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법인전환 후 합병 시 이월과세 양도소득세 납부 판단

서면-2015-부동산-1906[부동산납세과-1218]  ·  2016. 08. 11.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 법인전환에 따른 이월과세를 적용받은 후, 전환법인이 법인세법 제44조 제2항의 합병으로 자산을 처분하거나 거주자가 주식 또는 출자지분을 처분할 경우, 5년 이내 출자지분 감소·처분 등으로 보아 이월과세된 양도소득세를 납부해야 하는지요?

S요약

거주자가 조세특례제한법 제32조 제1항에 따라 법인전환 후 법인세법 제44조 제2항에 따른 합병으로 자산 또는 주식·출자지분을 처분하더라도, 해당 합병은 이월과세 양도소득세 조기 납부 사유에 해당하지 않는 것으로 판단됩니다.
#법인전환 #이월과세 #양도소득세 #합병 #조세특례제한법 #법인세법
핵심 정리

R회신 내용 서면-2015-부동산-1906[부동산납세과-1218]  ·  2016. 08. 11.

  • 회신 주체: 국세청 서면-2015-부동산-1906[부동산납세과-1218](2016-08-11)
  • 조세특례제한법 제32조 제1항 적용 후, 전환법인이 법인세법 제44조 제2항 기준의 합병으로 자산을 처분하거나, 거주자가 동일 기준의 합병을 통해 주식 또는 출자지분을 처분해도, 이월과세액 조기납부 요건(각 호 해당)에는 포함되지 않는 것으로 회신하였습니다.
  • 이는 시행령 제29조 제6항 및 제7항의 명시에 따라, 법정 합병의 방법에 의한 자산·지분 처분은 사업 폐지, 50% 이상 처분 등으로 보지 않는다는 점이 근거입니다.
  • 따라서, 질의와 같이 법인전환 후 다른 내국법인과 합병(피합병)이 이루어지고 기존 부동산임대사업장을 계속 영위할 경우, 이월과세된 양도소득세를 납부할 필요가 없는 것으로 판단됨을 명확히 하였습니다.
  • 적용범위는 ‘합병 등에 따른 특례 요건’을 명확히 충족했는지, 즉 해당 합병이 법인세법 및 조특법상 예외 명시 합병에 해당하는지 실무적으로 재검토할 필요가 있습니다.

L관련 법령 해석

  • 조세특례제한법 제32조: 사업용고정자산 법인전환 시 이월과세 적용, 5년 이내 사업 폐지·지분 50% 이상 처분 시 이월과세액 납부 규정
  • 조세특례제한법 시행령 제29조 제6항·제7항: 법인전환 후 합병 등 특정 사유 발생 시 사업 폐지·지분 처분에 해당하지 않는다는 특례 규정
  • 법인세법 제44조 제2항: 요건을 충족한 내국법인 간 합병 시 자산 양도손익이 없는 것으로 간주
  • 조세특례제한법 시행령 제29조 제2항·제5항: 이월과세 적용 대상 법인 요건 및 자본금 산정 방법
사례 Q&A
1. 법인전환한 후 합병하면 이월과세 양도소득세 납부해야 하나요?
답변
법인세법 제44조 제2항 요건을 갖춘 합병이라면, 이월과세된 양도소득세를 납부하지 않아도 되는 것으로 보입니다.
근거
조세특례제한법 시행령 제29조 제6항·제7항에서 합병 시 조기납부 사유에 해당하지 않음을 명시합니다.
2. 조세특례제한법상 이월과세 후 주식 처분, 합병이면 세금 내야 하는지?
답변
합병에 따른 주식·출자지분 처분은 조기납부 요건에 해당하지 않는 것으로 해석됩니다.
근거
시행령 제29조 제7항 2호는 합병 시 처분이 특별히 예외임을 두고 있습니다.
3. 법인전환 후 5년 내 합병, 기존 사업 계속하면 이월과세 회수가 되나요?
답변
기존 사업을 정상적으로 유지한다면 이월과세 유예효과가 계속되는 것으로 판단됩니다.
근거
조특법 및 동 시행령상 합병 후 정상 영위하면 사업 폐지로 보지 않음을 근거로 삼았습니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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유권해석 전문

