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기술혁신형 중소기업 무증자합병 시 세액공제 사후관리 쟁점

서면-2017-법령해석법인-3363[법령해석과-2989]  ·  2018. 11. 12.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 내국법인이 기술혁신형 중소기업 주식 전부를 취득해 세액공제를 받은 후 사후관리기간 중 무증자 흡수합병을 실시한 경우, 지분비율이 감소한 것으로 보아 사후관리 위반에 해당하는지요?

S요약

내국법인이 기술혁신형 중소기업의 주식 전부를 취득하여 세액공제를 받은 후, 사후관리기간 내 해당 중소기업을 무증자 흡수합병한 경우에는 지분비율 감소로 보지 않아 세액 추징 사유에 해당하지 않는 것으로 국세청이 회신하였습니다.
#기술혁신형 #중소기업 #무증자합병 #세액공제 #사후관리 #지분비율
핵심 정리

R회신 내용 서면-2017-법령해석법인-3363[법령해석과-2989]  ·  2018. 11. 12.

  • 회신 주체·출처: 국세청 서면-2017-법령해석법인-3363[법령해석과-2989], 2018-11-12
  • 내국법인이 기술혁신형 중소기업의 주식 전부를 취득하고 세액공제를 받은 경우, 사후관리기간 내에 해당 중소기업을 무증자 흡수합병한 것지분비율 감소에 해당하지 않는다는 해석이 제시되었습니다.
  • 조세특례제한법 제12조의4 제2항 제3호에 따라, 합병 등으로 인한 무증자 흡수 합병은 지분감소로 보지 않는 것으로 안내하고 있습니다.
  • 따라서, 인수법인이 세액공제를 받은 후 사후관리기한 내 같은 중소기업을 무증자 흡수합병했다 해도 세액 추징 또는 감면 취소 사유에 해당하지 않는 것으로 판단됨을 명확히 하였습니다.
  • 본 유권해석에 따라, 인수법인이 무증자 흡수합병을 한 경우 세액공제 사후관리 위반이 되지 않으므로 합병 절차 진행에 참고해야 함을 강조하고 있습니다.

L관련 법령 해석

  • 조세특례제한법 제12조의4(2016.12.20. 개정 전): 기술혁신형 중소기업 주식취득 시 세액공제 요건, 사후관리 의무 및 감면 추징 사유 규정
  • 조세특례제한법 제12조의4 제2항 제3호: 사후관리기간 동안 인수법인의 지분비율 감소 시 세액 추징하되, 대통령령 예외 인정
  • 조세특례제한법 시행령 제11조의4: 기술혁신형 주식취득 절차, 피인수기업 및 최초 취득일 기준 명시
  • 조세특례제한법 시행령 제11조의4 제2항: 대통령령이 정하는 기술혁신형 중소기업의 범위, 벤처기업 확인 요건 등
  • 조세특례제한법 시행령 제11조의4 제9항: 사후관리기간 산정방식 및 지분비율 감소 예외사유 명시
사례 Q&A
1. 기술혁신형 중소기업 무증자 흡수합병 시 세액공제 추징 여부는?
답변
무증자 흡수합병은 지분비율 감소로 보지 않으므로 세액공제 추징 사유가 발생하지 않습니다.
근거
국세청 유권해석과 조세특례제한법 제12조의4 제2항 제3호 등에 따르면 사후관리기간 내 무증자 흡수합병은 지분감소로 간주하지 않습니다.
2. 기술혁신형 주식취득 사후관리기간 내 합병이 세액공제에 영향을 미치나요?
답변
무증자 흡수합병은 지분비율 감소에 해당하지 않아 세액공제에 영향을 미치지 않습니다.
근거
조세특례제한법 시행령 및 국세청 해석에 근거하여, 사후관리 위반에 해당하지 않습니다.
3. 기술혁신형 중소기업 100% 주식 취득 후 무증자합병 시 주의사항은?
답변
세액공제 사후관리기간 내 무증자 흡수합병을 하더라도 세액 추징 위험이 없습니다.
근거
국세청 회신 및 관련 조세특례제한법령에서 명확히 예외로 인정함을 확인할 수 있습니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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유권해석 전문

요지

내국법인이 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제를 적용 받은 후 사후관리기간 중 해당 기술혁신형 중소기업을 무증자 흡수합병하는 경우에는 지분감소로 보지 않음

회신

내국법인이 「조세특례제한법 시행령」제11조의4제2항에 따른 기술혁신형 중소기업의 주식 전부를 취득하고 「조세특례제한법 」(2016.12.20. 법률 제14390호로 개정되기 전의 것) 제12조의4제1항 각 호의 요건을 모두 갖추어 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제를 적용받게 되는 경우
사후관리기간 중 해당 기술혁신형 중소기업을 무증자 흡수합병한 것은 같은 법 제12조의4제2항제3호에 따른 지분비율이 감소한 경우에 해당하지 않는 것입니다.

