요지

교환일 전 취득한 자회사의 주식에 대해 모회사의 주식을 교부하지않더라도 교부한 것으로 간주하여 주식처분비율 판단함

답변내용

기획재정부 해석(기획재정부 법인세제과-42, 2025.1.24.)을 참조하시기 바랍니다.

○ 기획재정부 법인세제과-42, 2025. 1. 24.
주식의 포괄적 교환에 따라 완전자회사의 주주가 취득한 완전모회사의 주식을 처분하는 경우, 완전모회사가 주식 교환일 2년 전부터 보유하고 있던 완전자회사의 주식에 완전모회사의 주식을 교부하지 않았더라도 교부한 것으로 보아 ⁠「조세특례제한법」 제38조제2항을 적용하는 것(2안) 입니다.
다만, ⁠「조세특례제한법 시행령」 제35조의2제2항 또는 제4항에 따른 금액을 산정할 때는 실제 교부한 주식 수만을 기준으로 계산하는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ 질의법인은 갑법인의 주식 보유(주식교환일로부터 2년 이전에 보유하고 있던 주식임) 하고 있던 중

  - 「상법」 제360조의2에 따른 주식의 포괄적 교환에 따라 질의법인을 완전모회사, 갑법인을 완전자회사로 하는 주식의 포괄적 교환계약을 체결함

  - 주식교환일 기준 갑법인의 주주는 질의법인에게 갑법인의 주식을 이전하고 교환대가로 질의법인의 주식을 교부받는 주식의 포괄적 교환거래(이하 ⁠‘쟁점 주식교환’)를 실시함

 ○ 쟁점 주식교환은 「조세특례제한법」 제38조 제1항 각호의 요건을 충족하는 적격 포괄적 주식교환에 해당하며,

  - 기존 갑법인의 주주는 쟁점 주식교환으로 발생한 갑법인의 주식 양도차익에 대해 과세를 이연받을 예정임

 ○ 질의법인은 쟁점 주식교환 이전부터 갑법인의 주식을 보유하고 있었으며, 쟁점 주식교환 시 이미 보유하고 있던 갑법인의 주식에 대해서는 질의법인의 주식이 실제 교부되지 않으며, 질의법인은 사후관리기간 내에 갑법인의 주식을 처분하지 않을 계획임

2. 질의내용

 주식의 포괄적 교환시 완전모회사가 교환일 전 보유하던 완전자회사의 주식에 대해 완전모회사의 주식을 교부하지 않는 경우 ⁠“지분의 연속성 위반 여부” 사후관리 시 주식처분 비율 계산 방법

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제38조 【주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 과세특례】

 ① 내국법인이 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 「상법」 제360조의2에 따른 주식의 포괄적 교환 또는 같은 법 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 "주식의 포괄적 교환등"이라 한다)에 따라 주식의 포괄적 교환등의 상대방 법인의 완전자회사로 되는 경우 그 주식의 포괄적 교환등으로 발생한 완전자회사 주주의 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세 또는 법인세에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 완전자회사의 주주가 완전모회사 또는 그 완전모회사의 완전모회사의 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있다.

  1. 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 하던 내국법인 간의 주식의 포괄적 교환등일 것. 다만, 주식의 포괄적 이전으로 신설되는 완전모회사는 제외한다.

  2. 완전자회사의 주주가 완전모회사로부터 교환ㆍ이전대가를 받은 경우 그 교환ㆍ이전대가의 총합계액 중 완전모회사 주식의 가액이 100분의 80 이상이거나 그 완전모회사의 완전모회사 주식의 가액이 100분의 80 이상으로서 그 주식이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 완전모회사 및 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

  3. 완전자회사가 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것

 ② 완전자회사의 주주가 제1항에 따라 과세를 이연받은 경우 완전모회사는 완전자회사 주식을 「법인세법」 제52조제2항에 따른 시가로 취득하고, 이후 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생하는 경우 완전모회사는 해당 사유의 발생 사실을 발생일부터 1개월 이내에 완전자회사의 주주에게 알려야 하며, 완전자회사의 주주는 제1항에 따라 과세를 이연받은 양도소득세 또는 법인세를 대통령령으로 정하는 바에 따라 납부하여야 한다.

