요지

정기신고 시 전체 사업연도 결손금 감소로 같은 조 제6항제1호에 따라 정산하여 추가납부한 경우 경정청구에 의해 추가환급 가능함

회신

귀 과세기준자문 신청의 사실관계와 같이, 내국법인이 ⁠「조세특례제한법」(2020.5.19. 법률 제17254호로 개정된 것)제8조의4에 따라 2020년 12월 31일이 속하는 사업연도(이하 ⁠“쟁점사업연도”)의 환급대상기간에 발생한 결손금에 대해 소급공제에 따른 환급을 받은 후, 쟁점사업연도에 대한 정기신고 시 전체 사업연도 결손금 감소로 같은 조 제6항제1호에 따라 정산하여 추가납부한 경우로서, 정기신고기한 경과 후 경정에 의해 쟁점사업연도의 결손금이 증가되었다면, 증가된 결손금에 대해서는 경정청구에 의해 추가로 ｢법인세법｣제72조에 따른 결손금 소급공제가 가능한 것임

1. 사실관계

○ A법인은 ’00.4.11. 설립되어 비주거용건물 등 부동산 개발 및 공급업을 영위하는 법인임

 ○ A법인은 ’20년 귀속 법인세 중간예납기간에 결손금이 발생하여

  - 구 ｢조세특례제한법^*｣ 제8조의4 규정에 따라 ⁠‘중소기업 결손금 소급공제 환급특례’를 적용하여 법인세를 환급받음

   * ⁠(2020.5.19. 법률 제17254호 개정) ’20년 중간예납기간(1.1.〜6.30.)의 결손금에 대하여 중간예납 신고 시 결손금 소급공제 환급신청이 한시적으로 가능한 특례 신설

 ○ 이후, A법인은 ’20년 귀속 법인세 정기신고 시의 결손금이 중간예납기간의 결손금보다 감소하여 기환급세액을 정산^*하여 납부함

    * 정기신고 시 결손금 소급공제 세액 환급특례 정산서 제출함

 ○ A법인은 ’20년 귀속 법인세 신고기한 경과 후 경정으로 인해 결손금이 증가^*하여 증가한 결손금에 대해 추가환급 경정청구

  * 세무조사 시 용역제공에 대한 귀속시기 오류로 ’19년 익금산입(유보)하고 ’20년 손금추인함에 따라 결손금 증가

2. 질의내용

 ○ 중간예납기간에 대해 결손금 소급공제에 따른 환급 특례를 적용한 법인이 정기신고 시 결손금 감소로 기환급세액을 정산하여 납부하고

  - 경정으로 인해 해당 사업연도의 결손금이 증가하는 경우 경정청구에 의해 결손금 추가환급이 가능한지 여부

3. 관련법령

 ○ 조세특례제한법 제8조의4【중소기업의 결손금 소급공제에 따른 환급 특례】(2020.5.19. 법률 제17254호로 개정된 것)

 ① 과세연도의 기간이 6개월을 초과하는 중소기업에 해당하는 내국인은 2020년 12월 31일이 속하는 과세연도에 해당 과세연도의 개시일부터 6개월이 되는 날까지의 기간(이하 이 조에서 "환급대상기간"이라 한다)에 대통령령으로 정하는 결손금이 발생한 경우 제1호의 금액을 한도로 제2호의 금액에서 제3호의 금액을 차감한 금액을 환급 신청할 수 있다.

  1. 직전 과세연도의 사업소득에 부과된 종합소득 결정세액 또는 대통령령으로 정하는 직전 과세연도의 법인세액

  2. 직전 과세연도의 종합소득산출세액 또는 법인세 산출세액(「법인세법」 제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세액은 제외한다) × 6 ÷ 직전 과세연도의 개월 수(이 경우 개월 수는 역에 따라 계산하되, 1개월 미만의 일수는 1개월로 한다. 이하 이 조에서 같다)

  3. 다음의 계산식에 따라 계산한 금액에 직전 과세연도의 「소득세법」 제55조제1항 또는 「법인세법」 제55조제1항에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액 × 6 ÷ 직전 과세연도의 개월 수

 ② 제1항에 따라 소득세액 또는 법인세액을 환급받으려는 내국인은 환급대상기간이 지난 날부터 2개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 환급을 신청하여야 한다.

