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내국법인이 적격합병을 하는 경우 합병법인이 승계한 감면사업에서 발생한 소득을 대상으로 합병 당시의 잔존감면기간 내에 종료하는 각 사업연도 분까지 세액감면을 적용받을 수 있는 것임
(질의1) 내국법인이 ｢법인세법｣(2011.12.31. 법률 제11128호로 개정된 것) 제44조제2항 각호의 요건을 갖추어 적격합병을 하는 경우에는 같은 법 제44조의3에 따른 합병법인에 대한 과세특례를 적용받을 수 있는 것으로,
합병 전 피합병법인이 ｢조세특례제한법｣ 제63조의2에 따라 적용받던 감면에 대하여는 ｢법인세법 시행령｣ 제80조의4에 따라 합병법인이 승계한 감면사업에서 발생한 소득을 대상으로 합병 당시의 잔존감면기간 내에 종료하는 각 사업연도 분까지 세액감면을 적용받을 수 있는 것입니다.
(질의2) 이 경우 ｢조세특례제한법｣ 제63조의2 제2항 제2호 나목 및 다목의 적용은 기존 회신사례(법인세과-76, 2010.01.27)를 참고하시기 바랍니다.
○ 법인세과-76, 2010.01.27
｢조세특례제한법｣ 제63조의2에 따라 본사를 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하여 세액감면을 적용받아 오던 건설업 영위법인이 2004.1.1. 이후 동일업종의 다른 건설업 법인을 합병한 경우에 있어서, 피합병법인의 사업부문에서 발생한 소득은 동 조항의 감면소득에 해당하지 아니하므로 같은 법 제143조의 규정에 따라 구분경리를 하여야 하며, 같은 조 제2항 제2호에 따른 감면소득 계산 시에도 합병으로 승계한 인원 및 급여를 제외하여 계산하는 것임
1. 사실관계 및 질의내용
O 사실관계
- 합병법인(A)는 수도권과밀억제권역 외의 지역인 충청남도에서 사업을 영위하고 있음
- 피합병법인(B)은 수도권과밀억제권역에서 전라북도로 이전하여 ｢조세특례제한법｣ 제63조의2의 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우에 해당하여 ｢조세특례제한법｣ 63조의2에 따라 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우에 해당하여 법인세를 감면 받고 있었음
- 2012.12월 합병법인(A)은 피합병법인(B)를 흡수합병하였음
O 질의내용
- (질의1) 합병법인(A)는 피합병법인(B)에게 적용되었던 ｢조세특례제한법｣ 제63조의2의 감면을 계속 적용받을 수 있는지 여부
- (질의2) 감면을 적용받을 수 있다면 감면대상소득=과세표준×MIN[급여비율(가), 인원비율(나)]의 계산식에서 (가) 또는 (나)의 비율을 피합병법인(B)의 비율로 계산하면 되는지 여부
2. 관련 법령
O 조세특례제한법 제63조의2【법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면】
① 다음 각 호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 "지방이전법인"이라 한다)은 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 법인세를 감면받을 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부동산업, 건설업 및 소비성서비스업을 경영하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 수도권과밀억제권역에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하거나 3년 이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 "본사"라 한다)를 둔 법인일 것
2. 공장시설의 전부 또는 본사를 수도권 밖(공장시설을 광역시로 이전하는 경우에는 ｢산업입지 및 개발에 관한 법률｣에 따른 산업단지만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 2014년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나, 수도권 밖에 2017년 12월 31일까지 공장 또는 본사를 신축하여 사업을 개시할 것(공장 또는 본사의 부지를 2014년 12월 31일까지 보유하고 2014년 12월 31일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 이전계획서를 제출하는 경우만 해당한다)
② 지방이전법인은 제1호부터 제3호까지의 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 6년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 4년) 이내에 끝나는 과세연도까지는 법인세의 전액을, 그 다음 3년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 2년) 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.
1. 공장을 이전한 경우에는 그 공장에서 발생하는 소득
2. 본사를 이전한 경우에는 과세연도별로 가목의 금액에 나목 또는 다목 중 작은 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득
가. 해당 과세연도의 과세표준에서 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익 및 대통령령으로 정하는 소득을 뺀 금액
나. 해당 과세연도의 이전(移轉) 본사 근무 인원이 이전 후에 근로를 제공함에 따라 발생한 급여 총액이 법인 전체 인원이 근로를 제공함에 따라 발생한 연간 급여 총액에서 차지하는 비율
다. 해당 과세연도의 이전 본사 근무인원이 법인전체 근무인원에서 차지하는 비율
3. 공장과 본사를 함께 이전한 경우에는 제1호 및 제2호의 소득을 합하여 산출한 금액에 상당하는 소득. 다만, 해당 과세연도의 소득금액을 한도로 한다.
O 법인세법 제44조의3【적격합병시 합병법인에 대한 과세특례】
② 합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 피합병법인의 합병등기일 현재의 제13조제1호의 결손금과 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산·부채 및 제59조에 따른 감면·세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다.
O 법인세법 시행령 제80조의4【적격합병 과세특례에 대한 사후관리】
① 합병법인은 법 제44조의3제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 양도받은 자산 및 부채의 가액을 합병등기일 현재의 시가로 계상하되, 시가에서 피합병법인의 장부가액(제85조제1호에 해당하는 세무조정사항이 있는 경우에는 그 세무조정사항 중 익금불산입액은 더하고 손금불산입액은 뺀 가액으로 한다)을 뺀 금액을 자산조정계정으로 계상하여야 한다. 이 경우 계상한 자산조정계정은 다음 각 호의 구분에 따라 0보다 큰 경우에는 익금에, 0보다 작은 경우에는 손금에 각각 산입한다.
