고가주택 겸용주택 양도 시 장기보유특별공제 적용범위

요지

4주택을 보유하던 1세대가 2021.1.1. 이후 3주택을 순차적으로 처분하고, 보유기간(해당 겸용주택의 취득일부터 양도일까지 기간) 중 2년 이상 거주한 해당 고가 겸용주택(D주택)을 2022.1.1. 이후 양도하는 경우 장기보유특별공제율은 주택 부분에 해당하는 건물 및 부수토지에 한정하여 소득법§95② 표2의 공제율을 적용하는 것임

답변내용

귀 사전답변 신청의 사실관계와 같이, 4주택(A, B, C, D주택)을 보유하던 1세대가 2021.1.1. 이후 3주택(A, B, C주택)을 증여, 건물 멸실 후 토지 양도, 양도에 의해 순차적으로 처분하고 양도일 현재 국내에 고가 겸용주택 1채(D주택)를 보유한 경우로서, 보유기간(해당 겸용주택의 취득일부터 양도일까지 기간) 중 2년 이상 거주한 해당 겸용주택(D주택)을 2022.1.1. 이후 양도하는 경우 장기보유특별공제율은 주택 외의 부분(상가)을 제외한 주택 부분에 해당하는 건물 및 부수토지에 한정하여 ｢소득세법｣ 제95조제2항 표2의 공제율을 적용하는 것입니다.

1. 사실관계

 ○1995.02.**. □□광역시 △구 ◎◎동 ***-* 소재 주택 및 상가 겸용주택(이하 ⁠“A주택”) 취득, 2021.05.**. 증여

 ○2020.01.**. □□광역시 △구 ◎◎동 **-* 소재 단독주택(이하 ⁠“B주택”) 취득, 2021.09.**. 건물멸실, 2021.10.**. 토지 상태에서 양도

 ○ 2014.03.**. □□광역시 △구 ☆☆동 *** ABCD1단지 아파트 ***동 ****호(이하 ⁠“C주택”) 취득, 2022.03.24. 양도(실제 잔금지급일)

  - 2018.**.**. 단기민간임대아파트 등록 후 양도일까지 임대

 ○ 2006.05.**. □□광역시 △구 ◎◎동 **-** 소재 주택 및 상가 겸용주택(2층, 이하“D주택”) 취득, 2022.03.25. 양도(실제 잔금지급일)

  - 주택연면적 : 234.**㎡, 상가연면적 : 201.**㎡, 부속주차장 : **㎡, 대지면적 : 340.**㎡

  - 단기민간임대 다가구주택(매입) : 2018.**.**. 구청 임대주택 등록및 세무서 사업자 등록 후 양도일까지 임대하다 매매

  - 거주기간 : 2006.10.**. 전입하여 양도일 2022.03.25.까지 거주함

2. 질의내용

 ○4주택을 보유한 1세대가 나머지 주택(A, B, C주택)을 모두 처분하고 고가 겸용주택 1채를 보유한 경우로서, 해당 겸용주택(D주택) 양도에 대해 장기보유특별공제 적용 시

  - 주택 외의 부분(상가)을 제외한 주택 부분에 대해 ｢소득세법｣ 제95조제2항에 따른 표2의 장기보유특별공제율을 적용할 수 있는지 여부

3. 관련법령

○ 소득세법 제89조【비과세 양도소득】

 ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

  1. 파산선고에 의한 처분으로 발생하는 소득

  2. 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합(分合)으로 발생하는 소득

  3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

  가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

  나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

○ 소득세법 제95조【양도소득금액】

 ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총소득금액(이하 ⁠“양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 ⁠“양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

 ② 제1항에서 ⁠“장기보유 특별공제액”이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제10조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 ｢도시 및 주거환경정비법｣ 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 ｢빈집 및 소규모주택정비에 관한 특례법｣ 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.

  표1

   표2

 ③ 제89조제1항제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

 ④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(기산)하고, 같은 조 제4항제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다.

 ⑤ 양도소득금액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 소득세법 시행령 제154조【1세대1주택의 범위】

① 법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 ｢주택법｣ 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

    (각호 생략)

 ③ 법 제89조제1항제3호를 적용할 때 하나의 건물이 주택과 주택외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택 외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 본다. 다만, 주택의 연면적이 주택 외의 부분의 연면적보다 적거나 같을 때에는 주택외의 부분은 주택으로 보지 아니한다.

 ④ 제3항 단서의 경우에 주택에 딸린 토지는 전체 토지면적에 주택의 연면적이 건물의 연면적에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한다.

 ⑤ 제1항에 따른 보유기간의 계산은 법 제95조제4항에 따른다. 다만, 2주택 이상(제155조, 제155조의2 및 제156조의2 및 제156조의3에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분[양도, 증여 및 용도변경(｢건축법｣ 제19조에 따른 용도변경을 말하며, 주거용으로 사용하던 오피스텔을 업무용 건물로 사실상 용도변경하는 경우를 포함한다)하는 경우를 말한다. 이하 이 항에서 같다]한 후 신규주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다)을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다.

○소득세법 시행령 제155조【1세대 1주택의 특례】

 ⑮ 제154조제1항을 적용할 때 ｢건축법 시행령｣ 별표 1 제1호다목에 해당하는 다가구주택은 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 본다. 다만, 해당 다가구주택을 구획된 부분별로 양도하지 아니하고 하나의 매매단위로 하여 양도하는 경우에는 그 전체를 하나의 주택으로 본다.

○소득세법 시행령 제159조의4【장기보유특별공제】

  법 제95조제2항 표 외의 부분 단서에서 ⁠“대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택(제155조․제155조의2․제156조의2․제156조의3 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다. 이 경우 해당 1주택이 제155조제3항 각 호외의 부분 본문에 따른 공동상속주택인 경우 거주기간은 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 따라 공동상속주택을 소유한 것으로 보는 사람이 거주한 기간으로 판단한다.

○소득세법 시행령 제160조【고가주택에 대한 양도차익등의 계산】

 ① 법 제95조제3항에 따른 고가주택(하나의 건물이 주택과 주택 외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택 외의 건물이 있는 경우에는 주택 외의 부분은 주택으로 보지 않는다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 12억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

  1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익

  2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액

 ② 제1항 후단의 규정에 의한 양도가액의 안분계산은 법 제100조제2항의 규정을 준용한다.

출처 : 국세청 2022. 05. 12. 사전-2022-법규재산-0427[법규과-1472] | 국세법령정보시스템