 ③ 납세지 관할 세무서장은 제2항에 따른 신청을 받으면 지체 없이 환급세액을 결정하여 「국세기본법」 제51조 및 제52조에 따라 환급하여야 한다.

 ④ 제1항부터 제3항까지의 규정은 해당 내국인이 「소득세법」 제70조, 제70조의2 및 제74조 또는 「법인세법」 제60조에 따른 신고기한 내에 2020년 12월 31일이 속하는 과세연도의 직전 과세연도의 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 과세표준 및 세액을 신고한 경우에만 적용한다.

 ⑤ 납세지 관할 세무서장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 경우에는 환급세액(제1호 및 제2호의 경우에는 과다하게 환급한 세액 상당액을 말한다)에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 더한 금액을 징수한다

  1. 제3항에 따라 소득세 또는 법인세를 환급한 후 제1항에 따라 환급 신청을 한 내국인의 신청 내용에 탈루 또는 오류 등이 발견됨으로써 결손금이 감소된 경우

  2. 2020년 12월 31일이 속하는 과세연도의 직전 과세연도에 대한 소득세 또는 법인세 과세표준과 세액을 「소득세법」 제80조 또는 「법인세법」 제66조에 따라 경정함으로써 환급세액이 감소된 경우

  3. 중소기업에 해당하지 아니하는 내국인이 소득세 또는 법인세를 환급받은 경우

 ⑥ 납세지 관할 세무서장은 제3항에 따라 환급세액을 지급받은 내국인에 대하여 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 정산하여 추가로 환급(「소득세법」 제85조의2 또는 「법인세법」 제72조에 따라 환급을 신청한 경우에 한정한다)하거나 징수한다.

  1. 2020년 12월 31일이 속하는 과세연도에 결손금이 발생한 내국인의 경우: 「소득세법」 제85조의2 또는 「법인세법」 제72조에 따라 계산된 환급세액과 제3항에 따른 환급세액과의 차액

  2. 2020년 12월 31일이 속하는 과세연도에 결손금이 발생하지 않은 내국인의 경우: 제3항에 따른 환급세액

 ⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 결손금 소급공제에 따른 환급세액의 계산 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다

○ 조세특례제한법 시행령 제7조의3 【중소기업의 결손금 소급공제에 따른 환급 특례】(2020.06.02. 대통령령 제30723호로 개정된 것)

 ① 법 제8조의4제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 결손금"이란 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 말한다.

  1. 거주자의 경우: 2020년 12월 31일이 속하는 과세연도에 해당 과세연도의 개시일부터 6개월이 되는 날까지의 기간(이하 이 조에서 "환급대상기간"이라 한다)에 속하는 사업소득금액을 계산할 때 총수입금액에서 이에 사용된 필요경비가 총수입금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액(「소득세법」 제45조제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 금액은 제외한다)으로서 같은 조 제1항 및 같은 조 제2항 각 호 외의 부분 단서에 따라 공제하고 남은 금액

  2. 내국법인의 경우: 환급대상기간에 속하는 손금의 총액이 그 환급대상기간에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액

 ② 법 제8조의4제1항제1호에서 "대통령령으로 정하는 직전 과세연도의 법인세액"이란 직전 과세연도의 법인세 산출세액(「법인세법」 제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세는 제외한다)에서 직전 과세연도의 소득에 대한 법인세로서 공제 또는 감면된 법인세액을 차감한 금액을 말한다.

 ③ 법 제8조의4제2항에 따라 소득세액 또는 법인세액을 환급받으려는 내국인은 환급대상기간이 지난 날부터 2개월 이내에 기획재정부령으로 정하는 결손금 소급공제 세액 환급 특례 신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출해야 한다.

 ④ 법 제8조의4제5항제1호에 해당하여 결손금이 감소된 경우 징수하는 환급세액의 계산은 다음 계산식에 따른다. 다만, 제1항의 결손금 중 그 일부 금액만을 소급공제 받은 경우에는 소급공제 받지 않은 결손금이 먼저 감소된 것으로 본다.

