금액은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)을 내국법인의 주식등을 취득하는 데 사용하는 경우로서 그 취득하는 주식등과 다음 각 목의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수등의 제16조제2항제2호에 따른 비율을 초과하는 경우. 다만, 제16조제3항제1호 또는 제3호에 해당하는 경우(이 경우 "출연"은 "취득"으로 본다)와 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단이 주식등을 취득하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 경우는 제외한다.

   3. 출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우로서 그 운용소득을 직접 공익목적사업 외에 사용한 경우

   4. 출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금을 매각한 날부터 3년이 지난 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 사용하지 아니한 경우

   5. 제3호에 따른 운용소득을 대통령령으로 정하는 기준금액에 미달하게 사용하거나 제4호에 따른 매각대금을 매각한 날부터 3년 동안 대통령령으로 정하는 기준금액에 미달하게 사용한 경우

 ○ 상속세 및 증여세법 제78조 【가산세 등】

  ⑨ 세무서장등은 공익법인등이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 각 호의 구분에 따른 금액에 100분의 10에 상당하는 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 공익법인등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다. 이 경우 제1호와 제3호에 동시에 해당하는 경우에는 더 큰 금액으로 한다.

   1. 제48조제2항제5호에 따라 운용소득을 대통령령으로 정하는 기준금액에 미달하여 사용한 경우: 운용소득 중 사용하지 아니한 금액

   2. 제48조제2항제5호에 따라 매각대금을 대통령령으로 정하는 기준금액에 미달하여 사용한 경우: 매각대금 중 사용하지 아니한 금액

 ○ 상속세 및 증여세법 시행령 제38조 【공익법인등이 출연받은 재산의 사후관리】

  ④ 법 제48조제2항제4호에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 사용하지 아니한 경우"란 매각한 날이 속하는 과세기간 또는 사업연도의 종료일부터 3년 이내에 매각대금 중 직접 공익목적사업에 사용한 실적(매각대금으로 직접 공익목적사업용, 수익용 또는 수익사업용 재산을 취득한 경우를 포함하며, 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제31조에 따른 공시대상기업집단에 속하는 법인과 같은 법 시행령 제4조제1호에 따른 동일인 관련자의 관계에 있는 공익법인등이 매각대금으로 해당 기업집단에 속하는 법인의 의결권 있는 주식등을 취득한 경우는 제외한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)이 매각대금의 100분의 90에 미달하는 경우를 말한다. 이 경우 해당 매각대금 중 직접 공익목적사업용, 수익용 또는 수익사업용 재산(공익목적사업용, 수익용 또는 수익사업용 재산을 취득하기 전에 일시 취득한 재산을 제외한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)을 취득한 가액이 매각대금의 사용기준에 상당하는 금액에 미달하는 경우에는 그 차액에 대하여 이를 적용 한다.

  ⑦ 법 제48조제2항제5호에서 "매각대금을 매각한 날부터 3년 동안 대통령령으로 정하는 기준금액에 미달하게 사용한 경우"란 매각대금 중 직접 공익목적사업에 사용한 실적이 매각한 날이 속하는 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 1년 이내에 매각대금의 100분의 30, 2년 이내에 매각대금의 100분의 60에 미달하게 사용한 경우를 말한다. 이 경우 해당 매각대금 중 직접 공익목적사업용 또는 수익사업용 재산을 취득한 가액이 매 연도별 매각대금의 사용기준에 상당하는 금액에 미달하는 경우에는 그 차액에 대하여 이를 적용한다.

 ○ 상속세 및 증여세법 시행규칙 제11조의2 【직접 고유목적사업에의 사용 등】

  영 제38조제4항 후단에 따른 일시 취득한 재산은 매각대금으로 취득한 수익용 또는 수익사업용 재산으로서 그 운용기간이 6월 미만인 재산으로 한다.

출처 : 국세청 2022. 04. 25. 사전-2021-법규법인-1039[법규과-1310] | 국세법령정보시스템