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농업회사법인 현물출자 양도세 감면 후 출자지분 양도시 추징

서면-2019-부동산-0612[부동산납세과-750]  ·  2019. 07. 23.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 농업회사법인에 현물출자하여 양도소득세 감면을 받은 자가, 출자지분을 출자일부터 3년 이내에 다른 사람에게 양도할 경우 감면받은 세액이 추징되는지 궁금합니다.

S요약

농업회사법인에 농지 등을 현물출자하여 양도소득세 감면을 받은 경우, 해당 출자지분출자일부터 3년 이내에 다른 사람에게 양도하면 감면받은 세액이 추징될 수 있음이 명확히 안내됩니다.
#양도소득세 감면 #농업회사법인 #현물출자 #출자지분 양도 #3년 내 추징 #조세특례제한법
핵심 정리

R회신 내용 서면-2019-부동산-0612[부동산납세과-750]  ·  2019. 07. 23.

  • 국세청 서면-2019-부동산-0612[부동산납세과-750](2019.07.23) 회신을 근거로 답변드립니다.
  • 조세특례제한법 제68조 제2항에 따라 농업회사법인에 현물출자하면서 양도소득세 감면을 받은 자가, 그 출자지분을 출자일부터 3년 이내다른 사람에게 양도하면 감면받은 세액이 추징되는 것으로 보입니다.
  • 관련법 조항에서 감면 취지 보호를 위해 일정기간 출자지분 양도 제한을 두고, 위반 시 추징 규정을 명시하고 있습니다.
  • 실제 현물출자 일자에 따라 3년 기산점을 판단하므로, 각 현물출자 건별로 3년 내 양도 여부를 확인해야 합니다.
  • 국세청은 위 기준에 따라 세액 추징 여부를 엄격히 적용함을 안내하였습니다.

L관련 법령 해석

  • 조세특례제한법 제68조 제2항: 농업회사법인에 농지·초지를 현물출자하면 양도소득세 100% 감면
  • 조세특례제한법 제66조 제5항: 감면받은 자가 출자일부터 3년 이내 출자지분을 양도하면 양도소득세 추징
  • 조세특례제한법 제68조 제6항: 양도소득세 감면 관련 준용 규정 및 세액 추징 사유
사례 Q&A
1. 농업회사법인 현물출자 후 양도소득세 감면받은 지분을 3년 이내 양도하면 세금이 추징되나요?
답변
네, 3년 이내에 출자지분을 양도할 경우 감면받았던 양도소득세 전액을 추징당할 수 있다고 판단됩니다.
근거
조세특례제한법 제66조 제5항 및 국세청 서면-2019-부동산-0612 회신에서 3년 이내 양도의 경우 감면세액 추징을 명시함
2. 농업회사법인 현물출자 각각에 대해 3년 계산은 어떻게 적용되나요?
답변
현물출자 일자별로 3년 기준을 별도로 산정하는 것이 원칙으로 보입니다.
근거
국세청 유권해석에 따르면 출자 건별로 출자일부터 3년을 산정해 양도 여부를 판단함
3. 3년 이내 양도해도 예외적으로 추징되지 않는 상황이 있나요?
답변
일부 대통령령으로 정하는 예외 사유가 있을 수 있으나, 별도 사유가 없으면 일반적으로 추징이 적용됩니다.
근거
조세특례제한법 제66조 제5항 단서에 예외 사유가 대통령령으로 위임되어 있으나, 특수 사유 없는 경우 추징됨

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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유권해석 전문

요지

「조세특례제한법」제68조제2항에 따라 양도소득세를 감면받은 자가 그 출자지분을 출자일부터 3년 이내에 다른 사람에게 양도하는 경우 감면받은 세액을 추징하는 것입니다

회신


 ⁠「조세특례제한법」제68조제2항에 따라 양도소득세를 감면받은 자가 그 출자지분을 출자일부터 3년 이내에 다른 사람에게 양도하는 경우 감면받은 세액을 추징하는 것입니다

※ 관련참고자료

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

  -2016.11.30. 甲은 ⁠“경기도 ○○시 ○○동” A토지를 농업회사 乙법인에 현물출자하여 양도소득세 감면 받음

  -2017.02.01. 및 2018.11.15. ⁠“경기도 ○○시 ○○동” B, C토지를 각각 농업회사 乙법인에 현물출자하여 양도소득세 추가 감면 받음.

○ 질의내용

甲이 B법인에 대한 출자지분을 출자일로부터 3년 이내에 다른 사람에게 양도하는 경우, 출자일을 언제로 보는 것인지 2016.11.30. 또는 2018.11.15. 일인지

가. 관련 조세 법령 ⁠(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)
조세특례제한법 제68조【농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등】

① ⁠「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 농업회사법인(이하 "농업회사법인"이라 한다)에 대해서는 2021년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 식량작물재배업소득 전액과 식량작물재배업소득 외의 작물재배업에서 발생하는 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제하고, 작물재배업에서 발생하는 소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에 대해서는 최초로 해당 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 소득에 대한 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

② 대통령령으로 정하는 농업인이 2021년 12월 31일 이전에 농지 또는 초지를 농업회사법인(「농지법」에 따른 농업법인의 요건을 갖춘 경우만 해당한다)에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 농지 또는 초지가 주거지역등에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 또는 초지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

③ 대통령령으로 정하는 농업인이 2021년 12월 31일 이전에 농업회사법인에 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」 제3조제1호에 따른 농작물재배업ㆍ축산업 및 임업에 직접 사용되는 부동산(제2항에 따른 농지 및 초지는 제외한다)을 현물출자하는 경우에는 이월과세를 적용받을 수 있다. 이 경우 제66조제9항 및 제10항을 준용한다.

④ 농업회사법인에 출자한 거주자가 2021년 12월 31일까지 받는 배당소득 중 식량작물재배업소득에서 발생한 배당소득 전액에 대해서는 소득세를 면제하고, 식량작물재배업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에서 발생한 배당소득은 ⁠「소득세법」 제14조제2항에 따른 종합소득과세표준에 합산하지 아니한다. 이 경우 식량작물재배업소득에서 발생한 배당소득과 식량작물재배업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에서 발생한 배당소득의 계산은 대통령령으로 정하는 바에 따른다.

⑤ 제1항ㆍ제3항 및 제4항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다.

⑥ 제2항 본문 및 단서에 따른 양도소득세의 감면에 관하여는 제66조제5항, 제6항 및 제8항을 준용한다.

조세특례제한법 제66조【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】

  (이전생략)

  ⑤ 제4항에 따라 양도소득세를 감면받은 자가 그 출자지분을 출자일부터 3년 이내에 다른 사람에게 양도하는 경우에는 그 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 양도소득세로 납부하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

  (이하생략)

출처 : 국세청 2019. 07. 23. 서면-2019-부동산-0612[부동산납세과-750] | 국세법령정보시스템