1. 감가상각자산에 설정된 자산조정계정: 자산조정계정이 0보다 큰 경우에는 해당 자산의 감가상각비(해당 자산조정계정에 상당하는 부분에 대한 것만 해당한다. 이하 이 항에서 같다)와 상계하고 0보다 작은 경우에는 감가상각비에 가산. 이 경우 해당 자산을 처분하는 경우에는 상계 또는 더하고 남은 금액을 그 처분하는 사업연도에 전액 익금 또는 손금에 산입한다.
2. 제1호 외의 자산에 설정된 자산조정계정: 해당 자산을 처분하는 사업연도에 전액 익금 또는 손금에 산입. 다만, 자기주식을 소각하는 경우에는 익금 또는 손금에 산입하지 아니하고 소멸한다.
② 합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 피합병법인이 합병 전에 적용받던 법 제59조에 따른 감면 또는 세액공제를 승계하여 감면 또는 세액공제의 적용을 받을 수 있다. 이 경우 법 또는 다른 법률에 해당 감면 또는 세액공제의 요건 등에 관한 규정이 있는 경우에는 합병법인이 그 요건 등을 모두 갖춘 경우에만 이를 적용한다.
O 법인세법 제59조【감면 및 세액공제액의 계산】
① 이 법 및 다른 법률을 적용할 때 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우에 그 적용순위는 별도의 규정이 있는 경우 외에는 다음 각 호의 순서에 따른다. 이 경우 제1호와 제2호의 금액을 합한 금액이 법인이 납부할 법인세액(토지등 양도소득에 대한 법인세 및 가산세는 제외한다)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 없는 것으로 본다.
1. 각 사업연도의 소득에 대한 세액 감면(면제를 포함한다)
2. 이월공제(移越控除)가 인정되지 아니하는 세액공제
3. 이월공제가 인정되는 세액공제. 이 경우 해당 사업연도 중에 발생한 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있을 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다.
4. 제58조의3에 따른 세액공제. 이 경우 해당 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있을 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다.
O 법인세과-786, 2010.08.25
내국법인이 ｢법인세법｣(2009.12.31. 법률 제9898호로 개정된 것) 제44조제2항 각호의 요건을 갖추어 적격합병을 하는 경우에는 같은 법 제44조의3에 따른 합병법인에 대한 과세특례를 적용받을 수 있는 것으로,
적격합병 직후 합병법인이 피합병법인의 상호로 변경하는 것과 관계없이 같은 법 제45조에 따른 이월결손금 등의 공제를 적용하는 것이며,
합병 전 피합병법인이 ｢조세특례제한법｣ 제63조에 따라 적용받던 감면에 대하여는 ｢법인세법 시행령｣ 제96조에 따라 합병법인이 승계한 감면사업에서 발생한 소득을 대상으로 합병 당시의 잔존감면기간 내에 종료하는 각 사업연도 분까지 세액감면을 적용받을 수 있는 것임
O 법인세과-737, 2010.08.04
합병등기일(2009.6월) 현재 피합병법인의 이월결손금 승계요건을 갖춘 합병으로서 합병법인과 피합병법인을 각각 본점과 지점으로 하여 합병한 내국법인이 합병 이후에 본점과 지점 소재지를 서로 변경하여 등기하는 경우, 당해 변경등기에 관계없이 합병등기일 현재 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금은 ｢법인세법｣ 제45조제2항(2008.12.26. 법률 제9267호로 개정된 것)에 따라 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도 과세표준에서 공제하는 것임
O 법인세과-313, 2010.03.31
합병시 피합병법인이 공제받지 못한 임시투자세액공제 이월액은 ｢법인세법시행령｣제96조에 따라 처리하는 것이며, 같은 조에 따른 요건을 충족하는 경우 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업과 종전 합병법인이 영위하는 사업의 구분없이｢조세특례제한법｣ 제144조에 의한 이월공제를 적용 받을 수 있는 것임
O 법인세과-76, 2010.01.27
｢조세특례제한법｣ 제63조의2에 따라 본사를 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하여 세액감면을 적용받아 오던 건설업 영위법인이 2004.1.1. 이후 동일업종의 다른 건설업 법인을 합병한 경우에 있어서, 피합병법인의 사업부문에서 발생한 소득은 동 조항의 감면소득에 해당하지 아니하므로 같은 법 제143조의 규정에 따라 구분경리를 하여야 하며, 같은 조 제2항 제2호에 따른 감면소득 계산 시에도 합병으로 승계한 인원 및 급여를 제외하여 계산하는 것임
O 기획재정부 조세지출예산과-529, 2006.09.04
수도권과밀억제권역에 본사를 두고 3년 이상 사업을 계속 영위한 법인이 수도권 외 지역에 소재한 법인을 흡수 합병한 후 합병일로부터 3년 이내에 수도권 외의 지역으로 이전하는 경우에는 조세특례제한법 제143조의 규정에 따라 각 사업연도마다 감면을 적용받는 사업(합병법인)과 기타사업(피합병법인)을 구분경리하여 감면세액을 계산합니다.
O 재조예-231, 2002.12.24
과밀억제권역안에서 5년 이상 계속 사업한 법인이, 설립된지 5년 미만의 법인과의 합병으로 인하여 수도권 생활지역외의 지역으로 이전하는 경우, ‘임시특별세액감면’ 적용은 구분경리하여 감면세액 계산함.