요지

「조세특례제한법」제32조제1항을 적용 받은 후, 전환법인이 ⁠「법인세법」제44조제2항에 따른 합병으로 자산을 처분하거나 거주자가 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우에는 ⁠「조세특례제한법」제32조제5항 각 호에 해당하는 것으로 보지 않음

회신

거주자가「조세특례제한법」제32조제1항을 적용받는 후, 전환법인이 ⁠「법인세법」제44조제2항에 따른 합병의 방법으로 자산을 처분하거나 해당 거주자가 같은 항에 따른 합병으로 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우에는 전환법인이 승계받은 사업을 폐지하거나 거주자가 법인전환으로 취득한 주식 또는 출자지분의 100분의 50이상을 처분한 경우로 보지 않습니다.

※ 관련참고자료

1. 질의내용 요약

 ○ 사실관계

  - 2014.10월 부산시 남구에 있는 부동산임대사업용 토지와 건물을 현물출자의 방법으로 법인전환하고 ⁠「조세특례제한법」제32조에 따른 이월과세 신청

   ․ 전환법인은 다른 내국법인과 합병할 예정으로 합병시 다른 내국법인은 합병법인 당사는 피합병법인이 되며, 합병후에도 당사의 임대사업장은 정상적으로 영위할 예정

 ○ 질의내용

  당사가 법인전환 후 다른 내국법인과 합병되고(당사가 피합병법인임) 합병후에도 계속하여 기존의 부동산임대사업장을 합병전과 동일하게 유지하며 정상적으로 영위하는 경우, 이를 5년 내 출자지분의 감소 또는 처분으로 보아 이월과세된 양도소득세를 납부하여야 하는지

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 법령 ⁠(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 조세특례제한법(2013.1.1. 개정된 것) 제32조【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】

① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도・양수의 방법에 따라 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.

② 제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다.

③ 제1항을 적용받으려는 거주자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다.

④ 제1항에 따라 설립되는 법인에 대해서는 제31조제4항부터 제6항까지의 규정을 준용한다.

⑤ 제1항에 따라 설립된 법인의 설립일부터 5년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 제1항을 적용받은 거주자가 사유발생일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따른 이월과세액(해당 법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 사업 폐지의 판단기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

1. 제1항에 따라 설립된 법인이 제1항을 적용받은 거주자로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우

2. 제1항을 적용받은 거주자가 법인전환으로 취득한 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우

조세특례제한법 시행령(2013.02.15. 개정된 것)제29조【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】

① 삭제

② 법 제32조제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업 양도・양수의 방법"이란 해당 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제5항에 따른 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3개월 이내에 해당 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다.

③ 법 제32조제1항에서 "대통령령으로 정하는 소비성서비스업"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(이하 "소비성서비스업"이라 한다)을 말한다.

1. 호텔업 및 여관업(「관광진흥법」에 따른 관광숙박업은 제외한다)

2. 주점업(일반유흥주점업, 무도유흥주점업 및 「식품위생법 시행령」 제21조에 따른 단란주점 영업만 해당하되, ⁠「관광진흥법」에 따른 외국인전용유흥음식점업 및 관광유흥음식점업은 제외한다)

3. 그 밖에 오락・유흥 등을 목적으로 하는 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업

④ 법 제32조제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 현물출자 또는 사업양수도를 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 새로이 설립되는 법인과 함께 기획재정부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

⑤ 법 제32조제2항에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액으로서 제28조제1항제2호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다.

⑥ 법 제32조제1항에 따라 설립되는 법인(이하 이 조에서 "전환법인"이라 한다)이 같은 조 제1항에 따른 현물출자 또는 사업 양도・양수의 방법으로 취득한 사업용고정자산의 2분의 1이상을 처분하거나 사업에 사용하지 않는 경우 법 제32조제5항제1호에 따른 사업의 폐지로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니한다.

1. 전환법인이 파산하여 승계받은 자산을 처분한 경우

2. 전환법인이 「법인세법」 제44조제2항에 따른 합병, 같은 법 제46조제2항에 따른 분할, 같은 법 제47조제1항에 따른 물적분할, 같은 법 제47조의2제1항에 따른 현물출자의 방법으로 자산을 처분한 경우

3. 전환법인이 법 제37조에 따른 자산의 포괄적 양도에 따라 자산을 장부가액으로 양도한 경우

4. 전환법인이 ⁠「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 승계받은 자산을 처분한 경우

⑦ 법 제32조제5항제2호의 처분은 주식 또는 출자지분의 유상이전, 무상이전, 유상감자 및 무상감자를 포함한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니한다.