  1. 완전자회사가 사업을 폐지하는 경우

  2. 완전모회사 또는 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 처분하는 경우

 ③ 제1항제2호 및 제3호와 제2항제1호 및 제2호를 적용할 때 법령에 따라 불가피하게 주식을 처분하는 경우 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 주식을 보유하거나 사업을 계속하는 것으로 본다.

 ④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 주식양도차익의 계산, 완전자회사의 사업의 계속 및 폐지에 관한 기준, 익금산입액의 계산 및 그 산입방법, 완전자회사 주식의 장부가액의 산정방식, 주식의 포괄적 교환등에 관한 명세서 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제35조의2 【주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 법인의 과세특례】

 ① 내국법인(이하 이 조에서 "완전자회사"라 한다)의 주주인 법인(내국법인 및 「법인세법」 제91조제1항에 따른 외국법인에 한정한다. 이하 이 조에서 같다)이 보유주식을 법 제38조제1항에 따라 다른 내국법인(이하 이 조에서 "완전모회사"라 한다)에 주식의 포괄적 교환 또는 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 "주식의 포괄적 교환등"이라 한다)을 하고 과세를 이연받는 경우에는 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액에 상당하는 금액을 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다. 이 경우 손금에 산입하는 금액은 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 완전모회사 또는 그 완전모회사의 완전모회사 주식의 압축기장충당금으로 계상하여야 한다.

  1. 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 완전모회사 주식(법 제38조제1항제2호에 따라 받은 교환ㆍ이전대가의 총합계액 중 완전모회사의 완전모회사 주식의 가액이 100분의 80 이상인 경우에는 완전모회사의 완전모회사의 주식을 말한다. 이하 이 조에서 "완전모회사등주식"이라 한다)의 가액, 금전, 그 밖의 재산가액의 합계액(이하 이 조에서 "교환ㆍ이전대가"라 한다)에서 주식의 포괄적 교환등으로 양도한 완전자회사의 주식의 취득가액을 뺀 금액

  2. 제1호의 금액과 교환ㆍ이전대가로 받은 완전모회사등주식 외의 금전, 그 밖의 재산가액의 합계액 중 작은 금액

 ② 제1항에 따라 계상한 압축기장충당금은 해당 법인이 완전모회사등주식을 처분하는 사업연도에 다음 계산식에 따른 금액을 익금에 산입하되, 자기주식으로 소각되는 경우에는 익금에 산입하지 아니하고 소멸하는 것으로 한다. 이 경우 주식의 포괄적 교환등 외의 다른 방법으로 취득한 완전모회사등주식이 있으면 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다.

 ⑤ 법 제38조제1항제2호에 따라 교환ㆍ이전대가의 총합계액 중 주식의 가액이 100분의 80 이상 인지를 판정할 때 완전모회사가 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 전 2년 내에 취득한 완전자회사의 주식이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 금전으로 교부한 것으로 보아 교환ㆍ이전대가의 총합계액에 더한다.

  1. 완전모회사가 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재 완전자회사의 「법인세법 시행령」 제43조제7항에 따른 지배주주가 아닌 경우: 완전모회사가 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 전 2년 이내에 취득한 완전자회사의 주식이 완전자회사의 발행주식총수의 100분의 20을 초과하는 경우 그 초과하는 주식의 취득가액

  2. 완전모회사가 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재 완전자회사의 「법인세법 시행령」 제43조제7항에 따른 지배주주인 경우: 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 전 2년 이내에 취득한 주식의 취득가액

 ⑥ 법 제38조제1항제2호 및 같은 조 제2항제2호에서 "대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주"란 완전자회사의 「법인세법 시행령」 제43조제3항에 따른 지배주주등(그와 같은 조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자를 포함한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한 주주를 말한다.

