요지

교회의 담임목사 및 부목사에게 제공하는 주택으로서 제공기간이 10년 이상인 경우 토지등 양도소득 법인세를 비과세함

답변내용

「법인세법」제55조의2 에 따른 토지등 양도소득에 대한 과세특례(이하 ⁠“추가과세”)를 적용함에 있어
교회가 교화업무를 전업으로 하는 담임목사 및 부목사(각각 출연자에 해당하지 않음)에 제공하는 사택 및 그 밖에 무상으로 제공하는 교회 소유의 주택으로서 사택제공기간 또는 무상제공기간이 10년 이상인 주택은 같은 법 같은 조 제1항제2호 및 같은 법 시행령 제92조의2제2항제2호에 따라 추가과세가 적용되지 않는 것이며
다가구주택(건축법 시행령 별표 1 제1호 다목에 해당하는 것을 말함. 이하 같음)은 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 보아 ⁠「법인세법 시행령」 제92조의2제2항제2호에 해당하는지 여부를 판단하는 것임
더불어, 다가구주택을 구획된 부분별로 양도하지 아니하고 하나의 매매단위로 하여 양도하는 경우로서 다가구주택(1층, 2층) 중 일부 구획된 부분(1층)만이 ⁠「법인세법 시행령」 제92조의2제2항제2호에 해당하는 경우 추가과세가 제외되는 양도소득금액은 해당 다가구주택의 전체 양도소득금액에 다가구주택의 총 면적에서 ⁠「법인세법 시행령」 제92조의2제2항제2호에 해당하는 부분의 주택면적(공유지분 포함)이 차지하는 비율을 곱하여 산정하는 것임

1. 사실관계

 ○질의교회는 종교의 보급 기타 교화사업을 고유목적으로 하는 비영리법인으로 19**.**.**. 서울시 도봉구 소재 다가구주택(이하 ⁠“쟁점주택”)을 취득하여 사택으로 사용하다가 2024.7.31. 양도함

 ○한편, 쟁점주택의 구조 및 질의법인의 사용현황 등을 정리한 내역은 아래와 같음

2. 질의요지

 ○(질의 1) ｢법인세법 시행령｣ 제92조의2제2항제2호^*의 ⁠“주주등이나 출연자가 아닌 임원 및 직원”에 교회의 담임목사 및 부목사가 포함되는지 여부

   * 주주등이나 출연자가 아닌 임원 및 직원에게 제공하는 사택 및 그 밖에 무상으로 제공하는 법인 소유의 주택으로서 사택제공기간 또는 무상제공기간이 10년 이상인 주택

 ○(질의 2) 다가구주택(1층, 2층) 중 일부 주택(2층)의 사택제공기간이 10년 미만인 경우 토지등 양도소득에 대한 법인세 과세 방법

3. 관련 법령

○ 법인세법 제55조의2 【토지등 양도소득에 대한 과세특례】

①내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지, 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다), 주택을 취득하기 위한 권리로서 「소득세법」 제88조제9호에 따른 조합원입주권 및 같은 조 제10호에 따른 분양권(이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

   (중략)

 2.대통령령으로 정하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다) 및 주거용 건축물로서 상시 주거용으로 사용하지 아니하고 휴양ㆍ피서ㆍ위락 등의 용도로 사용하는 건축물(이하 이 조에서 "별장"이라 한다)을 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 20(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액. 다만, 「지방자치법」 제3조제3항 및 제4항에 따른 읍 또는 면에 있으면서 대통령령으로 정하는 범위 및 기준에 해당하는 농어촌주택(그 부속토지를 포함한다)은 제외한다.

 3.비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

    (중략)

⑥토지등 양도소득은 토지등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 뺀 금액으로 한다. 다만, 비영리 내국법인이 1990년 12월 31일 이전에 취득한 토지등 양도소득은 양도금액에서 장부가액과 1991년 1월 1일 현재 「상속세 및 증여세법」 제60조와 같은 법 제61조제1항에 따라 평가한 가액 중 큰 가액을 뺀 금액으로 할 수 있다

    (이하생략)

○ 법인세법 시행령 제92조의2 【토지등양도소득에 대한 과세특례】

   (중략)

② 법 제55조의2제1항제2호 본문에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 국내에 소재하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다. 다만, 제1호, 제1호의2, 제1호의4 및 제1호의12에 해당하는 임대주택(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 부칙 제5조제1항이 적용되는 주택으로 한정한다)으로서 「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조제5항에 따라 임대의무기간이 종료한 날에 등록이 말소되는 경우에는 임대의무기간이 종료한 날에 제1호, 제1호의2, 제1호의4 및 제1호의12에서 정한 임대기간요건을 갖춘 것으로 본다

 1. 해당 법인이 임대하는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제3호에 따른 민간매입임대주택 또는 「공공주택 특별법」 제2조제1호의3에 따른 공공매입임대주택으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제7호에 따른 임대사업자의 경우에는 2018년 3월 31일 이전에 같은 법 제5조에 따른 임대사업자 등록과 법 제111조에 따른 사업자등록(이하 이 조에서 "사업자등록등”이라 한다)을 한 주택으로 한정한다.