1. 사실관계

○질의법인(이하 ⁠“인수법인”)은 ’16.7월 피인수법인의 발행주식 전부를 특수관계없는 1인 주주(이하 ⁠“매도인”)으로부터 취득하면서 그 대가로 일시에 현금을 지급하고 피인수법인을 완전자회사로 두게 되었음

  -주식 취득계약 당시 쌍방은 ’16.12.31.까지 합병을 완료하지 않기로 약정한 후

  -’16.11.22. 인수법인은 피인수법인과 ’17.1.2.을 합병기일로 하는 무증자 흡수합병계약을 체결하고 ’17.1.6. 합병등기하였음

 ○피인수법인은 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조에 따라 벤처기업으로 확인(유효기간 ’14.11.12.~’16.11.11.)받은 기술혁신형 중소기업에 해당함

2. 질의내용

○내국법인이 중소기업의 발행주식 100%를 취득하여 ⁠‘기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제’를 적용받게 되는 경우에

 -사후관리기간 중 해당 중소기업을 무증자 흡수합병한 것을 ⁠‘취득 당시보다 지분비율이 감소한 것으로 보아야 하는지’ 여부

3. 관련법령 및 관련사례

조세특례제한법 제12조의4【기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제】

   (2016.12.20. 법률 제14390호로 개정되기 전의 것)

 ①내국법인(이하 이 조에서 ⁠“인수법인”이라 한다)이 2018년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업(이하 이 조에서 ⁠“피인수법인”이라 한다)의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 ⁠“주식 등”이라 한다)을 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 취득(대통령령으로 정하는 특수관계인으로부터 취득한 경우는 제외한다)하는 경우 매입가액 중 대통령령으로 정하는 기술가치 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제한다

  1.인수법인이 피인수법인의 주식 등을 최초 취득한 날(이하 이 조에서 ⁠“취득일”이라 한다) 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 취득일 것

  2.인수법인이 취득일에 취득한 주식 등이 취득일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50(피인수법인이 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인에 해당하며, 인수법인이 피인수법인의 최대출자자로서 피인수법인의 경영권을 실질적으로 지배하는 경우는 100분의 30)을 초과하고 인수법인이 해당 주식 등을 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

  3.인수법인이 취득일에 취득한 주식 등의 매입가액이 가목의 금액에 나목의 비율을 곱한 금액의 이상일 것

   가.취득일 현재 피인수법인의 순자산시가의 100분의 130

   나.취득일에 취득한 주식 등이 취득일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액에서 차지하는 비율(이하 이 조에서 ⁠“지분비율”이라 한다)

  4.피인수법인의 주주 또는 출자자(이하 이 조에서 ⁠“주주등”이라 한다)가 주식 등을 매각하고 받은 대가의 총 합계액 중 주식 또는 출자지분의 가액이 100분의 20미만인 경우로서 대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주등이 그 주식 또는 출자지분을 배정받지 아니하고 취득일부터 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주 등에 해당하지 아니할 것

  5.피인수법인이 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 종전에 영위하던 사업을 계속할 것

 ②제1항에 따라 법인세를 공제받은 내국법인이 5년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 과세표준 신고를 할 때 제1항에 따라 공제받은 세액에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 더한 금액을 법인세로 납부하여야 한다.

  1.대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주 등이 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주 등에 해당하는 경우

  2.피인수법인이 종전에 영위하던 사업을 폐지하는 경우

  3.각 사업연도 종료일 현재 인수법인의 피인수법인 지분비율이 취득일 현재의 지분비율보다 낮아지는 경우

    다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사유로 지분비율이 낮아지는 경우는 제외한다.

   가.「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의3 또는 「상법」 제340조의2에 따른 주식매수선택권을 행사하는 경우

   나.「근로복지기본법」에 따른 우리사주조합원이 우리사주를 취득하는 경우

   다.제13조제1항제1호에 따른 중소기업창업투자회사, 같은 항 제2호에 따른 신기술사업금융업자, 같은 항 제3호에 따른 창투조합 등이 출자하는 경우(타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입하는 경우는 제외한다)

조세특례제한법 시행령 제11조의4【기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제】(2017.2.7. 대통령령 제27848호로 개정되기 전의 것)

 ①법 제12조의4제1항제1호에 따른 최초 취득한 날(이하 이 조에서 ⁠“취득일”이라 한다)은 인수법인이 피인수법인의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 ⁠“주식등”이라 한다)을 취득한 날부터 직전 2년 이내의 기간 동안 그 주식등을 보유한 사실이 없는 경우로 한다.

    다만, 인수법인이 「법인세법 시행령」 제50조제2항에 따른 소액주주등에 해당하는 기간은 주식등을 보유한 것으로 보지 아니한다.

 ②법 제12조의4제1항 각 호의 부분에서 ⁠“대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 중소기업을 말한다.

  1.취득일까지 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업

 ⑨법 제12조의4제2항 각 호 외의 부분에서 ⁠“대통령령으로 정하는 기간”이란 취득일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 2년을 말한다.

    다만, 법 제12조의4제2항제3호의 경우는 취득일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 4년으로 한다.

출처 : 국세청 2018. 11. 12. 서면-2017-법령해석법인-3363[법령해석과-2989] | 국세법령정보시스템