1. 법 제32조제1항을 적용받은 거주자(이하 이 조에서 "해당 거주자"라 한다)가 사망하거나 파산하여 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우

2. 해당 거주자가 「법인세법」 제44조제2항에 따른 합병이나 같은 법 제46조제2항에 따른 분할의 방법으로 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우

3. 해당 거주자가 법 제37조에 따른 자산의 포괄적 양도, 법 제38조에 따른 주식의 포괄적 교환・이전 또는 법 제38조의2에 따른 주식의 현물출자의 방법으로 과세특례를 적용받으면서 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우

4. 해당 거주자가 ⁠「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우

5. 해당 거주자가 법령상 의무를 이행하기 위하여 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우

○ 조세특례제한법(2013.1.1. 개정되기 전의 것) 제32조【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】

① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법에 따라 2012년 12월 31일까지 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.

② 제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다.

③ 제1항을 적용받으려는 거주자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다.

④ 제1항에 따라 설립되는 법인에 대해서는 제31조제4항부터 제6항까지의 규정을 준용한다.

⑤ 제1항에 따라 설립되는 법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 양도소득세 산출세액을 해당 거주자로부터 징수한다.

1. 해당 법인이 법인전환 후 5년 이내에 사업을 폐지하는 경우

2. 해당 법인이 법인전환 후 5년 이내에 법인전환 당시 자본금의 100분의 50 이상을 유상감자 하는 경우

조세특례제한법 시행령(2013.02.15. 개정되기 전의 것)제29조【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】

① 삭제

②법 제32조제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업 양도・양수의 방법"이란 해당 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제5항에 따른 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3개월 이내에 해당 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다.

③ 법 제32조제1항에서 "대통령령으로 정하는 소비성서비스업"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(이하 "소비성서비스업"이라 한다)을 말한다.

1. 호텔업 및 여관업(「관광진흥법」에 따른 관광숙박업은 제외한다)

2. 주점업(일반유흥주점업, 무도유흥주점업 및 「식품위생법 시행령」 제21조에 따른 단란주점 영업만 해당하되, ⁠「관광진흥법」에 따른 외국인전용유흥음식점업 및 관광유흥음식점업은 제외한다)

3. 그 밖에 오락・유흥 등을 목적으로 하는 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업

④ 법 제32조제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 현물출자 또는 사업양수도를 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 새로이 설립되는 법인과 함께 기획재정부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

⑤ 법 제32조제2항에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액으로서 제28조제1항제2호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다.

⑥ 법 제32조제5항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 양도소득세 산출세액"이란 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 말한다.

1. 법 제32조제5항제1호의 경우: 이월과세액 중 해당 법인이 미납부한 금액

2. 법 제32조제5항제2호의 경우: 해당 법인의 유상감자액이 법인전환 당시 자본금에서 차지하는 비율을 이월과세액 중 해당 법인이 미납부한 금액에 곱한 금액

법인세법 제44조 【합병 시 피합병법인에 대한 과세】

① 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제44조의3에서 같다)은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.

1. 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액

2. 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채의 장부가액 총액을 뺀 가액(이하 이 관에서 "순자산 장부가액"이라 한다)

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병의 경우에는 제1항제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호 또는 제3호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

1. 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것. 다만, 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 제외한다.

2. 피합병법인의 주주등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 합병법인의 주식등의 가액이 100분의 80 이상이거나 합병법인의 모회사의 주식등의 가액이 100분의 80 이상인 경우로서 그 주식등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것

3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것

③ 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하거나 그 다른 법인에 합병되는 경우에는 제2항에도 불구하고 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 양도가액 및 순자산 장부가액의 계산, 합병대가의 총합계액의 계산, 승계받은 사업의 계속 여부에 관한 판정기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

출처 : 국세청 2016. 08. 11. 서면-2015-부동산-1906[부동산납세과-1218] | 국세법령정보시스템