  1. 「법인세법 시행령」 제43조제8항제1호가목의 친족 중 4촌인 혈족

  2. 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재 완전자회사에 대한 지분비율이 100분의 1 미만이면서 시가로 평가한 그 지분가액이 10억원 미만인 자

 ⑦ 완전자회사의 주주에게 교환ㆍ이전대가로 받은 완전모회사등주식을 교부할 때에는 제6항에 따른 주주에게 다음 계산식에 따른 금액 이상의 완전모회사등주식을 교부하여야 한다.

 ⑪ 법 제38조제2항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년을 말한다.

 ⑫ 완전자회사의 주주는 제11항의 기간에 법 제38조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우 다음 각 호의 구분에 따라 과세를 이연받은 양도소득세 또는 법인세를 납부하여야 한다.

  1. 완전자회사의 주주가 거주자등인 경우: 해당 사유가 발생한 날이 속하는 반기의 말일부터 2개월 이내에 법 제38조제1항에 따라 이연받은 세액(이연받은 세액 중 이미 납부한 부분과 이 조 제3항에 따라 납부한 세액을 제외한다)을 납부. 이 경우 완전모회사등주식을 양도하는 경우에는 그 주식의 취득가액을 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재 완전모회사등주식의 시가로 한다.

  2. 완전자회사의 주주가 법인인 경우: 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 제1항에 따라 압축기장충당금으로 손금에 산입한 금액 중 제2항에 따라 익금에 산입하고 남은 금액을 익금에 산입

 ⑬ 법 제38조제3항에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

  1. 법 제38조제1항제2호 및 같은 조 제2항제2호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 완전모회사 및 제6항에 따른 주주가 「법인세법 시행령」 제80조의2제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

  2. 법 제38조제1항제3호 및 같은 조 제2항제1호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 완전자회사가 「법인세법 시행령」 제80조의2제1항제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

○ 법인세법 시행령 제80조의2 【적격합병의 요건 등】

 ① 법 제44조제2항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

  1. 법 제44조제2항제2호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

   가. 제5항에 따른 주주등(이하 이 조 에서 "해당 주주등"이라 한다)이 합병으로 교부받은 전체 주식등의 2분의 1 미만을 처분한 경우. 이 경우 해당 주주등이 합병으로 교부받은 주식등을 서로 간에 처분하는 것은 해당 주주등이 그 주식등을 처분한 것으로 보지 않고, 해당 주주등이 합병법인 주식등을 처분하는 경우에는 합병법인이 선택한 주식등을 처분하는 것으로 본다.

   나.∼ 사. ⁠(생략)

 ③ 법 제44조제2항제2호에 따른 피합병법인의 주주등이 받은 합병대가의 총합계액은 제80조제1항제2호가목에 따른 금액으로 하고, 합병대가의 총합계액 중 주식등의 가액이 법 제44조제2항제2호의 비율 이상인지를 판정할 때 합병법인이 합병등기일 전 2년 내에 취득한 합병포합주식등이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 금전으로 교부한 것으로 본다. 이 경우 신설합병 또는 3 이상의 법인이 합병하는 경우로서 피합병법인이 취득한 다른 피합병법인의 주식등이 있는 경우에는 그 다른 피합병법인의 주식등을 취득한 피합병법인을 합병법인으로 보아 다음 각 호를 적용하여 계산한 금액을 금전으로 교부한 것으로 한다.

  1. 합병법인이 합병등기일 현재 피합병법인의 제43조제7항에 따른 지배주주등이 아닌 경우: 합병법인이 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 합병포합주식등이 피합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 20을 초과하는 경우 그 초과하는 합병포합주식 등에 대하여 교부한 합병교부주식등(제80조제1항제2호가목 단서에 따라 합병교부주식등을 교부한 것으로 보는 경우 그 주식등을 포함한다)의 가액

  2. 합병법인이 합병등기일 현재 피합병법인의 제43조제7항에 따른 지배주주등인 경우: 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 합병포합주식등에 대하여 교부한 합병교부주식등(제80조제1항제2호가목 단서에 따라 합병교부주식등을 교부한 것으로 보는 경우 그 주식등을 포함한다)의 가액

④ 법 제44조제2항제2호에 따라 피합병법인의 주주등에 합병으로 인하여 받은 주식등을 배정할 때에는 해당 주주등에 다음 계산식에 따른 가액 이상의 주식등을 각각 배정하여야 한다.