 ⑤ 법 제8조의4제5항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액"이란 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

  1. 법 제8조의4제5항에 따른 환급세액

  2. 당초 환급세액의 통지일의 다음 날부터 법 제8조의4제5항에 따라 징수하는 금액의 고지일까지의 기간에 대하여 1일 10만분의 25의 율. 다만, 납세자가 소득세액 또는 법인세액을 과다하게 환급받은 데 정당한 사유가 있는 때에는 「국세기본법 시행령」 제43조의3제2항 본문에 따른 이자율을 적용한다.

 ⑥ 법 제8조의4제6항을 적용할 때 같은 조 제5항에 따라 징수하는 환급세액이 발생한 경우에는 당초 환급세액에서 그 환급세액을 차감한 금액을 기준으로 정산한다.

○ 법인세법 제72조 【중소기업의 결손금 소급공제에 따른 환급】

 ① 중소기업에 해당하는 내국법인은 각 사업연도에 결손금이 발생한 경우 대통령령으로 정하는 직전 사업연도의 법인세액(이하 이 조에서 "직전 사업연도의 법인세액"이라 한다)을 한도로 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 차감한 금액을 환급 신청할 수 있다.

  1. 직전 사업연도의 법인세 산출세액(제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세액은 제외한다)

  2. 직전 사업연도의 과세표준에서 소급공제를 받으려는 해당 사업연도의 결손금 상당액을 차감한 금액에 직전 사업연도의 제55조제1항에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액

 ② 제1항에 따라 법인세액을 환급받으려는 내국법인은 제60조에 따른 신고기한까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신청하여야 한다.

 ③ 납세지 관할 세무서장은 제2항에 따른 신청을 받으면 지체 없이 환급세액을 결정하여 「국세기본법」 제51조 및 제52조에 따라 환급하여야 한다.

 ④ 제1항부터 제3항까지의 규정은 해당 내국법인이 제60조에 따른 신고기한 내에 결손금이 발생한 사업연도와 그 직전 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준 및 세액을 각각 신고한 경우에만 적용한다.

 ⑤ 납세지 관할 세무서장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 경우에는 환급세액(제1호 및 제2호의 경우에는 과다하게 환급한 세액 상당액)에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 더한 금액을 해당 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 징수한다.

  1. 제3항에 따라 법인세를 환급한 후 결손금이 발생한 사업연도에 대한 법인세 과세표준과 세액을 제66조에 따라 경정함으로써 결손금이 감소된 경우

  2. 결손금이 발생한 사업연도의 직전 사업연도에 대한 법인세 과세표준과 세액을 제66조에 따라 경정함으로써 환급세액이 감소된 경우

  3. 중소기업에 해당하지 아니하는 내국법인이 법인세를 환급받은 경우

 ⑥ 납세지 관할 세무서장은 제3항에 따른 환급세액(이하 이 항에서 "당초 환급세액"이라 한다)을 결정한 후 당초 환급세액 계산의 기초가 된 직전 사업연도의 법인세액 또는 과세표준이 달라진 경우에는 즉시 당초 환급세액을 경정하여 추가로 환급하거나 과다하게 환급한 세액 상당액을 징수하여야 한다.

 ⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 결손금 소급공제에 따른 환급세액의 계산 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○법인세법 시행령 제110조【결손금 소급공제에 의한 환급세액의 계산】

 ① 법 제72조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 직전 사업연도의 법인세액"이란 직전 사업연도의 법인세 산출세액(법 제55조의2에 따른 토지등양도소득에 대한 법인세를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)에서 직전 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 공제 또는 감면된 법인세액(이하 "감면세액"이라 한다)을 차감한 금액(이하 이 조에서 "직전 사업연도의 법인세액"이라 한다)을 말한다.

 ② 법 제72조제2항에 따라 환급을 받으려는 법인은 법 제60조에 따른 신고기한 내에 기획재정부령으로 정하는 소급공제법인세액환급신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다.

출처 : 국세청 2024. 09. 26. 기준-2024-법규법인-0033 | 국세법령정보시스템