요지

과세관청의 손익귀속시기 변경에 따른 이중과세 발생을 이유로 하여 부과제척기간 이후 제기된 후발적 경정청구에 대해 과세관청이 해당 청구를 인용하여 감액경정하는 경우, 과세관청은 증액경정을 함께 할 수 없음

회신

내국법인(‘갑법인’)의 손익귀속시기 적용 오류로 2016년 발생 비용(‘쟁점비용’)이 2016사업연도에 손금불산입된 후 2017사업연도에 손금 산입되어 있다가, 과세관청이 위 2017사업연도 쟁점비용 손금산입을 취소함에 따라 갑법인이 2016사업연도 쟁점비용 손금불산입 취소를 구하는 후발적 경정청구를 제기한 경우,
과세관청의 위 2017사업연도 쟁점비용 손금산입 취소는 갑법인의 2016사업연도 법인세에 대한 후발적 경정청구 사유에 해당하며
과세관청이 후발적 경정청구를 받아들여 2016사업연도 쟁점비용 손금불산입을 취소할 때, 2015년 발생 비용의 2016사업연도 손금산입분은 취소할 수 없는 것입니다.

1. 사실관계

 ○질의법인(‘갑법인’)은 여객 및 화물운송 등 항공운송사업을 영위하면서

  -항공운송용역의 제공이 완료되어 운송수입(매출액)이 인식된 항공편의 운항에 실제 투입된 재화·용역에 대해 발생한 비용 중에서

  -거래처와의 정산주기 차이로 인하여 결산시점에 미청구된 금액을 재무상태표상 미지급금(‘쟁점 미지급비용^*’, 특정 사업연도 귀속의 쟁점 미지급비용은 ⁠‘쟁점’ 표기 생략)으로 회계처리함

 ○한편, 갑법인은 법인세 신고 시 쟁점 미지급비용에 관한 손익귀속시기를 잘못 판단하여 각 사업연도 법인세 소득금액 및 과세표준을 잘못 산정하였음

  -즉, 쟁점 미지급비용은 항행원가에 반영한 각 사업연도(X1년)에 권리·의무가 확정된 손금으로서 법인세법상 손익귀속시기가 갑법인의 회계처리와 동일하여 별도의 세무조정이 필요하지 않음에도

  -기말 재무상태표(X1년)에 계상된 쟁점 미지급비용을 손금불산입하되, 실제 지급이 이루어진 익년도(X2년)에 손금산입하는 세무조정을 함으로써

  -결과적으로, 쟁점 미지급비용은 그에 대응되는 항행원가 결산에 반영된 사업연도(X1년)가 아닌 익년도(X2년)에 손금에 산입됨

 ○2023.3월 갑법인은 위와 같은 오류를 이유로 2017년 당기 미지급비용(5,449백만원) 손금불산입 세무조정을 취소하는 내용의 2017사업연도 법인세 경정청구(‘1차 경정청구’) 하였는데

  -처분청은 2023.5월 1차 경정청구를 인용하여 2017년 당기 미지급비용(5,449백만원) 손금불산입 세무조정을 취소하되,

  -2017년 전기 미지급비용(= 2016년 당기 미지급비용 3,987백만원) 손금 추인 세무조정도 함께 취소하여 법인세 과세표준 및 세액을 경정함

 ○이에 갑법인은, 처분청이 위 2017사업연도 법인세 감액경정 시 전기 미지급비용 3,987백만원의 손금 산입을 취소한 결과

  -2016사업연도 당기 미지급비용에 상응하는 항행원가 3,987백만원이 어떤 사업연도에도 손금으로 인정받지 못하게 되었다는 이유로 2023.6월 2016사업연도 법인세에 대한 후발적 경정청구를 제기함

2. 질의요지

 ○내국법인의 손익귀속시기 적용 오류로 2016년 발생 미지급비용(3,987백만원)이 2016사업연도에 손금불산입된 후, 2017사업연도에 손금산입되어 있다가

  -과세관청이 위 2017사업연도 전기 미지급비용 손금산입을 취소함에 따라 내국법인이 2016사업연도 당기 미지급비용 손금불산입 취소를 구하는 후발적 경정청구를 제기한 경우

  -(질의1) 과세관청의 위 2017사업연도 전기 미지급비용 손금산입 취소가 내국법인의 2016사업연도 법인세에 대한 후발적 경정청구사유에 해당하는지 여부

  -(질의2) 과세관청이 후발적 경정청구를 받아들여 2016사업연도 당기 미지급비용 손금불산입(3,987백만원)을 취소(감액경정)할 때, 전기 미지급비용 손금산입분(3,498백만원)도 취소(증액경정)할 수 있는지 여부

3. 관련 법령

□국세기본법 제26조의2【국세의 부과제척기간】

 ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 "부과제척기간"이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[｢국제조세조정에 관한 법률｣ 제2조제1항제1호에 따른 국제거래(이하 "국제거래"라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다.

 ⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에도 불구하고 지방국세청장 또는 세무서장은 다음 각 호의 구분에 따른 기간이 지나기 전까지 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

  1의2. 제1호의 결정이나 판결이 확정됨에 따라 그 결정 또는 판결의 대상이 된 과세표준 또는 세액과 연동된 다른 세목(같은 과세기간으로 한정한다)이나 연동된 다른 과세기간(같은 세목으로 한정한다)의 과세표준 또는 세액의 조정이 필요한 경우: 제1호의 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년

  3. 제45조의2제1항ㆍ제2항ㆍ제5항 및 제6항 또는 「국제조세조정에 관한 법률」 제19조제1항 및 제33조제2항에 따른 경정청구 또는 같은 법 제20조제2항에 따른 조정권고가 있는 경우: 경정청구일 또는 조정권고일부터 2개월

  4. 제3호에 따른 경정청구 또는 조정권고가 있는 경우 그 경정청구 또는 조정권고의 대상이 된 과세표준 또는 세액과 연동된 다른 과세기간의 과세표준 또는 세액의 조정이 필요한 경우: 제3호에 따른 경정청구일 또는 조정권고일부터 2개월

□국세기본법 제45조의2【경정 등의 청구】

 ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

  1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

  2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

 ② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

  1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심사청구, 심판청구, ⁠「감사원법」에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

  2.소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

  3.조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

  4.결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 된 과세표준 및 세액과 연동된 다른 세목(같은 과세기간으로 한정한다)이나 연동된 다른 과세기간(같은 세목으로 한정한다)의 과세표준 또는 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 또는 세액을 초과할 때

  5.제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

출처 : 국세청 2024. 05. 01. 기준-2023-법규기본-0106 | 국세법령정보시스템