 ⑤ 법 제44조제2항제2호에서 "대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등"이란 피합병법인의 제43조제3항에 따른 지배주주등 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한 주주등을 말한다.

  1. 제43조제8항제1호가목의 친족 중 4촌인 혈족

  2. 합병등기일 현재 피합병법인에 대한 지분비율이 100분의 1 미만이면서 시가로 평가한 그 지분가액이 10억원 미만인 자

  3. 기업인수목적회사와 합병하는 피합병법인의 지배주주등인 자

  4. 피합병법인인 기업인수목적회사의 지배주주등인 자　

○ 법인세법 시행령 제80조 【합병에 따른 양도손익의 계산】

 ① 법 제44조제1항제1호에 따른 양도가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

  1. 적격합병의 경우: 법 제44조제1항제2호에 따른 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산장부가액

  2. 제1호 외의 경우: 다음 각 목의 금액을 모두 더한 금액

   가. 합병으로 인하여 피합병법인의 주주등이 지급받는 합병법인 또는 합병법인의 모회사(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 말한다. 이하 같다)의 주식등(이하 "합병교부주식등"이라 한다)의 가액 및 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액. 다만, 합병법인이 합병등기일 전 취득한 피합병법인의 주식등(신설합병 또는 3 이상의 법인이 합병하는 경우 피합병법인이 취득한 다른 피합병법인의 주식등을 포함한다. 이하 "합병포합(抱合)주식등"이라 한다)이 있는 경우에는 그 합병포합주식등에 대하여 합병교부주식등을 교부하지 아니하더라도 그 지분비율에 따라 합병교부주식등을 교부한 것으로 보아 합병교부주식등의 가액을 계산한다.

○ 상법 제360조의2 【주식의 포괄적 교환에 의한 완전모회사의 설립】

 ① 회사는 이 관의 규정에 의한 주식의 포괄적 교환에 의하여 다른 회사의 발행주식의 총수를 소유하는 회사(이하 "완전모회사"라 한다)가 될 수 있다. 이 경우 그 다른 회사를 "완전자회사"라 한다.

 ② 주식의 포괄적 교환(이하 이 관에서 "주식교환"이라 한다)에 의하여 완전자회사가 되는 회사의 주주가 가지는 그 회사의 주식은 주식을 교환하는 날에 주식교환에 의하여 완전모회사가 되는 회사에 이전하고, 그 완전자회사가 되는 회사의 주주는 그 완전모회사가 되는 회사가 주식교환을 위하여 발행하는 신주의 배정을 받거나 그 회사 자기주식의 이전을 받음으로써 그 회사의 주주가 된다.

○ 상법 제360조의7 【완전모회사의 자본금 증가의 한도액】

 ① 완전모회사가 되는 회사의 자본금은 주식교환의 날에 완전자회사가 되는 회사에 현존하는 순자산액에서 다음 각호의 금액을 뺀 금액을 초과하여 증가시킬 수 없다.

  1. 완전자회사가 되는 회사의 주주에게 제공할 금전이나 그 밖의 재산의 가액

  2. 제360조의3제3항제2호에 따라 완전자회사가 되는 회사의 주주에게 이전하는 자기주식의 장부가액의 합계액

 ② 완전모회사가 되는 회사가 주식교환 이전에 완전자회사가 되는 회사의 주식을 이미 소유하고 있는 경우에는 완전모회사가 되는 회사의 자본금은 주식교환의 날에 완전자회사가 되는 회사에 현존하는 순자산액에 그 회사의 발행주식총수에 대한 주식교환으로 인하여 완전모회사가 되는 회사에 이전하는 주식의 수의 비율을 곱한 금액에서 제1항 각호의 금액을 뺀 금액의 한도를 초과하여 이를 증가시킬 수 없다.

출처 : 국세청 2025. 02. 12. 사전-2023-법규법인-0156 | 국세법령정보시스템