    (중략)

 2. 주주등이나 출연자가 아닌 임원 및 직원에게 제공하는 사택 및 그 밖에 무상으로 제공하는 법인 소유의 주택으로서 사택제공기간 또는 무상제공기간이 10년 이상인 주택

   (이하생략)

○ 소득세법 시행령 제154조 【1세대1주택의 범위】

①법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다

   (이하생략)

○ 소득세법 시행령 제155조 【1세대1주택의 특례】

    (중략)

⑮ 제154조제1항을 적용할 때 「건축법 시행령」 별표 1 제1호다목에 해당하는 다가구주택은 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 본다. 해당 다가구주택을 구획된 부분별로 양도하지 아니하고 하나의 매매단위로 하여 양도하는 경우에는 그 전체를 하나의 주택으로 본다

    (이하생략)

○ 건축법 시행령 [별표1] 용도별 건축물의 종류(제3조의5 관련)

 1.단독주택[단독주택의 형태를 갖춘 가정어린이집·공동생활가정·지역아동센터ㆍ공동육아나눔터(「아이돌봄 지원법」 제19조에 따른 공동육아나눔터를 말한다. 이하 같다)ㆍ작은도서관(「도서관법」 제4조제2항제1호가목에 따른 작은도서관을 말하며, 해당 주택의 1층에 설치한 경우만 해당한다. 이하 같다) 및 노인복지시설(노인복지주택은 제외한다)을 포함한다]

  가. 단독주택

  나. 다중주택: 다음의 요건을 모두 갖춘 주택을 말한다.

    (중략)

  다. 다가구주택: 다음의 요건을 모두 갖춘 주택으로서 공동주택에 해당하지 아니하는 것을 말한다.

   1) 주택으로 쓰는 층수(지하층은 제외한다)가 3개 층 이하일 것. 다만, 1층의 전부 또는 일부를 필로티 구조로 하여 주차장으로 사용하고 나머지 부분을 주택(주거 목적으로 한정한다) 외의 용도로 쓰는 경우에는 해당 층을 주택의 층수에서 제외한다.

   2) 1개 동의 주택으로 쓰이는 바닥면적의 합계가 660제곱미터 이하일 것

   3) 19세대(대지 내 동별 세대수를 합한 세대를 말한다) 이하가 거주할 수 있을 것

  라. 공관(公館)

      (이하생략)

○조세특례제한법 제55조의2【자기관리 부동산투자회사 등에 대한 과세특례】

   (중략)

④「부동산투자회사법」 제2조제1호가목에 따른 자기관리 부동산투자회사(이하 이 조에서 "자기관리 부동산투자회사"라 한다)가 2009년 12월 31일 이전에 대통령령으로 정하는 규모 이하의 주택(이하 "국민주택"이라 한다)을 신축하거나 취득 당시 입주된 사실이 없는 국민주택을 매입하여 임대업을 경영하는 경우에는 그 임대업으로부터 최초로 소득이 발생한 사업연도(임대사업 개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 사업연도까지 그 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 사업연도)와 그 다음 사업연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 사업연도까지 국민주택을 임대함으로써 발생한 소득금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 각 사업연도의 소득금액에서 공제한다.

    (이하생략)

○ 조세특례제한법 시행령 제51조의2 【자기관리부동산투자회사 등에 대한 과세특례】

    (중략)

③법 제55조의2제4항에서 "대통령령으로 정하는 규모"란 ⁠「주택법」에 따른 국민주택 규모(기획재정부령이 정하는 다가구주택의 경우에는 가구당 전용면적을 기준으로 한 면적을 말한다)를 말한다

○ 조세특례제한법 시행규칙 제20조 【다가구주택의 정의】

  영 제51조의2제3항에서 "기획재정부령이 정하는 다가구주택"이라 함은 「건축법 시행령」 별표 1 제1호 다목에 해당하는 것을 말한다. 이 경우 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 본다.

○ 소득세법 시행령 제8조의2 【비과세 주택임대소득】

③법 제12조제2호나목을 적용할 때 주택 수는 다음 각 호에 따라 계산한다.

 1. 다가구주택은 1개의 주택으로 보되, 구분 등기된 경우에는 각각을 1개의 주택으로 계산

   (이하 생략)

출처 : 국세청 2024. 11. 18. 사전-2024-법규법인-0593 | 국세법령정보시스템